RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group79 > 7RYG_1_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7RYG_1
7RYG_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
1:1 [MET] A:750 [A] 3.58 76.41
1:1 [MET] A:751 [G] 3.57 A:742 [C] 76.41
1:1 [MET] A:1610 [C] 4.8 A:1617 [G] 76.41
1:1 [MET] A:1617 [G] 2.92 A:1610 [C] base:BB, base:BB, sugar:BB 76.41
1:1 [MET] A:1618 [G] 3.3 A:1609 [C] 76.41
1:1 [MET] A:1777 [U] 4.74 76.41
1:2 [LYS] A:685 [C] 3.59 A:1776 [A] 62.46
1:2 [LYS] A:686 [U] 2.9 A:683 [A] 62.46
1:2 [LYS] A:1618 [G] 4.03 A:1609 [C] 62.46
1:3 [ARG] A:685 [C] 3.86 A:1776 [A] 33.75
1:3 [ARG] A:748 [A] 4.8 A:743 [G] 33.75
1:3 [ARG] A:750 [A] 3.2 33.75
1:3 [ARG] A:787 [A] 3.42 base/AA stacks 33.75
1:3 [ARG] A:1610 [C] 3.77 A:1617 [G] 33.75
1:3 [ARG] A:1611 [G] 3.31 sugar:SC 33.75
1:4 [THR] A:463 [U] 4.29 68.21
1:4 [THR] A:684 [U] 2.77 sugar:BB 68.21
1:4 [THR] A:685 [C] 3.46 A:1776 [A] 68.21
1:4 [THR] A:786 [A] 3.65 68.21
1:4 [THR] A:787 [A] 4.15 68.21
1:5 [PHE] A:463 [U] 3.99 42.79
1:5 [PHE] A:684 [U] 3.83 42.79
1:5 [PHE] A:786 [A] 4.96 42.79
1:5 [PHE] A:1610 [C] 2.99 A:1617 [G] sugar:BB 42.79
1:5 [PHE] A:1611 [G] 4.23 42.79
1:6 [GLN] A:684 [U] 2.67 sugar:BB 63.7
1:6 [GLN] A:685 [C] 3.92 A:1776 [A] 63.7
1:6 [GLN] A:1610 [C] 4.0 A:1617 [G] 63.7
1:7 [PRO] A:684 [U] 3.65 51.34
1:7 [PRO] A:1303 [A] 4.38 51.34
1:7 [PRO] A:1304 [G] 4.06 A:1603 [C] 51.34
1:7 [PRO] A:1609 [C] 4.39 A:1618 [G] 51.34
1:7 [PRO] A:1610 [C] 4.09 A:1617 [G] 51.34
1:8 [SER] A:684 [U] 3.32 base:BB 75.04
1:8 [SER] A:768 [G] 3.19 A:690 [C] 75.04
1:8 [SER] A:1304 [G] 4.15 A:1603 [C] 75.04
1:9 [GLU] A:132 [G] 4.01 53.91
1:9 [GLU] A:1304 [G] 3.2 A:1603 [C] 53.91
1:9 [GLU] A:1305 [G] 3.87 A:1602 [C] 53.91
1:10 [LEU] A:132 [G] 3.67 3.91
1:10 [LEU] A:768 [G] 4.2 A:690 [C] 3.91
1:10 [LEU] A:1304 [G] 4.76 A:1603 [C] 3.91
1:10 [LEU] A:1373 [A] 4.84 A:1347 [U] 3.91
1:11 [LYS] A:684 [U] 3.45 68.37
1:11 [LYS] A:768 [G] 3.48 A:690 [C] 68.37
1:11 [LYS] A:769 [G] 3.74 A:689 [C] 68.37
1:12 [ARG] A:463 [U] 3.44 78.48
1:12 [ARG] A:464 [G] 2.97 78.48
1:12 [ARG] A:684 [U] 3.05 base:SC 78.48
1:13 [LYS] A:132 [G] 3.96 62.62
1:13 [LYS] A:133 [A] 3.75 62.62
1:14 [ARG] A:132 [G] 4.54 76.4
1:14 [ARG] A:768 [G] 3.34 A:690 [C] 76.4
1:14 [ARG] A:769 [G] 3.02 A:689 [C] 76.4
1:14 [ARG] A:1372 [G] 3.22 A:1349 [A] 76.4
1:14 [ARG] A:1373 [A] 3.36 A:1347 [U] 76.4
1:15 [VAL] A:682 [G] 4.19 36.74
1:15 [VAL] A:683 [A] 4.54 A:686 [U] 36.74
1:16 [HIS] A:463 [U] 3.19 85.51
1:16 [HIS] A:464 [G] 3.41 85.51
1:16 [HIS] A:681 [C] 4.97 A:792 [G] 85.51
1:16 [HIS] A:682 [G] 2.85 85.51
1:16 [HIS] A:684 [U] 4.79 85.51
1:17 [GLY] A:133 [A] 3.78 99.0
1:18 [PHE] A:124 [G] 4.21 A:60 [A] 92.3
1:18 [PHE] A:125 [A] 4.72 A:58 [G] 92.3
1:18 [PHE] A:133 [A] 3.24 base/AA stacks 92.3
1:19 [ARG] A:124 [G] 4.65 A:60 [A] 52.04
1:19 [ARG] A:131 [G] 3.45 base/AA stacks 52.04
1:19 [ARG] A:132 [G] 2.72 52.04
1:19 [ARG] A:133 [A] 2.95 52.04
1:20 [ALA] A:133 [A] 4.39 54.36
1:21 [ARG] A:464 [G] 3.38 sugar:SC 98.23
1:21 [ARG] A:465 [A] 3.81 A:462 [G] 98.23
1:21 [ARG] A:681 [C] 3.61 A:792 [G] 98.23
1:21 [ARG] A:682 [G] 3.41 98.23
1:22 [MET] A:124 [G] 4.2 A:60 [A] 71.01
1:22 [MET] A:125 [A] 3.76 A:58 [G] 71.01
1:24 [THR] A:681 [C] 4.98 A:792 [G] 74.49
1:25 [LYS] A:217 [C] 4.06 A:193 [G] 18.6
1:25 [LYS] A:218 [U] 3.3 A:192 [A] 18.6
1:25 [LYS] A:1362 [A] 3.56 A:1359 [G] 18.6
1:25 [LYS] A:1363 [G] 4.28 A:1358 [C] 18.6
1:26 [ALA] A:680 [G] 3.42 A:793 [C] 16.01
1:26 [ALA] A:681 [C] 3.54 A:792 [G] 16.01
1:27 [GLY] A:681 [C] 4.26 A:792 [G] 93.81
1:28 [ARG] A:186 [C] 4.79 A:53 [G] 74.32
1:28 [ARG] A:1363 [G] 4.78 A:1358 [C] 74.32
1:29 [GLN] A:216 [C] 4.9 A:194 [G] 44.66
1:29 [GLN] A:217 [C] 2.9 A:193 [G] 44.66
1:30 [VAL] A:465 [A] 3.86 A:462 [G] 57.22
1:30 [VAL] A:466 [G] 4.46 A:461 [C] 57.22
1:30 [VAL] A:680 [G] 4.76 A:793 [C] 57.22
1:30 [VAL] A:681 [C] 4.53 A:792 [G] 57.22
1:32 [ALA] A:187 [G] 3.86 40.15
1:33 [ARG] A:465 [A] 3.19 A:462 [G] sugar:SC 65.43
1:33 [ARG] A:466 [G] 3.21 A:461 [C] 65.43
1:33 [ARG] A:680 [G] 4.2 A:793 [C] 65.43
1:34 [ARG] A:465 [A] 2.96 A:462 [G] 82.4
1:34 [ARG] A:466 [G] 2.98 A:461 [C] 82.4
1:35 [ARG] A:60 [A] 3.45 A:124 [G] 79.45
1:35 [ARG] A:61 [A] 3.41 A:123 [U] sugar:SC 79.45
1:35 [ARG] A:124 [G] 4.86 A:60 [A] 79.45
1:35 [ARG] A:133 [A] 4.89 79.45
1:36 [ALA] A:188 [A] 4.27 32.48
1:37 [LYS] A:457 [G] 3.48 74.17
1:37 [LYS] A:467 [G] 3.16 A:460 [C] 74.17
1:37 [LYS] A:468 [G] 3.34 A:459 [A] base:SC, base:SC 74.17
1:38 [GLY] A:457 [G] 3.2 68.59
1:38 [GLY] A:458 [U] 3.94 A:469 [A] 68.59
1:39 [ARG] A:457 [G] 3.6 85.1
1:39 [ARG] A:458 [U] 3.24 A:469 [A] 85.1
1:39 [ARG] A:460 [C] 4.69 A:467 [G] 85.1
1:39 [ARG] A:466 [G] 3.63 A:461 [C] 85.1
1:39 [ARG] A:467 [G] 2.78 A:460 [C] base:SC, base:SC 85.1
1:39 [ARG] A:468 [G] 3.07 A:459 [A] base/AA stacks 85.1
1:40 [HIS] A:457 [G] 3.42 0.0
1:40 [HIS] A:458 [U] 2.88 A:469 [A] 0.0
1:41 [SER] A:458 [U] 4.82 A:469 [A] 36.68
1:42 [LEU] A:61 [A] 4.45 A:123 [U] 63.99
1:42 [LEU] A:133 [A] 3.93 63.99
1:42 [LEU] A:465 [A] 4.34 A:462 [G] 63.99
1:43 [THR] A:133 [A] 4.43 49.11
1:44 [VAL] A:464 [G] 3.99 27.65

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group79 7RYG_1_A 1: 50s ribosomal protein l34, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) A0A1J6Y3G0 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
7OF0_2_A 7RYG_1_A 0.78 0.93 2.3 0.51 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_2_A 7RYG_1_A 0.91 0.98 0.58 0.64 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_17_1A 7RYG_1_A 0.90 0.96 1.39 0.64 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare