RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group80 > 7RYG_2_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7RYG_2
7RYG_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
2:2 [ALA] A:588 [A] 4.67 A:665 [U] 49.76
2:2 [ALA] A:589 [U] 2.74 A:664 [A] base:BB 49.76
2:2 [ALA] A:590 [A] 3.16 A:663 [U] 49.76
2:2 [ALA] A:664 [A] 4.44 A:589 [U] 49.76
2:2 [ALA] A:665 [U] 4.04 A:588 [A] 49.76
2:3 [LYS] A:247 [C] 4.31 A:264 [C] 95.96
2:3 [LYS] A:248 [A] 3.33 A:263 [A] sugar:SC 95.96
2:3 [LYS] A:249 [G] 3.49 95.96
2:3 [LYS] A:589 [U] 4.34 A:664 [A] 95.96
2:3 [LYS] A:590 [A] 3.93 A:663 [U] 95.96
2:4 [LEU] A:249 [G] 3.6 59.04
2:4 [LEU] A:590 [A] 3.61 A:663 [U] sugar:BB 59.04
2:4 [LEU] A:591 [U] 3.64 A:662 [G] 59.04
2:4 [LEU] A:664 [A] 3.69 A:589 [U] 59.04
2:5 [LYS] A:249 [G] 3.9 97.3
2:5 [LYS] A:260 [C] 3.11 A:252 [G] 97.3
2:5 [LYS] A:261 [G] 3.38 A:251 [A] 97.3
2:6 [THR] A:249 [G] 3.75 91.57
2:6 [THR] A:250 [U] 2.89 A:262 [A] 91.57
2:6 [THR] A:261 [G] 4.72 A:251 [A] 91.57
2:7 [ARG] A:258 [A] 3.0 A:254 [G] 65.79
2:7 [ARG] A:259 [G] 2.61 A:253 [C] 65.79
2:8 [ARG] A:250 [U] 3.0 A:262 [A] 84.31
2:8 [ARG] A:251 [A] 2.78 A:261 [G] 84.31
2:8 [ARG] A:252 [G] 3.12 A:260 [C] base:SC, base:SC 84.31
2:8 [ARG] A:253 [C] 3.91 A:259 [G] 84.31
2:8 [ARG] A:254 [G] 3.78 A:258 [A] 84.31
2:8 [ARG] A:259 [G] 3.6 A:253 [C] 84.31
2:8 [ARG] A:260 [C] 3.79 A:252 [G] 84.31
2:8 [ARG] A:261 [G] 4.2 A:251 [A] 84.31
2:9 [GLY] A:254 [G] 4.11 A:258 [A] 69.96
2:9 [GLY] A:257 [G] 4.22 A:207 [U] 69.96
2:12 [LYS] A:253 [C] 4.55 A:259 [G] 95.44
2:12 [LYS] A:254 [G] 3.1 A:258 [A] base:SC 95.44
2:12 [LYS] A:256 [C] 2.63 base:SC 95.44
2:13 [ARG] A:256 [C] 4.67 98.98
2:13 [ARG] A:257 [G] 2.86 A:207 [U] 98.98
2:13 [ARG] A:2389 [U] 3.05 A:2418 [C] sugar:SC 98.98
2:13 [ARG] A:2390 [C] 3.83 v:77 [A] 98.98
2:15 [LYS] A:629 [A] 4.1 75.14
2:15 [LYS] A:630 [A] 4.71 75.14
2:16 [ALA] A:627 [A] 4.44 A:632 [U] 65.48
2:17 [THR] A:627 [A] 3.47 A:632 [U] 91.89
2:17 [THR] A:648 [C] 4.41 A:636 [G] 91.89
2:17 [THR] A:649 [G] 3.65 A:635 [A] 91.89
2:18 [ALA] A:626 [G] 4.09 A:633 [C] 70.13
2:18 [ALA] A:627 [A] 3.29 A:632 [U] 70.13
2:18 [ALA] A:649 [G] 3.75 A:635 [A] 70.13
2:19 [ASN] A:649 [G] 2.95 A:635 [A] 71.78
2:19 [ASN] A:650 [U] 4.81 71.78
2:20 [GLY] A:649 [G] 4.47 A:635 [A] 90.29
2:22 [LYS] A:628 [G] 3.32 A:631 [A] 63.21
2:22 [LYS] A:629 [A] 2.92 63.21
2:23 [ARG] A:2356 [A] 2.96 78.47
2:23 [ARG] A:2357 [A] 2.98 A:2352 [C] 78.47
2:24 [LYS] A:629 [A] 4.62 51.96
2:24 [LYS] A:2357 [A] 4.63 A:2352 [C] 51.96
2:24 [LYS] A:2413 [C] 4.34 A:2395 [G] 51.96
2:25 [GLN] A:2357 [A] 3.48 A:2352 [C] 52.44
2:25 [GLN] A:2389 [U] 4.92 A:2418 [C] 52.44
2:26 [ALA] A:2356 [A] 4.57 73.11
2:26 [ALA] A:2357 [A] 3.14 A:2352 [C] 73.11
2:26 [ALA] A:2388 [A] 3.67 A:2420 [C] 73.11
2:26 [ALA] A:2389 [U] 3.91 A:2418 [C] 73.11
2:27 [PHE] A:2356 [A] 4.78 43.43
2:27 [PHE] A:2357 [A] 4.04 A:2352 [C] 43.43
2:27 [PHE] A:2358 [G] 4.95 A:2351 [C] 43.43
2:27 [PHE] A:2387 [G] 4.69 A:2425 [G] 43.43
2:27 [PHE] A:2388 [A] 3.46 A:2420 [C] 43.43
2:27 [PHE] A:2389 [U] 3.6 A:2418 [C] 43.43
2:28 [LYS] A:2389 [U] 4.27 A:2418 [C] 49.31
2:28 [LYS] A:2414 [A] 3.04 A:2394 [U] 49.31
2:28 [LYS] A:2415 [U] 4.32 A:2393 [G] 49.31
2:29 [ARG] A:2389 [U] 3.31 A:2418 [C] 64.58
2:29 [ARG] A:2390 [C] 3.24 v:77 [A] 64.58
2:29 [ARG] A:2415 [U] 3.65 A:2393 [G] 64.58
2:29 [ARG] A:2416 [C] 3.88 A:2392 [G] 64.58
2:30 [HIS] A:2387 [G] 4.45 A:2425 [G] 99.0
2:30 [HIS] A:2388 [A] 2.48 A:2420 [C] 99.0
2:30 [HIS] A:2389 [U] 4.69 A:2418 [C] 99.0
2:30 [HIS] A:2415 [U] 4.92 A:2393 [G] 99.0
2:30 [HIS] A:2416 [C] 2.52 A:2392 [G] 99.0
2:30 [HIS] A:2417 [G] 3.62 A:2391 [C] base:SC 99.0
2:30 [HIS] A:2418 [C] 3.73 A:2389 [U] 99.0
2:31 [ILE] A:2387 [G] 3.88 A:2425 [G] 50.26
2:31 [ILE] A:2388 [A] 4.41 A:2420 [C] 50.26
2:31 [ILE] A:2416 [C] 4.04 A:2392 [G] 50.26
2:31 [ILE] A:2417 [G] 3.8 A:2391 [C] 50.26
2:32 [LEU] A:2415 [U] 3.3 A:2393 [G] 60.64
2:32 [LEU] A:2416 [C] 3.1 A:2392 [G] 60.64
2:33 [THR] A:2415 [U] 3.47 A:2393 [G] 41.46
2:33 [THR] A:2416 [C] 2.09 A:2392 [G] 41.46
2:34 [LYS] A:2385 [G] 4.91 A:2322 [U] 53.28
2:34 [LYS] A:2386 [U] 3.07 53.28
2:34 [LYS] A:2387 [G] 2.82 A:2425 [G] 53.28
2:35 [LYS] A:2387 [G] 4.07 A:2425 [G] 80.54
2:35 [LYS] A:2388 [A] 4.43 A:2420 [C] 80.54
2:37 [ALA] A:2343 [C] 4.41 A:2366 [G] 55.96
2:37 [ALA] A:2344 [U] 3.75 A:2365 [A] 55.96
2:38 [LYS] A:2347 [G] 4.0 A:2362 [A] 55.27
2:38 [LYS] A:2360 [C] 4.2 A:2349 [G] 55.27
2:38 [LYS] A:2361 [G] 3.32 A:2348 [A] base:SC 55.27
2:39 [ARG] A:2358 [G] 2.91 A:2351 [C] 63.95
2:39 [ARG] A:2359 [U] 3.75 A:2350 [A] 63.95
2:40 [ILE] A:2414 [A] 3.91 A:2394 [U] 64.01
2:40 [ILE] A:2415 [U] 3.55 A:2393 [G] 64.01
2:41 [ARG] A:2344 [U] 4.62 A:2365 [A] 85.97
2:41 [ARG] A:2345 [G] 4.2 A:2364 [C] 85.97
2:41 [ARG] A:2346 [C] 4.16 A:2363 [G] 85.97
2:41 [ARG] A:2347 [G] 3.7 A:2362 [A] base:SC 85.97
2:41 [ARG] A:2378 [G] 3.17 base:SC 85.97
2:42 [GLN] A:2347 [G] 4.0 A:2362 [A] 40.85
2:42 [GLN] A:2361 [G] 3.26 A:2348 [A] base:SC 40.85
2:43 [LEU] A:2357 [A] 4.96 A:2352 [C] 56.94
2:43 [LEU] A:2358 [G] 3.77 A:2351 [C] 56.94
2:44 [ARG] A:2345 [G] 3.43 A:2364 [C] 69.7
2:44 [ARG] A:2346 [C] 3.19 A:2363 [G] 69.7
2:44 [ARG] A:2413 [C] 3.24 A:2395 [G] 69.7
2:44 [ARG] A:2414 [A] 2.69 A:2394 [U] 69.7
2:46 [CYS] A:629 [A] 4.06 26.17
2:48 [MET] A:648 [C] 4.42 A:636 [G] 0.0
2:48 [MET] A:649 [G] 4.66 A:635 [A] 0.0
2:48 [MET] A:2356 [A] 4.97 0.0
2:50 [HIS] A:2355 [C] 3.54 57.5
2:50 [HIS] A:2356 [A] 4.13 57.5
2:52 [SER] A:832 [G] 3.34 A:821 [C] 47.55
2:52 [SER] A:833 [C] 3.18 A:820 [G] 47.55
2:52 [SER] A:2354 [A] 4.29 47.55
2:53 [ASP] A:2355 [C] 3.67 54.24
2:59 [ARG] A:663 [U] 3.22 A:590 [A] sugar:SC 50.43
2:59 [ARG] A:664 [A] 4.19 A:589 [U] 50.43
2:62 [PRO] A:591 [U] 4.79 A:662 [G] 52.82
2:63 [TYR] A:249 [G] 3.46 41.05
2:63 [TYR] A:250 [U] 4.61 A:262 [A] 41.05
2:63 [TYR] A:590 [A] 3.48 A:663 [U] sugar:SC 41.05
2:63 [TYR] A:591 [U] 4.47 A:662 [G] 41.05

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group80 7RYG_2_A 2: 50s ribosomal protein l35, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) B7I693 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_18_1A 7RYG_2_A 0.73 0.96 2.01 0.41 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_3_A 7RYG_2_A 0.83 0.98 1.43 0.5 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_2_a 7RYG_2_A 0.91 0.99 1.84 0.61 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7OF0_3_A 7RYG_2_A 0.61 0.91 2.59 0.26 Ribosomal protein L35p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare