RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group79 > 6S0Z_2_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6S0Z_2
6S0Z_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
2:2 [VAL] A:797 [A] 4.81 52.52
2:2 [VAL] A:798 [G] 4.77 A:789 [C] 52.52
2:2 [VAL] A:1656 [C] 4.58 A:1663 [G] 52.52
2:2 [VAL] A:1663 [G] 2.88 A:1656 [C] base:BB, base:BB, sugar:BB 52.52
2:2 [VAL] A:1664 [G] 3.53 A:1655 [C] 52.52
2:3 [LYS] A:732 [C] 4.02 A:1807 [A] 63.77
2:3 [LYS] A:733 [U] 3.78 A:730 [A] 63.77
2:3 [LYS] A:813 [G] 4.6 A:739 [U] 63.77
2:3 [LYS] A:1663 [G] 4.8 A:1656 [C] 63.77
2:3 [LYS] A:1664 [G] 4.2 A:1655 [C] 63.77
2:4 [ARG] A:732 [C] 4.23 A:1807 [A] 38.13
2:4 [ARG] A:795 [A] 4.43 A:790 [G] 38.13
2:4 [ARG] A:796 [A] 4.96 38.13
2:4 [ARG] A:797 [A] 2.84 38.13
2:4 [ARG] A:834 [A] 3.16 base/AA stacks 38.13
2:4 [ARG] A:1656 [C] 3.56 A:1663 [G] 38.13
2:4 [ARG] A:1657 [G] 3.23 sugar:SC 38.13
2:4 [ARG] A:1663 [G] 4.72 A:1656 [C] 38.13
2:5 [THR] A:510 [U] 4.55 72.08
2:5 [THR] A:731 [U] 4.42 72.08
2:5 [THR] A:732 [C] 3.59 A:1807 [A] 72.08
2:5 [THR] A:833 [A] 3.7 72.08
2:5 [THR] A:1656 [C] 3.25 A:1663 [G] sugar:BB 72.08
2:5 [THR] A:1657 [G] 4.62 72.08
2:6 [TYR] A:510 [U] 3.85 3.23
2:6 [TYR] A:731 [U] 3.13 sugar:BB 3.23
2:6 [TYR] A:732 [C] 5.0 A:1807 [A] 3.23
2:6 [TYR] A:833 [A] 3.76 3.23
2:6 [TYR] A:1656 [C] 3.55 A:1663 [G] 3.23
2:6 [TYR] A:1657 [G] 3.76 3.23
2:7 [GLN] A:731 [U] 2.6 base:BB, sugar:BB 57.41
2:7 [GLN] A:732 [C] 3.85 A:1807 [A] 57.41
2:7 [GLN] A:1656 [C] 3.81 A:1663 [G] 57.41
2:8 [PRO] A:731 [U] 3.31 40.03
2:8 [PRO] A:1345 [A] 4.56 A:1650 [G] 40.03
2:8 [PRO] A:1346 [G] 3.38 A:1649 [C] 40.03
2:8 [PRO] A:1347 [G] 4.85 A:1648 [C] 40.03
2:8 [PRO] A:1655 [C] 4.49 A:1664 [G] 40.03
2:8 [PRO] A:1656 [C] 4.01 A:1663 [G] 40.03
2:9 [ASN] A:731 [U] 3.29 base:BB 70.37
2:9 [ASN] A:814 [A] 4.79 A:738 [U] 70.37
2:9 [ASN] A:815 [G] 2.86 A:737 [C] 70.37
2:9 [ASN] A:1345 [A] 4.98 A:1650 [G] 70.37
2:9 [ASN] A:1346 [G] 3.96 A:1649 [C] 70.37
2:10 [LYS] A:124 [A] 4.52 45.26
2:10 [LYS] A:1346 [G] 3.14 A:1649 [C] 45.26
2:10 [LYS] A:1347 [G] 2.88 A:1648 [C] 45.26
2:10 [LYS] A:1348 [U] 3.67 A:1647 [A] base:SC 45.26
2:11 [ARG] A:124 [A] 3.86 base/AA stacks 2.86
2:11 [ARG] A:815 [G] 3.63 A:737 [C] 2.86
2:11 [ARG] A:816 [G] 3.28 A:736 [C] 2.86
2:11 [ARG] A:1346 [G] 4.71 A:1649 [C] 2.86
2:11 [ARG] A:1414 [G] 3.65 A:1391 [A] 2.86
2:11 [ARG] A:1415 [A] 3.35 A:1389 [U] 2.86
2:12 [LYS] A:730 [A] 2.88 A:733 [U] 48.63
2:12 [LYS] A:731 [U] 3.27 48.63
2:13 [HIS] A:510 [U] 4.24 71.66
2:13 [HIS] A:511 [G] 4.35 71.66
2:13 [HIS] A:731 [U] 2.94 base:SC 71.66
2:14 [SER] A:124 [A] 3.38 58.71
2:14 [SER] A:125 [A] 3.71 58.71
2:15 [LYS] A:123 [G] 4.82 76.35
2:15 [LYS] A:124 [A] 3.25 76.35
2:15 [LYS] A:816 [G] 3.09 A:736 [C] 76.35
2:16 [VAL] A:729 [G] 4.0 48.05
2:16 [VAL] A:730 [A] 4.62 A:733 [U] 48.05
2:16 [VAL] A:731 [U] 4.68 48.05
2:17 [HIS] A:125 [A] 4.96 80.5
2:17 [HIS] A:510 [U] 3.41 sugar:SC 80.5
2:17 [HIS] A:511 [G] 3.29 80.5
2:17 [HIS] A:729 [G] 3.56 80.5
2:17 [HIS] A:731 [U] 3.56 base:SC 80.5
2:18 [GLY] A:125 [A] 3.82 99.0
2:19 [PHE] A:116 [G] 3.79 A:53 [A] 83.74
2:19 [PHE] A:125 [A] 3.48 base/AA stacks 83.74
2:20 [ARG] A:116 [G] 4.46 A:53 [A] 59.31
2:20 [ARG] A:123 [G] 3.29 base/AA stacks 59.31
2:20 [ARG] A:124 [A] 2.78 59.31
2:20 [ARG] A:125 [A] 3.28 59.31
2:21 [LYS] A:125 [A] 4.44 44.61
2:22 [ARG] A:511 [G] 3.29 sugar:SC 97.16
2:22 [ARG] A:512 [A] 3.53 A:509 [G] 97.16
2:22 [ARG] A:728 [U] 3.77 A:839 [A] 97.16
2:22 [ARG] A:729 [G] 3.6 97.16
2:23 [MET] A:116 [G] 4.4 A:53 [A] 63.14
2:23 [MET] A:117 [A] 3.95 A:51 [G] 63.14
2:26 [LYS] A:213 [C] 4.15 A:189 [G] 24.42
2:26 [LYS] A:214 [G] 2.63 A:188 [C] 24.42
2:26 [LYS] A:1404 [A] 3.04 A:1401 [G] 24.42
2:26 [LYS] A:1405 [G] 3.72 A:1400 [C] 24.42
2:27 [ASN] A:213 [C] 4.92 A:189 [G] 30.2
2:27 [ASN] A:726 [G] 4.89 A:841 [C] 30.2
2:27 [ASN] A:727 [G] 3.26 A:840 [C] 30.2
2:27 [ASN] A:728 [U] 4.09 A:839 [A] 30.2
2:28 [GLY] A:728 [U] 4.41 A:839 [A] 95.45
2:29 [ARG] A:181 [G] 4.21 69.54
2:30 [LYS] A:212 [C] 3.71 A:190 [G] 14.0
2:30 [LYS] A:213 [C] 3.39 A:189 [G] 14.0
2:31 [VAL] A:512 [A] 4.1 A:509 [G] 59.99
2:31 [VAL] A:513 [G] 4.18 A:508 [C] 59.99
2:31 [VAL] A:728 [U] 4.88 A:839 [A] 59.99
2:33 [ALA] A:182 [C] 4.13 42.12
2:34 [ARG] A:512 [A] 2.83 A:509 [G] 61.01
2:34 [ARG] A:513 [G] 2.66 A:508 [C] 61.01
2:34 [ARG] A:727 [G] 4.19 A:840 [C] 61.01
2:35 [ARG] A:512 [A] 3.24 A:509 [G] 90.56
2:35 [ARG] A:513 [G] 2.98 A:508 [C] base:SC 90.56
2:36 [ARG] A:53 [A] 3.55 A:116 [G] 76.82
2:36 [ARG] A:54 [G] 3.08 A:115 [C] sugar:SC 76.82
2:37 [ARG] A:184 [C] 3.71 0.0
2:38 [LYS] A:504 [G] 3.22 77.64
2:38 [LYS] A:514 [G] 3.25 A:507 [C] 77.64
2:38 [LYS] A:515 [G] 2.85 A:506 [A] base:SC, base:SC 77.64
2:39 [GLY] A:504 [G] 3.49 68.33
2:39 [GLY] A:505 [U] 3.19 A:516 [A] 68.33
2:40 [ARG] A:504 [G] 3.25 86.84
2:40 [ARG] A:505 [U] 3.33 A:516 [A] 86.84
2:40 [ARG] A:507 [C] 4.99 A:514 [G] 86.84
2:40 [ARG] A:513 [G] 3.47 A:508 [C] 86.84
2:40 [ARG] A:514 [G] 2.59 A:507 [C] base:SC, base:SC 86.84
2:40 [ARG] A:515 [G] 3.32 A:506 [A] base/AA stacks 86.84
2:41 [LYS] A:56 [A] 3.54 A:113 [U] 8.36
2:41 [LYS] A:66 [C] 4.64 A:88 [G] 8.36
2:41 [LYS] A:505 [U] 2.73 A:516 [A] 8.36
2:43 [LEU] A:54 [G] 4.76 A:115 [C] 54.63
2:43 [LEU] A:125 [A] 4.07 54.63
2:43 [LEU] A:512 [A] 4.9 A:509 [G] 54.63
2:44 [SER] A:125 [A] 3.6 51.62

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group79 6S0Z_2_A 2: 50s ribosomal protein l34, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) W8TQ59 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_17_1A 6S0Z_2_A 0.92 0.96 1.23 0.67 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_2_A 7RYG_1_A 0.91 0.98 0.58 0.64 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_2_A 7K00_1_a 0.91 0.97 0.74 0.64 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_2_A 7OF0_2_A 0.76 0.96 2.1 0.46 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare