Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0Z_3
|
6S0Z_A
|
7OF0_3
|
7OF0_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| 3:9 [GLY] | A:250 [G] | 3:109 [ALA] | A:1747 [G] | ✔ |
| 3:9 [GLY] | A:253 [G] | 3:109 [ALA] | A:1750 [G] | ✔ |
| 3:51 [SER] | A:2386 [C] | 3:151 [ASN] | A:2867 [C] | ✔ |
| 3:51 [SER] | A:2387 [A] | 3:151 [ASN] | A:2868 [C] | ✔ |
| 3:24 [ARG] | A:2387 [A] | 3:124 [ARG] | A:2868 [C] | ✔ |
| 3:24 [ARG] | A:2388 [A] | 3:124 [ARG] | A:2869 [A] | ✔ |
| 3:3 [LYS] | A:243 [U] | 3:103 [LYS] | A:1740 [A] | ✔ |
| 3:3 [LYS] | A:244 [A] | 3:103 [LYS] | A:1741 [A] | ✔ |
| 3:3 [LYS] | A:245 [G] | 3:103 [LYS] | A:1742 [G] | ✔ |
| 3:29 [THR] | A:2420 [U] | 3:129 [TYR] | A:2898 [U] | ✔ |
| 3:26 [ARG] | A:2388 [A] | 3:126 [LYS] | A:2869 [A] | ✔ |
| 3:26 [ARG] | A:2389 [G] | 3:126 [LYS] | A:2870 [G] | ✔ |
| 3:26 [ARG] | A:2420 [U] | 3:126 [LYS] | A:2898 [U] | ✔ |
| 3:13 [ARG] | A:252 [C] | 3:113 [ARG] | A:1749 [C] | ✔ |
| 3:13 [ARG] | A:253 [G] | 3:113 [ARG] | A:1750 [G] | ✔ |
| 3:13 [ARG] | A:2420 [U] | 3:113 [ARG] | A:2898 [U] | ✔ |
| 3:13 [ARG] | A:2421 [C] | 3:113 [ARG] | A:2899 [C] | ✔ |
| 3:6 [THR] | A:245 [G] | 3:106 [THR] | A:1742 [G] | ✔ |
| 3:6 [THR] | A:246 [U] | 3:106 [THR] | A:1743 [U] | ✔ |
| 3:6 [THR] | A:257 [G] | 3:106 [THR] | A:1754 [G] | ✔ |
| 3:60 [GLN] | A:636 [A] | 3:160 [LYS] | A:1872 [U] | ✔ |
| 3:40 [GLN] | A:2389 [G] | 3:140 [ARG] | A:2870 [G] | ✔ |
| 3:40 [GLN] | A:2390 [U] | 3:140 [ARG] | A:2871 [U] | ✔ |
| 3:53 [SER] | A:879 [U] | 3:153 [THR] | A:2043 [C] | ✔ |
| 3:53 [SER] | A:880 [A] | 3:153 [THR] | A:2044 [A] | ✔ |
| 3:34 [ALA] | A:2447 [C] | 3:134 [TRP] | A:2908 [U] | ✔ |
| 3:8 [ARG] | A:246 [U] | 3:108 [LYS] | A:1743 [U] | ✔ |
| 3:8 [ARG] | A:247 [A] | 3:108 [LYS] | A:1744 [A] | ✔ |
| 3:8 [ARG] | A:248 [G] | 3:108 [LYS] | A:1745 [U] | ✔ |
| 3:8 [ARG] | A:249 [C] | 3:108 [LYS] | A:1746 [A] | ✔ |
| 3:8 [ARG] | A:250 [G] | 3:108 [LYS] | A:1747 [G] | ✔ |
| 3:8 [ARG] | A:255 [G] | 3:108 [LYS] | A:1752 [U] | ✔ |
| 3:8 [ARG] | A:256 [C] | 3:108 [LYS] | A:1753 [A] | ✔ |
| 3:8 [ARG] | A:257 [G] | 3:108 [LYS] | A:1754 [G] | ✔ |
| 3:32 [LEU] | A:2418 [G] | 3:132 [LYS] | A:2896 [G] | ✔ |
| 3:32 [LEU] | A:2419 [A] | 3:132 [LYS] | A:2897 [A] | ✔ |
| 3:32 [LEU] | A:2447 [C] | 3:132 [LYS] | A:2908 [U] | ✔ |
| 3:30 [SER] | A:2446 [U] | 3:130 [LYS] | A:2907 [U] | ✔ |
| 3:30 [SER] | A:2447 [C] | 3:130 [LYS] | A:2908 [U] | ✔ |
| 3:4 [MET] | A:245 [G] | 3:104 [ARG] | A:1742 [G] | ✔ |
| 3:4 [MET] | A:635 [G] | 3:104 [ARG] | A:1871 [A] | ✔ |
| 3:4 [MET] | A:636 [A] | 3:104 [ARG] | A:1872 [U] | ✔ |
| 3:27 [ALA] | A:2387 [A] | 3:127 [ALA] | A:2868 [C] | ✔ |
| 3:27 [ALA] | A:2388 [A] | 3:127 [ALA] | A:2869 [A] | ✔ |
| 3:27 [ALA] | A:2419 [A] | 3:127 [ALA] | A:2897 [A] | ✔ |
| 3:27 [ALA] | A:2420 [U] | 3:127 [ALA] | A:2898 [U] | ✔ |
| 3:39 [LYS] | A:2391 [C] | 3:139 [ALA] | A:2872 [C] | ✔ |
| 3:12 [LYS] | A:250 [G] | 3:112 [ASP] | A:1747 [G] | ✔ |
| 3:12 [LYS] | A:252 [C] | 3:112 [ASP] | A:1749 [C] | ✔ |
| 3:46 [LYS] | A:2378 [G] | 3:146 [GLU] | A:2858 [A] | ✔ |
| 3:38 [THR] | A:2374 [C] | 3:138 [PRO] | A:2855 [G] | ✔ |
| 3:5 [LYS] | A:245 [G] | 3:105 [LYS] | A:1742 [G] | ✔ |
| 3:5 [LYS] | A:256 [C] | 3:105 [LYS] | A:1753 [A] | ✔ |
| 3:5 [LYS] | A:257 [G] | 3:105 [LYS] | A:1754 [G] | ✔ |
| 3:45 [ARG] | A:2376 [G] | 3:145 [ARG] | A:2856 [C] | ✔ |
| 3:45 [ARG] | A:2377 [C] | 3:145 [ARG] | A:2857 [U] | ✔ |
| 3:44 [LEU] | A:2389 [G] | 3:144 [LEU] | A:2870 [G] | ✔ |
| 3:33 [PHE] | A:2446 [U] | 3:133 [LEU] | A:2907 [U] | ✔ |
| 3:33 [PHE] | A:2447 [C] | 3:133 [LEU] | A:2908 [U] | ✔ |
| 3:35 [ASN] | A:2417 [U] | 3:135 [LYS] | A:2895 [U] | ✔ |
| 3:31 [HIS] | A:2419 [A] | 3:131 [LYS] | A:2897 [A] | ✔ |
| 3:31 [HIS] | A:2447 [C] | 3:131 [LYS] | A:2908 [U] | ✔ |
| 3:31 [HIS] | A:2448 [G] | 3:131 [LYS] | A:2909 [G] | ✔ |
| 3:52 [LYS] | A:982 [G] | 3:152 [LYS] | A:2090 [A] | ✔ |
| 3:64 [TYR] | A:245 [G] | 3:165 [PHE] | A:1742 [G] | ✔ |
| 3:64 [TYR] | A:246 [U] | 3:165 [PHE] | A:1743 [U] | ✔ |
| 3:54 [ASP] | A:2386 [C] | 3:154 [GLN] | A:2867 [C] | ✔ |
| 3:54 [ASP] | A:2387 [A] | 3:154 [GLN] | A:2868 [C] | ✔ |
| 3:7 [HIS] | A:254 [A] | 3:107 [VAL] | A:1751 [A] | ✔ |
| 3:42 [ARG] | A:2377 [C] | 3:142 [LYS] | A:2857 [U] | ✔ |
| 3:42 [ARG] | A:2378 [G] | 3:142 [LYS] | A:2858 [A] | ✔ |
| 3:28 [PHE] | A:2419 [A] | 3:128 [GLY] | A:2897 [A] | ✔ |
| 3:28 [PHE] | A:2420 [U] | 3:128 [GLY] | A:2898 [U] | ✔ |
| 3:3 [LYS] | A:635 [G] | 3:103 [LYS] | A:1871 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:63 [ALA] | A:636 [A] | 3:163 [THR] | A:1872 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:63 [ALA] | A:637 [U] | 3:163 [THR] | A:1873 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:29 [THR] | A:2419 [A] | 3:129 [TYR] | A:2897 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:56 [LYS] | A:879 [U] | 3:156 [LYS] | A:2043 [C] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:56 [LYS] | A:880 [A] | 3:156 [LYS] | A:2044 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:60 [GLN] | A:635 [G] | 3:160 [LYS] | A:1871 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:60 [GLN] | A:637 [U] | 3:160 [LYS] | A:1873 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:53 [SER] | A:2386 [C] | 3:153 [THR] | A:2867 [C] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:30 [SER] | A:2420 [U] | 3:130 [LYS] | A:2898 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:30 [SER] | A:2421 [C] | 3:130 [LYS] | A:2899 [C] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:39 [LYS] | A:2378 [G] | 3:139 [ALA] | A:2858 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:12 [LYS] | A:249 [C] | 3:112 [ASP] | A:1746 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:35 [ASN] | A:2418 [G] | 3:135 [LYS] | A:2896 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:59 [LYS] | A:637 [U] | 3:159 [ASP] | A:1873 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:59 [LYS] | A:983 [G] | 3:159 [ASP] | A:2091 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:43 [GLN] | A:2378 [G] | 3:143 [ARG] | A:2858 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:52 [LYS] | A:981 [U] | 3:152 [LYS] | A:2089 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:64 [TYR] | A:635 [G] | 3:165 [PHE] | A:1871 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:64 [TYR] | A:636 [A] | 3:165 [PHE] | A:1872 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:41 [LYS] | A:2446 [U] | 3:141 [LYS] | A:2907 [U] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:7 [HIS] | A:253 [G] | 3:107 [VAL] | A:1750 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:42 [ARG] | A:2376 [G] | 3:142 [LYS] | A:2856 [C] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:28 [PHE] | A:2388 [A] | 3:128 [GLY] | A:2869 [A] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:28 [PHE] | A:2389 [G] | 3:128 [GLY] | A:2870 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:28 [PHE] | A:2418 [G] | 3:128 [GLY] | A:2896 [G] | ❌ 7OF0_3_A |
| 3:5 [LYS] | A:255 [G] | 3:105 [LYS] | A:1752 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:6 [THR] | A:255 [G] | 3:106 [THR] | A:1752 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:7 [HIS] | A:255 [G] | 3:107 [VAL] | A:1752 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:9 [GLY] | A:254 [A] | 3:109 [ALA] | A:1751 [A] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:31 [HIS] | A:2420 [U] | 3:131 [LYS] | A:2898 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:32 [LEU] | A:2448 [G] | 3:132 [LYS] | A:2909 [G] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:34 [ALA] | A:2448 [G] | 3:134 [TRP] | A:2909 [G] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:37 [SER] | A:2390 [U] | 3:137 [THR] | A:2871 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:38 [THR] | A:2376 [G] | 3:138 [PRO] | A:2856 [C] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:40 [GLN] | A:2417 [U] | 3:140 [ARG] | A:2895 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:40 [GLN] | A:2418 [G] | 3:140 [ARG] | A:2896 [G] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:40 [GLN] | A:2388 [A] | 3:140 [ARG] | A:2869 [A] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:41 [LYS] | A:2376 [G] | 3:141 [LYS] | A:2856 [C] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:43 [GLN] | A:2390 [U] | 3:143 [ARG] | A:2871 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:43 [GLN] | A:2391 [C] | 3:143 [ARG] | A:2872 [C] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:44 [LEU] | A:2388 [A] | 3:144 [LEU] | A:2869 [A] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:52 [LYS] | A:983 [G] | 3:152 [LYS] | A:2091 [A] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:56 [LYS] | A:983 [G] | 3:156 [LYS] | A:2091 [A] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:56 [LYS] | A:636 [A] | 3:156 [LYS] | A:1872 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:56 [LYS] | A:637 [U] | 3:156 [LYS] | A:1873 [A] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:59 [LYS] | A:636 [A] | 3:159 [ASP] | A:1872 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:63 [ALA] | A:246 [U] | 3:163 [THR] | A:1743 [U] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:63 [ALA] | A:245 [G] | 3:163 [THR] | A:1742 [G] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:64 [TYR] | A:244 [A] | 3:165 [PHE] | A:1741 [A] | ❌ 6S0Z_3_A |
| 3:57 [ARG] | A:878 [C] | 3:157 [LEU] | A:2042 [U] | ❌ 7OF0_3:157, 7OF0_A:2042 no longer at interface |
| 3:53 [SER] | A:2385 [A] | 3:153 [THR] | A:2866 [A] | ❌ 7OF0_A:2866 no longer at interface |
| 3:39 [LYS] | A:2392 [G] | 3:139 [ALA] | A:2873 [A] | ❌ 7OF0_A:2873 no longer at interface |
| 3:38 [THR] | A:2410 [G] | 3:138 [PRO] | A:2889 [C] | ❌ 7OF0_A:2889 no longer at interface |
| 3:45 [ARG] | A:2444 [C] | 3:145 [ARG] | A:2905 [A] | ❌ 7OF0_A:2905 no longer at interface |
| 3:45 [ARG] | A:2445 [A] | 3:145 [ARG] | A:2906 [C] | ❌ 7OF0_A:2906 no longer at interface |
| 3:43 [GLN] | A:2392 [G] | 3:143 [ARG] | A:2873 [A] | ❌ 7OF0_A:2873 no longer at interface |
| 3:37 [SER] | A:2410 [G] | 3:137 [THR] | A:2889 [C] | ❌ 7OF0_A:2889 no longer at interface |
| 3:3 [LYS] | A:242 [U] | 3:103 [LYS] | A:1739 [A] | ❌ 6S0Z_A:242 no longer at interface |
| 3:18 [ALA] | A:670 [G] | 3:118 [HIS] | A:1891 [A] | ❌ 6S0Z_A:670 no longer at interface |
| 3:18 [ALA] | A:699 [U] | 3:118 [HIS] | A:1892 [A] | ❌ 6S0Z_A:699 no longer at interface |
| 3:18 [ALA] | A:669 [C] | 3:118 [HIS] | A:1890 [C] | ❌ 6S0Z_A:669 no longer at interface |
| 3:31 [HIS] | A:2422 [C] | 3:131 [LYS] | A:2900 [C] | ❌ 6S0Z_A:2422 no longer at interface |
| 3:35 [ASN] | A:2309 [G] | 3:135 [LYS] | A:2846 [G] | ❌ 6S0Z_A:2309 no longer at interface |
| 3:35 [ASN] | A:2310 [C] | 3:135 [LYS] | A:2847 [C] | ❌ 6S0Z_A:2310 no longer at interface |
| 3:38 [THR] | A:2373 [A] | 3:138 [PRO] | A:2854 [U] | ❌ 6S0Z_A:2373 no longer at interface |
| 3:56 [LYS] | A:984 [G] | 3:156 [LYS] | A:2092 [C] | ❌ 6S0Z_A:984 no longer at interface |
| 3:60 [GLN] | A:984 [G] | 3:160 [LYS] | A:2092 [C] | ❌ 6S0Z_A:984 no longer at interface |
| 3:60 [GLN] | A:985 [A] | 3:160 [LYS] | A:2093 [U] | ❌ 6S0Z_A:985 no longer at interface |
| 3:64 [TYR] | A:669 [C] | 3:165 [PHE] | A:1890 [C] | ❌ 6S0Z_A:669 no longer at interface |
| 3:48 [ARG] | A:2387 [A] | 3:148 [VAL] | A:2868 [C] | ❌ 7OF0_3:148 no longer at interface |
| 3:48 [ARG] | A:2388 [A] | 3:148 [VAL] | A:2869 [A] | ❌ 7OF0_3:148 no longer at interface |
| 3:49 [LEU] | A:2387 [A] | 3:149 [PHE] | A:2868 [C] | ❌ 7OF0_3:149 no longer at interface |
| 3:57 [ARG] | A:879 [U] | 3:157 [LEU] | A:2043 [C] | ❌ 7OF0_3:157 no longer at interface |
| 3:2 [PRO] | A:635 [G] | 3:102 [GLY] | A:1871 [A] | ❌ 7OF0_3:102 no longer at interface |
| 3:25 [SER] | A:2388 [A] | 3:125 [ARG] | A:2869 [A] | ❌ 6S0Z_3:25 no longer at interface |
| 3:36 [LYS] | A:2389 [G] | 3:136 [LYS] | A:2870 [G] | ❌ 6S0Z_3:36 no longer at interface |
| 3:36 [LYS] | A:2419 [A] | 3:136 [LYS] | A:2897 [A] | ❌ 6S0Z_3:36 no longer at interface |
| 3:62 [LEU] | A:636 [A] | 3:162 [THR] | A:1872 [U] | ❌ 6S0Z_3:62 no longer at interface |
| 3:65 [LYS] | A:246 [U] | 3:166 [TRP] | A:1743 [U] | ❌ 6S0Z_3:65 no longer at interface |
| 3:65 [LYS] | A:247 [A] | 3:166 [TRP] | A:1744 [A] | ❌ 6S0Z_3:65 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.94 | 1.96 | 0.22 | 0.8 | 0.96 | 0.78 | 0.69 | 0.60 | 0.36 | 0.37 | 0.38 |
Other pairs involving 6S0Z_3_A or 7OF0_3_A
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_18_1A | 6S0Z_3_A | 0.77 | 0.97 | 1.65 | 0.45 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_18_1A | 7OF0_3_A | 0.52 | 0.95 | 1.85 | 0.19 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_3_A | 7OF0_3_A | 0.60 | 0.94 | 1.96 | 0.22 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_3_A | 7RYG_2_A | 0.83 | 0.98 | 1.43 | 0.5 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_3_A | 7K00_2_a | 0.85 | 0.97 | 1.36 | 0.47 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_2_a | 7OF0_3_A | 0.59 | 0.92 | 2.0 | 0.29 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_3_A | 7RYG_2_A | 0.61 | 0.91 | 2.59 | 0.26 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |