Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 2Y8Y_A
|
2Y8Y_B
|
4ILL_A
|
4ILL_R
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:106 [ARG] | B:18 [G] | A:150 [LYS] | R:13 [U] | ✔ |
| A:27 [ARG] | B:22 [A] | A:29 [TYR] | R:17 [A] | ✔ |
| A:27 [ARG] | B:23 [U] | A:29 [TYR] | R:20 [G] | ✔ |
| A:23 [TYR] | B:22 [A] | A:25 [LYS] | R:17 [A] | ✔ |
| A:197 [GLY] | B:19 [G] | A:267 [GLY] | R:14 [A] | ✔ |
| A:197 [GLY] | B:20 [G] | A:267 [GLY] | R:15 [G] | ✔ |
| A:30 [SER] | B:22 [A] | A:32 [GLN] | R:17 [A] | ✔ |
| A:200 [LYS] | B:19 [G] | A:270 [ARG] | R:14 [A] | ✔ |
| A:200 [LYS] | B:20 [G] | A:270 [ARG] | R:15 [G] | ✔ |
| A:26 [HIS] | B:22 [A] | A:28 [LYS] | R:17 [A] | ✔ |
| A:169 [LEU] | B:6 [C] | A:232 [ARG] | R:7 [C] | ✔ |
| A:106 [ARG] | B:8 [C] | A:150 [LYS] | R:10 [C] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:106 [ARG] | B:9 [C] | A:150 [LYS] | R:11 [U] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:106 [ARG] | B:19 [G] | A:150 [LYS] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:112 [LYS] | B:5 [U] | A:164 [ILE] | R:6 [U] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:112 [LYS] | B:6 [C] | A:164 [ILE] | R:7 [C] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:107 [LEU] | B:5 [U] | A:158 [SER] | R:6 [U] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:113 [ARG] | B:6 [C] | A:165 [HIS] | R:7 [C] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:113 [ARG] | B:8 [C] | A:165 [HIS] | R:10 [C] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:113 [ARG] | B:19 [G] | A:165 [HIS] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:113 [ARG] | B:20 [G] | A:165 [HIS] | R:15 [G] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:23 [TYR] | B:23 [U] | A:25 [LYS] | R:20 [G] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:37 [LEU] | B:22 [A] | A:41 [LYS] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:114 [VAL] | B:5 [U] | A:166 [ALA] | R:6 [U] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:110 [THR] | B:5 [U] | A:162 [LYS] | R:6 [U] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:115 [ALA] | B:5 [U] | A:167 [GLY] | R:6 [U] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:201 [ALA] | B:22 [A] | A:271 [GLY] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:104 [ALA] | B:18 [G] | A:148 [SER] | R:13 [U] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:104 [ALA] | B:19 [G] | A:148 [SER] | R:14 [A] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:107 [LEU] | B:18 [G] | A:158 [SER] | R:13 [U] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:110 [THR] | B:18 [G] | A:162 [LYS] | R:13 [U] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:110 [THR] | B:8 [C] | A:162 [LYS] | R:10 [C] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:112 [LYS] | B:18 [G] | A:164 [ILE] | R:13 [U] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:169 [LEU] | B:5 [U] | A:232 [ARG] | R:6 [U] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:169 [LEU] | B:20 [G] | A:232 [ARG] | R:15 [G] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:169 [LEU] | B:22 [A] | A:232 [ARG] | R:17 [A] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:37 [LEU] | B:23 [U] | A:41 [LYS] | R:20 [G] | ❌ 2Y8Y_A_B |
| A:112 [LYS] | B:7 [C] | A:164 [ILE] | R:8 [U] | ❌ 4ILL_R:8 no longer at interface |
| A:113 [ARG] | B:7 [C] | A:165 [HIS] | R:8 [U] | ❌ 4ILL_R:8 no longer at interface |
| A:102 [ASN] | B:21 [DG] | A:146 [LEU] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_A:102, 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:116 [LEU] | B:21 [DG] | A:168 [TYR] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_A:116, 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:155 [GLU] | B:21 [DG] | A:223 [ILE] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_A:155, 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:169 [LEU] | B:21 [DG] | A:232 [ARG] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:198 [PRO] | B:21 [DG] | A:268 [ARG] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_A:198, 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:199 [GLY] | B:21 [DG] | A:269 [SER] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_A:199, 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:200 [LYS] | B:21 [DG] | A:270 [ARG] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:201 [ALA] | B:21 [DG] | A:271 [GLY] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:202 [LEU] | B:21 [DG] | A:272 [ILE] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_A:202, 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:26 [HIS] | B:21 [DG] | A:28 [LYS] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:42 [GLU] | B:21 [DG] | A:51 [LYS] | R:16 [A] | ❌ 2Y8Y_A:42, 2Y8Y_B:21 no longer at interface |
| A:128 [ARG] | B:18 [G] | A:175 [GLY] | R:13 [U] | ❌ 4ILL_A:175 no longer at interface |
| A:31 [LYS] | B:22 [A] | A:34 [GLY] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A:34 no longer at interface |
| A:195 [GLY] | B:19 [G] | A:265 [GLY] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A:265 no longer at interface |
| A:35 [ARG] | B:22 [A] | A:39 [SER] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A:39 no longer at interface |
| A:132 [GLU] | B:18 [G] | A:179 [ALA] | R:13 [U] | ❌ 4ILL_A:179 no longer at interface |
| A:34 [SER] | B:22 [A] | A:38 [PRO] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A:38 no longer at interface |
| A:34 [SER] | B:23 [U] | A:38 [PRO] | R:20 [G] | ❌ 4ILL_A:38 no longer at interface |
| A:38 [GLU] | B:22 [A] | A:42 [ASP] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A:42 no longer at interface |
| A:38 [GLU] | B:23 [U] | A:42 [ASP] | R:20 [G] | ❌ 4ILL_A:42 no longer at interface |
| A:129 [ARG] | B:18 [G] | A:176 [LEU] | R:13 [U] | ❌ 4ILL_A:176 no longer at interface |
| A:129 [ARG] | B:19 [G] | A:176 [LEU] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A:176 no longer at interface |
| A:194 [ARG] | B:19 [G] | A:264 [LEU] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A:264 no longer at interface |
| A:194 [ARG] | B:20 [G] | A:264 [LEU] | R:15 [G] | ❌ 4ILL_A:264 no longer at interface |
| A:43 [ARG] | B:20 [G] | A:52 [PRO] | R:15 [G] | ❌ 4ILL_A:52 no longer at interface |
| A:116 [LEU] | B:5 [U] | A:168 [TYR] | R:6 [U] | ❌ 2Y8Y_A:116 no longer at interface |
| A:116 [LEU] | B:20 [G] | A:168 [TYR] | R:15 [G] | ❌ 2Y8Y_A:116 no longer at interface |
| A:20 [ALA] | B:22 [A] | A:22 [PRO] | R:17 [A] | ❌ 2Y8Y_A:20 no longer at interface |
| A:155 [GLU] | B:5 [U] | A:223 [ILE] | R:6 [U] | ❌ 2Y8Y_A:155 no longer at interface |
| A:158 [ARG] | B:22 [A] | A:227 [SER] | R:17 [A] | ❌ 2Y8Y_A:158 no longer at interface |
| A:158 [ARG] | B:6 [C] | A:227 [SER] | R:7 [C] | ❌ 2Y8Y_A:158 no longer at interface |
| A:168 [LEU] | B:5 [U] | A:231 [LEU] | R:6 [U] | ❌ 2Y8Y_A:168 no longer at interface |
| A:168 [LEU] | B:6 [C] | A:231 [LEU] | R:7 [C] | ❌ 2Y8Y_A:168 no longer at interface |
| A:170 [GLN] | B:5 [U] | A:233 [LYS] | R:6 [U] | ❌ 2Y8Y_A:170 no longer at interface |
| A:171 [VAL] | B:5 [U] | A:234 [ALA] | R:6 [U] | ❌ 2Y8Y_A:171 no longer at interface |
| A:198 [PRO] | B:5 [U] | A:268 [ARG] | R:6 [U] | ❌ 2Y8Y_A:198 no longer at interface |
| A:198 [PRO] | B:20 [G] | A:268 [ARG] | R:15 [G] | ❌ 2Y8Y_A:198 no longer at interface |
| A:198 [PRO] | B:19 [G] | A:268 [ARG] | R:14 [A] | ❌ 2Y8Y_A:198 no longer at interface |
| A:198 [PRO] | B:6 [C] | A:268 [ARG] | R:7 [C] | ❌ 2Y8Y_A:198 no longer at interface |
| A:199 [GLY] | B:20 [G] | A:269 [SER] | R:15 [G] | ❌ 2Y8Y_A:199 no longer at interface |
| A:202 [LEU] | B:22 [A] | A:272 [ILE] | R:17 [A] | ❌ 2Y8Y_A:202 no longer at interface |
| A:40 [GLY] | B:20 [G] | A:46 [SER] | R:15 [G] | ❌ 2Y8Y_A:40 no longer at interface |
| A:42 [GLU] | B:20 [G] | A:51 [LYS] | R:15 [G] | ❌ 2Y8Y_A:42 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | 0.65 | 4.71 | 0.03 | 0.66 | 0.2 | 0.55 | 0.6 | 0.19 | 0.17 | 0.12 | 0.63 |
Other pairs involving 2Y8Y_A_B or 4ILL_A_R
Total number of entries: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4C8Y_A_C | 4ILL_A_R | 0.32 | 0.77 | 2.74 | 0.03 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare | |
| 4ILL_A_R | 5H9F_K_L | 0.31 | 0.57 | 3.39 | 0.11 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare | |
| 2Y8Y_A_B | 4C8Y_A_C | 0.36 | 0.63 | 3.01 | 0.13 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare | |
| 2Y8Y_A_B | 5H9F_K_L | 0.37 | 0.72 | 1.89 | 0.22 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare | |
| 2Y8Y_A_B | 4ILL_A_R | 0.19 | 0.65 | 4.71 | 0.03 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare |