Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0Z_4
|
6S0Z_A
|
7RYG_3
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| 4:19 [ARG] | A:2781 [U] | 3:19 [ARG] | A:2750 [U] | ✔ |
| 4:19 [ARG] | A:2782 [C] | 3:19 [ARG] | A:2751 [C] | ✔ |
| 4:19 [ARG] | A:2783 [U] | 3:19 [ARG] | A:2752 [U] | ✔ |
| 4:19 [ARG] | A:2784 [A] | 3:19 [ARG] | A:2753 [A] | ✔ |
| 4:3 [VAL] | A:2565 [C] | 3:3 [VAL] | A:2534 [C] | ✔ |
| 4:3 [VAL] | A:2566 [C] | 3:3 [VAL] | A:2535 [C] | ✔ |
| 4:4 [ARG] | A:2493 [C] | 3:4 [GLN] | A:2462 [C] | ✔ |
| 4:5 [PRO] | A:1073 [A] | 3:5 [ALA] | A:1026 [A] | ✔ |
| 4:5 [PRO] | A:1074 [G] | 3:5 [ALA] | A:1027 [C] | ✔ |
| 4:5 [PRO] | A:1075 [G] | 3:5 [ALA] | A:1028 [G] | ✔ |
| 4:5 [PRO] | A:1168 [C] | 3:5 [ALA] | A:1121 [G] | ✔ |
| 4:5 [PRO] | A:1169 [G] | 3:5 [ALA] | A:1122 [G] | ✔ |
| 4:5 [PRO] | A:2492 [C] | 3:5 [ALA] | A:2461 [C] | ✔ |
| 4:5 [PRO] | A:2493 [C] | 3:5 [ALA] | A:2462 [C] | ✔ |
| 4:24 [MET] | A:2769 [G] | 3:24 [ARG] | A:2738 [C] | ✔ |
| 4:31 [LYS] | A:2505 [A] | 3:32 [ARG] | A:2474 [A] | ✔ |
| 4:31 [LYS] | A:2554 [C] | 3:32 [ARG] | A:2523 [C] | ✔ |
| 4:31 [LYS] | A:2555 [U] | 3:32 [ARG] | A:2524 [U] | ✔ |
| 4:31 [LYS] | A:2556 [G] | 3:32 [ARG] | A:2525 [G] | ✔ |
| 4:6 [SER] | A:1074 [G] | 3:6 [SER] | A:1027 [C] | ✔ |
| 4:6 [SER] | A:1075 [G] | 3:6 [SER] | A:1028 [G] | ✔ |
| 4:6 [SER] | A:2493 [C] | 3:6 [SER] | A:2462 [C] | ✔ |
| 4:6 [SER] | A:2494 [C] | 3:6 [SER] | A:2463 [C] | ✔ |
| 4:36 [GLN] | A:1168 [C] | 3:37 [GLN] | A:1121 [G] | ✔ |
| 4:17 [ILE] | A:2781 [U] | 3:17 [ILE] | A:2750 [U] | ✔ |
| 4:17 [ILE] | A:2783 [U] | 3:17 [ILE] | A:2752 [U] | ✔ |
| 4:8 [LYS] | A:1075 [G] | 3:8 [LYS] | A:1028 [G] | ✔ |
| 4:8 [LYS] | A:1076 [A] | 3:8 [LYS] | A:1029 [A] | ✔ |
| 4:8 [LYS] | A:2494 [C] | 3:8 [LYS] | A:2463 [C] | ✔ |
| 4:2 [LYS] | A:2504 [C] | 3:2 [LYS] | A:2473 [U] | ✔ |
| 4:15 [LYS] | A:2780 [A] | 3:15 [LYS] | A:2749 [A] | ✔ |
| 4:35 [ARG] | A:2566 [C] | 3:36 [ARG] | A:2535 [C] | ✔ |
| 4:35 [ARG] | A:2768 [A] | 3:36 [ARG] | A:2737 [A] | ✔ |
| 4:35 [ARG] | A:2769 [G] | 3:36 [ARG] | A:2738 [C] | ✔ |
| 4:18 [LYS] | A:1077 [U] | 3:18 [ARG] | A:1030 [U] | ✔ |
| 4:18 [LYS] | A:1078 [G] | 3:18 [ARG] | A:1031 [G] | ✔ |
| 4:18 [LYS] | A:1167 [C] | 3:18 [ARG] | A:1120 [C] | ✔ |
| 4:18 [LYS] | A:2783 [U] | 3:18 [ARG] | A:2752 [U] | ✔ |
| 4:18 [LYS] | A:2784 [A] | 3:18 [ARG] | A:2753 [A] | ✔ |
| 4:7 [VAL] | A:1075 [G] | 3:7 [VAL] | A:1028 [G] | ✔ |
| 4:7 [VAL] | A:1076 [A] | 3:7 [VAL] | A:1029 [A] | ✔ |
| 4:30 [PRO] | A:2554 [C] | 3:31 [PRO] | A:2523 [C] | ✔ |
| 4:30 [PRO] | A:2555 [U] | 3:31 [PRO] | A:2524 [U] | ✔ |
| 4:37 [GLY] | A:1168 [C] | 3:38 [GLY] | A:1121 [G] | ✔ |
| 4:20 [LYS] | A:2783 [U] | 3:20 [ASN] | A:2752 [U] | ✔ |
| 4:20 [LYS] | A:2784 [A] | 3:20 [ASN] | A:2753 [A] | ✔ |
| 4:21 [GLY] | A:1167 [C] | 3:21 [GLY] | A:1120 [C] | ✔ |
| 4:21 [GLY] | A:1168 [C] | 3:21 [GLY] | A:1121 [G] | ✔ |
| 4:21 [GLY] | A:2784 [A] | 3:21 [GLY] | A:2753 [A] | ✔ |
| 4:1 [MET] | A:2553 [G] | 3:1 [MET] | A:2522 [G] | ✔ |
| 4:1 [MET] | A:2554 [C] | 3:1 [MET] | A:2523 [C] | ✔ |
| 4:1 [MET] | A:2565 [C] | 3:1 [MET] | A:2534 [C] | ✔ |
| 4:1 [MET] | A:2769 [G] | 3:1 [MET] | A:2738 [C] | ✔ |
| 4:33 [LYS] | A:2553 [G] | 3:34 [LYS] | A:2522 [G] | ✔ |
| 4:33 [LYS] | A:2770 [U] | 3:34 [LYS] | A:2739 [C] | ✔ |
| 4:23 [VAL] | A:1076 [A] | 3:23 [ILE] | A:1029 [A] | ✔ |
| 4:16 [VAL] | A:1076 [A] | 3:16 [VAL] | A:1029 [A] | ✔ |
| 4:16 [VAL] | A:1077 [U] | 3:16 [VAL] | A:1030 [U] | ✔ |
| 4:4 [ARG] | A:2504 [C] | 3:4 [GLN] | A:2473 [U] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:36 [GLN] | A:1074 [G] | 3:37 [GLN] | A:1027 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:36 [GLN] | A:1075 [G] | 3:37 [GLN] | A:1028 [G] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:36 [GLN] | A:1167 [C] | 3:37 [GLN] | A:1120 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:2 [LYS] | A:2505 [A] | 3:2 [LYS] | A:2474 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:37 [GLY] | A:1169 [G] | 3:38 [GLY] | A:1122 [G] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:20 [LYS] | A:2768 [A] | 3:20 [ASN] | A:2737 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:20 [LYS] | A:2769 [G] | 3:20 [ASN] | A:2738 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:23 [VAL] | A:1075 [G] | 3:23 [ILE] | A:1028 [G] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:1 [MET] | A:2770 [U] | 3:1 [MET] | A:2739 [C] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:15 [LYS] | A:2781 [U] | 3:15 [LYS] | A:2750 [U] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:18 [LYS] | A:1076 [A] | 3:18 [ARG] | A:1029 [A] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:2 [LYS] | A:2554 [C] | 3:2 [LYS] | A:2523 [C] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:23 [VAL] | A:1077 [U] | 3:23 [ILE] | A:1030 [U] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:33 [LYS] | A:2554 [C] | 3:34 [LYS] | A:2523 [C] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:33 [LYS] | A:2769 [G] | 3:34 [LYS] | A:2738 [C] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:36 [GLN] | A:1169 [G] | 3:37 [GLN] | A:1122 [G] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:37 [GLY] | A:1076 [A] | 3:38 [GLY] | A:1029 [A] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:37 [GLY] | A:1075 [G] | 3:38 [GLY] | A:1028 [G] | ❌ 6S0Z_4_A |
| 4:8 [LYS] | A:2495 [A] | 3:8 [LYS] | A:2464 [A] | ❌ 7RYG_A:2464 no longer at interface |
| 4:20 [LYS] | A:2767 [A] | 3:20 [ASN] | A:2736 [A] | ❌ 7RYG_A:2736 no longer at interface |
| 4:18 [LYS] | A:1166 [G] | 3:18 [ARG] | A:1119 [G] | ❌ 6S0Z_A:1166 no longer at interface |
| 4:31 [LYS] | A:2503 [A] | 3:32 [ARG] | A:2472 [A] | ❌ 6S0Z_A:2503 no longer at interface |
| 4:35 [ARG] | A:2567 [C] | 3:36 [ARG] | A:2536 [C] | ❌ 6S0Z_A:2567 no longer at interface |
| 4:9 [PRO] | A:1076 [A] | 3:9 [LYS] | A:1029 [A] | ❌ 7RYG_3:9 no longer at interface |
| 4:22 [LYS] | A:2768 [A] | 3:22 [VAL] | A:2737 [A] | ❌ 7RYG_3:22 no longer at interface |
| 4:10 [ILE] | A:2504 [C] | 3:10 [ILE] | A:2473 [U] | ❌ 7RYG_3:10 no longer at interface |
| 4:26 [ILE] | A:2781 [U] | 3:26 [ILE] | A:2750 [U] | ❌ 6S0Z_4:26 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.98 | 2.04 | 0.67 | 0.85 | 0.98 | 0.96 | 0.9 | 0.77 | 0.50 | 0.39 | 0.32 |
Other pairs involving 6S0Z_4_A or 7RYG_3_A
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_19_1A | 6S0Z_4_A | 0.89 | 0.97 | 1.62 | 0.74 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7K00_3_a | 0.93 | 0.97 | 1.51 | 0.65 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7OF0_4_A | 0.47 | 0.96 | 3.71 | 0.26 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_3_a | 7RYG_3_A | 0.75 | 0.99 | 2.49 | 0.71 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_19_1A | 7RYG_3_A | 0.64 | 0.96 | 2.87 | 0.58 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7RYG_3_A | 0.77 | 0.98 | 2.04 | 0.67 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_4_A | 7RYG_3_A | 0.47 | 0.93 | 2.63 | 0.33 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |