Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4C8Y_A
|
4C8Y_C
|
4ILL_A
|
4ILL_R
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:146 [SER] | C:26 [G] | A:180 [TYR] | R:14 [A] | ✔ |
| A:22 [ARG] | C:29 [A] | A:28 [LYS] | R:17 [A] | ✔ |
| A:40 [GLY] | C:26 [G] | A:49 [LYS] | R:14 [A] | ✔ |
| A:40 [GLY] | C:27 [G] | A:49 [LYS] | R:15 [G] | ✔ |
| A:187 [VAL] | C:16 [G] | A:232 [ARG] | R:6 [U] | ✔ |
| A:130 [ARG] | C:25 [G] | A:150 [LYS] | R:13 [U] | ✔ |
| A:133 [VAL] | C:15 [A] | A:167 [GLY] | R:5 [A] | ✔ |
| A:37 [HIS] | C:27 [G] | A:46 [SER] | R:15 [G] | ✔ |
| A:227 [THR] | C:27 [G] | A:270 [ARG] | R:15 [G] | ✔ |
| A:226 [LYS] | C:27 [G] | A:269 [SER] | R:15 [G] | ✔ |
| A:38 [ASP] | C:27 [G] | A:47 [ARG] | R:15 [G] | ✔ |
| A:41 [GLU] | C:26 [G] | A:50 [TYR] | R:14 [A] | ✔ |
| A:41 [GLU] | C:27 [G] | A:50 [TYR] | R:15 [G] | ✔ |
| A:39 [GLN] | C:27 [G] | A:48 [ASP] | R:15 [G] | ✔ |
| A:224 [GLY] | C:26 [G] | A:267 [GLY] | R:14 [A] | ✔ |
| A:224 [GLY] | C:27 [G] | A:267 [GLY] | R:15 [G] | ✔ |
| A:131 [LYS] | C:25 [G] | A:164 [ILE] | R:13 [U] | ✔ |
| A:23 [GLY] | C:29 [A] | A:29 [TYR] | R:17 [A] | ✔ |
| A:129 [ARG] | C:25 [G] | A:148 [SER] | R:13 [U] | ✔ |
| A:129 [ARG] | C:26 [G] | A:148 [SER] | R:14 [A] | ✔ |
| A:26 [TYR] | C:29 [A] | A:32 [GLN] | R:17 [A] | ✔ |
| A:225 [ALA] | C:26 [G] | A:268 [ARG] | R:14 [A] | ✔ |
| A:225 [ALA] | C:27 [G] | A:268 [ARG] | R:15 [G] | ✔ |
| A:42 [ASN] | C:27 [G] | A:51 [LYS] | R:15 [G] | ✔ |
| A:33 [ALA] | C:29 [A] | A:41 [LYS] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:127 [PHE] | C:26 [G] | A:146 [LEU] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:133 [VAL] | C:16 [G] | A:167 [GLY] | R:6 [U] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:37 [HIS] | C:29 [A] | A:46 [SER] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:129 [ARG] | C:17 [C] | A:148 [SER] | R:7 [C] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:129 [ARG] | C:18 [C] | A:148 [SER] | R:9 [A] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:129 [ARG] | C:27 [G] | A:148 [SER] | R:15 [G] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:26 [TYR] | C:27 [G] | A:32 [GLN] | R:15 [G] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:228 [SER] | C:27 [G] | A:271 [GLY] | R:15 [G] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:27 [GLY] | C:29 [A] | A:33 [SER] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A_R |
| A:146 [SER] | C:25 [G] | A:180 [TYR] | R:13 [U] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:187 [VAL] | C:27 [G] | A:232 [ARG] | R:15 [G] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:187 [VAL] | C:17 [C] | A:232 [ARG] | R:7 [C] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:187 [VAL] | C:29 [A] | A:232 [ARG] | R:17 [A] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:19 [LEU] | C:29 [A] | A:25 [LYS] | R:17 [A] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:225 [ALA] | C:16 [G] | A:268 [ARG] | R:6 [U] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:225 [ALA] | C:17 [C] | A:268 [ARG] | R:7 [C] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:227 [THR] | C:26 [G] | A:270 [ARG] | R:14 [A] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:38 [ASP] | C:18 [C] | A:47 [ARG] | R:9 [A] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:38 [ASP] | C:26 [G] | A:47 [ARG] | R:14 [A] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:39 [GLN] | C:26 [G] | A:48 [ASP] | R:14 [A] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:40 [GLY] | C:25 [G] | A:49 [LYS] | R:13 [U] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:41 [GLU] | C:25 [G] | A:50 [TYR] | R:13 [U] | ❌ 4C8Y_A_C |
| A:127 [PHE] | C:28 [DG] | A:146 [LEU] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:134 [HIS] | C:28 [DG] | A:168 [TYR] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_A:134, 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:185 [THR] | C:28 [DG] | A:223 [ILE] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_A:185, 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:187 [VAL] | C:28 [DG] | A:232 [ARG] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:225 [ALA] | C:28 [DG] | A:268 [ARG] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:226 [LYS] | C:28 [DG] | A:269 [SER] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:227 [THR] | C:28 [DG] | A:270 [ARG] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:228 [SER] | C:28 [DG] | A:271 [GLY] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:229 [LEU] | C:28 [DG] | A:272 [ILE] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_A:229, 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:22 [ARG] | C:28 [DG] | A:28 [LYS] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:38 [ASP] | C:20 [C] | A:47 [ARG] | R:11 [U] | ❌ 4C8Y_C:20 no longer at interface |
| A:39 [GLN] | C:20 [C] | A:48 [ASP] | R:11 [U] | ❌ 4C8Y_C:20 no longer at interface |
| A:40 [GLY] | C:20 [C] | A:49 [LYS] | R:11 [U] | ❌ 4C8Y_C:20 no longer at interface |
| A:42 [ASN] | C:28 [DG] | A:51 [LYS] | R:16 [A] | ❌ 4C8Y_C:28 no longer at interface |
| A:145 [GLU] | C:25 [G] | A:179 [ALA] | R:13 [U] | ❌ 4ILL_A:179 no longer at interface |
| A:145 [GLU] | C:26 [G] | A:179 [ALA] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A:179 no longer at interface |
| A:142 [LEU] | C:25 [G] | A:176 [LEU] | R:13 [U] | ❌ 4ILL_A:176 no longer at interface |
| A:142 [LEU] | C:26 [G] | A:176 [LEU] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A:176 no longer at interface |
| A:34 [PRO] | C:29 [A] | A:42 [ASP] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A:42 no longer at interface |
| A:149 [ARG] | C:25 [G] | A:183 [ASN] | R:13 [U] | ❌ 4ILL_A:183 no longer at interface |
| A:149 [ARG] | C:26 [G] | A:183 [ASN] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A:183 no longer at interface |
| A:128 [PHE] | C:25 [G] | A:147 [LEU] | R:13 [U] | ❌ 4ILL_A:147 no longer at interface |
| A:128 [PHE] | C:26 [G] | A:147 [LEU] | R:14 [A] | ❌ 4ILL_A:147 no longer at interface |
| A:30 [ARG] | C:29 [A] | A:38 [PRO] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A:38 no longer at interface |
| A:186 [GLU] | C:16 [G] | A:224 [GLY] | R:6 [U] | ❌ 4ILL_A:224 no longer at interface |
| A:29 [LEU] | C:29 [A] | A:37 [ILE] | R:17 [A] | ❌ 4ILL_A:37 no longer at interface |
| A:132 [GLY] | C:15 [A] | A:165 [HIS] | R:5 [A] | ❌ 4C8Y_A:132 no longer at interface |
| A:134 [HIS] | C:16 [G] | A:168 [TYR] | R:6 [U] | ❌ 4C8Y_A:134 no longer at interface |
| A:134 [HIS] | C:27 [G] | A:168 [TYR] | R:15 [G] | ❌ 4C8Y_A:134 no longer at interface |
| A:134 [HIS] | C:15 [A] | A:168 [TYR] | R:5 [A] | ❌ 4C8Y_A:134 no longer at interface |
| A:136 [PRO] | C:15 [A] | A:170 [THR] | R:5 [A] | ❌ 4C8Y_A:136 no longer at interface |
| A:182 [PRO] | C:15 [A] | A:220 [THR] | R:5 [A] | ❌ 4C8Y_A:182 no longer at interface |
| A:185 [THR] | C:16 [G] | A:223 [ILE] | R:6 [U] | ❌ 4C8Y_A:185 no longer at interface |
| A:188 [ASP] | C:16 [G] | A:233 [LYS] | R:6 [U] | ❌ 4C8Y_A:188 no longer at interface |
| A:188 [ASP] | C:15 [A] | A:233 [LYS] | R:5 [A] | ❌ 4C8Y_A:188 no longer at interface |
| A:189 [THR] | C:16 [G] | A:234 [ALA] | R:6 [U] | ❌ 4C8Y_A:189 no longer at interface |
| A:189 [THR] | C:15 [A] | A:234 [ALA] | R:5 [A] | ❌ 4C8Y_A:189 no longer at interface |
| A:190 [ALA] | C:15 [A] | A:235 [ARG] | R:5 [A] | ❌ 4C8Y_A:190 no longer at interface |
| A:229 [LEU] | C:29 [A] | A:272 [ILE] | R:17 [A] | ❌ 4C8Y_A:229 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | 0.77 | 2.74 | 0.03 | 0.78 | 0.2 | 0.62 | 0.8 | 0.32 | 0.25 | 0.13 | 0.63 |
Other pairs involving 4C8Y_A_C or 4ILL_A_R
Total number of entries: 6
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2Y8Y_A_B | 4C8Y_A_C | 0.36 | 0.63 | 3.01 | 0.13 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare | |
| 2Y8Y_A_B | 4ILL_A_R | 0.19 | 0.65 | 4.71 | 0.03 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare | |
| 4C8Y_A_C | 6H9H_B_E | 0.33 | 0.64 | 2.28 | 0.13 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare | |
| 4C8Y_A_C | 4ILL_A_R | 0.32 | 0.77 | 2.74 | 0.03 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare | |
| 4C8Y_A_C | 5H9F_K_L | 0.16 | 0.56 | 2.78 | 0.07 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare | |
| 4ILL_A_R | 5H9F_K_L | 0.31 | 0.57 | 3.39 | 0.11 | CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related | compare |