Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4Y4O_19
|
4Y4O_1A
|
6S0Z_4
|
6S0Z_A
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
19:19 [ARG] | 1A:2767 [U] | 4:19 [ARG] | A:2781 [U] | ✔ |
19:19 [ARG] | 1A:2768 [C] | 4:19 [ARG] | A:2782 [C] | ✔ |
19:19 [ARG] | 1A:2769 [U] | 4:19 [ARG] | A:2783 [U] | ✔ |
19:19 [ARG] | 1A:2770 [A] | 4:19 [ARG] | A:2784 [A] | ✔ |
19:20 [HIS] | 1A:2769 [U] | 4:20 [LYS] | A:2783 [U] | ✔ |
19:20 [HIS] | 1A:2770 [A] | 4:20 [LYS] | A:2784 [A] | ✔ |
19:24 [TYR] | 1A:2755 [C] | 4:24 [MET] | A:2769 [G] | ✔ |
19:3 [VAL] | 1A:2550 [C] | 4:3 [VAL] | A:2565 [C] | ✔ |
19:3 [VAL] | 1A:2551 [C] | 4:3 [VAL] | A:2566 [C] | ✔ |
19:4 [ARG] | 1A:2478 [C] | 4:4 [ARG] | A:2493 [C] | ✔ |
19:4 [ARG] | 1A:2489 [C] | 4:4 [ARG] | A:2504 [C] | ✔ |
19:22 [ARG] | 1A:2754 [A] | 4:22 [LYS] | A:2768 [A] | ✔ |
19:31 [LYS] | 1A:2490 [A] | 4:31 [LYS] | A:2505 [A] | ✔ |
19:31 [LYS] | 1A:2539 [C] | 4:31 [LYS] | A:2554 [C] | ✔ |
19:31 [LYS] | 1A:2540 [U] | 4:31 [LYS] | A:2555 [U] | ✔ |
19:31 [LYS] | 1A:2541 [G] | 4:31 [LYS] | A:2556 [G] | ✔ |
19:6 [SER] | 1A:1076 [G] | 4:6 [SER] | A:1074 [G] | ✔ |
19:6 [SER] | 1A:1077 [G] | 4:6 [SER] | A:1075 [G] | ✔ |
19:6 [SER] | 1A:2478 [C] | 4:6 [SER] | A:2493 [C] | ✔ |
19:6 [SER] | 1A:2479 [C] | 4:6 [SER] | A:2494 [C] | ✔ |
19:36 [GLN] | 1A:1076 [G] | 4:36 [GLN] | A:1074 [G] | ✔ |
19:36 [GLN] | 1A:1077 [G] | 4:36 [GLN] | A:1075 [G] | ✔ |
19:36 [GLN] | 1A:1169 [C] | 4:36 [GLN] | A:1167 [C] | ✔ |
19:36 [GLN] | 1A:1170 [C] | 4:36 [GLN] | A:1168 [C] | ✔ |
19:17 [ILE] | 1A:2767 [U] | 4:17 [ILE] | A:2781 [U] | ✔ |
19:17 [ILE] | 1A:2769 [U] | 4:17 [ILE] | A:2783 [U] | ✔ |
19:8 [LYS] | 1A:1077 [G] | 4:8 [LYS] | A:1075 [G] | ✔ |
19:8 [LYS] | 1A:1078 [A] | 4:8 [LYS] | A:1076 [A] | ✔ |
19:8 [LYS] | 1A:2479 [C] | 4:8 [LYS] | A:2494 [C] | ✔ |
19:8 [LYS] | 1A:2480 [G] | 4:8 [LYS] | A:2495 [A] | ✔ |
19:2 [LYS] | 1A:2489 [C] | 4:2 [LYS] | A:2504 [C] | ✔ |
19:2 [LYS] | 1A:2490 [A] | 4:2 [LYS] | A:2505 [A] | ✔ |
19:15 [LYS] | 1A:2766 [A] | 4:15 [LYS] | A:2780 [A] | ✔ |
19:9 [ARG] | 1A:1078 [A] | 4:9 [PRO] | A:1076 [A] | ✔ |
19:5 [ALA] | 1A:1075 [A] | 4:5 [PRO] | A:1073 [A] | ✔ |
19:5 [ALA] | 1A:1076 [G] | 4:5 [PRO] | A:1074 [G] | ✔ |
19:5 [ALA] | 1A:1077 [G] | 4:5 [PRO] | A:1075 [G] | ✔ |
19:5 [ALA] | 1A:1170 [C] | 4:5 [PRO] | A:1168 [C] | ✔ |
19:5 [ALA] | 1A:1171 [G] | 4:5 [PRO] | A:1169 [G] | ✔ |
19:5 [ALA] | 1A:2477 [C] | 4:5 [PRO] | A:2492 [C] | ✔ |
19:5 [ALA] | 1A:2478 [C] | 4:5 [PRO] | A:2493 [C] | ✔ |
19:35 [ARG] | 1A:2551 [C] | 4:35 [ARG] | A:2566 [C] | ✔ |
19:35 [ARG] | 1A:2754 [A] | 4:35 [ARG] | A:2768 [A] | ✔ |
19:35 [ARG] | 1A:2755 [C] | 4:35 [ARG] | A:2769 [G] | ✔ |
19:18 [ARG] | 1A:1080 [G] | 4:18 [LYS] | A:1078 [G] | ✔ |
19:18 [ARG] | 1A:1169 [C] | 4:18 [LYS] | A:1167 [C] | ✔ |
19:18 [ARG] | 1A:2769 [U] | 4:18 [LYS] | A:2783 [U] | ✔ |
19:18 [ARG] | 1A:2770 [A] | 4:18 [LYS] | A:2784 [A] | ✔ |
19:7 [VAL] | 1A:1077 [G] | 4:7 [VAL] | A:1075 [G] | ✔ |
19:7 [VAL] | 1A:1078 [A] | 4:7 [VAL] | A:1076 [A] | ✔ |
19:30 [PRO] | 1A:2539 [C] | 4:30 [PRO] | A:2554 [C] | ✔ |
19:30 [PRO] | 1A:2540 [U] | 4:30 [PRO] | A:2555 [U] | ✔ |
19:37 [GLY] | 1A:1170 [C] | 4:37 [GLY] | A:1168 [C] | ✔ |
19:37 [GLY] | 1A:1171 [G] | 4:37 [GLY] | A:1169 [G] | ✔ |
19:10 [ILE] | 1A:2489 [C] | 4:10 [ILE] | A:2504 [C] | ✔ |
19:21 [GLY] | 1A:1169 [C] | 4:21 [GLY] | A:1167 [C] | ✔ |
19:21 [GLY] | 1A:1170 [C] | 4:21 [GLY] | A:1168 [C] | ✔ |
19:21 [GLY] | 1A:2770 [A] | 4:21 [GLY] | A:2784 [A] | ✔ |
19:1 [MET] | 1A:2538 [G] | 4:1 [MET] | A:2553 [G] | ✔ |
19:1 [MET] | 1A:2539 [C] | 4:1 [MET] | A:2554 [C] | ✔ |
19:1 [MET] | 1A:2550 [C] | 4:1 [MET] | A:2565 [C] | ✔ |
19:1 [MET] | 1A:2755 [C] | 4:1 [MET] | A:2769 [G] | ✔ |
19:33 [LYS] | 1A:2538 [G] | 4:33 [LYS] | A:2553 [G] | ✔ |
19:33 [LYS] | 1A:2756 [C] | 4:33 [LYS] | A:2770 [U] | ✔ |
19:23 [VAL] | 1A:1077 [G] | 4:23 [VAL] | A:1075 [G] | ✔ |
19:23 [VAL] | 1A:1078 [A] | 4:23 [VAL] | A:1076 [A] | ✔ |
19:16 [VAL] | 1A:1078 [A] | 4:16 [VAL] | A:1076 [A] | ✔ |
19:16 [VAL] | 1A:1079 [U] | 4:16 [VAL] | A:1077 [U] | ✔ |
19:20 [HIS] | 1A:2768 [C] | 4:20 [LYS] | A:2782 [C] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:3 [VAL] | 1A:2477 [C] | 4:3 [VAL] | A:2492 [C] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:4 [ARG] | 1A:2477 [C] | 4:4 [ARG] | A:2492 [C] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:22 [ARG] | 1A:2753 [A] | 4:22 [LYS] | A:2767 [A] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:22 [ARG] | 1A:2755 [C] | 4:22 [LYS] | A:2769 [G] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:6 [SER] | 1A:2477 [C] | 4:6 [SER] | A:2492 [C] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:15 [LYS] | 1A:2767 [U] | 4:15 [LYS] | A:2781 [U] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:9 [ARG] | 1A:1079 [U] | 4:9 [PRO] | A:1077 [U] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:1 [MET] | 1A:2756 [C] | 4:1 [MET] | A:2770 [U] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:33 [LYS] | 1A:2539 [C] | 4:33 [LYS] | A:2554 [C] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:33 [LYS] | 1A:2755 [C] | 4:33 [LYS] | A:2769 [G] | ❌ 6S0Z_4_A |
19:18 [ARG] | 1A:1079 [U] | 4:18 [LYS] | A:1077 [U] | ❌ 4Y4O_19_1A |
19:20 [HIS] | 1A:2755 [C] | 4:20 [LYS] | A:2769 [G] | ❌ 4Y4O_19_1A |
19:20 [HIS] | 1A:2754 [A] | 4:20 [LYS] | A:2768 [A] | ❌ 4Y4O_19_1A |
19:20 [HIS] | 1A:2753 [A] | 4:20 [LYS] | A:2767 [A] | ❌ 4Y4O_19_1A |
19:2 [LYS] | 1A:2491 [G] | 4:2 [LYS] | A:2506 [U] | ❌ 6S0Z_A:2506 no longer at interface |
19:15 [LYS] | 1A:2763 [A] | 4:15 [LYS] | A:2777 [A] | ❌ 6S0Z_A:2777 no longer at interface |
19:35 [ARG] | 1A:2552 [C] | 4:35 [ARG] | A:2567 [C] | ❌ 6S0Z_A:2567 no longer at interface |
19:18 [ARG] | 1A:1168 [G] | 4:18 [LYS] | A:1166 [G] | ❌ 6S0Z_A:1166 no longer at interface |
19:12 [ASP] | 1A:1136 [U] | 4:12 [GLU] | A:1134 [U] | ❌ 6S0Z_4:12, 6S0Z_A:1134 no longer at interface |
19:12 [ASP] | 1A:1137 [G] | 4:12 [GLU] | A:1135 [G] | ❌ 6S0Z_4:12, 6S0Z_A:1135 no longer at interface |
19:13 [LYS] | 1A:1138 [C] | 4:13 [LYS] | A:1136 [C] | ❌ 4Y4O_19:13, 4Y4O_1A:1138 no longer at interface |
19:26 [ILE] | 1A:2767 [U] | 4:26 [ILE] | A:2781 [U] | ❌ 6S0Z_4:26 no longer at interface |
19:26 [ILE] | 1A:2768 [C] | 4:26 [ILE] | A:2782 [C] | ❌ 6S0Z_4:26 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.97 | 1.62 | 0.74 | 0.93 | 0.97 | 0.96 | 0.97 | 0.89 | 0.69 | 0.47 | 0.38 |
Other pairs involving 4Y4O_19_1A or 6S0Z_4_A
Total number of entries: 7
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4Y4O_19_1A | 6S0Z_4_A | 0.89 | 0.97 | 1.62 | 0.74 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_19_1A | 7K00_3_a | 0.92 | 0.96 | 1.0 | 0.69 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
6S0Z_4_A | 7K00_3_a | 0.93 | 0.97 | 1.51 | 0.65 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_19_1A | 7OF0_4_A | 0.50 | 0.97 | 3.13 | 0.33 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
6S0Z_4_A | 7OF0_4_A | 0.47 | 0.96 | 3.71 | 0.26 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_19_1A | 7RYG_3_A | 0.64 | 0.96 | 2.87 | 0.58 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
6S0Z_4_A | 7RYG_3_A | 0.77 | 0.98 | 2.04 | 0.67 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |