RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group80 > 4Y4O_18_1A vs 7RYG_2_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_18
4Y4O_1A
7RYG_2
7RYG_A
Conserved?
18:9 [GLY] 1A:236 [G] 2:9 [GLY] A:254 [G] ✔
18:9 [GLY] 1A:239 [G] 2:9 [GLY] A:257 [G] ✔
18:40 [GLU] 1A:2374 [G] 2:39 [ARG] A:2358 [G] ✔
18:40 [GLU] 1A:2375 [C] 2:39 [ARG] A:2359 [U] ✔
18:54 [GLU] 1A:2371 [C] 2:53 [ASP] A:2355 [C] ✔
18:19 [SER] 1A:676 [G] 2:19 [ASN] A:649 [G] ✔
18:36 [LYS] 1A:2403 [G] 2:35 [LYS] A:2387 [G] ✔
18:36 [LYS] 1A:2404 [A] 2:35 [LYS] A:2388 [A] ✔
18:3 [LYS] 1A:229 [G] 2:3 [LYS] A:247 [C] ✔
18:3 [LYS] 1A:230 [A] 2:3 [LYS] A:248 [A] ✔
18:3 [LYS] 1A:231 [G] 2:3 [LYS] A:249 [G] ✔
18:3 [LYS] 1A:614 [C] 2:3 [LYS] A:589 [U] ✔
18:3 [LYS] 1A:615 [G] 2:3 [LYS] A:590 [A] ✔
18:44 [LYS] 1A:2373 [A] 2:43 [LEU] A:2357 [A] ✔
18:44 [LYS] 1A:2374 [G] 2:43 [LEU] A:2358 [G] ✔
18:26 [LYS] 1A:2373 [A] 2:25 [GLN] A:2357 [A] ✔
18:26 [LYS] 1A:2405 [A] 2:25 [GLN] A:2389 [U] ✔
18:25 [MET] 1A:2373 [A] 2:24 [LYS] A:2357 [A] ✔
18:25 [MET] 1A:2429 [C] 2:24 [LYS] A:2413 [C] ✔
18:21 [LYS] 1A:676 [G] 2:20 [GLY] A:649 [G] ✔
18:8 [LYS] 1A:232 [U] 2:8 [ARG] A:250 [U] ✔
18:8 [LYS] 1A:233 [A] 2:8 [ARG] A:251 [A] ✔
18:8 [LYS] 1A:234 [G] 2:8 [ARG] A:252 [G] ✔
18:8 [LYS] 1A:235 [C] 2:8 [ARG] A:253 [C] ✔
18:8 [LYS] 1A:236 [G] 2:8 [ARG] A:254 [G] ✔
18:8 [LYS] 1A:241 [G] 2:8 [ARG] A:259 [G] ✔
18:8 [LYS] 1A:242 [C] 2:8 [ARG] A:260 [C] ✔
18:8 [LYS] 1A:243 [G] 2:8 [ARG] A:261 [G] ✔
18:13 [ARG] 1A:238 [C] 2:13 [ARG] A:256 [C] ✔
18:13 [ARG] 1A:239 [G] 2:13 [ARG] A:257 [G] ✔
18:13 [ARG] 1A:2405 [A] 2:13 [ARG] A:2389 [U] ✔
18:13 [ARG] 1A:2406 [C] 2:13 [ARG] A:2390 [C] ✔
18:17 [THR] 1A:654 [G] 2:17 [THR] A:627 [A] ✔
18:17 [THR] 1A:675 [C] 2:17 [THR] A:648 [C] ✔
18:17 [THR] 1A:676 [G] 2:17 [THR] A:649 [G] ✔
18:6 [THR] 1A:231 [G] 2:6 [THR] A:249 [G] ✔
18:6 [THR] 1A:232 [U] 2:6 [THR] A:250 [U] ✔
18:6 [THR] 1A:243 [G] 2:6 [THR] A:261 [G] ✔
18:63 [PRO] 1A:616 [G] 2:62 [PRO] A:591 [U] ✔
18:28 [GLY] 1A:2404 [A] 2:27 [PHE] A:2388 [A] ✔
18:28 [GLY] 1A:2405 [A] 2:27 [PHE] A:2389 [U] ✔
18:34 [TRP] 1A:2431 [U] 2:33 [THR] A:2415 [U] ✔
18:34 [TRP] 1A:2432 [C] 2:33 [THR] A:2416 [C] ✔
18:2 [PRO] 1A:613 [A] 2:2 [ALA] A:588 [A] ✔
18:2 [PRO] 1A:614 [C] 2:2 [ALA] A:589 [U] ✔
18:2 [PRO] 1A:615 [G] 2:2 [ALA] A:590 [A] ✔
18:2 [PRO] 1A:713 [G] 2:2 [ALA] A:664 [A] ✔
18:2 [PRO] 1A:714 [U] 2:2 [ALA] A:665 [U] ✔
18:32 [LEU] 1A:2403 [G] 2:31 [ILE] A:2387 [G] ✔
18:32 [LEU] 1A:2404 [A] 2:31 [ILE] A:2388 [A] ✔
18:32 [LEU] 1A:2432 [C] 2:31 [ILE] A:2416 [C] ✔
18:32 [LEU] 1A:2433 [G] 2:31 [ILE] A:2417 [G] ✔
18:51 [ALA] 1A:2371 [C] 2:50 [HIS] A:2355 [C] ✔
18:51 [ALA] 1A:2372 [A] 2:50 [HIS] A:2356 [A] ✔
18:49 [VAL] 1A:675 [C] 2:48 [MET] A:648 [C] ✔
18:49 [VAL] 1A:2372 [A] 2:48 [MET] A:2356 [A] ✔
18:53 [PRO] 1A:881 [C] 2:52 [SER] A:832 [G] ✔
18:53 [PRO] 1A:882 [A] 2:52 [SER] A:833 [C] ✔
18:47 [LYS] 1A:656 [A] 2:46 [CYS] A:629 [A] ✔
18:35 [GLN] 1A:2401 [G] 2:34 [LYS] A:2385 [G] ✔
18:35 [GLN] 1A:2402 [U] 2:34 [LYS] A:2386 [U] ✔
18:35 [GLN] 1A:2403 [G] 2:34 [LYS] A:2387 [G] ✔
18:4 [MET] 1A:231 [G] 2:4 [LEU] A:249 [G] ✔
18:4 [MET] 1A:615 [G] 2:4 [LEU] A:590 [A] ✔
18:4 [MET] 1A:616 [G] 2:4 [LEU] A:591 [U] ✔
18:4 [MET] 1A:713 [G] 2:4 [LEU] A:664 [A] ✔
18:39 [LYS] 1A:2363 [G] 2:38 [LYS] A:2347 [G] ✔
18:39 [LYS] 1A:2376 [C] 2:38 [LYS] A:2360 [C] ✔
18:39 [LYS] 1A:2377 [G] 2:38 [LYS] A:2361 [G] ✔
18:30 [ARG] 1A:2405 [A] 2:29 [ARG] A:2389 [U] ✔
18:30 [ARG] 1A:2406 [C] 2:29 [ARG] A:2390 [C] ✔
18:30 [ARG] 1A:2431 [U] 2:29 [ARG] A:2415 [U] ✔
18:30 [ARG] 1A:2432 [C] 2:29 [ARG] A:2416 [C] ✔
18:12 [LYS] 1A:235 [C] 2:12 [LYS] A:253 [C] ✔
18:12 [LYS] 1A:236 [G] 2:12 [LYS] A:254 [G] ✔
18:12 [LYS] 1A:238 [C] 2:12 [LYS] A:256 [C] ✔
18:5 [LYS] 1A:231 [G] 2:5 [LYS] A:249 [G] ✔
18:5 [LYS] 1A:242 [C] 2:5 [LYS] A:260 [C] ✔
18:5 [LYS] 1A:243 [G] 2:5 [LYS] A:261 [G] ✔
18:27 [THR] 1A:2372 [A] 2:26 [ALA] A:2356 [A] ✔
18:27 [THR] 1A:2373 [A] 2:26 [ALA] A:2357 [A] ✔
18:27 [THR] 1A:2404 [A] 2:26 [ALA] A:2388 [A] ✔
18:27 [THR] 1A:2405 [A] 2:26 [ALA] A:2389 [U] ✔
18:33 [ASN] 1A:2431 [U] 2:32 [LEU] A:2415 [U] ✔
18:33 [ASN] 1A:2432 [C] 2:32 [LEU] A:2416 [C] ✔
18:31 [HIS] 1A:2403 [G] 2:30 [HIS] A:2387 [G] ✔
18:31 [HIS] 1A:2404 [A] 2:30 [HIS] A:2388 [A] ✔
18:31 [HIS] 1A:2432 [C] 2:30 [HIS] A:2416 [C] ✔
18:31 [HIS] 1A:2433 [G] 2:30 [HIS] A:2417 [G] ✔
18:31 [HIS] 1A:2434 [A] 2:30 [HIS] A:2418 [C] ✔
18:43 [GLN] 1A:2363 [G] 2:42 [GLN] A:2347 [G] ✔
18:43 [GLN] 1A:2377 [G] 2:42 [GLN] A:2361 [G] ✔
18:38 [GLY] 1A:2359 [C] 2:37 [ALA] A:2343 [C] ✔
18:38 [GLY] 1A:2360 [U] 2:37 [ALA] A:2344 [U] ✔
18:64 [TYR] 1A:231 [G] 2:63 [TYR] A:249 [G] ✔
18:64 [TYR] 1A:232 [U] 2:63 [TYR] A:250 [U] ✔
18:64 [TYR] 1A:615 [G] 2:63 [TYR] A:590 [A] ✔
18:64 [TYR] 1A:616 [G] 2:63 [TYR] A:591 [U] ✔
18:29 [LYS] 1A:2405 [A] 2:28 [LYS] A:2389 [U] ✔
18:29 [LYS] 1A:2430 [A] 2:28 [LYS] A:2414 [A] ✔
18:18 [ALA] 1A:653 [G] 2:18 [ALA] A:626 [G] ✔
18:18 [ALA] 1A:654 [G] 2:18 [ALA] A:627 [A] ✔
18:18 [ALA] 1A:676 [G] 2:18 [ALA] A:649 [G] ✔
18:7 [HIS] 1A:240 [A] 2:7 [ARG] A:258 [A] ✔
18:42 [ARG] 1A:2360 [U] 2:41 [ARG] A:2344 [U] ✔
18:42 [ARG] 1A:2361 [G] 2:41 [ARG] A:2345 [G] ✔
18:42 [ARG] 1A:2362 [C] 2:41 [ARG] A:2346 [C] ✔
18:42 [ARG] 1A:2363 [G] 2:41 [ARG] A:2347 [G] ✔
18:42 [ARG] 1A:2394 [G] 2:41 [ARG] A:2378 [G] ✔
18:41 [ILE] 1A:2430 [A] 2:40 [ILE] A:2414 [A] ✔
18:41 [ILE] 1A:2431 [U] 2:40 [ILE] A:2415 [U] ✔
18:54 [GLU] 1A:881 [C] 2:53 [ASP] A:832 [G] ❌ 7RYG_2_A
18:54 [GLU] 1A:2370 [G] 2:53 [ASP] A:2354 [A] ❌ 7RYG_2_A
18:19 [SER] 1A:675 [C] 2:19 [ASN] A:648 [C] ❌ 7RYG_2_A
18:3 [LYS] 1A:713 [G] 2:3 [LYS] A:664 [A] ❌ 7RYG_2_A
18:21 [LYS] 1A:675 [C] 2:20 [GLY] A:648 [C] ❌ 7RYG_2_A
18:8 [LYS] 1A:231 [G] 2:8 [ARG] A:249 [G] ❌ 7RYG_2_A
18:15 [LYS] 1A:654 [G] 2:15 [LYS] A:627 [A] ❌ 7RYG_2_A
18:15 [LYS] 1A:655 [G] 2:15 [LYS] A:628 [G] ❌ 7RYG_2_A
18:34 [TRP] 1A:2402 [U] 2:33 [THR] A:2386 [U] ❌ 7RYG_2_A
18:32 [LEU] 1A:2434 [A] 2:31 [ILE] A:2418 [C] ❌ 7RYG_2_A
18:47 [LYS] 1A:654 [G] 2:46 [CYS] A:627 [A] ❌ 7RYG_2_A
18:47 [LYS] 1A:655 [G] 2:46 [CYS] A:628 [G] ❌ 7RYG_2_A
18:39 [LYS] 1A:2360 [U] 2:38 [LYS] A:2344 [U] ❌ 7RYG_2_A
18:60 [LEU] 1A:616 [G] 2:59 [ARG] A:591 [U] ❌ 7RYG_2_A
18:5 [LYS] 1A:241 [G] 2:5 [LYS] A:259 [G] ❌ 7RYG_2_A
18:38 [GLY] 1A:2361 [G] 2:37 [ALA] A:2345 [G] ❌ 7RYG_2_A
18:23 [VAL] 1A:675 [C] 2:22 [LYS] A:648 [C] ❌ 7RYG_2_A
18:29 [LYS] 1A:2429 [C] 2:28 [LYS] A:2413 [C] ❌ 7RYG_2_A
18:18 [ALA] 1A:675 [C] 2:18 [ALA] A:648 [C] ❌ 7RYG_2_A
18:18 [ALA] 1A:677 [C] 2:18 [ALA] A:650 [U] ❌ 7RYG_2_A
18:7 [HIS] 1A:239 [G] 2:7 [ARG] A:257 [G] ❌ 7RYG_2_A
18:15 [LYS] 1A:656 [A] 2:15 [LYS] A:629 [A] ❌ 4Y4O_18_1A
18:19 [SER] 1A:677 [C] 2:19 [ASN] A:650 [U] ❌ 4Y4O_18_1A
18:23 [VAL] 1A:655 [G] 2:22 [LYS] A:628 [G] ❌ 4Y4O_18_1A
18:23 [VAL] 1A:656 [A] 2:22 [LYS] A:629 [A] ❌ 4Y4O_18_1A
18:25 [MET] 1A:656 [A] 2:24 [LYS] A:629 [A] ❌ 4Y4O_18_1A
18:28 [GLY] 1A:2374 [G] 2:27 [PHE] A:2358 [G] ❌ 4Y4O_18_1A
18:28 [GLY] 1A:2403 [G] 2:27 [PHE] A:2387 [G] ❌ 4Y4O_18_1A
18:28 [GLY] 1A:2372 [A] 2:27 [PHE] A:2356 [A] ❌ 4Y4O_18_1A
18:28 [GLY] 1A:2373 [A] 2:27 [PHE] A:2357 [A] ❌ 4Y4O_18_1A
18:29 [LYS] 1A:2431 [U] 2:28 [LYS] A:2415 [U] ❌ 4Y4O_18_1A
18:31 [HIS] 1A:2431 [U] 2:30 [HIS] A:2415 [U] ❌ 4Y4O_18_1A
18:31 [HIS] 1A:2405 [A] 2:30 [HIS] A:2389 [U] ❌ 4Y4O_18_1A
18:49 [VAL] 1A:676 [G] 2:48 [MET] A:649 [G] ❌ 4Y4O_18_1A
18:53 [PRO] 1A:2370 [G] 2:52 [SER] A:2354 [A] ❌ 4Y4O_18_1A
18:60 [LEU] 1A:713 [G] 2:59 [ARG] A:664 [A] ❌ 4Y4O_18_1A
18:7 [HIS] 1A:241 [G] 2:7 [ARG] A:259 [G] ❌ 4Y4O_18_1A
18:54 [GLU] 1A:880 [U] 2:53 [ASP] A:831 [A] ❌ 7RYG_A:831 no longer at interface
18:56 [GLU] 1A:983 [G] 2:55 [ALA] A:935 [G] ❌ 7RYG_2:55, 7RYG_A:935 no longer at interface
18:56 [GLU] 1A:984 [G] 2:55 [ALA] A:936 [G] ❌ 7RYG_2:55, 7RYG_A:936 no longer at interface
18:63 [PRO] 1A:617 [U] 2:62 [PRO] A:592 [U] ❌ 7RYG_A:592 no longer at interface
18:57 [ARG] 1A:880 [U] 2:56 [SER] A:831 [A] ❌ 7RYG_2:56, 7RYG_A:831 no longer at interface
18:49 [VAL] 1A:674 [G] 2:48 [MET] A:647 [G] ❌ 7RYG_A:647 no longer at interface
18:47 [LYS] 1A:674 [G] 2:46 [CYS] A:647 [G] ❌ 7RYG_A:647 no longer at interface
18:60 [LEU] 1A:617 [U] 2:59 [ARG] A:592 [U] ❌ 7RYG_A:592 no longer at interface
18:65 [GLU] 1A:650 [G] 2:64 [ILE] A:623 [G] ❌ 7RYG_2:64, 7RYG_A:623 no longer at interface
18:46 [ARG] 1A:673 [G] 2:45 [GLY] A:646 [G] ❌ 7RYG_2:45, 7RYG_A:646 no longer at interface
18:46 [ARG] 1A:674 [G] 2:45 [GLY] A:647 [G] ❌ 7RYG_2:45, 7RYG_A:647 no longer at interface
18:52 [LYS] 1A:982 [U] 2:51 [VAL] A:934 [C] ❌ 7RYG_2:51, 7RYG_A:934 no longer at interface
18:52 [LYS] 1A:983 [G] 2:51 [VAL] A:935 [G] ❌ 7RYG_2:51, 7RYG_A:935 no longer at interface
18:38 [GLY] 1A:2395 [G] 2:37 [ALA] A:2379 [G] ❌ 7RYG_A:2379 no longer at interface
18:37 [SER] 1A:2395 [G] 2:36 [SER] A:2379 [G] ❌ 7RYG_2:36, 7RYG_A:2379 no longer at interface
18:15 [LYS] 1A:657 [A] 2:15 [LYS] A:630 [A] ❌ 4Y4O_1A:657 no longer at interface
18:60 [LEU] 1A:712 [C] 2:59 [ARG] A:663 [U] ❌ 4Y4O_1A:712 no longer at interface
18:11 [LYS] 1A:232 [U] 2:11 [ALA] A:250 [U] ❌ 7RYG_2:11 no longer at interface
18:11 [LYS] 1A:233 [A] 2:11 [ALA] A:251 [A] ❌ 7RYG_2:11 no longer at interface
18:50 [LEU] 1A:2371 [C] 2:49 [VAL] A:2355 [C] ❌ 7RYG_2:49 no longer at interface
18:50 [LEU] 1A:2372 [A] 2:49 [VAL] A:2356 [A] ❌ 7RYG_2:49 no longer at interface
18:57 [ARG] 1A:881 [C] 2:56 [SER] A:832 [G] ❌ 7RYG_2:56 no longer at interface
18:48 [PHE] 1A:2372 [A] 2:47 [VAL] A:2356 [A] ❌ 7RYG_2:47 no longer at interface
18:48 [PHE] 1A:2373 [A] 2:47 [VAL] A:2357 [A] ❌ 7RYG_2:47 no longer at interface
18:46 [ARG] 1A:2362 [C] 2:45 [GLY] A:2346 [C] ❌ 7RYG_2:45 no longer at interface
18:46 [ARG] 1A:2363 [G] 2:45 [GLY] A:2347 [G] ❌ 7RYG_2:45 no longer at interface
18:16 [ILE] 1A:654 [G] 2:16 [ALA] A:627 [A] ❌ 4Y4O_18:16 no longer at interface
18:24 [ALA] 1A:2372 [A] 2:23 [ARG] A:2356 [A] ❌ 4Y4O_18:24 no longer at interface
18:24 [ALA] 1A:2373 [A] 2:23 [ARG] A:2357 [A] ❌ 4Y4O_18:24 no longer at interface
18:45 [GLY] 1A:2429 [C] 2:44 [ARG] A:2413 [C] ❌ 4Y4O_18:45 no longer at interface
18:45 [GLY] 1A:2430 [A] 2:44 [ARG] A:2414 [A] ❌ 4Y4O_18:45 no longer at interface
18:45 [GLY] 1A:2362 [C] 2:44 [ARG] A:2346 [C] ❌ 4Y4O_18:45 no longer at interface
18:45 [GLY] 1A:2361 [G] 2:44 [ARG] A:2345 [G] ❌ 4Y4O_18:45 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.96 2.01 0.41 0.87 0.96 0.93 0.96 0.73 0.60 0.39 0.47


Other pairs involving 4Y4O_18_1A or 7RYG_2_A

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_3_A 7RYG_2_A 0.83 0.98 1.43 0.5 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7OF0_3_A 7RYG_2_A 0.61 0.91 2.59 0.26 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 6S0Z_3_A 0.77 0.97 1.65 0.45 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 7K00_2_a 0.80 0.96 1.16 0.37 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 7OF0_3_A 0.52 0.95 1.85 0.19 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 7RYG_2_A 0.73 0.96 2.01 0.41 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_2_a 7RYG_2_A 0.91 0.99 1.84 0.61 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare