Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7OF0_3
|
7OF0_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| 3:94 [LEU] | A:1752 [U] | 2.98 | A:1746 [A] | 62.7 | ||
| 3:95 [THR] | A:1752 [U] | 3.38 | A:1746 [A] | 73.6 | ||
| 3:95 [THR] | A:1753 [A] | 2.68 | A:1745 [U] | 73.6 | ||
| 3:96 [TYR] | A:1871 [A] | 4.56 | A:1901 [C] | 55.27 | ||
| 3:97 [PHE] | A:1870 [A] | 3.65 | 28.0 | |||
| 3:97 [PHE] | A:1871 [A] | 3.69 | A:1901 [C] | 28.0 | ||
| 3:98 [SER] | A:1742 [G] | 2.92 | base:SC, base:SC | 83.67 | ||
| 3:99 [ALA] | A:1731 [A] | 3.26 | 0.45 | |||
| 3:99 [ALA] | A:1742 [G] | 4.91 | 0.45 | |||
| 3:99 [ALA] | A:1753 [A] | 4.99 | A:1745 [U] | 0.45 | ||
| 3:100 [ARG] | A:1731 [A] | 3.83 | 37.95 | |||
| 3:100 [ARG] | A:1734 [C] | 3.99 | base:SC | 37.95 | ||
| 3:100 [ARG] | A:1742 [G] | 3.55 | 37.95 | |||
| 3:100 [ARG] | A:1754 [G] | 3.15 | A:1744 [A] | 37.95 | ||
| 3:100 [ARG] | A:1755 [A] | 3.11 | A:1743 [U] | 37.95 | ||
| 3:101 [LYS] | A:1738 [U] | 3.99 | A:1759 [U] | 45.49 | ||
| 3:101 [LYS] | A:1739 [A] | 4.18 | A:1758 [U] | 45.49 | ||
| 3:101 [LYS] | A:1741 [A] | 4.59 | A:1756 [A] | 45.49 | ||
| 3:101 [LYS] | A:1742 [G] | 3.36 | base:BB | 45.49 | ||
| 3:103 [LYS] | A:1739 [A] | 4.88 | A:1758 [U] | 70.39 | ||
| 3:103 [LYS] | A:1740 [A] | 3.59 | A:1757 [A] | 70.39 | ||
| 3:103 [LYS] | A:1741 [A] | 2.93 | A:1756 [A] | sugar:SC | 70.39 | |
| 3:103 [LYS] | A:1742 [G] | 3.53 | 70.39 | |||
| 3:104 [ARG] | A:1742 [G] | 3.61 | 72.09 | |||
| 3:104 [ARG] | A:1871 [A] | 2.92 | A:1901 [C] | sugar:SC | 72.09 | |
| 3:104 [ARG] | A:1872 [U] | 3.3 | 72.09 | |||
| 3:105 [LYS] | A:1742 [G] | 3.82 | 65.14 | |||
| 3:105 [LYS] | A:1752 [U] | 4.9 | A:1746 [A] | 65.14 | ||
| 3:105 [LYS] | A:1753 [A] | 2.91 | A:1745 [U] | 65.14 | ||
| 3:105 [LYS] | A:1754 [G] | 2.8 | A:1744 [A] | base:SC | 65.14 | |
| 3:106 [THR] | A:1742 [G] | 3.54 | sugar:BB | 78.66 | ||
| 3:106 [THR] | A:1743 [U] | 2.83 | A:1755 [A] | 78.66 | ||
| 3:106 [THR] | A:1752 [U] | 4.61 | A:1746 [A] | 78.66 | ||
| 3:106 [THR] | A:1754 [G] | 4.64 | A:1744 [A] | 78.66 | ||
| 3:107 [VAL] | A:1751 [A] | 3.77 | A:1747 [G] | 74.59 | ||
| 3:107 [VAL] | A:1752 [U] | 4.97 | A:1746 [A] | 74.59 | ||
| 3:108 [LYS] | A:1743 [U] | 2.85 | A:1755 [A] | 58.0 | ||
| 3:108 [LYS] | A:1744 [A] | 2.8 | A:1754 [G] | 58.0 | ||
| 3:108 [LYS] | A:1745 [U] | 2.4 | A:1753 [A] | base:SC | 58.0 | |
| 3:108 [LYS] | A:1746 [A] | 3.79 | A:1752 [U] | 58.0 | ||
| 3:108 [LYS] | A:1747 [G] | 3.81 | A:1751 [A] | 58.0 | ||
| 3:108 [LYS] | A:1752 [U] | 3.96 | A:1746 [A] | base:BB | 58.0 | |
| 3:108 [LYS] | A:1753 [A] | 4.1 | A:1745 [U] | 58.0 | ||
| 3:108 [LYS] | A:1754 [G] | 3.77 | A:1744 [A] | 58.0 | ||
| 3:109 [ALA] | A:1747 [G] | 4.71 | A:1751 [A] | 67.51 | ||
| 3:109 [ALA] | A:1750 [G] | 3.39 | A:1728 [U] | 67.51 | ||
| 3:109 [ALA] | A:1751 [A] | 4.36 | A:1747 [G] | 67.51 | ||
| 3:112 [ASP] | A:1747 [G] | 4.29 | A:1751 [A] | 5.67 | ||
| 3:112 [ASP] | A:1749 [C] | 3.83 | 5.67 | |||
| 3:113 [ARG] | A:1749 [C] | 4.65 | 99.0 | |||
| 3:113 [ARG] | A:1750 [G] | 2.63 | A:1728 [U] | 99.0 | ||
| 3:113 [ARG] | A:2898 [U] | 2.8 | sugar:SC | 99.0 | ||
| 3:113 [ARG] | A:2899 [C] | 3.64 | A:2910 [A] | 99.0 | ||
| 3:118 [HIS] | A:1890 [C] | 4.94 | A:1883 [G] | 61.29 | ||
| 3:118 [HIS] | A:1891 [A] | 2.45 | 61.29 | |||
| 3:118 [HIS] | A:1892 [A] | 3.58 | 61.29 | |||
| 3:124 [ARG] | A:2868 [C] | 2.86 | 93.77 | |||
| 3:124 [ARG] | A:2869 [A] | 2.63 | A:2863 [U] | 93.77 | ||
| 3:125 [ARG] | A:2869 [A] | 4.51 | A:2863 [U] | 75.03 | ||
| 3:126 [LYS] | A:2869 [A] | 2.81 | A:2863 [U] | 47.87 | ||
| 3:126 [LYS] | A:2870 [G] | 3.92 | A:2862 [C] | 47.87 | ||
| 3:126 [LYS] | A:2898 [U] | 4.94 | 47.87 | |||
| 3:127 [ALA] | A:2868 [C] | 3.95 | 58.87 | |||
| 3:127 [ALA] | A:2869 [A] | 2.49 | A:2863 [U] | 58.87 | ||
| 3:127 [ALA] | A:2897 [A] | 3.65 | A:2912 [C] | 58.87 | ||
| 3:127 [ALA] | A:2898 [U] | 3.79 | 58.87 | |||
| 3:128 [GLY] | A:2897 [A] | 3.25 | A:2912 [C] | 98.2 | ||
| 3:128 [GLY] | A:2898 [U] | 2.69 | 98.2 | |||
| 3:129 [TYR] | A:2898 [U] | 4.33 | 76.3 | |||
| 3:130 [LYS] | A:2907 [U] | 4.46 | A:2902 [A] | 36.38 | ||
| 3:130 [LYS] | A:2908 [U] | 3.85 | A:2901 [A] | 36.38 | ||
| 3:131 [LYS] | A:2897 [A] | 3.85 | A:2912 [C] | 66.25 | ||
| 3:131 [LYS] | A:2898 [U] | 3.29 | 66.25 | |||
| 3:131 [LYS] | A:2900 [C] | 4.72 | A:2909 [G] | 66.25 | ||
| 3:131 [LYS] | A:2908 [U] | 4.55 | A:2901 [A] | 66.25 | ||
| 3:131 [LYS] | A:2909 [G] | 2.75 | A:2900 [C] | base:SC | 66.25 | |
| 3:132 [LYS] | A:2896 [G] | 3.66 | A:2917 [G] | sugar:SC | 58.89 | |
| 3:132 [LYS] | A:2897 [A] | 3.46 | A:2912 [C] | 58.89 | ||
| 3:132 [LYS] | A:2908 [U] | 3.84 | A:2901 [A] | 58.89 | ||
| 3:132 [LYS] | A:2909 [G] | 3.71 | A:2900 [C] | 58.89 | ||
| 3:133 [LEU] | A:2907 [U] | 3.69 | A:2902 [A] | 36.19 | ||
| 3:133 [LEU] | A:2908 [U] | 3.19 | A:2901 [A] | 36.19 | ||
| 3:134 [TRP] | A:2908 [U] | 2.98 | A:2901 [A] | 40.31 | ||
| 3:134 [TRP] | A:2909 [G] | 3.15 | A:2900 [C] | 40.31 | ||
| 3:135 [LYS] | A:2846 [G] | 4.9 | A:2915 [C] | 50.28 | ||
| 3:135 [LYS] | A:2847 [C] | 2.8 | 50.28 | |||
| 3:135 [LYS] | A:2895 [U] | 3.9 | 50.28 | |||
| 3:136 [LYS] | A:2870 [G] | 4.64 | A:2862 [C] | 85.61 | ||
| 3:136 [LYS] | A:2897 [A] | 4.94 | A:2912 [C] | 85.61 | ||
| 3:137 [THR] | A:2871 [U] | 4.74 | A:2861 [A] | 55.24 | ||
| 3:138 [PRO] | A:2854 [U] | 4.77 | A:2850 [U] | 0.42 | ||
| 3:138 [PRO] | A:2855 [G] | 3.84 | A:2877 [C] | 0.42 | ||
| 3:138 [PRO] | A:2856 [C] | 3.44 | A:2876 [G] | 0.42 | ||
| 3:139 [ALA] | A:2872 [C] | 4.39 | A:2860 [G] | 0.0 | ||
| 3:140 [ARG] | A:2869 [A] | 4.42 | A:2863 [U] | 37.95 | ||
| 3:140 [ARG] | A:2870 [G] | 2.73 | A:2862 [C] | 37.95 | ||
| 3:140 [ARG] | A:2871 [U] | 3.57 | A:2861 [A] | 37.95 | ||
| 3:140 [ARG] | A:2895 [U] | 4.66 | 37.95 | |||
| 3:140 [ARG] | A:2896 [G] | 3.24 | A:2917 [G] | 37.95 | ||
| 3:141 [LYS] | A:2856 [C] | 4.88 | A:2876 [G] | 31.71 | ||
| 3:142 [LYS] | A:2857 [U] | 3.15 | A:2875 [A] | 2.21 | ||
| 3:142 [LYS] | A:2858 [A] | 3.18 | A:2874 [A] | base:SC | 2.21 | |
| 3:143 [ARG] | A:2871 [U] | 2.63 | A:2861 [A] | base/AA stacks | 61.76 | |
| 3:143 [ARG] | A:2872 [C] | 3.87 | A:2860 [G] | 61.76 | ||
| 3:144 [LEU] | A:2869 [A] | 4.73 | A:2863 [U] | 42.62 | ||
| 3:144 [LEU] | A:2870 [G] | 3.52 | A:2862 [C] | 42.62 | ||
| 3:145 [ARG] | A:2856 [C] | 3.59 | A:2876 [G] | 53.0 | ||
| 3:145 [ARG] | A:2857 [U] | 3.09 | A:2875 [A] | 53.0 | ||
| 3:146 [GLU] | A:2858 [A] | 4.87 | A:2874 [A] | 52.19 | ||
| 3:151 [ASN] | A:2867 [C] | 3.37 | 80.65 | |||
| 3:151 [ASN] | A:2868 [C] | 4.71 | 80.65 | |||
| 3:152 [LYS] | A:2090 [A] | 3.06 | A:2049 [U] | 37.2 | ||
| 3:152 [LYS] | A:2091 [A] | 3.53 | A:2048 [U] | 37.2 | ||
| 3:153 [THR] | A:2043 [C] | 3.86 | A:2032 [G] | 38.77 | ||
| 3:153 [THR] | A:2044 [A] | 3.02 | A:2096 [U] | 38.77 | ||
| 3:154 [GLN] | A:2867 [C] | 2.79 | sugar:SC | 78.77 | ||
| 3:154 [GLN] | A:2868 [C] | 3.83 | 78.77 | |||
| 3:156 [LYS] | A:1872 [U] | 4.12 | 10.1 | |||
| 3:156 [LYS] | A:1873 [A] | 3.48 | A:1900 [A] | sugar:SC | 10.1 | |
| 3:156 [LYS] | A:2091 [A] | 3.16 | A:2048 [U] | 10.1 | ||
| 3:156 [LYS] | A:2092 [C] | 3.38 | A:2047 [U] | 10.1 | ||
| 3:159 [ASP] | A:1872 [U] | 3.55 | 86.43 | |||
| 3:160 [LYS] | A:1872 [U] | 3.91 | 62.21 | |||
| 3:160 [LYS] | A:2092 [C] | 3.77 | A:2047 [U] | 62.21 | ||
| 3:160 [LYS] | A:2093 [U] | 4.71 | 62.21 | |||
| 3:162 [THR] | A:1872 [U] | 4.83 | 83.31 | |||
| 3:163 [THR] | A:1742 [G] | 3.67 | 62.12 | |||
| 3:163 [THR] | A:1743 [U] | 3.75 | A:1755 [A] | 62.12 | ||
| 3:164 [SER] | A:1873 [A] | 4.42 | A:1900 [A] | 6.87 | ||
| 3:164 [SER] | A:1890 [C] | 4.63 | A:1883 [G] | 6.87 | ||
| 3:165 [PHE] | A:1741 [A] | 3.72 | A:1756 [A] | 26.23 | ||
| 3:165 [PHE] | A:1742 [G] | 3.93 | 26.23 | |||
| 3:165 [PHE] | A:1743 [U] | 3.58 | A:1755 [A] | 26.23 | ||
| 3:165 [PHE] | A:1890 [C] | 4.51 | A:1883 [G] | 26.23 | ||
| 3:166 [TRP] | A:1743 [U] | 2.76 | A:1755 [A] | 51.64 | ||
| 3:166 [TRP] | A:1744 [A] | 3.51 | A:1754 [G] | 51.64 | ||
| 3:167 [LYS] | A:1872 [U] | 3.33 | 65.71 | |||
| 3:167 [LYS] | A:1873 [A] | 3.57 | A:1900 [A] | 65.71 | ||
| 3:167 [LYS] | A:1890 [C] | 4.87 | A:1883 [G] | 65.71 | ||
| 3:167 [LYS] | A:1891 [A] | 3.62 | 65.71 | |||
| 3:168 [ARG] | A:1889 [C] | 4.72 | A:1884 [G] | 52.09 | ||
| 3:168 [ARG] | A:1890 [C] | 2.75 | A:1883 [G] | 52.09 | ||
| 3:168 [ARG] | A:1891 [A] | 3.59 | 52.09 | |||
| 3:169 [ARG] | A:1890 [C] | 4.81 | A:1883 [G] | 48.02 | ||
| 3:169 [ARG] | A:1891 [A] | 2.79 | 48.02 | |||
| 3:169 [ARG] | A:1892 [A] | 2.58 | base:SC | 48.02 | ||
| 3:171 [TRP] | A:1892 [A] | 3.75 | 60.51 | |||
| 3:178 [GLN] | A:1892 [A] | 4.11 | 57.12 | |||
| 3:182 [ASP] | A:1892 [A] | 2.89 | 44.64 | |||
| 3:188 [VAL] | A:2052 [A] | 3.52 | A:2087 [U] | 53.41 | ||
| 3:188 [VAL] | A:2088 [U] | 3.24 | A:2051 [A] | 53.41 | ||
| 3:188 [VAL] | A:2089 [U] | 3.36 | A:2050 [A] | 53.41 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group80 | 7OF0_3_A | 3: 39s ribosomal protein l35, mitochondrial, Homo sapiens (natural) A: 16s ribosomal RNA, Homo sapiens (natural) | Q9NZE8 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7OF0_3_A | 7RYG_2_A | 0.61 | 0.91 | 2.59 | 0.26 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_2_a | 7OF0_3_A | 0.59 | 0.92 | 2.0 | 0.29 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_3_A | 7OF0_3_A | 0.60 | 0.94 | 1.96 | 0.22 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_18_1A | 7OF0_3_A | 0.52 | 0.95 | 1.85 | 0.19 | Ribosomal protein L35p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |