RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group82 > 4Y4O_1U_1A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4Y4O_1U
4Y4O_1A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
1U:2 [PRO] 1A:469 [A] 4.02 56.3
1U:2 [PRO] 1A:470 [C] 2.94 1A:36 [G] 56.3
1U:2 [PRO] 1A:471 [C] 3.24 1A:35 [G] 56.3
1U:2 [PRO] 1A:1244 [U] 3.37 1A:1292 [A] 56.3
1U:2 [PRO] 1A:1245 [C] 3.49 1A:1291 [G] 56.3
1U:2 [PRO] 1A:1292 [A] 3.98 1A:1244 [U] 56.3
1U:2 [PRO] 1A:1293 [A] 3.87 1A:1243 [U] 56.3
1U:2 [PRO] 1A:1294 [G] 2.97 56.3
1U:3 [ARG] 1A:470 [C] 4.35 1A:36 [G] 98.61
1U:3 [ARG] 1A:471 [C] 2.78 1A:35 [G] 98.61
1U:3 [ARG] 1A:472 [G] 2.65 98.61
1U:3 [ARG] 1A:475 [A] 3.23 1A:480 [A] 98.61
1U:3 [ARG] 1A:607 [C] 4.38 1A:1302 [G] 98.61
1U:3 [ARG] 1A:1244 [U] 2.72 1A:1292 [A] sugar:BB 98.61
1U:3 [ARG] 1A:1294 [G] 3.52 98.61
1U:4 [ALA] 1A:1243 [U] 3.68 1A:1293 [A] 82.44
1U:4 [ALA] 1A:1244 [U] 3.43 1A:1292 [A] 82.44
1U:4 [ALA] 1A:1293 [A] 4.41 1A:1243 [U] 82.44
1U:4 [ALA] 1A:1294 [G] 3.16 sugar:BB 82.44
1U:4 [ALA] 1A:1295 [U] 3.5 1A:1242 [G] 82.44
1U:5 [LYS] 1A:29 [U] 3.46 1A:536 [U] 80.62
1U:5 [LYS] 1A:30 [G] 3.01 1A:535 [C] 80.62
1U:5 [LYS] 1A:472 [G] 3.6 80.62
1U:5 [LYS] 1A:473 [A] 3.91 1A:33 [U] 80.62
1U:5 [LYS] 1A:607 [C] 3.75 1A:1302 [G] 80.62
1U:5 [LYS] 1A:1243 [U] 3.65 1A:1293 [A] sugar:BB 80.62
1U:5 [LYS] 1A:1244 [U] 4.99 1A:1292 [A] 80.62
1U:6 [THR] 1A:606 [G] 4.52 1A:1303 [C] 63.08
1U:6 [THR] 1A:607 [C] 2.53 1A:1302 [G] 63.08
1U:6 [THR] 1A:608 [G] 4.84 1A:1300 [A] 63.08
1U:6 [THR] 1A:1243 [U] 4.51 1A:1293 [A] 63.08
1U:6 [THR] 1A:1297 [C] 3.58 1A:609 [A] 63.08
1U:7 [GLY] 1A:29 [U] 3.43 1A:536 [U] 67.26
1U:7 [GLY] 1A:30 [G] 3.1 1A:535 [C] 67.26
1U:7 [GLY] 1A:606 [G] 4.36 1A:1303 [C] 67.26
1U:7 [GLY] 1A:607 [C] 4.54 1A:1302 [G] 67.26
1U:8 [VAL] 1A:29 [U] 3.66 1A:536 [U] 27.32
1U:8 [VAL] 1A:30 [G] 4.19 1A:535 [C] 27.32
1U:8 [VAL] 1A:1260 [G] 3.46 1A:1280 [U] 27.32
1U:8 [VAL] 1A:1261 [G] 3.67 1A:1279 [C] 27.32
1U:9 [VAL] 1A:1242 [G] 3.99 1A:1295 [U] 34.54
1U:9 [VAL] 1A:1243 [U] 3.74 1A:1293 [A] 34.54
1U:9 [VAL] 1A:1296 [G] 4.4 1A:1241 [C] 34.54
1U:9 [VAL] 1A:1297 [C] 4.55 1A:609 [A] 34.54
1U:10 [ARG] 1A:606 [G] 3.02 1A:1303 [C] 46.44
1U:10 [ARG] 1A:607 [C] 3.39 1A:1302 [G] 46.44
1U:10 [ARG] 1A:608 [G] 3.94 1A:1300 [A] 46.44
1U:10 [ARG] 1A:1297 [C] 3.1 1A:609 [A] 46.44
1U:10 [ARG] 1A:1298 [G] 4.45 46.44
1U:11 [ARG] 1A:28 [A] 3.56 1A:537 [G] base:SC 53.79
1U:11 [ARG] 1A:29 [U] 2.98 1A:536 [U] sugar:SC, sugar:SC 53.79
1U:11 [ARG] 1A:538 [A] 3.36 1A:27 [G] 53.79
1U:11 [ARG] 1A:606 [G] 4.05 1A:1303 [C] 53.79
1U:11 [ARG] 1A:1260 [G] 3.48 1A:1280 [U] 53.79
1U:11 [ARG] 1A:1261 [G] 2.89 1A:1279 [C] 53.79
1U:11 [ARG] 1A:1262 [C] 4.0 1A:1278 [G] 53.79
1U:12 [ARG] 1A:1260 [G] 3.39 1A:1280 [U] 37.56
1U:12 [ARG] 1A:1261 [G] 2.8 1A:1279 [C] 37.56
1U:13 [LYS] 1A:859 [C] 3.21 1A:1240 [G] sugar:SC 70.06
1U:13 [LYS] 1A:1272 [A] 3.45 1A:1269 [G] 70.06
1U:13 [LYS] 1A:1273 [G] 3.1 1A:1268 [C] 70.06
1U:13 [LYS] 1A:1296 [G] 4.93 1A:1241 [C] 70.06
1U:13 [LYS] 1A:1297 [C] 3.77 1A:609 [A] 70.06
1U:14 [HIS] 1A:604 [C] 4.8 1A:1305 [G] 78.59
1U:14 [HIS] 1A:605 [G] 2.7 1A:1304 [C] 78.59
1U:14 [HIS] 1A:1297 [C] 4.83 1A:609 [A] 78.59
1U:14 [HIS] 1A:1298 [G] 2.65 78.59
1U:15 [LYS] 1A:539 [A] 4.99 1A:26 [G] 70.56
1U:15 [LYS] 1A:1262 [C] 3.47 1A:1278 [G] 70.56
1U:15 [LYS] 1A:1263 [C] 2.8 1A:1277 [G] 70.56
1U:16 [LYS] 1A:1272 [A] 2.86 1A:1269 [G] 0.0
1U:16 [LYS] 1A:1273 [G] 2.46 1A:1268 [C] 0.0
1U:19 [LYS] 1A:1264 [G] 3.17 1A:1276 [C] 0.0
1U:19 [LYS] 1A:1265 [A] 3.03 0.0
1U:21 [ALA] 1A:19 [C] 4.96 1A:546 [G] 0.0
1U:22 [LYS] 1A:18 [C] 4.76 1A:547 [G] 0.0
1U:22 [LYS] 1A:19 [C] 3.83 1A:546 [G] 0.0
1U:22 [LYS] 1A:20 [C] 2.5 1A:545 [G] 0.0
1U:22 [LYS] 1A:577 [U] 4.98 1A:564 [G] 0.0
1U:22 [LYS] 1A:1264 [G] 4.09 1A:1276 [C] 0.0
1U:23 [GLY] 1A:18 [C] 3.29 1A:547 [G] sugar:BB 0.0
1U:23 [GLY] 1A:19 [C] 3.02 1A:546 [G] 0.0
1U:23 [GLY] 1A:558 [G] 4.66 1A:583 [C] 0.0
1U:23 [GLY] 1A:577 [U] 3.68 1A:564 [G] 0.0
1U:24 [TYR] 1A:18 [C] 3.6 1A:547 [G] 0.0
1U:24 [TYR] 1A:19 [C] 4.64 1A:546 [G] 0.0
1U:24 [TYR] 1A:558 [G] 3.35 1A:583 [C] 0.0
1U:24 [TYR] 1A:559 [U] 2.71 1A:582 [G] 0.0
1U:25 [TRP] 1A:17 [G] 3.36 1A:548 [C] 34.33
1U:25 [TRP] 1A:18 [C] 3.9 1A:547 [G] 34.33
1U:25 [TRP] 1A:557 [A] 3.35 34.33
1U:25 [TRP] 1A:558 [G] 2.76 1A:583 [C] 34.33
1U:25 [TRP] 1A:2042 [A] 3.61 1A:2056 [U] 34.33
1U:25 [TRP] 1A:2043 [C] 3.32 base/AA stacks 34.33
1U:26 [GLY] 1A:17 [G] 4.35 1A:548 [C] 66.12
1U:26 [GLY] 1A:18 [C] 2.81 1A:547 [G] 66.12
1U:26 [GLY] 1A:2042 [A] 3.61 1A:2056 [U] 66.12
1U:27 [LEU] 1A:541 [C] 3.33 1A:24 [G] 64.51
1U:27 [LEU] 1A:603 [C] 3.64 1A:1306 [G] 64.51
1U:27 [LEU] 1A:2041 [A] 3.39 1A:2057 [G] 64.51
1U:27 [LEU] 1A:2042 [A] 2.75 1A:2056 [U] 64.51
1U:28 [ARG] 1A:556 [C] 3.54 1A:2040 [G] base:SC 56.49
1U:28 [ARG] 1A:557 [A] 3.28 base:SC 56.49
1U:28 [ARG] 1A:558 [G] 3.62 1A:583 [C] 56.49
1U:28 [ARG] 1A:2040 [G] 4.58 1A:556 [C] 56.49
1U:28 [ARG] 1A:2041 [A] 4.46 1A:2057 [G] 56.49
1U:28 [ARG] 1A:2042 [A] 4.56 1A:2056 [U] 56.49
1U:29 [SER] 1A:18 [C] 4.54 1A:547 [G] 76.3
1U:29 [SER] 1A:19 [C] 3.79 1A:546 [G] 76.3
1U:30 [LYS] 1A:18 [C] 4.38 1A:547 [G] 62.07
1U:30 [LYS] 1A:19 [C] 2.73 1A:546 [G] 62.07
1U:30 [LYS] 1A:539 [A] 4.93 1A:26 [G] 62.07
1U:30 [LYS] 1A:540 [A] 3.88 1A:25 [U] 62.07
1U:30 [LYS] 1A:541 [C] 4.21 1A:24 [G] 62.07
1U:30 [LYS] 1A:604 [C] 4.89 1A:1305 [G] 62.07
1U:31 [SER] 1A:603 [C] 3.39 1A:1306 [G] 38.27
1U:31 [SER] 1A:604 [C] 2.88 1A:1305 [G] 38.27
1U:32 [PHE] 1A:604 [C] 3.42 1A:1305 [G] 30.98
1U:32 [PHE] 1A:605 [G] 4.82 1A:1304 [C] 30.98
1U:32 [PHE] 1A:1298 [G] 3.43 30.98
1U:33 [ARG] 1A:601 [A] 3.06 1A:586 [G] sugar:SC 63.26
1U:33 [ARG] 1A:603 [C] 3.69 1A:1306 [G] 63.26
1U:33 [ARG] 1A:604 [C] 3.27 1A:1305 [G] 63.26
1U:33 [ARG] 1A:1298 [G] 3.1 sugar:SC 63.26
1U:33 [ARG] 1A:1299 [A] 3.93 sugar:SC 63.26
1U:34 [LYS] 1A:586 [G] 3.48 1A:601 [A] 28.04
1U:34 [LYS] 1A:603 [C] 4.96 1A:1306 [G] 28.04
1U:34 [LYS] 1A:604 [C] 4.92 1A:1305 [G] 28.04
1U:34 [LYS] 1A:2040 [G] 2.87 1A:556 [C] base:SC 28.04
1U:34 [LYS] 1A:2041 [A] 3.22 1A:2057 [G] 28.04
1U:36 [ARG] 1A:859 [C] 4.59 1A:1240 [G] 39.55
1U:36 [ARG] 1A:1297 [C] 4.96 1A:609 [A] 39.55
1U:36 [ARG] 1A:1298 [G] 2.47 base:SC, base:SC 39.55
1U:37 [GLU] 1A:586 [G] 3.06 1A:601 [A] base:SC, base:SC 58.64
1U:37 [GLU] 1A:587 [C] 3.38 1A:600 [G] 58.64
1U:37 [GLU] 1A:1298 [G] 2.66 base:SC, base:SC 58.64
1U:37 [GLU] 1A:2040 [G] 4.64 1A:556 [C] 58.64
1U:38 [THR] 1A:558 [G] 4.07 1A:583 [C] 63.28
1U:40 [PHE] 1A:587 [C] 4.49 1A:600 [G] 21.95
1U:40 [PHE] 1A:1298 [G] 3.79 21.95
1U:41 [ALA] 1A:557 [A] 3.53 67.41
1U:41 [ALA] 1A:558 [G] 4.35 1A:583 [C] 67.41
1U:42 [ALA] 1A:558 [G] 3.31 1A:583 [C] 85.16
1U:42 [ALA] 1A:559 [U] 3.65 1A:582 [G] 85.16
1U:45 [TYR] 1A:556 [C] 4.76 1A:2040 [G] 47.31
1U:45 [TYR] 1A:557 [A] 2.58 47.31
1U:45 [TYR] 1A:558 [G] 3.33 1A:583 [C] 47.31
1U:45 [TYR] 1A:559 [U] 3.34 1A:582 [G] base/AA stacks 47.31
1U:45 [TYR] 1A:584 [G] 2.7 sugar:SC 47.31
1U:46 [ALA] 1A:559 [U] 3.52 1A:582 [G] 0.0
1U:46 [ALA] 1A:560 [C] 4.1 1A:581 [G] 0.0
1U:47 [TYR] 1A:1036 [A] 3.11 1A:1019 [G] sugar:SC 0.0
1U:47 [TYR] 1A:1037 [C] 4.86 1A:1209 [G] 0.0
1U:47 [TYR] 1A:1038 [C] 2.52 1A:1208 [G] 0.0
1U:47 [TYR] 1A:1039 [G] 3.75 1A:1207 [C] 0.0
1U:47 [TYR] 1A:1202 [A] 3.97 0.0
1U:48 [ALA] 1A:1202 [A] 3.83 0.0
1U:49 [HIS] 1A:558 [G] 3.7 1A:583 [C] 0.0
1U:49 [HIS] 1A:559 [U] 2.69 1A:582 [G] base:SC, sugar:SC 0.0
1U:49 [HIS] 1A:560 [C] 3.18 1A:581 [G] sugar:SC 0.0
1U:49 [HIS] 1A:582 [G] 2.87 1A:559 [U] base:SC 0.0
1U:49 [HIS] 1A:583 [C] 3.12 1A:558 [G] base:SC 0.0
1U:50 [ARG] 1A:560 [C] 4.73 1A:581 [G] 0.0
1U:50 [ARG] 1A:1038 [C] 4.47 1A:1208 [G] 0.0
1U:50 [ARG] 1A:1039 [G] 2.7 1A:1207 [C] 0.0
1U:50 [ARG] 1A:1040 [C] 3.56 1A:1206 [G] 0.0
1U:50 [ARG] 1A:1041 [C] 4.17 0.0
1U:51 [LYS] 1A:1036 [A] 4.81 1A:1019 [G] 0.0
1U:51 [LYS] 1A:1038 [C] 4.54 1A:1208 [G] 0.0
1U:51 [LYS] 1A:1039 [G] 3.8 1A:1207 [C] 0.0
1U:51 [LYS] 1A:1202 [A] 3.22 sugar:SC 0.0
1U:52 [ARG] 1A:582 [G] 3.56 1A:559 [U] sugar:SC 0.0
1U:52 [ARG] 1A:583 [C] 3.53 1A:558 [G] 0.0
1U:52 [ARG] 1A:1023 [G] 4.08 1A:1032 [C] 0.0
1U:52 [ARG] 1A:1202 [A] 4.87 0.0
1U:53 [ARG] 1A:560 [C] 2.74 1A:581 [G] 0.0
1U:53 [ARG] 1A:561 [A] 3.16 1A:580 [U] 0.0
1U:53 [ARG] 1A:1039 [G] 4.7 1A:1207 [C] 0.0
1U:53 [ARG] 1A:1040 [C] 2.32 1A:1206 [G] 0.0
1U:53 [ARG] 1A:1041 [C] 3.12 0.0
1U:54 [LYS] 1A:1039 [G] 4.95 1A:1207 [C] 0.0
1U:54 [LYS] 1A:1040 [C] 2.67 1A:1206 [G] 0.0
1U:54 [LYS] 1A:1041 [C] 2.9 0.0
1U:55 [ARG] 1A:1022 [C] 3.97 1A:1033 [G] 0.0
1U:55 [ARG] 1A:1023 [G] 4.06 1A:1032 [C] 0.0
1U:55 [ARG] 1A:1201 [A] 2.92 1A:1045 [U] 0.0
1U:55 [ARG] 1A:1202 [A] 3.0 base:SC 0.0
1U:56 [ASP] 1A:560 [C] 4.98 1A:581 [G] 0.0
1U:56 [ASP] 1A:582 [G] 3.67 1A:559 [U] 0.0
1U:57 [PHE] 1A:561 [A] 3.63 1A:580 [U] 0.0
1U:57 [PHE] 1A:1041 [C] 3.26 base/AA stacks 0.0
1U:58 [ARG] 1A:1043 [G] 2.86 1A:1204 [C] 0.0
1U:58 [ARG] 1A:1044 [C] 2.94 1A:1203 [G] 0.0
1U:58 [ARG] 1A:1199 [C] 3.56 1A:1048 [G] 0.0
1U:58 [ARG] 1A:1200 [G] 2.85 1A:1047 [A] 0.0
1U:59 [ARG] 1A:1054 [C] 4.2 1A:1055 [A] 0.0
1U:59 [ARG] 1A:1055 [A] 3.19 1A:1054 [C] base/AA stacks 0.0
1U:59 [ARG] 1A:1200 [G] 4.2 1A:1047 [A] 0.0
1U:61 [TRP] 1A:1041 [C] 3.52 0.0
1U:61 [TRP] 1A:1042 [A] 3.77 1A:1205 [U] 0.0
1U:61 [TRP] 1A:1043 [G] 4.59 1A:1204 [C] 0.0
1U:62 [ILE] 1A:1055 [A] 3.59 1A:1054 [C] 0.0
1U:62 [ILE] 1A:1056 [A] 3.62 0.0
1U:62 [ILE] 1A:1199 [C] 3.71 1A:1048 [G] 0.0
1U:62 [ILE] 1A:1200 [G] 3.62 1A:1047 [A] 0.0
1U:63 [VAL] 1A:1055 [A] 3.64 1A:1054 [C] 0.0
1U:63 [VAL] 1A:1056 [A] 3.66 0.0
1U:66 [ASN] 1A:1056 [A] 2.99 0.0
1U:66 [ASN] 1A:1057 [G] 2.62 1A:1196 [C] 0.0
1U:70 [ARG] 1A:1057 [G] 2.76 1A:1196 [C] 0.0
1U:70 [ARG] 1A:1058 [U] 2.98 1A:1189 [A] 0.0
1U:75 [ASN] 1A:1057 [G] 3.14 1A:1196 [C] 0.0
1U:75 [ASN] 1A:1058 [U] 2.87 1A:1189 [A] 0.0
1U:76 [TYR] 1A:1056 [A] 3.91 0.0
1U:76 [TYR] 1A:1057 [G] 3.55 1A:1196 [C] 0.0
1U:76 [TYR] 1A:1198 [C] 3.43 1A:1049 [G] 0.0
1U:76 [TYR] 1A:1199 [C] 2.72 1A:1048 [G] 0.0
1U:77 [SER] 1A:1056 [A] 3.59 0.0
1U:77 [SER] 1A:1057 [G] 2.37 1A:1196 [C] 0.0
1U:77 [SER] 1A:1197 [G] 2.84 1A:1050 [C] 0.0
1U:77 [SER] 1A:1198 [C] 3.36 1A:1049 [G] 0.0
1U:78 [THR] 1A:1057 [G] 4.72 1A:1196 [C] 0.0
1U:78 [THR] 1A:1197 [G] 4.28 1A:1050 [C] 0.0
1U:80 [ILE] 1A:1198 [C] 3.92 1A:1049 [G] 0.0
1U:80 [ILE] 1A:1199 [C] 4.22 1A:1048 [G] 0.0
1U:81 [HIS] 1A:1197 [G] 3.41 1A:1050 [C] 0.0
1U:81 [HIS] 1A:1198 [C] 3.93 1A:1049 [G] 0.0
1U:84 [LYS] 1A:1198 [C] 3.77 1A:1049 [G] 0.0
1U:91 [ASP] 1A:1042 [A] 3.24 1A:1205 [U] sugar:SC 0.0
1U:91 [ASP] 1A:1043 [G] 3.6 1A:1204 [C] 0.0
1U:92 [ARG] 1A:1042 [A] 4.17 1A:1205 [U] 0.0
1U:92 [ARG] 1A:1043 [G] 2.8 1A:1204 [C] 0.0
1U:92 [ARG] 1A:1044 [C] 2.84 1A:1203 [G] 0.0
1U:92 [ARG] 1A:1198 [C] 4.96 1A:1049 [G] 0.0
1U:92 [ARG] 1A:1199 [C] 2.7 1A:1048 [G] 0.0
1U:93 [LYS] 1A:1041 [C] 3.71 0.0
1U:93 [LYS] 1A:1042 [A] 2.99 1A:1205 [U] 0.0
1U:93 [LYS] 1A:1043 [G] 4.5 1A:1204 [C] 0.0

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group82 4Y4O_1U_1A 1U: 50s ribosomal protein l20, Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (natural) 1A: 23s ribosomal RNA, Thermus thermophilus hb8 (natural) P60491 Ribosomal protein L20 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1U_1A 7RYG_P_A 0.88 0.96 1.29 0.55 Ribosomal protein L20 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1U_1A 7OF0_R_A 0.69 0.97 1.77 0.27 Ribosomal protein L20 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1U_1A 6S0Z_O_A 0.89 0.97 1.05 0.48 Ribosomal protein L20 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1U_1A 7K00_p_a 0.91 0.97 0.81 0.58 Ribosomal protein L20 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare