Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 7K00_3
|
7K00_a
|
7OF0_4
|
7OF0_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| 3:23 [ILE] | a:1032 [A] | 4:88 [TRP] | A:2160 [A] | ✔ |
| 3:24 [ARG] | a:2742 [G] | 4:89 [TYR] | A:3174 [U] | ✔ |
| 3:3 [VAL] | a:2465 [C] | 4:68 [ASN] | A:2952 [U] | ✔ |
| 3:3 [VAL] | a:2538 [C] | 4:68 [ASN] | A:3025 [A] | ✔ |
| 3:3 [VAL] | a:2539 [C] | 4:68 [ASN] | A:3026 [U] | ✔ |
| 3:4 [ARG] | a:2466 [C] | 4:69 [LYS] | A:2953 [U] | ✔ |
| 3:4 [ARG] | a:2477 [U] | 4:69 [LYS] | A:2964 [U] | ✔ |
| 3:32 [LYS] | a:2478 [A] | 4:97 [ARG] | A:2965 [A] | ✔ |
| 3:32 [LYS] | a:2527 [C] | 4:97 [ARG] | A:3014 [G] | ✔ |
| 3:32 [LYS] | a:2528 [U] | 4:97 [ARG] | A:3015 [U] | ✔ |
| 3:32 [LYS] | a:2529 [G] | 4:97 [ARG] | A:3016 [G] | ✔ |
| 3:8 [LYS] | a:1032 [A] | 4:72 [LEU] | A:2160 [A] | ✔ |
| 3:2 [LYS] | a:2477 [U] | 4:67 [LYS] | A:2964 [U] | ✔ |
| 3:19 [ARG] | a:2754 [U] | 4:84 [ARG] | A:3186 [U] | ✔ |
| 3:19 [ARG] | a:2755 [C] | 4:84 [ARG] | A:3187 [C] | ✔ |
| 3:19 [ARG] | a:2756 [U] | 4:84 [ARG] | A:3188 [U] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:1125 [G] | 4:70 [THR] | A:2228 [A] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:2465 [C] | 4:70 [THR] | A:2952 [U] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:2466 [C] | 4:70 [THR] | A:2953 [U] | ✔ |
| 3:18 [LYS] | a:2756 [U] | 4:83 [LYS] | A:3188 [U] | ✔ |
| 3:18 [LYS] | a:2757 [A] | 4:83 [LYS] | A:3190 [A] | ✔ |
| 3:7 [VAL] | a:1032 [A] | 4:71 [VAL] | A:2160 [A] | ✔ |
| 3:17 [VAL] | a:2754 [U] | 4:82 [VAL] | A:3186 [U] | ✔ |
| 3:17 [VAL] | a:2756 [U] | 4:82 [VAL] | A:3188 [U] | ✔ |
| 3:16 [ILE] | a:1032 [A] | 4:81 [LEU] | A:2160 [A] | ✔ |
| 3:16 [ILE] | a:1033 [U] | 4:81 [LEU] | A:2161 [A] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2526 [G] | 4:66 [PHE] | A:3013 [G] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2527 [C] | 4:66 [PHE] | A:3014 [G] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2538 [C] | 4:66 [PHE] | A:3025 [A] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2742 [G] | 4:66 [PHE] | A:3174 [U] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2743 [U] | 4:66 [PHE] | A:3175 [A] | ✔ |
| 3:36 [ARG] | a:2539 [C] | 4:101 [ARG] | A:3026 [U] | ✔ |
| 3:36 [ARG] | a:2741 [A] | 4:101 [ARG] | A:3173 [G] | ✔ |
| 3:36 [ARG] | a:2742 [G] | 4:101 [ARG] | A:3174 [U] | ✔ |
| 3:31 [PRO] | a:2527 [C] | 4:96 [PRO] | A:3014 [G] | ✔ |
| 3:31 [PRO] | a:2528 [U] | 4:96 [PRO] | A:3015 [U] | ✔ |
| 3:20 [ASP] | a:2756 [U] | 4:85 [ARG] | A:3188 [U] | ✔ |
| 3:34 [LYS] | a:2526 [G] | 4:99 [LYS] | A:3013 [G] | ✔ |
| 3:34 [LYS] | a:2527 [C] | 4:99 [LYS] | A:3014 [G] | ✔ |
| 3:34 [LYS] | a:2742 [G] | 4:99 [LYS] | A:3174 [U] | ✔ |
| 3:34 [LYS] | a:2743 [U] | 4:99 [LYS] | A:3175 [A] | ✔ |
| 3:37 [GLN] | a:1032 [A] | 4:102 [GLN] | A:2160 [A] | ✔ |
| 3:24 [ARG] | a:2743 [U] | 4:89 [TYR] | A:3175 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:4 [ARG] | a:2465 [C] | 4:69 [LYS] | A:2952 [U] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:26 [ILE] | a:2754 [U] | 4:91 [TYR] | A:3186 [U] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:8 [LYS] | a:2466 [C] | 4:72 [LEU] | A:2953 [U] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:8 [LYS] | a:2467 [C] | 4:72 [LEU] | A:2954 [C] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:2 [LYS] | a:2478 [A] | 4:67 [LYS] | A:2965 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:19 [ARG] | a:2757 [A] | 4:84 [ARG] | A:3190 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:10 [LEU] | a:2477 [U] | 4:74 [LYS] | A:2964 [U] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:18 [LYS] | a:1034 [G] | 4:83 [LYS] | A:2162 [C] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:21 [GLY] | a:2757 [A] | 4:86 [GLY] | A:3190 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:20 [ASP] | a:2757 [A] | 4:85 [ARG] | A:3190 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 3:36 [ARG] | a:2538 [C] | 4:101 [ARG] | A:3025 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:2 [LYS] | a:2538 [C] | 4:67 [LYS] | A:3025 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:2 [LYS] | a:2526 [G] | 4:67 [LYS] | A:3013 [G] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:3 [VAL] | a:2466 [C] | 4:68 [ASN] | A:2953 [U] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:5 [ALA] | a:1032 [A] | 4:70 [THR] | A:2160 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:7 [VAL] | a:2466 [C] | 4:71 [VAL] | A:2953 [U] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:7 [VAL] | a:2467 [C] | 4:71 [VAL] | A:2954 [C] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:10 [LEU] | a:1034 [G] | 4:74 [LYS] | A:2162 [C] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:10 [LEU] | a:1033 [U] | 4:74 [LYS] | A:2161 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:15 [LYS] | a:2755 [C] | 4:80 [TYR] | A:3187 [C] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:15 [LYS] | a:2754 [U] | 4:80 [TYR] | A:3186 [U] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:16 [ILE] | a:1034 [G] | 4:81 [LEU] | A:2162 [C] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:18 [LYS] | a:1032 [A] | 4:83 [LYS] | A:2160 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:19 [ARG] | a:2743 [U] | 4:84 [ARG] | A:3175 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:20 [ASP] | a:2742 [G] | 4:85 [ARG] | A:3174 [U] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:20 [ASP] | a:2755 [C] | 4:85 [ARG] | A:3187 [C] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:20 [ASP] | a:2743 [U] | 4:85 [ARG] | A:3175 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:23 [ILE] | a:1033 [U] | 4:88 [TRP] | A:2161 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:24 [ARG] | a:2741 [A] | 4:89 [TYR] | A:3173 [G] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:26 [ILE] | a:2755 [C] | 4:91 [TYR] | A:3187 [C] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:26 [ILE] | a:2742 [G] | 4:91 [TYR] | A:3174 [U] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:26 [ILE] | a:2743 [U] | 4:91 [TYR] | A:3175 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:8 [LYS] | a:2468 [A] | 4:72 [LEU] | A:2955 [U] | ❌ 7OF0_A:2955 no longer at interface |
| 3:15 [LYS] | a:2753 [A] | 4:80 [TYR] | A:3185 [A] | ❌ 7OF0_A:3185 no longer at interface |
| 3:36 [ARG] | a:2540 [C] | 4:101 [ARG] | A:3027 [U] | ❌ 7OF0_A:3027 no longer at interface |
| 3:37 [GLN] | a:1021 [A] | 4:102 [GLN] | A:2159 [U] | ❌ 7K00_a:1021 no longer at interface |
| 3:2 [LYS] | a:2537 [U] | 4:67 [LYS] | A:3024 [U] | ❌ 7K00_a:2537 no longer at interface |
| 3:2 [LYS] | a:2479 [U] | 4:67 [LYS] | A:2966 [U] | ❌ 7K00_a:2479 no longer at interface |
| 3:13 [ASN] | a:1049 [C] | 4:77 [LYS] | A:2211 [U] | ❌ 7K00_3:13, 7K00_a:1049 no longer at interface |
| 3:18 [LYS] | a:1021 [A] | 4:83 [LYS] | A:2159 [U] | ❌ 7K00_a:1021 no longer at interface |
| 3:30 [GLU] | a:2528 [U] | 4:95 [HIS] | A:3015 [U] | ❌ 7OF0_4:95 no longer at interface |
| 3:9 [LYS] | a:2467 [C] | 4:73 [LYS] | A:2954 [C] | ❌ 7K00_3:9 no longer at interface |
| 3:11 [CYS] | a:2478 [A] | 4:75 [ARG] | A:2965 [A] | ❌ 7K00_3:11 no longer at interface |
| 3:11 [CYS] | a:2477 [U] | 4:75 [ARG] | A:2964 [U] | ❌ 7K00_3:11 no longer at interface |
| 3:22 [VAL] | a:2742 [G] | 4:87 [ARG] | A:3174 [U] | ❌ 7K00_3:22 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.93 | 2.82 | 0.38 | 0.89 | 0.93 | 0.88 | 0.76 | 0.65 | 0.62 | 0.26 | 0.28 |
Other pairs involving 7K00_3_a or 7OF0_4_A
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_19_1A | 7OF0_4_A | 0.50 | 0.97 | 3.13 | 0.33 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_19_1A | 7K00_3_a | 0.92 | 0.96 | 1.0 | 0.69 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7K00_3_a | 0.93 | 0.97 | 1.51 | 0.65 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7OF0_4_A | 0.47 | 0.96 | 3.71 | 0.26 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_3_a | 7RYG_3_A | 0.75 | 0.99 | 2.49 | 0.71 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_3_a | 7OF0_4_A | 0.65 | 0.93 | 2.82 | 0.38 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_4_A | 7RYG_3_A | 0.47 | 0.93 | 2.63 | 0.33 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |