Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0Z_O
|
6S0Z_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| O:2 [PRO] | A:489 [A] | 4.05 | 59.01 | |||
| O:2 [PRO] | A:490 [C] | 3.31 | A:36 [G] | 59.01 | ||
| O:2 [PRO] | A:491 [C] | 3.18 | A:35 [G] | 59.01 | ||
| O:2 [PRO] | A:1238 [U] | 3.92 | A:1284 [A] | 59.01 | ||
| O:2 [PRO] | A:1239 [C] | 4.5 | A:1283 [G] | 59.01 | ||
| O:2 [PRO] | A:1284 [A] | 4.3 | A:1238 [U] | 59.01 | ||
| O:2 [PRO] | A:1285 [A] | 3.69 | A:1237 [U] | 59.01 | ||
| O:2 [PRO] | A:1286 [G] | 2.81 | 59.01 | |||
| O:3 [ARG] | A:490 [C] | 4.48 | A:36 [G] | 98.83 | ||
| O:3 [ARG] | A:491 [C] | 2.66 | A:35 [G] | 98.83 | ||
| O:3 [ARG] | A:492 [G] | 3.01 | 98.83 | |||
| O:3 [ARG] | A:495 [A] | 3.6 | A:500 [A] | 98.83 | ||
| O:3 [ARG] | A:627 [C] | 4.83 | A:1294 [G] | 98.83 | ||
| O:3 [ARG] | A:1238 [U] | 3.31 | A:1284 [A] | sugar:BB | 98.83 | |
| O:3 [ARG] | A:1286 [G] | 3.57 | 98.83 | |||
| O:4 [VAL] | A:1237 [U] | 3.46 | A:1285 [A] | 84.44 | ||
| O:4 [VAL] | A:1238 [U] | 3.56 | A:1284 [A] | 84.44 | ||
| O:4 [VAL] | A:1285 [A] | 4.39 | A:1237 [U] | 84.44 | ||
| O:4 [VAL] | A:1286 [G] | 3.41 | sugar:BB | 84.44 | ||
| O:4 [VAL] | A:1287 [U] | 3.73 | 84.44 | |||
| O:5 [LYS] | A:29 [U] | 4.2 | A:556 [U] | 79.14 | ||
| O:5 [LYS] | A:30 [G] | 3.22 | A:555 [C] | 79.14 | ||
| O:5 [LYS] | A:492 [G] | 4.3 | 79.14 | |||
| O:5 [LYS] | A:493 [A] | 3.47 | A:33 [U] | 79.14 | ||
| O:5 [LYS] | A:627 [C] | 4.23 | A:1294 [G] | 79.14 | ||
| O:5 [LYS] | A:1237 [U] | 4.12 | A:1285 [A] | 79.14 | ||
| O:6 [GLY] | A:29 [U] | 4.83 | A:556 [U] | 60.74 | ||
| O:6 [GLY] | A:626 [G] | 4.53 | A:1295 [C] | 60.74 | ||
| O:6 [GLY] | A:627 [C] | 3.27 | A:1294 [G] | 60.74 | ||
| O:7 [GLY] | A:29 [U] | 3.95 | A:556 [U] | 71.16 | ||
| O:7 [GLY] | A:30 [G] | 3.84 | A:555 [C] | 71.16 | ||
| O:8 [THR] | A:29 [U] | 3.54 | A:556 [U] | 48.02 | ||
| O:8 [THR] | A:30 [G] | 4.68 | A:555 [C] | 48.02 | ||
| O:8 [THR] | A:1253 [G] | 4.08 | A:1272 [U] | 48.02 | ||
| O:8 [THR] | A:1254 [C] | 3.58 | A:1271 [G] | 48.02 | ||
| O:9 [VAL] | A:1236 [G] | 4.4 | 41.46 | |||
| O:9 [VAL] | A:1237 [U] | 4.31 | A:1285 [A] | 41.46 | ||
| O:9 [VAL] | A:1289 [A] | 4.7 | A:629 [A] | 41.46 | ||
| O:10 [THR] | A:626 [G] | 3.98 | A:1295 [C] | 42.99 | ||
| O:10 [THR] | A:1289 [A] | 3.16 | A:629 [A] | 42.99 | ||
| O:10 [THR] | A:1290 [G] | 4.61 | 42.99 | |||
| O:11 [ARG] | A:28 [A] | 3.81 | A:557 [G] | base:SC | 59.45 | |
| O:11 [ARG] | A:29 [U] | 3.1 | A:556 [U] | sugar:SC | 59.45 | |
| O:11 [ARG] | A:558 [A] | 3.89 | A:27 [G] | 59.45 | ||
| O:11 [ARG] | A:1253 [G] | 4.52 | A:1272 [U] | 59.45 | ||
| O:11 [ARG] | A:1254 [C] | 3.1 | A:1271 [G] | 59.45 | ||
| O:11 [ARG] | A:1255 [A] | 3.79 | A:1270 [U] | 59.45 | ||
| O:13 [ARG] | A:1265 [G] | 4.15 | A:1260 [C] | 69.45 | ||
| O:13 [ARG] | A:1289 [A] | 3.27 | A:629 [A] | 69.45 | ||
| O:13 [ARG] | A:1290 [G] | 2.78 | 69.45 | |||
| O:14 [ARG] | A:625 [G] | 3.3 | A:1296 [C] | 80.12 | ||
| O:14 [ARG] | A:626 [G] | 2.76 | A:1295 [C] | 80.12 | ||
| O:14 [ARG] | A:1289 [A] | 4.29 | A:629 [A] | 80.12 | ||
| O:14 [ARG] | A:1290 [G] | 2.87 | 80.12 | |||
| O:15 [LYS] | A:1255 [A] | 3.24 | A:1270 [U] | 70.5 | ||
| O:15 [LYS] | A:1256 [U] | 2.58 | A:1269 [A] | 70.5 | ||
| O:16 [LYS] | A:1265 [G] | 3.23 | A:1260 [C] | 67.66 | ||
| O:16 [LYS] | A:1266 [G] | 4.96 | A:1259 [U] | 67.66 | ||
| O:19 [LYS] | A:1256 [U] | 4.71 | A:1269 [A] | 51.74 | ||
| O:19 [LYS] | A:1257 [G] | 2.55 | A:1268 [C] | 51.74 | ||
| O:19 [LYS] | A:1258 [A] | 3.21 | 51.74 | |||
| O:22 [LYS] | A:19 [G] | 4.07 | A:566 [U] | 84.73 | ||
| O:22 [LYS] | A:20 [C] | 4.13 | A:565 [G] | 84.73 | ||
| O:22 [LYS] | A:596 [G] | 3.9 | A:585 [C] | 84.73 | ||
| O:22 [LYS] | A:1257 [G] | 4.75 | A:1268 [C] | 84.73 | ||
| O:23 [GLY] | A:18 [C] | 3.34 | A:567 [G] | 88.53 | ||
| O:23 [GLY] | A:19 [G] | 3.13 | A:566 [U] | 88.53 | ||
| O:23 [GLY] | A:578 [G] | 4.34 | A:603 [C] | 88.53 | ||
| O:23 [GLY] | A:597 [U] | 4.09 | A:584 [G] | 88.53 | ||
| O:24 [TYR] | A:18 [C] | 3.56 | A:567 [G] | 48.69 | ||
| O:24 [TYR] | A:19 [G] | 4.56 | A:566 [U] | 48.69 | ||
| O:24 [TYR] | A:578 [G] | 3.46 | A:603 [C] | 48.69 | ||
| O:24 [TYR] | A:579 [U] | 3.27 | A:602 [G] | 48.69 | ||
| O:25 [PHE] | A:17 [G] | 3.86 | A:568 [C] | 36.82 | ||
| O:25 [PHE] | A:18 [C] | 3.76 | A:567 [G] | 36.82 | ||
| O:25 [PHE] | A:577 [A] | 3.35 | 36.82 | |||
| O:25 [PHE] | A:578 [G] | 2.78 | A:603 [C] | 36.82 | ||
| O:25 [PHE] | A:2047 [A] | 4.26 | A:2061 [U] | 36.82 | ||
| O:25 [PHE] | A:2048 [G] | 3.21 | base/AA stacks | 36.82 | ||
| O:26 [GLY] | A:17 [G] | 4.42 | A:568 [C] | 70.93 | ||
| O:26 [GLY] | A:18 [C] | 2.68 | A:567 [G] | 70.93 | ||
| O:27 [SER] | A:2046 [U] | 2.54 | A:2062 [G] | sugar:SC | 66.53 | |
| O:27 [SER] | A:2047 [A] | 3.05 | A:2061 [U] | 66.53 | ||
| O:28 [LYS] | A:577 [A] | 4.07 | 62.79 | |||
| O:28 [LYS] | A:578 [G] | 4.52 | A:603 [C] | 62.79 | ||
| O:28 [LYS] | A:2046 [U] | 3.51 | A:2062 [G] | base:SC | 62.79 | |
| O:29 [HIS] | A:18 [C] | 3.15 | A:567 [G] | 77.28 | ||
| O:29 [HIS] | A:19 [G] | 3.44 | A:566 [U] | 77.28 | ||
| O:30 [THR] | A:559 [A] | 4.89 | A:26 [G] | 61.62 | ||
| O:30 [THR] | A:560 [A] | 4.26 | A:25 [U] | 61.62 | ||
| O:30 [THR] | A:561 [C] | 4.29 | A:24 [G] | 61.62 | ||
| O:31 [LEU] | A:560 [A] | 4.05 | A:25 [U] | 47.64 | ||
| O:31 [LEU] | A:561 [C] | 4.47 | A:24 [G] | 47.64 | ||
| O:31 [LEU] | A:623 [C] | 3.7 | A:1298 [G] | 47.64 | ||
| O:31 [LEU] | A:624 [C] | 3.84 | A:1297 [G] | 47.64 | ||
| O:32 [TYR] | A:624 [C] | 3.75 | A:1297 [G] | 34.64 | ||
| O:32 [TYR] | A:625 [G] | 4.69 | A:1296 [C] | 34.64 | ||
| O:32 [TYR] | A:1290 [G] | 3.81 | 34.64 | |||
| O:33 [LYS] | A:621 [A] | 4.39 | A:606 [G] | 67.55 | ||
| O:33 [LYS] | A:623 [C] | 4.86 | A:1298 [G] | 67.55 | ||
| O:33 [LYS] | A:624 [C] | 3.33 | A:1297 [G] | 67.55 | ||
| O:33 [LYS] | A:1290 [G] | 3.42 | 67.55 | |||
| O:34 [VAL] | A:2046 [U] | 3.99 | A:2062 [G] | 33.23 | ||
| O:36 [LYS] | A:1290 [G] | 2.76 | base:SC | 55.4 | ||
| O:37 [GLN] | A:606 [G] | 3.22 | A:621 [A] | base:SC, base:SC | 67.46 | |
| O:37 [GLN] | A:607 [C] | 3.81 | A:620 [G] | 67.46 | ||
| O:37 [GLN] | A:1290 [G] | 2.78 | base:SC, base:SC | 67.46 | ||
| O:38 [GLN] | A:577 [A] | 3.08 | 65.5 | |||
| O:38 [GLN] | A:578 [G] | 3.98 | A:603 [C] | 65.5 | ||
| O:40 [MET] | A:607 [C] | 4.9 | A:620 [G] | 37.97 | ||
| O:40 [MET] | A:1290 [G] | 4.5 | 37.97 | |||
| O:41 [LYS] | A:577 [A] | 3.77 | 75.43 | |||
| O:41 [LYS] | A:578 [G] | 4.82 | A:603 [C] | 75.43 | ||
| O:41 [LYS] | A:605 [U] | 4.27 | 75.43 | |||
| O:41 [LYS] | A:606 [G] | 2.79 | A:621 [A] | 75.43 | ||
| O:41 [LYS] | A:607 [C] | 4.43 | A:620 [G] | 75.43 | ||
| O:42 [SER] | A:578 [G] | 3.79 | A:603 [C] | 89.6 | ||
| O:42 [SER] | A:579 [U] | 3.85 | A:602 [G] | 89.6 | ||
| O:45 [TYR] | A:576 [U] | 3.84 | A:2045 [A] | 53.65 | ||
| O:45 [TYR] | A:577 [A] | 3.33 | 53.65 | |||
| O:45 [TYR] | A:578 [G] | 3.49 | A:603 [C] | 53.65 | ||
| O:45 [TYR] | A:579 [U] | 3.4 | A:602 [G] | 53.65 | ||
| O:45 [TYR] | A:604 [G] | 3.14 | sugar:SC | 53.65 | ||
| O:46 [ALA] | A:579 [U] | 3.54 | A:602 [G] | 77.75 | ||
| O:46 [ALA] | A:580 [C] | 3.93 | A:601 [G] | 77.75 | ||
| O:47 [PHE] | A:1034 [A] | 4.36 | A:1018 [A] | 54.28 | ||
| O:47 [PHE] | A:1036 [C] | 3.47 | A:1206 [G] | 54.28 | ||
| O:47 [PHE] | A:1037 [A] | 3.72 | A:1205 [U] | 54.28 | ||
| O:47 [PHE] | A:1200 [A] | 3.67 | 54.28 | |||
| O:48 [ARG] | A:578 [G] | 3.8 | A:603 [C] | 16.85 | ||
| O:48 [ARG] | A:602 [G] | 4.57 | A:579 [U] | 16.85 | ||
| O:48 [ARG] | A:603 [C] | 3.24 | A:578 [G] | base:SC | 16.85 | |
| O:48 [ARG] | A:604 [G] | 3.08 | sugar:SC | 16.85 | ||
| O:48 [ARG] | A:1200 [A] | 3.67 | 16.85 | |||
| O:49 [ASP] | A:579 [U] | 2.07 | A:602 [G] | sugar:SC | 56.33 | |
| O:49 [ASP] | A:580 [C] | 3.24 | A:601 [G] | 56.33 | ||
| O:49 [ASP] | A:602 [G] | 3.79 | A:579 [U] | 56.33 | ||
| O:49 [ASP] | A:603 [C] | 4.82 | A:578 [G] | 56.33 | ||
| O:50 [ARG] | A:1037 [A] | 2.94 | A:1205 [U] | 99.0 | ||
| O:50 [ARG] | A:1038 [C] | 3.81 | A:1204 [G] | 99.0 | ||
| O:50 [ARG] | A:1039 [C] | 4.21 | 99.0 | |||
| O:51 [ARG] | A:1034 [A] | 4.07 | A:1018 [A] | 76.12 | ||
| O:51 [ARG] | A:1036 [C] | 3.78 | A:1206 [G] | 76.12 | ||
| O:51 [ARG] | A:1037 [A] | 3.37 | A:1205 [U] | 76.12 | ||
| O:51 [ARG] | A:1200 [A] | 2.81 | sugar:SC | base/AA stacks | 76.12 | |
| O:52 [GLN] | A:602 [G] | 4.29 | A:579 [U] | 1.1 | ||
| O:52 [GLN] | A:603 [C] | 3.22 | A:578 [G] | sugar:SC | 1.1 | |
| O:52 [GLN] | A:1021 [G] | 4.96 | A:1030 [C] | 1.1 | ||
| O:53 [ARG] | A:580 [C] | 3.18 | A:601 [G] | 73.76 | ||
| O:53 [ARG] | A:581 [A] | 3.66 | A:600 [U] | 73.76 | ||
| O:53 [ARG] | A:1037 [A] | 4.65 | A:1205 [U] | 73.76 | ||
| O:53 [ARG] | A:1038 [C] | 2.2 | A:1204 [G] | 73.76 | ||
| O:53 [ARG] | A:1039 [C] | 3.2 | 73.76 | |||
| O:54 [LYS] | A:1038 [C] | 3.07 | A:1204 [G] | 86.09 | ||
| O:54 [LYS] | A:1039 [C] | 2.94 | 86.09 | |||
| O:55 [ARG] | A:1020 [G] | 3.69 | A:1031 [C] | 75.48 | ||
| O:55 [ARG] | A:1021 [G] | 3.28 | A:1030 [C] | 75.48 | ||
| O:55 [ARG] | A:1199 [A] | 3.23 | A:1043 [U] | 75.48 | ||
| O:55 [ARG] | A:1200 [A] | 3.29 | base:SC | 75.48 | ||
| O:56 [ASP] | A:602 [G] | 4.49 | A:579 [U] | 30.34 | ||
| O:57 [PHE] | A:581 [A] | 3.9 | A:600 [U] | 47.47 | ||
| O:57 [PHE] | A:1039 [C] | 3.29 | base/AA stacks | 47.47 | ||
| O:58 [ARG] | A:1041 [G] | 3.22 | A:1202 [C] | 90.06 | ||
| O:58 [ARG] | A:1042 [C] | 3.17 | A:1201 [G] | 90.06 | ||
| O:58 [ARG] | A:1197 [C] | 3.52 | A:1046 [G] | 90.06 | ||
| O:58 [ARG] | A:1198 [G] | 2.8 | A:1045 [A] | 90.06 | ||
| O:59 [LYS] | A:1053 [A] | 3.37 | A:1052 [A] | 44.43 | ||
| O:61 [TRP] | A:1039 [C] | 3.68 | 68.88 | |||
| O:61 [TRP] | A:1040 [A] | 3.84 | A:1203 [U] | 68.88 | ||
| O:61 [TRP] | A:1041 [G] | 4.32 | A:1202 [C] | 68.88 | ||
| O:62 [ILE] | A:1053 [A] | 3.79 | A:1052 [A] | 85.33 | ||
| O:62 [ILE] | A:1054 [A] | 3.94 | 85.33 | |||
| O:62 [ILE] | A:1197 [C] | 4.05 | A:1046 [G] | 85.33 | ||
| O:62 [ILE] | A:1198 [G] | 3.77 | A:1045 [A] | 85.33 | ||
| O:63 [THR] | A:1053 [A] | 3.64 | A:1052 [A] | 36.45 | ||
| O:63 [THR] | A:1054 [A] | 4.11 | 36.45 | |||
| O:66 [ASN] | A:1054 [A] | 2.99 | 81.71 | |||
| O:66 [ASN] | A:1055 [A] | 2.67 | A:1194 [U] | 81.71 | ||
| O:70 [ARG] | A:1055 [A] | 3.33 | A:1194 [U] | 76.51 | ||
| O:70 [ARG] | A:1056 [U] | 2.72 | A:1187 [A] | 76.51 | ||
| O:75 [SER] | A:1055 [A] | 3.24 | A:1194 [U] | 62.32 | ||
| O:75 [SER] | A:1056 [U] | 4.54 | A:1187 [A] | 62.32 | ||
| O:76 [TYR] | A:1054 [A] | 4.28 | 88.34 | |||
| O:76 [TYR] | A:1055 [A] | 3.69 | A:1194 [U] | 88.34 | ||
| O:76 [TYR] | A:1196 [C] | 3.54 | A:1047 [G] | 88.34 | ||
| O:76 [TYR] | A:1197 [C] | 3.44 | A:1046 [G] | 88.34 | ||
| O:77 [SER] | A:1054 [A] | 2.95 | 84.18 | |||
| O:77 [SER] | A:1055 [A] | 2.62 | A:1194 [U] | 84.18 | ||
| O:77 [SER] | A:1195 [A] | 3.27 | A:1048 [U] | 84.18 | ||
| O:77 [SER] | A:1196 [C] | 3.61 | A:1047 [G] | 84.18 | ||
| O:78 [ARG] | A:1195 [A] | 4.32 | A:1048 [U] | 6.6 | ||
| O:80 [MET] | A:1196 [C] | 4.49 | A:1047 [G] | 71.31 | ||
| O:81 [ASN] | A:1195 [A] | 3.49 | A:1048 [U] | 32.92 | ||
| O:81 [ASN] | A:1196 [C] | 3.94 | A:1047 [G] | 32.92 | ||
| O:84 [LYS] | A:1196 [C] | 3.95 | A:1047 [G] | 50.91 | ||
| O:85 [LYS] | A:1195 [A] | 4.71 | A:1048 [U] | 43.59 | ||
| O:91 [ASN] | A:1040 [A] | 2.52 | A:1203 [U] | sugar:SC, sugar:SC | 90.51 | |
| O:91 [ASN] | A:1041 [G] | 3.45 | A:1202 [C] | 90.51 | ||
| O:92 [ARG] | A:1040 [A] | 4.91 | A:1203 [U] | 97.83 | ||
| O:92 [ARG] | A:1041 [G] | 3.37 | A:1202 [C] | 97.83 | ||
| O:92 [ARG] | A:1042 [C] | 3.25 | A:1201 [G] | 97.83 | ||
| O:92 [ARG] | A:1196 [C] | 4.55 | A:1047 [G] | 97.83 | ||
| O:92 [ARG] | A:1197 [C] | 2.47 | A:1046 [G] | 97.83 | ||
| O:93 [LYS] | A:1039 [C] | 2.63 | sugar:SC | 92.69 | ||
| O:93 [LYS] | A:1040 [A] | 3.66 | A:1203 [U] | 92.69 | ||
| O:93 [LYS] | A:1041 [G] | 4.83 | A:1202 [C] | 92.69 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group82 | 6S0Z_O_A | O: 50s ribosomal protein l20, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | A0A077VMP6 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1U_1A | 6S0Z_O_A | 0.89 | 0.97 | 1.05 | 0.48 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_O_A | 7OF0_R_A | 0.68 | 0.96 | 2.06 | 0.25 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_O_A | 7K00_p_a | 0.87 | 0.97 | 1.25 | 0.63 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_O_A | 7RYG_P_A | 0.86 | 0.98 | 0.88 | 0.59 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |