RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group77 > 4V9F_G_0 vs 4YBB_DI_DA

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4V9F_G
4V9F_0
4YBB_DI
4YBB_DA
Conserved?
G:60 [ARG] 0:1188 [A] DI:54 [VAL] DA:1084 [A] ✔
G:16 [LYS] 0:1150 [A] DI:9 [GLN] DA:1046 [A] ✔
G:40 [GLY] 0:1158 [G] DI:31 [ARG] DA:1054 [A] ✔
G:89 [VAL] 0:1210 [G] DI:79 [PRO] DA:1106 [G] ✔
G:64 [ASN] 0:1211 [G] DI:58 [THR] DA:1107 [G] ✔
G:88 [GLN] 0:1211 [G] DI:78 [GLY] DA:1107 [G] ✔
G:59 [LEU] 0:1188 [A] DI:53 [ARG] DA:1084 [A] ✔
G:62 [SER] 0:1210 [G] DI:56 [ARG] DA:1106 [G] ✔
G:62 [SER] 0:1211 [G] DI:56 [ARG] DA:1107 [G] ✔
G:42 [PRO] 0:1159 [G] DI:33 [VAL] DA:1055 [G] ✔
G:87 [GLY] 0:1211 [G] DI:77 [VAL] DA:1107 [G] ✔
G:87 [GLY] 0:1212 [C] DI:77 [VAL] DA:1108 [U] ✔
G:61 [VAL] 0:1188 [A] DI:55 [VAL] DA:1084 [A] ✔
G:86 [THR] 0:1212 [C] DI:76 [PHE] DA:1108 [U] ✔
G:63 [ARG] 0:1210 [G] DI:57 [ASN] DA:1106 [G] ✔
G:63 [ARG] 0:1211 [G] DI:57 [ASN] DA:1107 [G] ✔
G:43 [SER] 0:1159 [G] DI:34 [THR] DA:1055 [G] ✔
G:43 [SER] 0:1160 [G] DI:34 [THR] DA:1056 [G] ✔
G:41 [ILE] 0:1158 [G] DI:32 [GLY] DA:1054 [A] ✔
G:41 [ILE] 0:1159 [G] DI:32 [GLY] DA:1055 [G] ✔
G:13 [PRO] 0:1150 [A] DI:5 [LEU] DA:1046 [A] ✔
G:19 [GLU] 0:1188 [A] DI:12 [VAL] DA:1084 [A] ❌ 4YBB_DI_DA
G:16 [LYS] 0:1148 [C] DI:9 [GLN] DA:1044 [C] ❌ 4YBB_DI_DA
G:16 [LYS] 0:1149 [U] DI:9 [GLN] DA:1045 [C] ❌ 4YBB_DI_DA
G:16 [LYS] 0:1151 [G] DI:9 [GLN] DA:1047 [G] ❌ 4YBB_DI_DA
G:64 [ASN] 0:1210 [G] DI:58 [THR] DA:1106 [G] ❌ 4YBB_DI_DA
G:64 [ASN] 0:1212 [C] DI:58 [THR] DA:1108 [U] ❌ 4YBB_DI_DA
G:88 [GLN] 0:1157 [C] DI:78 [GLY] DA:1053 [C] ❌ 4YBB_DI_DA
G:88 [GLN] 0:1158 [G] DI:78 [GLY] DA:1054 [A] ❌ 4YBB_DI_DA
G:88 [GLN] 0:1210 [G] DI:78 [GLY] DA:1106 [G] ❌ 4YBB_DI_DA
G:59 [LEU] 0:1187 [U] DI:53 [ARG] DA:1083 [U] ❌ 4YBB_DI_DA
G:62 [SER] 0:1188 [A] DI:56 [ARG] DA:1084 [A] ❌ 4YBB_DI_DA
G:42 [PRO] 0:1160 [G] DI:33 [VAL] DA:1056 [G] ❌ 4YBB_DI_DA
G:15 [TRP] 0:1210 [G] DI:8 [LYS] DA:1106 [G] ❌ 4YBB_DI_DA
G:86 [THR] 0:1211 [G] DI:76 [PHE] DA:1107 [G] ❌ 4YBB_DI_DA
G:63 [ARG] 0:1150 [A] DI:57 [ASN] DA:1046 [A] ❌ 4YBB_DI_DA
G:63 [ARG] 0:1151 [G] DI:57 [ASN] DA:1047 [G] ❌ 4YBB_DI_DA
G:43 [SER] 0:1161 [A] DI:34 [THR] DA:1057 [A] ❌ 4YBB_DI_DA
G:43 [SER] 0:1189 [A] DI:34 [THR] DA:1085 [A] ❌ 4YBB_DI_DA
G:43 [SER] 0:1190 [G] DI:34 [THR] DA:1086 [A] ❌ 4YBB_DI_DA
G:13 [PRO] 0:1148 [C] DI:5 [LEU] DA:1044 [C] ❌ 4YBB_DI_DA
G:19 [GLU] 0:1150 [A] DI:12 [VAL] DA:1046 [A] ❌ 4V9F_G_0
G:40 [GLY] 0:1157 [C] DI:31 [ARG] DA:1053 [C] ❌ 4V9F_G_0
G:40 [GLY] 0:1210 [G] DI:31 [ARG] DA:1106 [G] ❌ 4V9F_G_0
G:40 [GLY] 0:1211 [G] DI:31 [ARG] DA:1107 [G] ❌ 4V9F_G_0
G:42 [PRO] 0:1158 [G] DI:33 [VAL] DA:1054 [A] ❌ 4V9F_G_0
G:60 [ARG] 0:1210 [G] DI:54 [VAL] DA:1106 [G] ❌ 4V9F_G_0
G:61 [VAL] 0:1210 [G] DI:55 [VAL] DA:1106 [G] ❌ 4V9F_G_0
G:61 [VAL] 0:1211 [G] DI:55 [VAL] DA:1107 [G] ❌ 4V9F_G_0
G:62 [SER] 0:1151 [G] DI:56 [ARG] DA:1047 [G] ❌ 4V9F_G_0
G:62 [SER] 0:1150 [A] DI:56 [ARG] DA:1046 [A] ❌ 4V9F_G_0
G:63 [ARG] 0:1212 [C] DI:57 [ASN] DA:1108 [U] ❌ 4V9F_G_0
G:64 [ASN] 0:1151 [G] DI:58 [THR] DA:1047 [G] ❌ 4V9F_G_0
G:64 [ASN] 0:1150 [A] DI:58 [THR] DA:1046 [A] ❌ 4V9F_G_0
G:88 [GLN] 0:1212 [C] DI:78 [GLY] DA:1108 [U] ❌ 4V9F_G_0
G:89 [VAL] 0:1211 [G] DI:79 [PRO] DA:1107 [G] ❌ 4V9F_G_0
G:15 [TRP] 0:1148 [C] DI:8 [LYS] DA:1044 [C] ❌ 4V9F_G_0
G:15 [TRP] 0:1149 [U] DI:8 [LYS] DA:1045 [C] ❌ 4V9F_G_0
G:15 [TRP] 0:1151 [G] DI:8 [LYS] DA:1047 [G] ❌ 4V9F_G_0
G:15 [TRP] 0:1150 [A] DI:8 [LYS] DA:1046 [A] ❌ 4V9F_G_0
G:63 [ARG] 0:1152 [A] DI:57 [ASN] DA:1048 [A] ❌ 4YBB_DA:1048 no longer at interface
G:48 [ASP] 0:1185 [U] DI:42 [ARG] DA:1082 [U] ❌ 4V9F_G:48, 4V9F_0:1185 no longer at interface
G:62 [SER] 0:1209 [C] DI:56 [ARG] DA:1105 [U] ❌ 4V9F_0:1209 no longer at interface
G:69 [ARG] 0:1150 [A] DI:63 [ALA] DA:1046 [A] ❌ 4YBB_DI:63 no longer at interface
G:50 [ARG] 0:1187 [U] DI:44 [ALA] DA:1083 [U] ❌ 4YBB_DI:44 no longer at interface
G:50 [ARG] 0:1188 [A] DI:44 [ALA] DA:1084 [A] ❌ 4YBB_DI:44 no longer at interface
G:50 [ARG] 0:1189 [A] DI:44 [ALA] DA:1085 [A] ❌ 4YBB_DI:44 no longer at interface
G:39 [ALA] 0:1158 [G] DI:30 [SER] DA:1054 [A] ❌ 4YBB_DI:30 no longer at interface
G:17 [GLN] 0:1150 [A] DI:10 [ALA] DA:1046 [A] ❌ 4YBB_DI:10 no longer at interface
G:47 [GLN] 0:1161 [A] DI:41 [LEU] DA:1057 [A] ❌ 4YBB_DI:41 no longer at interface
G:47 [GLN] 0:1162 [G] DI:41 [LEU] DA:1058 [U] ❌ 4YBB_DI:41 no longer at interface
G:47 [GLN] 0:1190 [G] DI:41 [LEU] DA:1086 [A] ❌ 4YBB_DI:41 no longer at interface
G:38 [ILE] 0:1188 [A] DI:29 [ASP] DA:1084 [A] ❌ 4YBB_DI:29 no longer at interface
G:20 [VAL] 0:1150 [A] DI:13 [ALA] DA:1046 [A] ❌ 4YBB_DI:13 no longer at interface
G:12 [ILE] 0:1149 [U] DI:4 [ASN] DA:1045 [C] ❌ 4YBB_DI:4 no longer at interface
G:12 [ILE] 0:1150 [A] DI:4 [ASN] DA:1046 [A] ❌ 4YBB_DI:4 no longer at interface
G:65 [THR] 0:1150 [A] DI:59 [LEU] DA:1046 [A] ❌ 4YBB_DI:59 no longer at interface
G:65 [THR] 0:1151 [G] DI:59 [LEU] DA:1047 [G] ❌ 4YBB_DI:59 no longer at interface
G:65 [THR] 0:1211 [G] DI:59 [LEU] DA:1107 [G] ❌ 4YBB_DI:59 no longer at interface
G:66 [LEU] 0:1150 [A] DI:60 [LEU] DA:1046 [A] ❌ 4YBB_DI:60 no longer at interface
G:44 [ARG] 0:1160 [G] DI:37 [LYS] DA:1056 [G] ❌ 4YBB_DI:37 no longer at interface
G:44 [ARG] 0:1161 [A] DI:37 [LYS] DA:1057 [A] ❌ 4YBB_DI:37 no longer at interface
G:44 [ARG] 0:1162 [G] DI:37 [LYS] DA:1058 [U] ❌ 4YBB_DI:37 no longer at interface
G:45 [GLN] 0:1188 [A] DI:38 [MET] DA:1084 [A] ❌ 4V9F_G:45 no longer at interface
G:48 [ASP] 0:1187 [U] DI:42 [ARG] DA:1083 [U] ❌ 4V9F_G:48 no longer at interface
G:48 [ASP] 0:1188 [A] DI:42 [ARG] DA:1084 [A] ❌ 4V9F_G:48 no longer at interface
G:58 [GLU] 0:1188 [A] DI:52 [MET] DA:1084 [A] ❌ 4V9F_G:58 no longer at interface
G:68 [GLU] 0:1150 [A] DI:62 [ARG] DA:1046 [A] ❌ 4V9F_G:68 no longer at interface
G:90 [GLY] 0:1210 [G] DI:80 [THR] DA:1106 [G] ❌ 4V9F_G:90 no longer at interface
G:90 [GLY] 0:1211 [G] DI:80 [THR] DA:1107 [G] ❌ 4V9F_G:90 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L10-like 0.89 5.57 0.03 0.73 0.92 0.62 0.89 0.32 0.18 0.04 0.43


Other pairs involving 4V9F_G_0 or 4YBB_DI_DA

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4V9F_G_0 4YBB_DI_DA 0.32 0.89 5.57 0.03 Ribosomal protein L10-like compare
4V9F_G_0 7O7Y_Bs_B5 0.76 0.92 3.39 0.3 Ribosomal protein L10-like & Insertion domain in 60S ribosomal protein rpP0 (L10P) compare
4V9F_G_0 7OF0_I_A 0.35 0.92 5.66 0.05 Ribosomal protein L10-like compare
4V9F_G_0 7N1P_LJ_23 0.59 0.9 3.4 0.52 Ribosomal protein L10-like compare
4YBB_DI_DA 7N1P_LJ_23 0.50 0.99 3.95 0.26 Ribosomal protein L10-like Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DI_DA 7OF0_I_A 0.32 0.94 4.04 0.05 Ribosomal protein L10-like Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DI_DA 7O7Y_Bs_B5 0.48 0.87 5.66 0.15 Ribosomal protein L10-like compare