RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group80 > 4Y4O_18_1A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4Y4O_18
4Y4O_1A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
18:2 [PRO] 1A:613 [A] 4.19 1A:714 [U] 65.82
18:2 [PRO] 1A:614 [C] 2.95 1A:713 [G] base:BB 65.82
18:2 [PRO] 1A:615 [G] 4.15 1A:712 [C] 65.82
18:2 [PRO] 1A:713 [G] 2.71 1A:614 [C] base:BB 65.82
18:2 [PRO] 1A:714 [U] 2.95 1A:613 [A] 65.82
18:3 [LYS] 1A:229 [G] 4.81 1A:246 [A] 98.5
18:3 [LYS] 1A:230 [A] 3.39 1A:245 [A] 98.5
18:3 [LYS] 1A:231 [G] 3.17 98.5
18:3 [LYS] 1A:614 [C] 3.46 1A:713 [G] 98.5
18:3 [LYS] 1A:615 [G] 3.42 1A:712 [C] 98.5
18:3 [LYS] 1A:713 [G] 4.66 1A:614 [C] 98.5
18:4 [MET] 1A:231 [G] 3.76 54.58
18:4 [MET] 1A:615 [G] 2.84 1A:712 [C] sugar:BB 54.58
18:4 [MET] 1A:616 [G] 3.15 1A:711 [C] 54.58
18:4 [MET] 1A:713 [G] 4.18 1A:614 [C] 54.58
18:5 [LYS] 1A:231 [G] 3.47 99.0
18:5 [LYS] 1A:241 [G] 4.88 1A:235 [C] 99.0
18:5 [LYS] 1A:242 [C] 2.66 1A:234 [G] 99.0
18:5 [LYS] 1A:243 [G] 3.16 1A:233 [A] 99.0
18:6 [THR] 1A:231 [G] 3.25 sugar:BB 90.18
18:6 [THR] 1A:232 [U] 2.52 1A:244 [A] 90.18
18:6 [THR] 1A:243 [G] 4.61 1A:233 [A] 90.18
18:7 [HIS] 1A:239 [G] 4.56 1A:189 [U] 78.63
18:7 [HIS] 1A:240 [A] 2.67 1A:236 [G] 78.63
18:8 [LYS] 1A:231 [G] 4.69 81.84
18:8 [LYS] 1A:232 [U] 2.91 1A:244 [A] 81.84
18:8 [LYS] 1A:233 [A] 4.33 1A:243 [G] 81.84
18:8 [LYS] 1A:234 [G] 2.68 1A:242 [C] base:SC 81.84
18:8 [LYS] 1A:235 [C] 3.53 1A:241 [G] 81.84
18:8 [LYS] 1A:236 [G] 3.26 1A:240 [A] 81.84
18:8 [LYS] 1A:241 [G] 3.7 1A:235 [C] 81.84
18:8 [LYS] 1A:242 [C] 4.45 1A:234 [G] 81.84
18:8 [LYS] 1A:243 [G] 3.87 1A:233 [A] 81.84
18:9 [GLY] 1A:236 [G] 3.99 1A:240 [A] 72.95
18:9 [GLY] 1A:239 [G] 3.97 1A:189 [U] 72.95
18:11 [LYS] 1A:232 [U] 4.85 1A:244 [A] 55.0
18:11 [LYS] 1A:233 [A] 3.61 1A:243 [G] 55.0
18:12 [LYS] 1A:235 [C] 4.04 1A:241 [G] 96.2
18:12 [LYS] 1A:236 [G] 2.81 1A:240 [A] base:SC 96.2
18:12 [LYS] 1A:238 [C] 2.57 base:SC 96.2
18:13 [ARG] 1A:238 [C] 3.98 98.86
18:13 [ARG] 1A:239 [G] 2.09 1A:189 [U] 98.86
18:13 [ARG] 1A:2405 [A] 3.14 1A:2434 [A] sugar:SC 98.86
18:13 [ARG] 1A:2406 [C] 3.97 98.86
18:15 [LYS] 1A:654 [G] 3.25 1A:659 [C] 69.15
18:15 [LYS] 1A:655 [G] 2.82 1A:658 [A] 69.15
18:17 [THR] 1A:654 [G] 3.6 1A:659 [C] 93.68
18:17 [THR] 1A:675 [C] 3.22 1A:663 [G] 93.68
18:17 [THR] 1A:676 [G] 2.51 1A:662 [A] 93.68
18:18 [ALA] 1A:653 [G] 3.6 1A:660 [C] 53.89
18:18 [ALA] 1A:654 [G] 3.11 1A:659 [C] 53.89
18:18 [ALA] 1A:675 [C] 4.91 1A:663 [G] 53.89
18:18 [ALA] 1A:676 [G] 3.83 1A:662 [A] 53.89
18:18 [ALA] 1A:677 [C] 4.97 53.89
18:19 [SER] 1A:675 [C] 4.73 1A:663 [G] 74.15
18:19 [SER] 1A:676 [G] 2.39 1A:662 [A] 74.15
18:20 [GLY] 1A:676 [G] 4.45 1A:662 [A] 90.95
18:21 [LYS] 1A:675 [C] 3.84 1A:663 [G] 90.0
18:21 [LYS] 1A:676 [G] 2.92 1A:662 [A] 90.0
18:23 [VAL] 1A:675 [C] 4.41 1A:663 [G] 56.02
18:25 [MET] 1A:2373 [A] 4.66 1A:2368 [C] 39.52
18:25 [MET] 1A:2429 [C] 4.81 1A:2411 [G] 39.52
18:26 [LYS] 1A:2373 [A] 3.38 1A:2368 [C] 45.19
18:26 [LYS] 1A:2405 [A] 4.51 1A:2434 [A] 45.19
18:27 [THR] 1A:2372 [A] 3.72 65.8
18:27 [THR] 1A:2373 [A] 2.65 1A:2368 [C] 65.8
18:27 [THR] 1A:2404 [A] 3.43 1A:2436 [C] 65.8
18:27 [THR] 1A:2405 [A] 3.29 1A:2434 [A] 65.8
18:28 [GLY] 1A:2404 [A] 3.51 1A:2436 [C] 41.33
18:28 [GLY] 1A:2405 [A] 2.7 1A:2434 [A] 41.33
18:29 [LYS] 1A:2405 [A] 4.02 1A:2434 [A] 62.18
18:29 [LYS] 1A:2429 [C] 4.68 1A:2411 [G] 62.18
18:29 [LYS] 1A:2430 [A] 2.72 1A:2410 [U] 62.18
18:30 [ARG] 1A:2405 [A] 3.34 1A:2434 [A] 65.5
18:30 [ARG] 1A:2406 [C] 2.9 65.5
18:30 [ARG] 1A:2431 [U] 4.24 1A:2409 [G] 65.5
18:30 [ARG] 1A:2432 [C] 3.23 1A:2408 [G] base:BB 65.5
18:31 [HIS] 1A:2403 [G] 4.56 1A:2441 [G] 98.07
18:31 [HIS] 1A:2404 [A] 2.74 1A:2436 [C] 98.07
18:31 [HIS] 1A:2432 [C] 3.66 1A:2408 [G] 98.07
18:31 [HIS] 1A:2433 [G] 3.54 1A:2407 [C] base:SC 98.07
18:31 [HIS] 1A:2434 [A] 3.28 1A:2405 [A] 98.07
18:32 [LEU] 1A:2403 [G] 3.59 1A:2441 [G] 59.77
18:32 [LEU] 1A:2404 [A] 3.91 1A:2436 [C] 59.77
18:32 [LEU] 1A:2432 [C] 3.38 1A:2408 [G] 59.77
18:32 [LEU] 1A:2433 [G] 3.83 1A:2407 [C] 59.77
18:32 [LEU] 1A:2434 [A] 4.48 1A:2405 [A] 59.77
18:33 [ASN] 1A:2431 [U] 2.99 1A:2409 [G] 70.9
18:33 [ASN] 1A:2432 [C] 2.8 1A:2408 [G] 70.9
18:34 [TRP] 1A:2402 [U] 4.33 1A:2437 [A] 53.81
18:34 [TRP] 1A:2431 [U] 3.8 1A:2409 [G] 53.81
18:34 [TRP] 1A:2432 [C] 2.96 1A:2408 [G] 53.81
18:35 [GLN] 1A:2401 [G] 4.95 1A:2338 [C] 42.64
18:35 [GLN] 1A:2402 [U] 3.0 1A:2437 [A] 42.64
18:35 [GLN] 1A:2403 [G] 4.54 1A:2441 [G] 42.64
18:36 [LYS] 1A:2403 [G] 4.16 1A:2441 [G] 78.39
18:36 [LYS] 1A:2404 [A] 4.78 1A:2436 [C] 78.39
18:37 [SER] 1A:2395 [G] 3.17 1A:2297 [C] 79.77
18:38 [GLY] 1A:2359 [C] 4.52 1A:2382 [G] 52.81
18:38 [GLY] 1A:2360 [U] 3.65 1A:2381 [A] 52.81
18:38 [GLY] 1A:2361 [G] 4.81 1A:2380 [C] 52.81
18:38 [GLY] 1A:2395 [G] 4.63 1A:2297 [C] 52.81
18:39 [LYS] 1A:2360 [U] 4.86 1A:2381 [A] 57.47
18:39 [LYS] 1A:2363 [G] 3.42 1A:2378 [A] 57.47
18:39 [LYS] 1A:2376 [C] 4.09 1A:2365 [G] 57.47
18:39 [LYS] 1A:2377 [G] 2.53 1A:2364 [A] base:SC 57.47
18:40 [GLU] 1A:2374 [G] 3.84 1A:2367 [C] 60.27
18:40 [GLU] 1A:2375 [C] 4.87 1A:2366 [G] 60.27
18:41 [ILE] 1A:2430 [A] 3.38 1A:2410 [U] 59.68
18:41 [ILE] 1A:2431 [U] 3.72 1A:2409 [G] 59.68
18:42 [ARG] 1A:2360 [U] 2.83 1A:2381 [A] 78.52
18:42 [ARG] 1A:2361 [G] 3.01 1A:2380 [C] 78.52
18:42 [ARG] 1A:2362 [C] 3.64 1A:2379 [G] 78.52
18:42 [ARG] 1A:2363 [G] 4.56 1A:2378 [A] 78.52
18:42 [ARG] 1A:2394 [G] 3.35 78.52
18:43 [GLN] 1A:2363 [G] 3.25 1A:2378 [A] 35.53
18:43 [GLN] 1A:2377 [G] 2.96 1A:2364 [A] base:SC 35.53
18:44 [LYS] 1A:2373 [A] 4.51 1A:2368 [C] 54.14
18:44 [LYS] 1A:2374 [G] 2.6 1A:2367 [C] 54.14
18:46 [ARG] 1A:673 [G] 3.89 1A:665 [C] 32.83
18:46 [ARG] 1A:674 [G] 3.29 1A:664 [U] sugar:SC 32.83
18:46 [ARG] 1A:2362 [C] 4.82 1A:2379 [G] 32.83
18:46 [ARG] 1A:2363 [G] 3.28 1A:2378 [A] 32.83
18:47 [LYS] 1A:654 [G] 4.89 1A:659 [C] 24.66
18:47 [LYS] 1A:655 [G] 2.65 1A:658 [A] 24.66
18:47 [LYS] 1A:656 [A] 2.66 24.66
18:47 [LYS] 1A:674 [G] 4.85 1A:664 [U] 24.66
18:48 [PHE] 1A:2372 [A] 3.72 0.0
18:48 [PHE] 1A:2373 [A] 3.84 1A:2368 [C] 0.0
18:49 [VAL] 1A:674 [G] 4.76 1A:664 [U] 0.81
18:49 [VAL] 1A:675 [C] 3.54 1A:663 [G] 0.81
18:49 [VAL] 1A:2372 [A] 4.21 0.81
18:50 [LEU] 1A:2371 [C] 4.88 59.6
18:50 [LEU] 1A:2372 [A] 3.47 59.6
18:51 [ALA] 1A:2371 [C] 3.37 52.81
18:51 [ALA] 1A:2372 [A] 3.05 52.81
18:52 [LYS] 1A:982 [U] 3.2 1A:888 [A] 33.28
18:52 [LYS] 1A:983 [G] 3.18 1A:887 [C] 33.28
18:53 [PRO] 1A:881 [C] 3.44 1A:870 [G] 36.84
18:53 [PRO] 1A:882 [A] 3.67 1A:869 [U] 36.84
18:54 [GLU] 1A:880 [U] 4.44 1A:871 [A] 36.84
18:54 [GLU] 1A:881 [C] 3.66 1A:870 [G] 36.84
18:54 [GLU] 1A:2370 [G] 4.32 36.84
18:54 [GLU] 1A:2371 [C] 3.37 36.84
18:56 [GLU] 1A:983 [G] 3.81 1A:887 [C] 56.14
18:56 [GLU] 1A:984 [G] 4.97 1A:886 [U] 56.14
18:57 [ARG] 1A:880 [U] 3.44 1A:871 [A] 33.53
18:57 [ARG] 1A:881 [C] 3.92 1A:870 [G] 33.53
18:60 [LEU] 1A:616 [G] 4.01 1A:711 [C] 39.79
18:60 [LEU] 1A:617 [U] 3.84 1A:710 [G] 39.79
18:63 [PRO] 1A:616 [G] 3.95 1A:711 [C] 70.15
18:63 [PRO] 1A:617 [U] 4.33 1A:710 [G] 70.15
18:64 [TYR] 1A:231 [G] 3.36 12.86
18:64 [TYR] 1A:232 [U] 4.71 1A:244 [A] 12.86
18:64 [TYR] 1A:615 [G] 3.0 1A:712 [C] sugar:SC 12.86
18:64 [TYR] 1A:616 [G] 3.93 1A:711 [C] 12.86
18:65 [GLU] 1A:650 [G] 4.74 1A:626 [A] 31.65

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group80 4Y4O_18_1A 18: 50s ribosomal protein l35, Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (natural) 1A: 23s ribosomal RNA, Thermus thermophilus hb8 (natural) Q5SKU1 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_18_1A 7OF0_3_A 0.52 0.95 1.85 0.19 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 7K00_2_a 0.80 0.96 1.16 0.37 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 7RYG_2_A 0.73 0.96 2.01 0.41 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 6S0Z_3_A 0.77 0.97 1.65 0.45 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare