RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group80 > 7K00_2_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_2
7K00_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
2:2 [PRO] a:590 [A] 4.62 a:667 [U] 57.88
2:2 [PRO] a:591 [U] 3.02 a:666 [A] base:BB 57.88
2:2 [PRO] a:592 [A] 3.23 a:665 [U] 57.88
2:2 [PRO] a:666 [A] 4.33 a:591 [U] 57.88
2:2 [PRO] a:667 [U] 3.12 a:590 [A] 57.88
2:3 [LYS] a:240 [C] 3.92 a:257 [C] 93.5
2:3 [LYS] a:241 [A] 2.93 a:256 [A] sugar:SC 93.5
2:3 [LYS] a:242 [G] 3.1 93.5
2:3 [LYS] a:591 [U] 4.21 a:666 [A] 93.5
2:3 [LYS] a:592 [A] 3.43 a:665 [U] 93.5
2:4 [ILE] a:242 [G] 3.44 58.23
2:4 [ILE] a:592 [A] 3.02 a:665 [U] sugar:BB 58.23
2:4 [ILE] a:593 [U] 3.72 a:664 [G] 58.23
2:4 [ILE] a:665 [U] 4.44 a:592 [A] 58.23
2:4 [ILE] a:666 [A] 3.71 a:591 [U] 58.23
2:5 [LYS] a:242 [G] 3.6 94.71
2:5 [LYS] a:253 [C] 2.9 a:245 [G] 94.71
2:5 [LYS] a:254 [G] 2.91 a:244 [A] base:SC 94.71
2:5 [LYS] a:666 [A] 4.89 a:591 [U] 94.71
2:6 [THR] a:242 [G] 3.31 sugar:BB 93.65
2:6 [THR] a:243 [U] 2.53 a:255 [A] 93.65
2:6 [THR] a:254 [G] 4.7 a:244 [A] 93.65
2:7 [VAL] a:251 [A] 3.83 a:247 [G] 69.95
2:8 [ARG] a:242 [G] 4.95 73.76
2:8 [ARG] a:243 [U] 2.96 a:255 [A] 73.76
2:8 [ARG] a:244 [A] 2.61 a:254 [G] 73.76
2:8 [ARG] a:245 [G] 2.91 a:253 [C] base:SC, base:SC 73.76
2:8 [ARG] a:246 [C] 3.7 a:252 [G] 73.76
2:8 [ARG] a:247 [G] 3.62 a:251 [A] 73.76
2:8 [ARG] a:252 [G] 3.25 a:246 [C] 73.76
2:8 [ARG] a:253 [C] 3.44 a:245 [G] 73.76
2:8 [ARG] a:254 [G] 3.9 a:244 [A] 73.76
2:9 [GLY] a:247 [G] 3.63 a:251 [A] 73.79
2:9 [GLY] a:250 [G] 3.79 a:200 [U] 73.79
2:12 [LYS] a:246 [C] 4.04 a:252 [G] 98.59
2:12 [LYS] a:247 [G] 2.64 a:251 [A] base:SC, base:SC 98.59
2:12 [LYS] a:249 [C] 2.51 base:SC 98.59
2:13 [ARG] a:249 [C] 4.69 99.0
2:13 [ARG] a:250 [G] 2.87 a:200 [U] 99.0
2:13 [ARG] a:2393 [U] 2.83 a:2422 [C] sugar:SC 99.0
2:13 [ARG] a:2394 [C] 3.44 5:76 [A] 99.0
2:16 [LYS] a:629 [G] 4.67 a:634 [C] 50.25
2:17 [THR] a:629 [G] 3.65 a:634 [C] 90.05
2:17 [THR] a:650 [C] 3.45 a:638 [G] 90.05
2:17 [THR] a:651 [G] 2.45 a:637 [A] 90.05
2:18 [GLY] a:628 [G] 3.86 a:635 [C] 57.06
2:18 [GLY] a:629 [G] 2.74 a:634 [C] 57.06
2:18 [GLY] a:650 [C] 4.57 a:638 [G] 57.06
2:18 [GLY] a:651 [G] 3.53 a:637 [A] 57.06
2:18 [GLY] a:652 [U] 4.89 57.06
2:18 [GLY] a:654 [A] 4.91 57.06
2:19 [LYS] a:651 [G] 2.81 a:637 [A] 74.23
2:19 [LYS] a:652 [U] 3.4 74.23
2:19 [LYS] a:653 [U] 3.28 base:SC 74.23
2:19 [LYS] a:654 [A] 4.11 74.23
2:20 [GLY] a:651 [G] 4.2 a:637 [A] 92.13
2:21 [GLY] a:651 [G] 4.4 a:637 [A] 82.87
2:23 [LYS] a:630 [G] 2.98 a:633 [A] 63.41
2:23 [LYS] a:631 [A] 2.67 63.41
2:24 [HIS] a:2360 [G] 4.54 a:2357 [G] 66.18
2:24 [HIS] a:2361 [G] 3.55 a:2356 [U] 66.18
2:25 [LYS] a:2361 [G] 4.41 a:2356 [U] 46.66
2:25 [LYS] a:2417 [C] 4.51 a:2399 [G] 46.66
2:26 [HIS] a:2361 [G] 2.74 a:2356 [U] 50.31
2:26 [HIS] a:2393 [U] 4.47 a:2422 [C] 50.31
2:27 [ALA] a:2360 [G] 3.96 a:2357 [G] 70.88
2:27 [ALA] a:2361 [G] 3.05 a:2356 [U] 70.88
2:27 [ALA] a:2392 [A] 3.62 a:2424 [C] 70.88
2:27 [ALA] a:2393 [U] 3.48 a:2422 [C] 70.88
2:28 [ASN] a:2361 [G] 2.94 a:2356 [U] 5.93
2:28 [ASN] a:2362 [C] 3.55 a:2355 [G] 5.93
2:28 [ASN] a:2392 [A] 3.07 a:2424 [C] 5.93
2:28 [ASN] a:2393 [U] 3.02 a:2422 [C] 5.93
2:29 [LEU] a:2393 [U] 3.99 a:2422 [C] 51.92
2:29 [LEU] a:2418 [A] 4.04 a:2398 [U] 51.92
2:29 [LEU] a:2419 [U] 4.63 a:2397 [G] 51.92
2:30 [ARG] a:2393 [U] 3.37 a:2422 [C] 63.73
2:30 [ARG] a:2394 [C] 2.91 5:76 [A] 63.73
2:30 [ARG] a:2416 [C] 4.86 a:2400 [G] 63.73
2:30 [ARG] a:2419 [U] 3.92 a:2397 [G] 63.73
2:30 [ARG] a:2420 [C] 3.23 a:2396 [G] base:BB 63.73
2:31 [HIS] a:2391 [G] 4.76 a:2429 [G] 99.0
2:31 [HIS] a:2392 [A] 2.72 a:2424 [C] 99.0
2:31 [HIS] a:2393 [U] 4.72 a:2422 [C] 99.0
2:31 [HIS] a:2420 [C] 3.66 a:2396 [G] 99.0
2:31 [HIS] a:2421 [G] 3.04 a:2395 [C] 99.0
2:31 [HIS] a:2422 [C] 3.81 a:2393 [U] 99.0
2:32 [ILE] a:2391 [G] 3.46 a:2429 [G] 43.79
2:32 [ILE] a:2392 [A] 3.66 a:2424 [C] 43.79
2:32 [ILE] a:2420 [C] 3.39 a:2396 [G] 43.79
2:32 [ILE] a:2421 [G] 4.82 a:2395 [C] 43.79
2:32 [ILE] a:2422 [C] 4.96 a:2393 [U] 43.79
2:33 [LEU] a:2419 [U] 3.38 a:2397 [G] 56.5
2:33 [LEU] a:2420 [C] 2.81 a:2396 [G] 56.5
2:34 [THR] a:2419 [U] 3.35 a:2397 [G] 49.76
2:34 [THR] a:2420 [C] 2.7 a:2396 [G] 49.76
2:35 [LYS] a:2389 [G] 4.68 a:2326 [C] 53.48
2:35 [LYS] a:2390 [U] 2.9 a:2425 [A] 53.48
2:35 [LYS] a:2391 [G] 2.76 a:2429 [G] 53.48
2:35 [LYS] a:2420 [C] 4.95 a:2396 [G] 53.48
2:36 [LYS] a:2391 [G] 3.92 a:2429 [G] 79.35
2:36 [LYS] a:2392 [A] 4.54 a:2424 [C] 79.35
2:37 [ALA] a:2383 [G] 4.38 a:2285 [C] 80.07
2:38 [THR] a:2347 [C] 3.61 a:2370 [G] 51.53
2:38 [THR] a:2348 [U] 2.66 a:2369 [A] 51.53
2:38 [THR] a:2349 [G] 3.51 a:2368 [C] 51.53
2:39 [LYS] a:2351 [G] 3.65 a:2366 [A] 62.62
2:39 [LYS] a:2364 [C] 3.83 a:2353 [G] 62.62
2:39 [LYS] a:2365 [G] 2.83 a:2352 [A] base:SC 62.62
2:40 [ARG] a:2361 [G] 4.34 a:2356 [U] 58.39
2:40 [ARG] a:2362 [C] 2.59 a:2355 [G] 58.39
2:40 [ARG] a:2363 [G] 3.77 a:2354 [C] 58.39
2:41 [LYS] a:2418 [A] 5.0 a:2398 [U] 65.51
2:41 [LYS] a:2419 [U] 2.72 a:2397 [G] 65.51
2:42 [ARG] a:2349 [G] 2.81 a:2368 [C] 85.02
2:42 [ARG] a:2350 [C] 3.34 a:2367 [G] 85.02
2:42 [ARG] a:2351 [G] 3.18 a:2366 [A] base:SC 85.02
2:42 [ARG] a:2382 [G] 3.42 85.02
2:43 [HIS] a:2351 [G] 2.94 a:2366 [A] 48.5
2:43 [HIS] a:2365 [G] 3.31 a:2352 [A] 48.5
2:44 [LEU] a:2361 [G] 4.84 a:2356 [U] 43.97
2:44 [LEU] a:2362 [C] 3.58 a:2355 [G] 43.97
2:45 [ARG] a:2348 [U] 4.99 a:2369 [A] 65.73
2:45 [ARG] a:2349 [G] 2.8 a:2368 [C] 65.73
2:45 [ARG] a:2350 [C] 2.92 a:2367 [G] 65.73
2:45 [ARG] a:2417 [C] 3.59 a:2399 [G] 65.73
2:45 [ARG] a:2418 [A] 2.76 a:2398 [U] 65.73
2:47 [LYS] a:631 [A] 3.24 4.27
2:47 [LYS] a:649 [G] 4.56 a:639 [U] 4.27
2:49 [MET] a:650 [C] 3.7 a:638 [G] 4.29
2:49 [MET] a:651 [G] 4.63 a:637 [A] 4.29
2:49 [MET] a:2360 [G] 4.68 a:2357 [G] 4.29
2:51 [SER] a:2359 [C] 2.89 a:2428 [G] 35.9
2:51 [SER] a:2360 [G] 3.69 a:2357 [G] 35.9
2:52 [LYS] a:835 [C] 4.9 a:822 [G] 11.38
2:52 [LYS] a:937 [C] 3.12 a:841 [G] 11.38
2:52 [LYS] a:938 [G] 3.24 a:840 [C] 11.38
2:53 [GLY] a:834 [G] 3.35 a:823 [C] 38.93
2:53 [GLY] a:835 [C] 4.07 a:822 [G] 38.93
2:53 [GLY] a:2358 [A] 4.78 38.93
2:54 [ASP] a:2359 [C] 2.69 a:2428 [G] sugar:SC 44.08
2:54 [ASP] a:2360 [G] 4.27 a:2357 [G] 44.08
2:55 [LEU] a:938 [G] 4.52 a:840 [C] 23.19
2:57 [LEU] a:833 [A] 4.14 a:824 [U] 30.16
2:57 [LEU] a:834 [G] 4.21 a:823 [C] 30.16
2:63 [PRO] a:593 [U] 4.16 a:664 [G] 67.77
2:63 [PRO] a:594 [U] 4.8 a:663 [G] 67.77
2:64 [TYR] a:242 [G] 3.32 35.56
2:64 [TYR] a:243 [U] 4.79 a:255 [A] 35.56
2:64 [TYR] a:592 [A] 2.55 a:665 [U] sugar:SC 35.56
2:64 [TYR] a:593 [U] 3.68 a:664 [G] 35.56

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group80 7K00_2_a 2: 50s ribosomal protein l35, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) P0A7Q1 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_3_A 7K00_2_a 0.85 0.97 1.36 0.47 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 7K00_2_a 0.80 0.96 1.16 0.37 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_2_a 7OF0_3_A 0.59 0.92 2.0 0.29 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_2_a 7RYG_2_A 0.91 0.99 1.84 0.61 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare