RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group80 > 7K00_2_a vs 7OF0_3_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

7K00_2
7K00_a
7OF0_3
7OF0_A
Conserved?
2:24 [HIS] a:2360 [G] 3:124 [ARG] A:2868 [C] ✔
2:24 [HIS] a:2361 [G] 3:124 [ARG] A:2869 [A] ✔
2:33 [LEU] a:2419 [U] 3:133 [LEU] A:2907 [U] ✔
2:33 [LEU] a:2420 [C] 3:133 [LEU] A:2908 [U] ✔
2:9 [GLY] a:247 [G] 3:109 [ALA] A:1747 [G] ✔
2:9 [GLY] a:250 [G] 3:109 [ALA] A:1750 [G] ✔
2:51 [SER] a:2359 [C] 3:151 [ASN] A:2867 [C] ✔
2:51 [SER] a:2360 [G] 3:151 [ASN] A:2868 [C] ✔
2:40 [ARG] a:2361 [G] 3:140 [ARG] A:2869 [A] ✔
2:40 [ARG] a:2362 [C] 3:140 [ARG] A:2870 [G] ✔
2:40 [ARG] a:2363 [G] 3:140 [ARG] A:2871 [U] ✔
2:36 [LYS] a:2392 [A] 3:136 [LYS] A:2897 [A] ✔
2:3 [LYS] a:240 [C] 3:103 [LYS] A:1740 [A] ✔
2:3 [LYS] a:241 [A] 3:103 [LYS] A:1741 [A] ✔
2:3 [LYS] a:242 [G] 3:103 [LYS] A:1742 [G] ✔
2:35 [LYS] a:2390 [U] 3:135 [LYS] A:2895 [U] ✔
2:4 [ILE] a:242 [G] 3:104 [ARG] A:1742 [G] ✔
2:4 [ILE] a:592 [A] 3:104 [ARG] A:1871 [A] ✔
2:4 [ILE] a:593 [U] 3:104 [ARG] A:1872 [U] ✔
2:53 [GLY] a:834 [G] 3:153 [THR] A:2043 [C] ✔
2:53 [GLY] a:835 [C] 3:153 [THR] A:2044 [A] ✔
2:34 [THR] a:2420 [C] 3:134 [TRP] A:2908 [U] ✔
2:13 [ARG] a:249 [C] 3:113 [ARG] A:1749 [C] ✔
2:13 [ARG] a:250 [G] 3:113 [ARG] A:1750 [G] ✔
2:13 [ARG] a:2393 [U] 3:113 [ARG] A:2898 [U] ✔
2:13 [ARG] a:2394 [C] 3:113 [ARG] A:2899 [C] ✔
2:6 [THR] a:242 [G] 3:106 [THR] A:1742 [G] ✔
2:6 [THR] a:243 [U] 3:106 [THR] A:1743 [U] ✔
2:6 [THR] a:254 [G] 3:106 [THR] A:1754 [G] ✔
2:28 [ASN] a:2392 [A] 3:128 [GLY] A:2897 [A] ✔
2:28 [ASN] a:2393 [U] 3:128 [GLY] A:2898 [U] ✔
2:7 [VAL] a:251 [A] 3:107 [VAL] A:1751 [A] ✔
2:32 [ILE] a:2391 [G] 3:132 [LYS] A:2896 [G] ✔
2:32 [ILE] a:2392 [A] 3:132 [LYS] A:2897 [A] ✔
2:32 [ILE] a:2420 [C] 3:132 [LYS] A:2908 [U] ✔
2:32 [ILE] a:2421 [G] 3:132 [LYS] A:2909 [G] ✔
2:8 [ARG] a:243 [U] 3:108 [LYS] A:1743 [U] ✔
2:8 [ARG] a:244 [A] 3:108 [LYS] A:1744 [A] ✔
2:8 [ARG] a:245 [G] 3:108 [LYS] A:1745 [U] ✔
2:8 [ARG] a:246 [C] 3:108 [LYS] A:1746 [A] ✔
2:8 [ARG] a:247 [G] 3:108 [LYS] A:1747 [G] ✔
2:8 [ARG] a:252 [G] 3:108 [LYS] A:1752 [U] ✔
2:8 [ARG] a:253 [C] 3:108 [LYS] A:1753 [A] ✔
2:8 [ARG] a:254 [G] 3:108 [LYS] A:1754 [G] ✔
2:39 [LYS] a:2364 [C] 3:139 [ALA] A:2872 [C] ✔
2:30 [ARG] a:2419 [U] 3:130 [LYS] A:2907 [U] ✔
2:30 [ARG] a:2420 [C] 3:130 [LYS] A:2908 [U] ✔
2:27 [ALA] a:2360 [G] 3:127 [ALA] A:2868 [C] ✔
2:27 [ALA] a:2361 [G] 3:127 [ALA] A:2869 [A] ✔
2:27 [ALA] a:2392 [A] 3:127 [ALA] A:2897 [A] ✔
2:27 [ALA] a:2393 [U] 3:127 [ALA] A:2898 [U] ✔
2:12 [LYS] a:247 [G] 3:112 [ASP] A:1747 [G] ✔
2:12 [LYS] a:249 [C] 3:112 [ASP] A:1749 [C] ✔
2:38 [THR] a:2347 [C] 3:138 [PRO] A:2854 [U] ✔
2:38 [THR] a:2348 [U] 3:138 [PRO] A:2855 [G] ✔
2:38 [THR] a:2349 [G] 3:138 [PRO] A:2856 [C] ✔
2:26 [HIS] a:2361 [G] 3:126 [LYS] A:2869 [A] ✔
2:26 [HIS] a:2393 [U] 3:126 [LYS] A:2898 [U] ✔
2:5 [LYS] a:242 [G] 3:105 [LYS] A:1742 [G] ✔
2:5 [LYS] a:253 [C] 3:105 [LYS] A:1753 [A] ✔
2:5 [LYS] a:254 [G] 3:105 [LYS] A:1754 [G] ✔
2:44 [LEU] a:2361 [G] 3:144 [LEU] A:2869 [A] ✔
2:44 [LEU] a:2362 [C] 3:144 [LEU] A:2870 [G] ✔
2:45 [ARG] a:2349 [G] 3:145 [ARG] A:2856 [C] ✔
2:45 [ARG] a:2350 [C] 3:145 [ARG] A:2857 [U] ✔
2:25 [LYS] a:2361 [G] 3:125 [ARG] A:2869 [A] ✔
2:31 [HIS] a:2392 [A] 3:131 [LYS] A:2897 [A] ✔
2:31 [HIS] a:2393 [U] 3:131 [LYS] A:2898 [U] ✔
2:31 [HIS] a:2420 [C] 3:131 [LYS] A:2908 [U] ✔
2:31 [HIS] a:2421 [G] 3:131 [LYS] A:2909 [G] ✔
2:52 [LYS] a:938 [G] 3:152 [LYS] A:2090 [A] ✔
2:54 [ASP] a:2359 [C] 3:154 [GLN] A:2867 [C] ✔
2:54 [ASP] a:2360 [G] 3:154 [GLN] A:2868 [C] ✔
2:29 [LEU] a:2393 [U] 3:129 [TYR] A:2898 [U] ✔
2:42 [ARG] a:2350 [C] 3:142 [LYS] A:2857 [U] ✔
2:42 [ARG] a:2351 [G] 3:142 [LYS] A:2858 [A] ✔
2:36 [LYS] a:2391 [G] 3:136 [LYS] A:2896 [G] ❌ 7OF0_3_A
2:3 [LYS] a:592 [A] 3:103 [LYS] A:1871 [A] ❌ 7OF0_3_A
2:43 [HIS] a:2351 [G] 3:143 [ARG] A:2858 [A] ❌ 7OF0_3_A
2:35 [LYS] a:2391 [G] 3:135 [LYS] A:2896 [G] ❌ 7OF0_3_A
2:35 [LYS] a:2420 [C] 3:135 [LYS] A:2908 [U] ❌ 7OF0_3_A
2:34 [THR] a:2419 [U] 3:134 [TRP] A:2907 [U] ❌ 7OF0_3_A
2:63 [PRO] a:593 [U] 3:163 [THR] A:1872 [U] ❌ 7OF0_3_A
2:63 [PRO] a:594 [U] 3:163 [THR] A:1873 [A] ❌ 7OF0_3_A
2:28 [ASN] a:2361 [G] 3:128 [GLY] A:2869 [A] ❌ 7OF0_3_A
2:28 [ASN] a:2362 [C] 3:128 [GLY] A:2870 [G] ❌ 7OF0_3_A
2:8 [ARG] a:242 [G] 3:108 [LYS] A:1742 [G] ❌ 7OF0_3_A
2:39 [LYS] a:2351 [G] 3:139 [ALA] A:2858 [A] ❌ 7OF0_3_A
2:30 [ARG] a:2393 [U] 3:130 [LYS] A:2898 [U] ❌ 7OF0_3_A
2:30 [ARG] a:2394 [C] 3:130 [LYS] A:2899 [C] ❌ 7OF0_3_A
2:12 [LYS] a:246 [C] 3:112 [ASP] A:1746 [A] ❌ 7OF0_3_A
2:45 [ARG] a:2348 [U] 3:145 [ARG] A:2855 [G] ❌ 7OF0_3_A
2:31 [HIS] a:2391 [G] 3:131 [LYS] A:2896 [G] ❌ 7OF0_3_A
2:52 [LYS] a:835 [C] 3:152 [LYS] A:2044 [A] ❌ 7OF0_3_A
2:52 [LYS] a:937 [C] 3:152 [LYS] A:2089 [U] ❌ 7OF0_3_A
2:64 [TYR] a:242 [G] 3:164 [SER] A:1742 [G] ❌ 7OF0_3_A
2:64 [TYR] a:243 [U] 3:164 [SER] A:1743 [U] ❌ 7OF0_3_A
2:64 [TYR] a:592 [A] 3:164 [SER] A:1871 [A] ❌ 7OF0_3_A
2:64 [TYR] a:593 [U] 3:164 [SER] A:1872 [U] ❌ 7OF0_3_A
2:41 [LYS] a:2419 [U] 3:141 [LYS] A:2907 [U] ❌ 7OF0_3_A
2:29 [LEU] a:2419 [U] 3:129 [TYR] A:2907 [U] ❌ 7OF0_3_A
2:42 [ARG] a:2349 [G] 3:142 [LYS] A:2856 [C] ❌ 7OF0_3_A
2:5 [LYS] a:252 [G] 3:105 [LYS] A:1752 [U] ❌ 7K00_2_a
2:6 [THR] a:252 [G] 3:106 [THR] A:1752 [U] ❌ 7K00_2_a
2:7 [VAL] a:252 [G] 3:107 [VAL] A:1752 [U] ❌ 7K00_2_a
2:9 [GLY] a:251 [A] 3:109 [ALA] A:1751 [A] ❌ 7K00_2_a
2:26 [HIS] a:2362 [C] 3:126 [LYS] A:2870 [G] ❌ 7K00_2_a
2:34 [THR] a:2421 [G] 3:134 [TRP] A:2909 [G] ❌ 7K00_2_a
2:36 [LYS] a:2362 [C] 3:136 [LYS] A:2870 [G] ❌ 7K00_2_a
2:37 [ALA] a:2363 [G] 3:137 [THR] A:2871 [U] ❌ 7K00_2_a
2:40 [ARG] a:2390 [U] 3:140 [ARG] A:2895 [U] ❌ 7K00_2_a
2:40 [ARG] a:2391 [G] 3:140 [ARG] A:2896 [G] ❌ 7K00_2_a
2:41 [LYS] a:2349 [G] 3:141 [LYS] A:2856 [C] ❌ 7K00_2_a
2:43 [HIS] a:2363 [G] 3:143 [ARG] A:2871 [U] ❌ 7K00_2_a
2:43 [HIS] a:2364 [C] 3:143 [ARG] A:2872 [C] ❌ 7K00_2_a
2:63 [PRO] a:243 [U] 3:163 [THR] A:1743 [U] ❌ 7K00_2_a
2:63 [PRO] a:242 [G] 3:163 [THR] A:1742 [G] ❌ 7K00_2_a
2:64 [TYR] a:594 [U] 3:164 [SER] A:1873 [A] ❌ 7K00_2_a
2:43 [HIS] a:2365 [G] 3:143 [ARG] A:2873 [A] ❌ 7OF0_A:2873 no longer at interface
2:35 [LYS] a:2389 [G] 3:135 [LYS] A:2894 [U] ❌ 7OF0_A:2894 no longer at interface
2:37 [ALA] a:2383 [G] 3:137 [THR] A:2889 [C] ❌ 7OF0_A:2889 no longer at interface
2:53 [GLY] a:2358 [A] 3:153 [THR] A:2866 [A] ❌ 7OF0_A:2866 no longer at interface
2:57 [LEU] a:833 [A] 3:157 [LEU] A:2042 [U] ❌ 7OF0_3:157, 7OF0_A:2042 no longer at interface
2:32 [ILE] a:2422 [C] 3:132 [LYS] A:2910 [A] ❌ 7OF0_A:2910 no longer at interface
2:39 [LYS] a:2365 [G] 3:139 [ALA] A:2873 [A] ❌ 7OF0_A:2873 no longer at interface
2:45 [ARG] a:2417 [C] 3:145 [ARG] A:2906 [C] ❌ 7OF0_A:2906 no longer at interface
2:25 [LYS] a:2417 [C] 3:125 [ARG] A:2906 [C] ❌ 7OF0_A:2906 no longer at interface
2:31 [HIS] a:2422 [C] 3:131 [LYS] A:2910 [A] ❌ 7OF0_A:2910 no longer at interface
2:3 [LYS] a:239 [C] 3:103 [LYS] A:1739 [A] ❌ 7K00_a:239 no longer at interface
2:18 [GLY] a:625 [G] 3:118 [HIS] A:1891 [A] ❌ 7K00_a:625 no longer at interface
2:18 [GLY] a:626 [A] 3:118 [HIS] A:1892 [A] ❌ 7K00_a:626 no longer at interface
2:18 [GLY] a:624 [C] 3:118 [HIS] A:1890 [C] ❌ 7K00_a:624 no longer at interface
2:31 [HIS] a:2395 [C] 3:131 [LYS] A:2900 [C] ❌ 7K00_a:2395 no longer at interface
2:35 [LYS] a:2282 [G] 3:135 [LYS] A:2846 [G] ❌ 7K00_a:2282 no longer at interface
2:35 [LYS] a:2283 [C] 3:135 [LYS] A:2847 [C] ❌ 7K00_a:2283 no longer at interface
2:52 [LYS] a:939 [G] 3:152 [LYS] A:2091 [A] ❌ 7K00_a:939 no longer at interface
2:56 [GLY] a:939 [G] 3:156 [LYS] A:2091 [A] ❌ 7K00_2:56, 7K00_a:939 no longer at interface
2:56 [GLY] a:940 [G] 3:156 [LYS] A:2092 [C] ❌ 7K00_2:56, 7K00_a:940 no longer at interface
2:60 [ALA] a:940 [G] 3:160 [LYS] A:2092 [C] ❌ 7K00_2:60, 7K00_a:940 no longer at interface
2:60 [ALA] a:941 [A] 3:160 [LYS] A:2093 [U] ❌ 7K00_2:60, 7K00_a:941 no longer at interface
2:64 [TYR] a:624 [C] 3:164 [SER] A:1890 [C] ❌ 7K00_a:624 no longer at interface
2:55 [LEU] a:938 [G] 3:155 [SER] A:2090 [A] ❌ 7OF0_3:155 no longer at interface
2:57 [LEU] a:834 [G] 3:157 [LEU] A:2043 [C] ❌ 7OF0_3:157 no longer at interface
2:2 [PRO] a:592 [A] 3:102 [GLY] A:1871 [A] ❌ 7OF0_3:102 no longer at interface
2:49 [MET] a:2360 [G] 3:149 [PHE] A:2868 [C] ❌ 7OF0_3:149 no longer at interface
2:46 [PRO] a:2351 [G] 3:146 [GLU] A:2858 [A] ❌ 7K00_2:46 no longer at interface
2:56 [GLY] a:593 [U] 3:156 [LYS] A:1872 [U] ❌ 7K00_2:56 no longer at interface
2:56 [GLY] a:594 [U] 3:156 [LYS] A:1873 [A] ❌ 7K00_2:56 no longer at interface
2:59 [ILE] a:593 [U] 3:159 [ASP] A:1872 [U] ❌ 7K00_2:59 no longer at interface
2:60 [ALA] a:593 [U] 3:160 [LYS] A:1872 [U] ❌ 7K00_2:60 no longer at interface
2:62 [LEU] a:593 [U] 3:162 [THR] A:1872 [U] ❌ 7K00_2:62 no longer at interface
2:65 [ALA] a:243 [U] 3:166 [TRP] A:1743 [U] ❌ 7K00_2:65 no longer at interface
2:65 [ALA] a:244 [A] 3:166 [TRP] A:1744 [A] ❌ 7K00_2:65 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.92 2.0 0.29 0.83 0.93 0.78 0.69 0.59 0.43 0.37 0.45


Other pairs involving 7K00_2_a or 7OF0_3_A

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_3_A 7OF0_3_A 0.60 0.94 1.96 0.22 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_3_A 7K00_2_a 0.85 0.97 1.36 0.47 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7OF0_3_A 7RYG_2_A 0.61 0.91 2.59 0.26 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 7K00_2_a 0.80 0.96 1.16 0.37 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_18_1A 7OF0_3_A 0.52 0.95 1.85 0.19 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_2_a 7OF0_3_A 0.59 0.92 2.0 0.29 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_2_a 7RYG_2_A 0.91 0.99 1.84 0.61 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare