RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group77 > 4YBB_DI_DA

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4YBB_DI
4YBB_DA
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
DI:2 [ALA] DA:1105 [U] 3.74 DA:1054 [A] 65.31
DI:3 [LEU] DA:1044 [C] 4.25 71.65
DI:3 [LEU] DA:1106 [G] 4.5 DA:1053 [C] 71.65
DI:5 [LEU] DA:1046 [A] 4.0 70.6
DI:8 [LYS] DA:1044 [C] 4.14 98.96
DI:8 [LYS] DA:1045 [C] 4.2 98.96
DI:8 [LYS] DA:1046 [A] 2.49 sugar:SC 98.96
DI:8 [LYS] DA:1047 [G] 4.4 DA:1111 [A] 98.96
DI:9 [GLN] DA:1046 [A] 3.51 44.31
DI:12 [VAL] DA:1046 [A] 3.65 91.8
DI:31 [ARG] DA:1053 [C] 4.06 DA:1106 [G] 56.95
DI:31 [ARG] DA:1054 [A] 3.73 DA:1105 [U] 56.95
DI:31 [ARG] DA:1106 [G] 4.21 DA:1053 [C] 56.95
DI:31 [ARG] DA:1107 [G] 3.4 DA:1052 [C] sugar:SC 56.95
DI:32 [GLY] DA:1054 [A] 2.69 DA:1105 [U] sugar:BB 93.76
DI:32 [GLY] DA:1055 [G] 4.69 DA:1104 [C] 93.76
DI:33 [VAL] DA:1054 [A] 4.41 DA:1105 [U] 68.73
DI:33 [VAL] DA:1055 [G] 3.79 DA:1104 [C] 68.73
DI:34 [THR] DA:1055 [G] 3.61 DA:1104 [C] 73.34
DI:34 [THR] DA:1056 [G] 3.65 DA:1103 [A] 73.34
DI:35 [VAL] DA:1055 [G] 3.2 DA:1104 [C] 90.11
DI:35 [VAL] DA:1056 [G] 3.33 DA:1103 [A] 90.11
DI:35 [VAL] DA:1057 [A] 3.32 DA:1081 [U] 90.11
DI:35 [VAL] DA:1082 [U] 4.84 DA:1086 [A] 90.11
DI:35 [VAL] DA:1085 [A] 3.64 90.11
DI:35 [VAL] DA:1086 [A] 3.82 DA:1082 [U] 90.11
DI:36 [ASP] DA:1057 [A] 2.89 DA:1081 [U] sugar:SC 52.82
DI:36 [ASP] DA:1058 [U] 3.57 DA:1080 [A] 52.82
DI:38 [MET] DA:1084 [A] 4.68 60.72
DI:39 [THR] DA:1057 [A] 3.87 DA:1081 [U] 71.88
DI:39 [THR] DA:1082 [U] 4.44 DA:1086 [A] 71.88
DI:42 [ARG] DA:1082 [U] 3.74 DA:1086 [A] 99.0
DI:42 [ARG] DA:1083 [U] 3.01 99.0
DI:42 [ARG] DA:1084 [A] 3.65 99.0
DI:46 [ARG] DA:1082 [U] 2.68 DA:1086 [A] 74.1
DI:46 [ARG] DA:1083 [U] 3.53 74.1
DI:52 [MET] DA:1084 [A] 3.44 42.31
DI:53 [ARG] DA:1084 [A] 3.28 62.27
DI:54 [VAL] DA:1084 [A] 2.99 sugar:BB 98.96
DI:54 [VAL] DA:1106 [G] 3.89 DA:1053 [C] 98.96
DI:55 [VAL] DA:1084 [A] 4.91 79.82
DI:55 [VAL] DA:1106 [G] 4.48 DA:1053 [C] 79.82
DI:55 [VAL] DA:1107 [G] 4.6 DA:1052 [C] 79.82
DI:56 [ARG] DA:1046 [A] 4.7 96.0
DI:56 [ARG] DA:1047 [G] 2.75 DA:1111 [A] 96.0
DI:56 [ARG] DA:1105 [U] 4.61 DA:1054 [A] 96.0
DI:56 [ARG] DA:1106 [G] 2.62 DA:1053 [C] 96.0
DI:56 [ARG] DA:1107 [G] 3.2 DA:1052 [C] 96.0
DI:57 [ASN] DA:1106 [G] 4.68 DA:1053 [C] 99.0
DI:57 [ASN] DA:1107 [G] 2.98 DA:1052 [C] 99.0
DI:57 [ASN] DA:1108 [U] 4.27 DA:1051 [G] 99.0
DI:58 [THR] DA:1046 [A] 3.6 86.84
DI:58 [THR] DA:1047 [G] 3.15 DA:1111 [A] 86.84
DI:58 [THR] DA:1107 [G] 4.73 DA:1052 [C] 86.84
DI:62 [ARG] DA:1046 [A] 2.98 sugar:SC, sugar:SC base/AA stacks 75.01
DI:76 [PHE] DA:1108 [U] 4.95 DA:1051 [G] 61.61
DI:77 [VAL] DA:1107 [G] 4.91 DA:1052 [C] 17.87
DI:77 [VAL] DA:1108 [U] 4.13 DA:1051 [G] 17.87
DI:78 [GLY] DA:1107 [G] 3.36 DA:1052 [C] 95.64
DI:78 [GLY] DA:1108 [U] 3.18 DA:1051 [G] 95.64
DI:79 [PRO] DA:1106 [G] 4.34 DA:1053 [C] 82.6
DI:79 [PRO] DA:1107 [G] 3.3 DA:1052 [C] 82.6
DI:80 [THR] DA:1106 [G] 4.44 DA:1053 [C] 78.9
DI:80 [THR] DA:1107 [G] 4.89 DA:1052 [C] 78.9

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group77 4YBB_DI_DA DI: 50s ribosomal protein l10, Escherichia coli (strain k12) (natural) DA: 23s rRNA, Escherichia coli k-12 (natural) P0A7J3 Ribosomal protein L10-like Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4V9F_G_0 4YBB_DI_DA 0.32 0.89 5.57 0.03 Ribosomal protein L10-like compare
4YBB_DI_DA 7N1P_LJ_23 0.50 0.99 3.95 0.26 Ribosomal protein L10-like Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DI_DA 7O7Y_Bs_B5 0.48 0.87 5.66 0.15 Ribosomal protein L10-like compare
4YBB_DI_DA 7OF0_I_A 0.32 0.94 4.04 0.05 Ribosomal protein L10-like Bacterial large subunit ribosomal RNA compare