Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_3
|
7RYG_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| 3:1 [MET] | A:2522 [G] | 2.99 | A:2533 [U] | sugar:BB | 82.64 | |
| 3:1 [MET] | A:2523 [C] | 3.45 | A:2532 [G] | sugar:BB | 82.64 | |
| 3:1 [MET] | A:2534 [C] | 4.4 | A:2521 [G] | 82.64 | ||
| 3:1 [MET] | A:2738 [C] | 3.49 | A:2758 [G] | 82.64 | ||
| 3:1 [MET] | A:2739 [C] | 4.45 | A:2757 [G] | 82.64 | ||
| 3:2 [LYS] | A:2473 [U] | 4.12 | 84.33 | |||
| 3:2 [LYS] | A:2523 [C] | 4.98 | A:2532 [G] | 84.33 | ||
| 3:3 [VAL] | A:2534 [C] | 4.35 | A:2521 [G] | 65.86 | ||
| 3:3 [VAL] | A:2535 [C] | 4.23 | A:2520 [G] | 65.86 | ||
| 3:4 [GLN] | A:2462 [C] | 3.68 | A:2480 [G] | 55.83 | ||
| 3:5 [ALA] | A:1026 [A] | 4.69 | A:1122 [G] | 43.44 | ||
| 3:5 [ALA] | A:1027 [C] | 4.86 | A:1121 [G] | 43.44 | ||
| 3:5 [ALA] | A:1028 [G] | 4.19 | A:1120 [C] | 43.44 | ||
| 3:5 [ALA] | A:1121 [G] | 3.56 | A:1027 [C] | base:BB | 43.44 | |
| 3:5 [ALA] | A:1122 [G] | 4.25 | A:1026 [A] | 43.44 | ||
| 3:5 [ALA] | A:2461 [C] | 3.79 | A:2481 [G] | 43.44 | ||
| 3:5 [ALA] | A:2462 [C] | 3.29 | A:2480 [G] | 43.44 | ||
| 3:6 [SER] | A:1027 [C] | 4.31 | A:1121 [G] | 83.88 | ||
| 3:6 [SER] | A:1028 [G] | 4.18 | A:1120 [C] | 83.88 | ||
| 3:6 [SER] | A:2462 [C] | 3.35 | A:2480 [G] | 83.88 | ||
| 3:6 [SER] | A:2463 [C] | 2.98 | A:2479 [C] | 83.88 | ||
| 3:7 [VAL] | A:1028 [G] | 3.18 | A:1120 [C] | sugar:BB | 61.32 | |
| 3:7 [VAL] | A:1029 [A] | 3.84 | 61.32 | |||
| 3:8 [LYS] | A:1028 [G] | 3.63 | A:1120 [C] | 70.12 | ||
| 3:8 [LYS] | A:1029 [A] | 3.63 | 70.12 | |||
| 3:8 [LYS] | A:2463 [C] | 4.73 | A:2479 [C] | 70.12 | ||
| 3:15 [LYS] | A:2749 [A] | 3.04 | A:2745 [A] | base:SC, sugar:SC | 34.04 | |
| 3:15 [LYS] | A:2750 [U] | 3.73 | A:2744 [A] | 34.04 | ||
| 3:16 [VAL] | A:1029 [A] | 4.12 | 18.62 | |||
| 3:16 [VAL] | A:1030 [U] | 4.63 | A:1119 [G] | 18.62 | ||
| 3:17 [ILE] | A:2750 [U] | 4.41 | A:2744 [A] | 84.52 | ||
| 3:17 [ILE] | A:2752 [U] | 4.29 | A:2754 [A] | 84.52 | ||
| 3:18 [ARG] | A:1029 [A] | 4.9 | 46.25 | |||
| 3:18 [ARG] | A:1030 [U] | 2.81 | A:1119 [G] | base:SC | 46.25 | |
| 3:18 [ARG] | A:1031 [G] | 4.92 | A:1118 [C] | 46.25 | ||
| 3:18 [ARG] | A:1119 [G] | 4.26 | A:1030 [U] | 46.25 | ||
| 3:18 [ARG] | A:1120 [C] | 3.2 | A:1028 [G] | base:SC, sugar:SC | 46.25 | |
| 3:18 [ARG] | A:2752 [U] | 4.54 | A:2754 [A] | 46.25 | ||
| 3:18 [ARG] | A:2753 [A] | 3.5 | A:2743 [G] | 46.25 | ||
| 3:19 [ARG] | A:2750 [U] | 3.2 | A:2744 [A] | 99.0 | ||
| 3:19 [ARG] | A:2751 [C] | 3.35 | base/AA stacks | 99.0 | ||
| 3:19 [ARG] | A:2752 [U] | 2.61 | A:2754 [A] | 99.0 | ||
| 3:19 [ARG] | A:2753 [A] | 4.25 | A:2743 [G] | 99.0 | ||
| 3:20 [ASN] | A:2752 [U] | 4.09 | A:2754 [A] | 5.09 | ||
| 3:20 [ASN] | A:2753 [A] | 3.18 | A:2743 [G] | 5.09 | ||
| 3:21 [GLY] | A:1120 [C] | 4.15 | A:1028 [G] | 49.49 | ||
| 3:21 [GLY] | A:1121 [G] | 4.7 | A:1027 [C] | 49.49 | ||
| 3:21 [GLY] | A:2753 [A] | 4.96 | A:2743 [G] | 49.49 | ||
| 3:23 [ILE] | A:1029 [A] | 4.11 | 0.0 | |||
| 3:23 [ILE] | A:1030 [U] | 4.75 | A:1119 [G] | 0.0 | ||
| 3:24 [ARG] | A:2738 [C] | 3.3 | A:2758 [G] | 40.58 | ||
| 3:26 [ILE] | A:2750 [U] | 4.89 | A:2744 [A] | 43.38 | ||
| 3:31 [PRO] | A:2523 [C] | 3.37 | A:2532 [G] | 47.14 | ||
| 3:31 [PRO] | A:2524 [U] | 4.58 | A:2531 [G] | 47.14 | ||
| 3:32 [ARG] | A:2472 [A] | 2.99 | base:SC, sugar:SC | 68.73 | ||
| 3:32 [ARG] | A:2474 [A] | 3.97 | A:2468 [G] | 68.73 | ||
| 3:32 [ARG] | A:2523 [C] | 3.77 | A:2532 [G] | 68.73 | ||
| 3:32 [ARG] | A:2524 [U] | 3.53 | A:2531 [G] | 68.73 | ||
| 3:32 [ARG] | A:2525 [G] | 3.8 | 68.73 | |||
| 3:34 [LYS] | A:2522 [G] | 3.7 | A:2533 [U] | 83.3 | ||
| 3:34 [LYS] | A:2523 [C] | 4.5 | A:2532 [G] | 83.3 | ||
| 3:34 [LYS] | A:2738 [C] | 4.68 | A:2758 [G] | 83.3 | ||
| 3:34 [LYS] | A:2739 [C] | 2.81 | A:2757 [G] | 83.3 | ||
| 3:36 [ARG] | A:2535 [C] | 3.52 | A:2520 [G] | sugar:SC | 62.22 | |
| 3:36 [ARG] | A:2536 [C] | 4.75 | A:2519 [G] | 62.22 | ||
| 3:36 [ARG] | A:2737 [A] | 3.75 | A:2759 [G] | 62.22 | ||
| 3:36 [ARG] | A:2738 [C] | 3.36 | A:2758 [G] | 62.22 | ||
| 3:37 [GLN] | A:1121 [G] | 4.24 | A:1027 [C] | 90.09 | ||
| 3:37 [GLN] | A:1122 [G] | 3.91 | A:1026 [A] | 90.09 | ||
| 3:38 [GLY] | A:1028 [G] | 2.75 | A:1120 [C] | base:SC, base:BB | 45.78 | |
| 3:38 [GLY] | A:1029 [A] | 4.94 | 45.78 | |||
| 3:38 [GLY] | A:1121 [G] | 3.15 | A:1027 [C] | sugar:BB | 45.78 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group81 | 7RYG_3_A | 3: 50s ribosomal protein l36, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7IA18 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7K00_3_a | 7RYG_3_A | 0.75 | 0.99 | 2.49 | 0.71 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7RYG_3_A | 0.77 | 0.98 | 2.04 | 0.67 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_19_1A | 7RYG_3_A | 0.64 | 0.96 | 2.87 | 0.58 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_4_A | 7RYG_3_A | 0.47 | 0.93 | 2.63 | 0.33 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |