Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4Y4O_18
|
4Y4O_1A
|
7OF0_3
|
7OF0_A
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
18:9 [GLY] | 1A:236 [G] | 3:109 [ALA] | A:1747 [G] | ✔ |
18:9 [GLY] | 1A:239 [G] | 3:109 [ALA] | A:1750 [G] | ✔ |
18:40 [GLU] | 1A:2374 [G] | 3:140 [ARG] | A:2870 [G] | ✔ |
18:40 [GLU] | 1A:2375 [C] | 3:140 [ARG] | A:2871 [U] | ✔ |
18:54 [GLU] | 1A:2371 [C] | 3:154 [GLN] | A:2867 [C] | ✔ |
18:36 [LYS] | 1A:2404 [A] | 3:136 [LYS] | A:2897 [A] | ✔ |
18:3 [LYS] | 1A:229 [G] | 3:103 [LYS] | A:1740 [A] | ✔ |
18:3 [LYS] | 1A:230 [A] | 3:103 [LYS] | A:1741 [A] | ✔ |
18:3 [LYS] | 1A:231 [G] | 3:103 [LYS] | A:1742 [G] | ✔ |
18:44 [LYS] | 1A:2373 [A] | 3:144 [LEU] | A:2869 [A] | ✔ |
18:44 [LYS] | 1A:2374 [G] | 3:144 [LEU] | A:2870 [G] | ✔ |
18:26 [LYS] | 1A:2373 [A] | 3:126 [LYS] | A:2869 [A] | ✔ |
18:26 [LYS] | 1A:2405 [A] | 3:126 [LYS] | A:2898 [U] | ✔ |
18:25 [MET] | 1A:2373 [A] | 3:125 [ARG] | A:2869 [A] | ✔ |
18:8 [LYS] | 1A:232 [U] | 3:108 [LYS] | A:1743 [U] | ✔ |
18:8 [LYS] | 1A:233 [A] | 3:108 [LYS] | A:1744 [A] | ✔ |
18:8 [LYS] | 1A:234 [G] | 3:108 [LYS] | A:1745 [U] | ✔ |
18:8 [LYS] | 1A:235 [C] | 3:108 [LYS] | A:1746 [A] | ✔ |
18:8 [LYS] | 1A:236 [G] | 3:108 [LYS] | A:1747 [G] | ✔ |
18:8 [LYS] | 1A:241 [G] | 3:108 [LYS] | A:1752 [U] | ✔ |
18:8 [LYS] | 1A:242 [C] | 3:108 [LYS] | A:1753 [A] | ✔ |
18:8 [LYS] | 1A:243 [G] | 3:108 [LYS] | A:1754 [G] | ✔ |
18:56 [GLU] | 1A:984 [G] | 3:156 [LYS] | A:2091 [A] | ✔ |
18:13 [ARG] | 1A:238 [C] | 3:113 [ARG] | A:1749 [C] | ✔ |
18:13 [ARG] | 1A:239 [G] | 3:113 [ARG] | A:1750 [G] | ✔ |
18:13 [ARG] | 1A:2405 [A] | 3:113 [ARG] | A:2898 [U] | ✔ |
18:13 [ARG] | 1A:2406 [C] | 3:113 [ARG] | A:2899 [C] | ✔ |
18:6 [THR] | 1A:231 [G] | 3:106 [THR] | A:1742 [G] | ✔ |
18:6 [THR] | 1A:232 [U] | 3:106 [THR] | A:1743 [U] | ✔ |
18:6 [THR] | 1A:243 [G] | 3:106 [THR] | A:1754 [G] | ✔ |
18:28 [GLY] | 1A:2404 [A] | 3:128 [GLY] | A:2897 [A] | ✔ |
18:28 [GLY] | 1A:2405 [A] | 3:128 [GLY] | A:2898 [U] | ✔ |
18:34 [TRP] | 1A:2431 [U] | 3:134 [TRP] | A:2908 [U] | ✔ |
18:34 [TRP] | 1A:2432 [C] | 3:134 [TRP] | A:2909 [G] | ✔ |
18:32 [LEU] | 1A:2403 [G] | 3:132 [LYS] | A:2896 [G] | ✔ |
18:32 [LEU] | 1A:2404 [A] | 3:132 [LYS] | A:2897 [A] | ✔ |
18:32 [LEU] | 1A:2432 [C] | 3:132 [LYS] | A:2909 [G] | ✔ |
18:51 [ALA] | 1A:2371 [C] | 3:151 [ASN] | A:2867 [C] | ✔ |
18:51 [ALA] | 1A:2372 [A] | 3:151 [ASN] | A:2868 [C] | ✔ |
18:53 [PRO] | 1A:881 [C] | 3:153 [THR] | A:2043 [C] | ✔ |
18:53 [PRO] | 1A:882 [A] | 3:153 [THR] | A:2044 [A] | ✔ |
18:35 [GLN] | 1A:2402 [U] | 3:135 [LYS] | A:2895 [U] | ✔ |
18:4 [MET] | 1A:231 [G] | 3:104 [ARG] | A:1742 [G] | ✔ |
18:4 [MET] | 1A:615 [G] | 3:104 [ARG] | A:1871 [A] | ✔ |
18:4 [MET] | 1A:616 [G] | 3:104 [ARG] | A:1872 [U] | ✔ |
18:39 [LYS] | 1A:2376 [C] | 3:139 [ALA] | A:2872 [C] | ✔ |
18:30 [ARG] | 1A:2431 [U] | 3:130 [LYS] | A:2908 [U] | ✔ |
18:12 [LYS] | 1A:236 [G] | 3:112 [ASP] | A:1747 [G] | ✔ |
18:12 [LYS] | 1A:238 [C] | 3:112 [ASP] | A:1749 [C] | ✔ |
18:60 [LEU] | 1A:616 [G] | 3:160 [LYS] | A:1872 [U] | ✔ |
18:5 [LYS] | 1A:231 [G] | 3:105 [LYS] | A:1742 [G] | ✔ |
18:5 [LYS] | 1A:241 [G] | 3:105 [LYS] | A:1752 [U] | ✔ |
18:5 [LYS] | 1A:242 [C] | 3:105 [LYS] | A:1753 [A] | ✔ |
18:5 [LYS] | 1A:243 [G] | 3:105 [LYS] | A:1754 [G] | ✔ |
18:27 [THR] | 1A:2372 [A] | 3:127 [ALA] | A:2868 [C] | ✔ |
18:27 [THR] | 1A:2373 [A] | 3:127 [ALA] | A:2869 [A] | ✔ |
18:27 [THR] | 1A:2404 [A] | 3:127 [ALA] | A:2897 [A] | ✔ |
18:27 [THR] | 1A:2405 [A] | 3:127 [ALA] | A:2898 [U] | ✔ |
18:33 [ASN] | 1A:2431 [U] | 3:133 [LEU] | A:2908 [U] | ✔ |
18:46 [ARG] | 1A:2363 [G] | 3:146 [GLU] | A:2858 [A] | ✔ |
18:31 [HIS] | 1A:2404 [A] | 3:131 [LYS] | A:2897 [A] | ✔ |
18:31 [HIS] | 1A:2432 [C] | 3:131 [LYS] | A:2909 [G] | ✔ |
18:52 [LYS] | 1A:983 [G] | 3:152 [LYS] | A:2090 [A] | ✔ |
18:38 [GLY] | 1A:2359 [C] | 3:138 [PRO] | A:2855 [G] | ✔ |
18:38 [GLY] | 1A:2361 [G] | 3:138 [PRO] | A:2856 [C] | ✔ |
18:64 [TYR] | 1A:231 [G] | 3:165 [PHE] | A:1742 [G] | ✔ |
18:64 [TYR] | 1A:232 [U] | 3:165 [PHE] | A:1743 [U] | ✔ |
18:29 [LYS] | 1A:2405 [A] | 3:129 [TYR] | A:2898 [U] | ✔ |
18:7 [HIS] | 1A:240 [A] | 3:107 [VAL] | A:1751 [A] | ✔ |
18:42 [ARG] | 1A:2362 [C] | 3:142 [LYS] | A:2857 [U] | ✔ |
18:42 [ARG] | 1A:2363 [G] | 3:142 [LYS] | A:2858 [A] | ✔ |
18:54 [GLU] | 1A:881 [C] | 3:154 [GLN] | A:2043 [C] | ❌ 7OF0_3_A |
18:36 [LYS] | 1A:2403 [G] | 3:136 [LYS] | A:2896 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
18:3 [LYS] | 1A:615 [G] | 3:103 [LYS] | A:1871 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
18:8 [LYS] | 1A:231 [G] | 3:108 [LYS] | A:1742 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
18:56 [GLU] | 1A:983 [G] | 3:156 [LYS] | A:2090 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
18:63 [PRO] | 1A:616 [G] | 3:163 [THR] | A:1872 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
18:63 [PRO] | 1A:617 [U] | 3:163 [THR] | A:1873 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
18:34 [TRP] | 1A:2402 [U] | 3:134 [TRP] | A:2895 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
18:35 [GLN] | 1A:2403 [G] | 3:135 [LYS] | A:2896 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
18:39 [LYS] | 1A:2363 [G] | 3:139 [ALA] | A:2858 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
18:30 [ARG] | 1A:2405 [A] | 3:130 [LYS] | A:2898 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
18:30 [ARG] | 1A:2406 [C] | 3:130 [LYS] | A:2899 [C] | ❌ 7OF0_3_A |
18:30 [ARG] | 1A:2432 [C] | 3:130 [LYS] | A:2909 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
18:12 [LYS] | 1A:235 [C] | 3:112 [ASP] | A:1746 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
18:60 [LEU] | 1A:617 [U] | 3:160 [LYS] | A:1873 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
18:65 [GLU] | 1A:650 [G] | 3:166 [TRP] | A:1891 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
18:33 [ASN] | 1A:2432 [C] | 3:133 [LEU] | A:2909 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
18:46 [ARG] | 1A:2362 [C] | 3:146 [GLU] | A:2857 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
18:31 [HIS] | 1A:2403 [G] | 3:131 [LYS] | A:2896 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
18:43 [GLN] | 1A:2363 [G] | 3:143 [ARG] | A:2858 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
18:52 [LYS] | 1A:982 [U] | 3:152 [LYS] | A:2089 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
18:64 [TYR] | 1A:615 [G] | 3:165 [PHE] | A:1871 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
18:64 [TYR] | 1A:616 [G] | 3:165 [PHE] | A:1872 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
18:29 [LYS] | 1A:2430 [A] | 3:129 [TYR] | A:2907 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
18:7 [HIS] | 1A:239 [G] | 3:107 [VAL] | A:1750 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
18:42 [ARG] | 1A:2361 [G] | 3:142 [LYS] | A:2856 [C] | ❌ 7OF0_3_A |
18:41 [ILE] | 1A:2430 [A] | 3:141 [LYS] | A:2907 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
18:41 [ILE] | 1A:2431 [U] | 3:141 [LYS] | A:2908 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
18:6 [THR] | 1A:241 [G] | 3:106 [THR] | A:1752 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:7 [HIS] | 1A:241 [G] | 3:107 [VAL] | A:1752 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:9 [GLY] | 1A:240 [A] | 3:109 [ALA] | A:1751 [A] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:18 [ALA] | 1A:650 [G] | 3:118 [HIS] | A:1891 [A] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:26 [LYS] | 1A:2374 [G] | 3:126 [LYS] | A:2870 [G] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:30 [ARG] | 1A:2430 [A] | 3:130 [LYS] | A:2907 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:31 [HIS] | 1A:2405 [A] | 3:131 [LYS] | A:2898 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:31 [HIS] | 1A:2431 [U] | 3:131 [LYS] | A:2908 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:32 [LEU] | 1A:2431 [U] | 3:132 [LYS] | A:2908 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:33 [ASN] | 1A:2430 [A] | 3:133 [LEU] | A:2907 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:36 [LYS] | 1A:2374 [G] | 3:136 [LYS] | A:2870 [G] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:37 [SER] | 1A:2375 [C] | 3:137 [THR] | A:2871 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:40 [GLU] | 1A:2402 [U] | 3:140 [ARG] | A:2895 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:40 [GLU] | 1A:2403 [G] | 3:140 [ARG] | A:2896 [G] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:40 [GLU] | 1A:2373 [A] | 3:140 [ARG] | A:2869 [A] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:41 [ILE] | 1A:2361 [G] | 3:141 [LYS] | A:2856 [C] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:43 [GLN] | 1A:2375 [C] | 3:143 [ARG] | A:2871 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:43 [GLN] | 1A:2376 [C] | 3:143 [ARG] | A:2872 [C] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:52 [LYS] | 1A:984 [G] | 3:152 [LYS] | A:2091 [A] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:54 [GLU] | 1A:2372 [A] | 3:154 [GLN] | A:2868 [C] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:56 [GLU] | 1A:616 [G] | 3:156 [LYS] | A:1872 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:56 [GLU] | 1A:617 [U] | 3:156 [LYS] | A:1873 [A] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:63 [PRO] | 1A:232 [U] | 3:163 [THR] | A:1743 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:63 [PRO] | 1A:231 [G] | 3:163 [THR] | A:1742 [G] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:64 [TYR] | 1A:230 [A] | 3:165 [PHE] | A:1741 [A] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:65 [GLU] | 1A:232 [U] | 3:166 [TRP] | A:1743 [U] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:65 [GLU] | 1A:233 [A] | 3:166 [TRP] | A:1744 [A] | ❌ 4Y4O_18_1A |
18:54 [GLU] | 1A:880 [U] | 3:154 [GLN] | A:2042 [U] | ❌ 7OF0_A:2042 no longer at interface |
18:54 [GLU] | 1A:2370 [G] | 3:154 [GLN] | A:2866 [A] | ❌ 7OF0_A:2866 no longer at interface |
18:25 [MET] | 1A:2429 [C] | 3:125 [ARG] | A:2906 [C] | ❌ 7OF0_A:2906 no longer at interface |
18:57 [ARG] | 1A:880 [U] | 3:157 [LEU] | A:2042 [U] | ❌ 7OF0_3:157, 7OF0_A:2042 no longer at interface |
18:32 [LEU] | 1A:2433 [G] | 3:132 [LYS] | A:2910 [A] | ❌ 7OF0_A:2910 no longer at interface |
18:32 [LEU] | 1A:2434 [A] | 3:132 [LYS] | A:2911 [C] | ❌ 7OF0_A:2911 no longer at interface |
18:35 [GLN] | 1A:2401 [G] | 3:135 [LYS] | A:2894 [U] | ❌ 7OF0_A:2894 no longer at interface |
18:39 [LYS] | 1A:2377 [G] | 3:139 [ALA] | A:2873 [A] | ❌ 7OF0_A:2873 no longer at interface |
18:31 [HIS] | 1A:2433 [G] | 3:131 [LYS] | A:2910 [A] | ❌ 7OF0_A:2910 no longer at interface |
18:31 [HIS] | 1A:2434 [A] | 3:131 [LYS] | A:2911 [C] | ❌ 7OF0_A:2911 no longer at interface |
18:43 [GLN] | 1A:2377 [G] | 3:143 [ARG] | A:2873 [A] | ❌ 7OF0_A:2873 no longer at interface |
18:38 [GLY] | 1A:2395 [G] | 3:138 [PRO] | A:2889 [C] | ❌ 7OF0_A:2889 no longer at interface |
18:29 [LYS] | 1A:2429 [C] | 3:129 [TYR] | A:2906 [C] | ❌ 7OF0_A:2906 no longer at interface |
18:37 [SER] | 1A:2395 [G] | 3:137 [THR] | A:2889 [C] | ❌ 7OF0_A:2889 no longer at interface |
18:3 [LYS] | 1A:228 [U] | 3:103 [LYS] | A:1739 [A] | ❌ 4Y4O_1A:228 no longer at interface |
18:18 [ALA] | 1A:651 [U] | 3:118 [HIS] | A:1892 [A] | ❌ 4Y4O_1A:651 no longer at interface |
18:18 [ALA] | 1A:649 [C] | 3:118 [HIS] | A:1890 [C] | ❌ 4Y4O_1A:649 no longer at interface |
18:31 [HIS] | 1A:2407 [C] | 3:131 [LYS] | A:2900 [C] | ❌ 4Y4O_1A:2407 no longer at interface |
18:35 [GLN] | 1A:2294 [G] | 3:135 [LYS] | A:2846 [G] | ❌ 4Y4O_1A:2294 no longer at interface |
18:35 [GLN] | 1A:2295 [C] | 3:135 [LYS] | A:2847 [C] | ❌ 4Y4O_1A:2295 no longer at interface |
18:38 [GLY] | 1A:2358 [A] | 3:138 [PRO] | A:2854 [U] | ❌ 4Y4O_1A:2358 no longer at interface |
18:56 [GLU] | 1A:985 [G] | 3:156 [LYS] | A:2092 [C] | ❌ 4Y4O_1A:985 no longer at interface |
18:60 [LEU] | 1A:985 [G] | 3:160 [LYS] | A:2092 [C] | ❌ 4Y4O_1A:985 no longer at interface |
18:60 [LEU] | 1A:986 [A] | 3:160 [LYS] | A:2093 [U] | ❌ 4Y4O_1A:986 no longer at interface |
18:64 [TYR] | 1A:649 [C] | 3:165 [PHE] | A:1890 [C] | ❌ 4Y4O_1A:649 no longer at interface |
18:11 [LYS] | 1A:232 [U] | 3:111 [ILE] | A:1743 [U] | ❌ 7OF0_3:111 no longer at interface |
18:11 [LYS] | 1A:233 [A] | 3:111 [ILE] | A:1744 [A] | ❌ 7OF0_3:111 no longer at interface |
18:50 [LEU] | 1A:2371 [C] | 3:150 [CYS] | A:2867 [C] | ❌ 7OF0_3:150 no longer at interface |
18:50 [LEU] | 1A:2372 [A] | 3:150 [CYS] | A:2868 [C] | ❌ 7OF0_3:150 no longer at interface |
18:57 [ARG] | 1A:881 [C] | 3:157 [LEU] | A:2043 [C] | ❌ 7OF0_3:157 no longer at interface |
18:2 [PRO] | 1A:615 [G] | 3:102 [GLY] | A:1871 [A] | ❌ 7OF0_3:102 no longer at interface |
18:48 [PHE] | 1A:2372 [A] | 3:148 [VAL] | A:2868 [C] | ❌ 7OF0_3:148 no longer at interface |
18:48 [PHE] | 1A:2373 [A] | 3:148 [VAL] | A:2869 [A] | ❌ 7OF0_3:148 no longer at interface |
18:49 [VAL] | 1A:2372 [A] | 3:149 [PHE] | A:2868 [C] | ❌ 7OF0_3:149 no longer at interface |
18:24 [ALA] | 1A:2373 [A] | 3:124 [ARG] | A:2869 [A] | ❌ 4Y4O_18:24 no longer at interface |
18:24 [ALA] | 1A:2372 [A] | 3:124 [ARG] | A:2868 [C] | ❌ 4Y4O_18:24 no longer at interface |
18:45 [GLY] | 1A:2362 [C] | 3:145 [ARG] | A:2857 [U] | ❌ 4Y4O_18:45 no longer at interface |
18:45 [GLY] | 1A:2361 [G] | 3:145 [ARG] | A:2856 [C] | ❌ 4Y4O_18:45 no longer at interface |
18:59 [LYS] | 1A:616 [G] | 3:159 [ASP] | A:1872 [U] | ❌ 4Y4O_18:59 no longer at interface |
18:62 [LEU] | 1A:616 [G] | 3:162 [THR] | A:1872 [U] | ❌ 4Y4O_18:62 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.95 | 1.85 | 0.19 | 0.86 | 0.97 | 0.75 | 0.71 | 0.52 | 0.34 | 0.25 | 0.42 |
Other pairs involving 4Y4O_18_1A or 7OF0_3_A
Total number of entries: 7
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6S0Z_3_A | 7OF0_3_A | 0.60 | 0.94 | 1.96 | 0.22 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
7OF0_3_A | 7RYG_2_A | 0.61 | 0.91 | 2.59 | 0.26 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_18_1A | 6S0Z_3_A | 0.77 | 0.97 | 1.65 | 0.45 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_18_1A | 7K00_2_a | 0.80 | 0.96 | 1.16 | 0.37 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_18_1A | 7OF0_3_A | 0.52 | 0.95 | 1.85 | 0.19 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_18_1A | 7RYG_2_A | 0.73 | 0.96 | 2.01 | 0.41 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
7K00_2_a | 7OF0_3_A | 0.59 | 0.92 | 2.0 | 0.29 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |