Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0Z_3
|
6S0Z_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| 3:2 [PRO] | A:633 [A] | 4.5 | A:712 [U] | 54.45 | ||
| 3:2 [PRO] | A:634 [C] | 2.92 | A:711 [G] | base:BB | 54.45 | |
| 3:2 [PRO] | A:635 [G] | 3.5 | A:710 [C] | 54.45 | ||
| 3:2 [PRO] | A:711 [G] | 3.14 | A:634 [C] | base:BB | 54.45 | |
| 3:2 [PRO] | A:712 [U] | 3.03 | A:633 [A] | 54.45 | ||
| 3:3 [LYS] | A:243 [U] | 4.29 | A:260 [A] | 98.65 | ||
| 3:3 [LYS] | A:244 [A] | 3.35 | A:259 [A] | sugar:SC | 98.65 | |
| 3:3 [LYS] | A:245 [G] | 3.37 | 98.65 | |||
| 3:3 [LYS] | A:634 [C] | 3.95 | A:711 [G] | 98.65 | ||
| 3:3 [LYS] | A:635 [G] | 4.01 | A:710 [C] | 98.65 | ||
| 3:4 [MET] | A:245 [G] | 3.31 | 54.08 | |||
| 3:4 [MET] | A:635 [G] | 3.4 | A:710 [C] | sugar:BB | 54.08 | |
| 3:4 [MET] | A:636 [A] | 4.25 | A:709 [U] | 54.08 | ||
| 3:4 [MET] | A:710 [C] | 4.83 | A:635 [G] | 54.08 | ||
| 3:4 [MET] | A:711 [G] | 4.38 | A:634 [C] | 54.08 | ||
| 3:5 [LYS] | A:245 [G] | 3.59 | 98.58 | |||
| 3:5 [LYS] | A:256 [C] | 3.21 | A:248 [G] | 98.58 | ||
| 3:5 [LYS] | A:257 [G] | 2.52 | A:247 [A] | base:SC | 98.58 | |
| 3:6 [THR] | A:245 [G] | 3.5 | sugar:BB | 90.4 | ||
| 3:6 [THR] | A:246 [U] | 2.75 | A:258 [A] | 90.4 | ||
| 3:6 [THR] | A:257 [G] | 4.48 | A:247 [A] | 90.4 | ||
| 3:7 [HIS] | A:253 [G] | 4.44 | A:203 [U] | 75.03 | ||
| 3:7 [HIS] | A:254 [A] | 2.53 | A:250 [G] | 75.03 | ||
| 3:8 [ARG] | A:246 [U] | 3.04 | A:258 [A] | 81.59 | ||
| 3:8 [ARG] | A:247 [A] | 2.67 | A:257 [G] | 81.59 | ||
| 3:8 [ARG] | A:248 [G] | 2.81 | A:256 [C] | base:SC, base:SC | 81.59 | |
| 3:8 [ARG] | A:249 [C] | 3.87 | A:255 [G] | 81.59 | ||
| 3:8 [ARG] | A:250 [G] | 3.76 | A:254 [A] | 81.59 | ||
| 3:8 [ARG] | A:255 [G] | 3.44 | A:249 [C] | 81.59 | ||
| 3:8 [ARG] | A:256 [C] | 3.77 | A:248 [G] | 81.59 | ||
| 3:8 [ARG] | A:257 [G] | 4.09 | A:247 [A] | 81.59 | ||
| 3:9 [GLY] | A:250 [G] | 3.84 | A:254 [A] | 73.65 | ||
| 3:9 [GLY] | A:253 [G] | 3.75 | A:203 [U] | 73.65 | ||
| 3:12 [LYS] | A:249 [C] | 4.67 | A:255 [G] | 95.51 | ||
| 3:12 [LYS] | A:250 [G] | 3.37 | A:254 [A] | base:SC | 95.51 | |
| 3:12 [LYS] | A:252 [C] | 2.42 | base:SC | 95.51 | ||
| 3:13 [ARG] | A:252 [C] | 4.84 | 99.0 | |||
| 3:13 [ARG] | A:253 [G] | 2.94 | A:203 [U] | 99.0 | ||
| 3:13 [ARG] | A:2420 [U] | 3.13 | sugar:SC | 99.0 | ||
| 3:13 [ARG] | A:2421 [C] | 3.71 | A:2459 [A] | 99.0 | ||
| 3:15 [LYS] | A:675 [G] | 3.78 | A:678 [A] | 67.78 | ||
| 3:15 [LYS] | A:676 [A] | 3.44 | 67.78 | |||
| 3:15 [LYS] | A:677 [A] | 4.15 | 67.78 | |||
| 3:16 [ARG] | A:674 [C] | 4.58 | A:679 [G] | 49.63 | ||
| 3:17 [THR] | A:674 [C] | 3.72 | A:679 [G] | 93.72 | ||
| 3:17 [THR] | A:695 [C] | 3.57 | A:683 [G] | 93.72 | ||
| 3:17 [THR] | A:696 [G] | 2.79 | A:682 [A] | 93.72 | ||
| 3:18 [ALA] | A:673 [G] | 3.6 | A:680 [C] | 59.18 | ||
| 3:18 [ALA] | A:674 [C] | 3.2 | A:679 [G] | 59.18 | ||
| 3:18 [ALA] | A:695 [C] | 4.75 | A:683 [G] | 59.18 | ||
| 3:18 [ALA] | A:696 [G] | 3.68 | A:682 [A] | 59.18 | ||
| 3:19 [SER] | A:696 [G] | 2.85 | A:682 [A] | 73.8 | ||
| 3:20 [GLY] | A:696 [G] | 4.69 | A:682 [A] | 94.02 | ||
| 3:21 [GLN] | A:696 [G] | 4.42 | A:682 [A] | 87.38 | ||
| 3:23 [LYS] | A:674 [C] | 4.98 | A:679 [G] | 67.93 | ||
| 3:23 [LYS] | A:675 [G] | 2.58 | A:678 [A] | 67.93 | ||
| 3:23 [LYS] | A:676 [A] | 3.03 | 67.93 | |||
| 3:24 [ARG] | A:2387 [A] | 3.27 | 64.88 | |||
| 3:24 [ARG] | A:2388 [A] | 2.38 | A:2383 [C] | 64.88 | ||
| 3:26 [ARG] | A:2388 [A] | 3.2 | A:2383 [C] | 62.34 | ||
| 3:26 [ARG] | A:2389 [G] | 4.27 | A:2382 [C] | 62.34 | ||
| 3:26 [ARG] | A:2420 [U] | 4.7 | 62.34 | |||
| 3:27 [ALA] | A:2387 [A] | 4.47 | 68.41 | |||
| 3:27 [ALA] | A:2388 [A] | 3.61 | A:2383 [C] | 68.41 | ||
| 3:27 [ALA] | A:2419 [A] | 3.74 | A:2451 [C] | 68.41 | ||
| 3:27 [ALA] | A:2420 [U] | 3.98 | 68.41 | |||
| 3:28 [PHE] | A:2388 [A] | 3.78 | A:2383 [C] | 40.02 | ||
| 3:28 [PHE] | A:2389 [G] | 4.35 | A:2382 [C] | 40.02 | ||
| 3:28 [PHE] | A:2418 [G] | 4.25 | A:2456 [G] | 40.02 | ||
| 3:28 [PHE] | A:2419 [A] | 3.37 | A:2451 [C] | 40.02 | ||
| 3:28 [PHE] | A:2420 [U] | 3.56 | 40.02 | |||
| 3:29 [THR] | A:2419 [A] | 4.64 | A:2451 [C] | 37.26 | ||
| 3:29 [THR] | A:2420 [U] | 3.15 | 37.26 | |||
| 3:30 [SER] | A:2420 [U] | 3.34 | 69.67 | |||
| 3:30 [SER] | A:2421 [C] | 4.71 | A:2459 [A] | 69.67 | ||
| 3:30 [SER] | A:2446 [U] | 4.45 | A:2424 [G] | 69.67 | ||
| 3:30 [SER] | A:2447 [C] | 3.33 | A:2423 [G] | base:BB | 69.67 | |
| 3:31 [HIS] | A:2419 [A] | 4.61 | A:2451 [C] | 99.0 | ||
| 3:31 [HIS] | A:2447 [C] | 3.37 | A:2423 [G] | 99.0 | ||
| 3:31 [HIS] | A:2448 [G] | 2.6 | A:2422 [C] | base:SC | 99.0 | |
| 3:32 [LEU] | A:2418 [G] | 4.64 | A:2456 [G] | 57.82 | ||
| 3:32 [LEU] | A:2419 [A] | 4.44 | A:2451 [C] | 57.82 | ||
| 3:32 [LEU] | A:2447 [C] | 3.93 | A:2423 [G] | 57.82 | ||
| 3:33 [PHE] | A:2446 [U] | 3.08 | A:2424 [G] | 57.5 | ||
| 3:33 [PHE] | A:2447 [C] | 3.89 | A:2423 [G] | 57.5 | ||
| 3:34 [ALA] | A:2447 [C] | 4.43 | A:2423 [G] | 56.86 | ||
| 3:35 [ASN] | A:2417 [U] | 3.95 | A:2452 [A] | 43.96 | ||
| 3:35 [ASN] | A:2418 [G] | 4.17 | A:2456 [G] | 43.96 | ||
| 3:37 [SER] | A:2410 [G] | 4.46 | A:2312 [C] | 79.54 | ||
| 3:38 [THR] | A:2374 [C] | 4.04 | A:2397 [G] | 49.89 | ||
| 3:38 [THR] | A:2375 [U] | 3.34 | A:2396 [A] | 49.89 | ||
| 3:38 [THR] | A:2410 [G] | 4.86 | A:2312 [C] | 49.89 | ||
| 3:39 [LYS] | A:2378 [G] | 3.5 | A:2393 [A] | 67.72 | ||
| 3:39 [LYS] | A:2391 [C] | 4.04 | A:2380 [G] | 67.72 | ||
| 3:39 [LYS] | A:2392 [G] | 3.32 | A:2379 [A] | 67.72 | ||
| 3:40 [GLN] | A:2389 [G] | 4.14 | A:2382 [C] | 57.41 | ||
| 3:40 [GLN] | A:2390 [U] | 3.24 | A:2381 [A] | 57.41 | ||
| 3:41 [LYS] | A:2446 [U] | 3.57 | A:2424 [G] | 64.87 | ||
| 3:42 [ARG] | A:2376 [G] | 4.83 | A:2395 [C] | 85.74 | ||
| 3:42 [ARG] | A:2377 [C] | 3.59 | A:2394 [G] | base/AA stacks | 85.74 | |
| 3:42 [ARG] | A:2378 [G] | 2.58 | A:2393 [A] | base:SC | 85.74 | |
| 3:42 [ARG] | A:2409 [G] | 3.43 | 85.74 | |||
| 3:43 [GLN] | A:2378 [G] | 4.4 | A:2393 [A] | 50.32 | ||
| 3:43 [GLN] | A:2392 [G] | 2.73 | A:2379 [A] | base:SC | 50.32 | |
| 3:44 [LEU] | A:2389 [G] | 3.72 | A:2382 [C] | 42.61 | ||
| 3:45 [ARG] | A:2376 [G] | 3.45 | A:2395 [C] | 65.7 | ||
| 3:45 [ARG] | A:2377 [C] | 2.45 | A:2394 [G] | 65.7 | ||
| 3:45 [ARG] | A:2444 [C] | 4.17 | A:2426 [G] | 65.7 | ||
| 3:45 [ARG] | A:2445 [A] | 3.13 | A:2425 [U] | 65.7 | ||
| 3:46 [LYS] | A:693 [G] | 4.3 | A:685 [C] | 28.77 | ||
| 3:46 [LYS] | A:694 [G] | 4.51 | A:684 [U] | 28.77 | ||
| 3:46 [LYS] | A:2378 [G] | 3.44 | A:2393 [A] | 28.77 | ||
| 3:48 [ARG] | A:2387 [A] | 4.32 | 7.61 | |||
| 3:48 [ARG] | A:2388 [A] | 4.11 | A:2383 [C] | 7.61 | ||
| 3:49 [LEU] | A:695 [C] | 4.36 | A:683 [G] | 2.48 | ||
| 3:49 [LEU] | A:2387 [A] | 4.54 | 2.48 | |||
| 3:51 [SER] | A:2386 [C] | 3.98 | 42.48 | |||
| 3:51 [SER] | A:2387 [A] | 4.48 | 42.48 | |||
| 3:52 [LYS] | A:981 [U] | 3.52 | A:886 [A] | 5.9 | ||
| 3:52 [LYS] | A:982 [G] | 3.34 | A:885 [C] | 5.9 | ||
| 3:53 [SER] | A:879 [U] | 3.39 | A:868 [A] | 39.45 | ||
| 3:53 [SER] | A:880 [A] | 3.87 | A:867 [U] | 39.45 | ||
| 3:53 [SER] | A:2385 [A] | 4.27 | 39.45 | |||
| 3:53 [SER] | A:2386 [C] | 3.7 | 39.45 | |||
| 3:54 [ASP] | A:2386 [C] | 2.7 | sugar:SC | 49.05 | ||
| 3:54 [ASP] | A:2387 [A] | 4.98 | 49.05 | |||
| 3:56 [LYS] | A:879 [U] | 4.2 | A:868 [A] | 40.2 | ||
| 3:56 [LYS] | A:880 [A] | 3.16 | A:867 [U] | 40.2 | ||
| 3:57 [ARG] | A:878 [C] | 2.47 | A:869 [G] | sugar:SC | 60.88 | |
| 3:57 [ARG] | A:879 [U] | 3.2 | A:868 [A] | sugar:SC | 60.88 | |
| 3:59 [LYS] | A:637 [U] | 4.13 | A:708 [G] | 50.18 | ||
| 3:59 [LYS] | A:983 [G] | 4.0 | A:884 [U] | 50.18 | ||
| 3:60 [GLN] | A:635 [G] | 3.82 | A:710 [C] | 42.16 | ||
| 3:60 [GLN] | A:636 [A] | 3.36 | A:709 [U] | 42.16 | ||
| 3:60 [GLN] | A:637 [U] | 3.89 | A:708 [G] | sugar:SC | 42.16 | |
| 3:60 [GLN] | A:710 [C] | 2.93 | A:635 [G] | base:SC | 42.16 | |
| 3:60 [GLN] | A:711 [G] | 4.65 | A:634 [C] | 42.16 | ||
| 3:63 [ALA] | A:636 [A] | 3.15 | A:709 [U] | 56.4 | ||
| 3:63 [ALA] | A:637 [U] | 4.31 | A:708 [G] | 56.4 | ||
| 3:64 [TYR] | A:245 [G] | 3.53 | 8.82 | |||
| 3:64 [TYR] | A:246 [U] | 4.7 | A:258 [A] | 8.82 | ||
| 3:64 [TYR] | A:635 [G] | 2.84 | A:710 [C] | sugar:SC | 8.82 | |
| 3:64 [TYR] | A:636 [A] | 3.61 | A:709 [U] | 8.82 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group80 | 6S0Z_3_A | 3: 50s ribosomal protein l35, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | A0A077UL47 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_3_A | 7OF0_3_A | 0.60 | 0.94 | 1.96 | 0.22 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_18_1A | 6S0Z_3_A | 0.77 | 0.97 | 1.65 | 0.45 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_3_A | 7K00_2_a | 0.85 | 0.97 | 1.36 | 0.47 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_3_A | 7RYG_2_A | 0.83 | 0.98 | 1.43 | 0.5 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |