Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 7K00_3
|
7K00_a
|
7RYG_3
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| 3:23 [ILE] | a:1032 [A] | 3:23 [ILE] | A:1029 [A] | ✔ |
| 3:24 [ARG] | a:2742 [G] | 3:24 [ARG] | A:2738 [C] | ✔ |
| 3:3 [VAL] | a:2538 [C] | 3:3 [VAL] | A:2534 [C] | ✔ |
| 3:3 [VAL] | a:2539 [C] | 3:3 [VAL] | A:2535 [C] | ✔ |
| 3:4 [ARG] | a:2466 [C] | 3:4 [GLN] | A:2462 [C] | ✔ |
| 3:26 [ILE] | a:2754 [U] | 3:26 [ILE] | A:2750 [U] | ✔ |
| 3:6 [SER] | a:1030 [C] | 3:6 [SER] | A:1027 [C] | ✔ |
| 3:6 [SER] | a:1031 [G] | 3:6 [SER] | A:1028 [G] | ✔ |
| 3:6 [SER] | a:2466 [C] | 3:6 [SER] | A:2462 [C] | ✔ |
| 3:6 [SER] | a:2467 [C] | 3:6 [SER] | A:2463 [C] | ✔ |
| 3:8 [LYS] | a:1031 [G] | 3:8 [LYS] | A:1028 [G] | ✔ |
| 3:8 [LYS] | a:1032 [A] | 3:8 [LYS] | A:1029 [A] | ✔ |
| 3:8 [LYS] | a:2467 [C] | 3:8 [LYS] | A:2463 [C] | ✔ |
| 3:2 [LYS] | a:2477 [U] | 3:2 [LYS] | A:2473 [U] | ✔ |
| 3:30 [GLU] | a:2528 [U] | 3:31 [PRO] | A:2524 [U] | ✔ |
| 3:15 [LYS] | a:2753 [A] | 3:15 [LYS] | A:2749 [A] | ✔ |
| 3:19 [ARG] | a:2754 [U] | 3:19 [ARG] | A:2750 [U] | ✔ |
| 3:19 [ARG] | a:2755 [C] | 3:19 [ARG] | A:2751 [C] | ✔ |
| 3:19 [ARG] | a:2756 [U] | 3:19 [ARG] | A:2752 [U] | ✔ |
| 3:19 [ARG] | a:2757 [A] | 3:19 [ARG] | A:2753 [A] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:1029 [A] | 3:5 [ALA] | A:1026 [A] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:1030 [C] | 3:5 [ALA] | A:1027 [C] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:1031 [G] | 3:5 [ALA] | A:1028 [G] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:1124 [G] | 3:5 [ALA] | A:1121 [G] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:1125 [G] | 3:5 [ALA] | A:1122 [G] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:2465 [C] | 3:5 [ALA] | A:2461 [C] | ✔ |
| 3:5 [ALA] | a:2466 [C] | 3:5 [ALA] | A:2462 [C] | ✔ |
| 3:18 [LYS] | a:1034 [G] | 3:18 [ARG] | A:1031 [G] | ✔ |
| 3:18 [LYS] | a:1122 [G] | 3:18 [ARG] | A:1119 [G] | ✔ |
| 3:18 [LYS] | a:2756 [U] | 3:18 [ARG] | A:2752 [U] | ✔ |
| 3:18 [LYS] | a:2757 [A] | 3:18 [ARG] | A:2753 [A] | ✔ |
| 3:7 [VAL] | a:1031 [G] | 3:7 [VAL] | A:1028 [G] | ✔ |
| 3:7 [VAL] | a:1032 [A] | 3:7 [VAL] | A:1029 [A] | ✔ |
| 3:17 [VAL] | a:2754 [U] | 3:17 [ILE] | A:2750 [U] | ✔ |
| 3:17 [VAL] | a:2756 [U] | 3:17 [ILE] | A:2752 [U] | ✔ |
| 3:16 [ILE] | a:1032 [A] | 3:16 [VAL] | A:1029 [A] | ✔ |
| 3:16 [ILE] | a:1033 [U] | 3:16 [VAL] | A:1030 [U] | ✔ |
| 3:21 [GLY] | a:1123 [C] | 3:21 [GLY] | A:1120 [C] | ✔ |
| 3:21 [GLY] | a:1124 [G] | 3:21 [GLY] | A:1121 [G] | ✔ |
| 3:21 [GLY] | a:2757 [A] | 3:21 [GLY] | A:2753 [A] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2526 [G] | 3:1 [MET] | A:2522 [G] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2527 [C] | 3:1 [MET] | A:2523 [C] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2538 [C] | 3:1 [MET] | A:2534 [C] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2742 [G] | 3:1 [MET] | A:2738 [C] | ✔ |
| 3:1 [MET] | a:2743 [U] | 3:1 [MET] | A:2739 [C] | ✔ |
| 3:36 [ARG] | a:2539 [C] | 3:36 [ARG] | A:2535 [C] | ✔ |
| 3:36 [ARG] | a:2540 [C] | 3:36 [ARG] | A:2536 [C] | ✔ |
| 3:36 [ARG] | a:2741 [A] | 3:36 [ARG] | A:2737 [A] | ✔ |
| 3:36 [ARG] | a:2742 [G] | 3:36 [ARG] | A:2738 [C] | ✔ |
| 3:31 [PRO] | a:2527 [C] | 3:32 [ARG] | A:2523 [C] | ✔ |
| 3:31 [PRO] | a:2528 [U] | 3:32 [ARG] | A:2524 [U] | ✔ |
| 3:20 [ASP] | a:2756 [U] | 3:20 [ASN] | A:2752 [U] | ✔ |
| 3:20 [ASP] | a:2757 [A] | 3:20 [ASN] | A:2753 [A] | ✔ |
| 3:38 [GLY] | a:1124 [G] | 3:38 [GLY] | A:1121 [G] | ✔ |
| 3:34 [LYS] | a:2526 [G] | 3:34 [LYS] | A:2522 [G] | ✔ |
| 3:34 [LYS] | a:2527 [C] | 3:34 [LYS] | A:2523 [C] | ✔ |
| 3:34 [LYS] | a:2742 [G] | 3:34 [LYS] | A:2738 [C] | ✔ |
| 3:34 [LYS] | a:2743 [U] | 3:34 [LYS] | A:2739 [C] | ✔ |
| 3:37 [GLN] | a:1124 [G] | 3:37 [GLN] | A:1121 [G] | ✔ |
| 3:23 [ILE] | a:1031 [G] | 3:23 [ILE] | A:1028 [G] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:24 [ARG] | a:2743 [U] | 3:24 [ARG] | A:2739 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:3 [VAL] | a:2465 [C] | 3:3 [VAL] | A:2461 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:4 [ARG] | a:2465 [C] | 3:4 [GLN] | A:2461 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:4 [ARG] | a:2477 [U] | 3:4 [GLN] | A:2473 [U] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:6 [SER] | a:2465 [C] | 3:6 [SER] | A:2461 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:8 [LYS] | a:2466 [C] | 3:8 [LYS] | A:2462 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:2 [LYS] | a:2478 [A] | 3:2 [LYS] | A:2474 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:38 [GLY] | a:1125 [G] | 3:38 [GLY] | A:1122 [G] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:38 [GLY] | a:2465 [C] | 3:38 [GLY] | A:2461 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:37 [GLN] | a:1031 [G] | 3:37 [GLN] | A:1028 [G] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:37 [GLN] | a:1032 [A] | 3:37 [GLN] | A:1029 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 3:15 [LYS] | a:2754 [U] | 3:15 [LYS] | A:2750 [U] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:18 [LYS] | a:1032 [A] | 3:18 [ARG] | A:1029 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:18 [LYS] | a:1033 [U] | 3:18 [ARG] | A:1030 [U] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:18 [LYS] | a:1123 [C] | 3:18 [ARG] | A:1120 [C] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:2 [LYS] | a:2527 [C] | 3:2 [LYS] | A:2523 [C] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:23 [ILE] | a:1033 [U] | 3:23 [ILE] | A:1030 [U] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:30 [GLU] | a:2527 [C] | 3:31 [PRO] | A:2523 [C] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:31 [PRO] | a:2478 [A] | 3:32 [ARG] | A:2474 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:31 [PRO] | a:2529 [G] | 3:32 [ARG] | A:2525 [G] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:37 [GLN] | a:1125 [G] | 3:37 [GLN] | A:1122 [G] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:38 [GLY] | a:1032 [A] | 3:38 [GLY] | A:1029 [A] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:38 [GLY] | a:1031 [G] | 3:38 [GLY] | A:1028 [G] | ❌ 7K00_3_a |
| 3:8 [LYS] | a:2468 [A] | 3:8 [LYS] | A:2464 [A] | ❌ 7RYG_A:2464 no longer at interface |
| 3:38 [GLY] | a:1126 [A] | 3:38 [GLY] | A:1123 [A] | ❌ 7RYG_A:1123 no longer at interface |
| 3:31 [PRO] | a:2476 [A] | 3:32 [ARG] | A:2472 [A] | ❌ 7K00_a:2476 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.99 | 2.49 | 0.71 | 0.9 | 0.99 | 1.0 | 0.97 | 0.75 | 0.49 | 0.50 | 0.11 |
Other pairs involving 7K00_3_a or 7RYG_3_A
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_19_1A | 7K00_3_a | 0.92 | 0.96 | 1.0 | 0.69 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7K00_3_a | 0.93 | 0.97 | 1.51 | 0.65 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_3_a | 7OF0_4_A | 0.65 | 0.93 | 2.82 | 0.38 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_3_a | 7RYG_3_A | 0.75 | 0.99 | 2.49 | 0.71 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_19_1A | 7RYG_3_A | 0.64 | 0.96 | 2.87 | 0.58 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7RYG_3_A | 0.77 | 0.98 | 2.04 | 0.67 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_4_A | 7RYG_3_A | 0.47 | 0.93 | 2.63 | 0.33 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |