Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7OF0_R
|
7OF0_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| R:10 [LEU] | A:1771 [C] | 3.5 | A:1681 [G] | 0.0 | ||
| R:10 [LEU] | A:1772 [A] | 2.89 | 0.0 | |||
| R:10 [LEU] | A:1775 [A] | 2.87 | A:1680 [A] | sugar:BB | 0.0 | |
| R:10 [LEU] | A:1865 [C] | 4.09 | A:2300 [G] | 0.0 | ||
| R:10 [LEU] | A:1866 [U] | 4.81 | A:2298 [A] | 0.0 | ||
| R:10 [LEU] | A:2292 [G] | 2.88 | 0.0 | |||
| R:11 [ARG] | A:1769 [C] | 3.36 | 0.0 | |||
| R:11 [ARG] | A:1770 [G] | 3.94 | A:1682 [C] | 0.0 | ||
| R:11 [ARG] | A:1771 [C] | 3.2 | A:1681 [G] | 0.0 | ||
| R:11 [ARG] | A:1772 [A] | 4.75 | 0.0 | |||
| R:11 [ARG] | A:2275 [U] | 3.47 | A:2290 [A] | base:SC, sugar:SC | 0.0 | |
| R:11 [ARG] | A:2276 [C] | 3.42 | A:2289 [G] | sugar:SC | 0.0 | |
| R:11 [ARG] | A:2290 [A] | 4.07 | A:2275 [U] | 0.0 | ||
| R:11 [ARG] | A:2291 [A] | 4.38 | A:2274 [A] | 0.0 | ||
| R:11 [ARG] | A:2292 [G] | 3.05 | 0.0 | |||
| R:12 [ASN] | A:2274 [A] | 3.79 | A:2291 [A] | 0.0 | ||
| R:12 [ASN] | A:2275 [U] | 3.06 | A:2290 [A] | sugar:SC | 0.0 | |
| R:12 [ASN] | A:2290 [A] | 4.94 | A:2275 [U] | 0.0 | ||
| R:12 [ASN] | A:2291 [A] | 2.99 | A:2274 [A] | base:SC | 0.0 | |
| R:12 [ASN] | A:2292 [G] | 3.22 | sugar:BB | 0.0 | ||
| R:12 [ASN] | A:2293 [A] | 3.24 | A:2273 [A] | sugar:SC | 0.0 | |
| R:13 [ARG] | A:1772 [A] | 4.31 | 0.0 | |||
| R:13 [ARG] | A:1773 [A] | 3.73 | A:1679 [U] | 0.0 | ||
| R:13 [ARG] | A:1864 [A] | 3.15 | A:2301 [U] | 0.0 | ||
| R:13 [ARG] | A:1865 [C] | 3.16 | A:2300 [G] | 0.0 | ||
| R:13 [ARG] | A:2274 [A] | 3.52 | A:2291 [A] | sugar:BB | 0.0 | |
| R:13 [ARG] | A:2275 [U] | 4.72 | A:2290 [A] | 0.0 | ||
| R:14 [VAL] | A:1865 [C] | 4.65 | A:2300 [G] | 0.0 | ||
| R:14 [VAL] | A:2273 [A] | 4.77 | A:2293 [A] | 0.0 | ||
| R:14 [VAL] | A:2274 [A] | 4.57 | A:2291 [A] | 0.0 | ||
| R:14 [VAL] | A:2294 [A] | 3.42 | A:2272 [C] | 0.0 | ||
| R:14 [VAL] | A:2295 [C] | 4.28 | A:1867 [A] | 0.0 | ||
| R:15 [THR] | A:2274 [A] | 2.91 | A:2291 [A] | sugar:SC | 0.0 | |
| R:15 [THR] | A:2275 [U] | 4.71 | A:2290 [A] | 0.0 | ||
| R:16 [ASP] | A:2273 [A] | 2.25 | A:2293 [A] | sugar:SC | 0.0 | |
| R:16 [ASP] | A:2274 [A] | 3.0 | A:2291 [A] | 0.0 | ||
| R:17 [ARG] | A:1864 [A] | 2.82 | A:2301 [U] | 0.0 | ||
| R:17 [ARG] | A:1865 [C] | 3.15 | A:2300 [G] | 0.0 | ||
| R:17 [ARG] | A:2294 [A] | 4.95 | A:2272 [C] | 0.0 | ||
| R:17 [ARG] | A:2295 [C] | 3.0 | A:1867 [A] | 0.0 | ||
| R:20 [ARG] | A:2273 [A] | 3.02 | A:2293 [A] | base:SC | 0.0 | |
| R:20 [ARG] | A:2274 [A] | 4.44 | A:2291 [A] | 0.0 | ||
| R:20 [ARG] | A:2294 [A] | 3.17 | A:2272 [C] | base:SC | 0.0 | |
| R:20 [ARG] | A:2295 [C] | 4.61 | A:1867 [A] | 0.0 | ||
| R:21 [ILE] | A:1863 [A] | 4.34 | A:2302 [U] | 0.0 | ||
| R:21 [ILE] | A:2296 [U] | 4.68 | 0.0 | |||
| R:29 [ARG] | A:1815 [A] | 4.92 | A:1673 [U] | 0.0 | ||
| R:30 [HIS] | A:1829 [A] | 4.16 | A:1841 [U] | 0.0 | ||
| R:30 [HIS] | A:1830 [G] | 2.67 | A:1840 [C] | 0.0 | ||
| R:31 [PHE] | A:1829 [A] | 3.28 | A:1841 [U] | 0.0 | ||
| R:31 [PHE] | A:1830 [G] | 4.07 | A:1840 [C] | 0.0 | ||
| R:32 [ARG] | A:1828 [A] | 3.74 | 0.0 | |||
| R:32 [ARG] | A:1829 [A] | 3.16 | A:1841 [U] | 0.0 | ||
| R:32 [ARG] | A:2684 [C] | 3.23 | base/AA stacks | 0.0 | ||
| R:33 [GLY] | A:2683 [C] | 4.17 | A:2697 [G] | 0.0 | ||
| R:34 [ARG] | A:1816 [G] | 3.27 | A:1672 [C] | 0.0 | ||
| R:34 [ARG] | A:1860 [A] | 2.82 | A:2305 [U] | sugar:SC | 0.0 | |
| R:34 [ARG] | A:1861 [U] | 3.45 | A:2304 [G] | sugar:SC | 0.0 | |
| R:34 [ARG] | A:2681 [G] | 4.8 | A:1827 [C] | 0.0 | ||
| R:34 [ARG] | A:2682 [A] | 2.77 | A:2698 [G] | 0.0 | ||
| R:34 [ARG] | A:2683 [C] | 2.59 | A:2697 [G] | 0.0 | ||
| R:35 [LYS] | A:1828 [A] | 3.18 | sugar:SC | 0.0 | ||
| R:35 [LYS] | A:1829 [A] | 3.11 | A:1841 [U] | 0.0 | ||
| R:35 [LYS] | A:2682 [A] | 3.74 | A:2698 [G] | 0.0 | ||
| R:37 [ARG] | A:1814 [A] | 4.93 | 0.0 | |||
| R:37 [ARG] | A:1815 [A] | 3.52 | A:1673 [U] | 0.0 | ||
| R:37 [ARG] | A:1816 [G] | 2.64 | A:1672 [C] | 0.0 | ||
| R:38 [CYS] | A:1815 [A] | 3.83 | A:1673 [U] | 0.0 | ||
| R:38 [CYS] | A:1816 [G] | 4.4 | A:1672 [C] | 0.0 | ||
| R:38 [CYS] | A:1861 [U] | 3.27 | A:2304 [G] | 0.0 | ||
| R:38 [CYS] | A:1862 [U] | 3.53 | A:2303 [A] | 0.0 | ||
| R:39 [TYR] | A:1862 [U] | 3.22 | A:2303 [A] | 0.0 | ||
| R:39 [TYR] | A:2296 [U] | 3.37 | 0.0 | |||
| R:40 [ARG] | A:1859 [A] | 4.15 | A:1844 [A] | 0.0 | ||
| R:40 [ARG] | A:1861 [U] | 3.51 | A:2304 [G] | 0.0 | ||
| R:40 [ARG] | A:1862 [U] | 2.9 | A:2303 [A] | 0.0 | ||
| R:40 [ARG] | A:2296 [U] | 2.82 | 0.0 | |||
| R:40 [ARG] | A:2297 [A] | 3.38 | sugar:SC | 0.0 | ||
| R:41 [LEU] | A:1861 [U] | 3.87 | A:2304 [G] | 0.0 | ||
| R:41 [LEU] | A:1862 [U] | 4.51 | A:2303 [A] | 0.0 | ||
| R:41 [LEU] | A:2681 [G] | 3.56 | A:1827 [C] | 0.0 | ||
| R:41 [LEU] | A:2682 [A] | 3.66 | A:2698 [G] | 0.0 | ||
| R:43 [VAL] | A:2296 [U] | 3.45 | 0.0 | |||
| R:44 [ARG] | A:1845 [C] | 3.79 | A:1858 [G] | 0.0 | ||
| R:44 [ARG] | A:1859 [A] | 4.54 | A:1844 [A] | 0.0 | ||
| R:44 [ARG] | A:1861 [U] | 4.95 | A:2304 [G] | 0.0 | ||
| R:44 [ARG] | A:2296 [U] | 2.97 | base:SC, sugar:SC | 0.0 | ||
| R:44 [ARG] | A:2297 [A] | 3.69 | 0.0 | |||
| R:44 [ARG] | A:2681 [G] | 4.01 | A:1827 [C] | 0.0 | ||
| R:45 [THR] | A:1828 [A] | 4.62 | 0.0 | |||
| R:45 [THR] | A:1829 [A] | 4.51 | A:1841 [U] | 0.0 | ||
| R:47 [ILE] | A:2296 [U] | 3.59 | 0.0 | |||
| R:48 [ARG] | A:1827 [C] | 3.42 | A:2681 [G] | 0.0 | ||
| R:48 [ARG] | A:1828 [A] | 2.75 | 0.0 | |||
| R:48 [ARG] | A:1829 [A] | 4.5 | A:1841 [U] | 0.0 | ||
| R:48 [ARG] | A:1842 [A] | 3.98 | sugar:SC | 0.0 | ||
| R:48 [ARG] | A:1844 [A] | 3.15 | A:1859 [A] | 0.0 | ||
| R:48 [ARG] | A:1845 [C] | 4.21 | A:1858 [G] | 0.0 | ||
| R:49 [ALA] | A:1829 [A] | 3.26 | A:1841 [U] | 0.0 | ||
| R:49 [ALA] | A:1830 [G] | 3.6 | A:1840 [C] | 0.0 | ||
| R:52 [LYS] | A:1828 [A] | 3.16 | 0.0 | |||
| R:52 [LYS] | A:1829 [A] | 3.38 | A:1841 [U] | 0.0 | ||
| R:52 [LYS] | A:1830 [G] | 3.29 | A:1840 [C] | 0.0 | ||
| R:52 [LYS] | A:1842 [A] | 3.22 | base:SC | 0.0 | ||
| R:53 [CYS] | A:1830 [G] | 3.55 | A:1840 [C] | 0.0 | ||
| R:53 [CYS] | A:1831 [G] | 3.28 | A:1839 [C] | 0.0 | ||
| R:54 [THR] | A:2144 [A] | 4.58 | A:2256 [U] | 0.0 | ||
| R:55 [LYS] | A:2127 [A] | 4.11 | A:2138 [U] | 0.0 | ||
| R:55 [LYS] | A:2251 [A] | 4.65 | 0.0 | |||
| R:56 [ALA] | A:1830 [G] | 3.39 | A:1840 [C] | 0.0 | ||
| R:56 [ALA] | A:1831 [G] | 3.53 | A:1839 [C] | 0.0 | ||
| R:57 [ARG] | A:2143 [G] | 4.43 | A:2257 [C] | 0.0 | ||
| R:57 [ARG] | A:2144 [A] | 2.55 | A:2256 [U] | 0.0 | ||
| R:57 [ARG] | A:2145 [G] | 3.52 | A:2255 [C] | 0.0 | ||
| R:57 [ARG] | A:2146 [A] | 4.72 | 0.0 | |||
| R:58 [TYR] | A:2143 [G] | 3.53 | A:2257 [C] | 0.0 | ||
| R:58 [TYR] | A:2144 [A] | 4.69 | A:2256 [U] | 0.0 | ||
| R:58 [TYR] | A:2251 [A] | 3.19 | base/AA stacks | 0.0 | ||
| R:58 [TYR] | A:2262 [C] | 4.05 | 0.0 | |||
| R:59 [LEU] | A:1841 [U] | 3.29 | A:1829 [A] | 0.0 | ||
| R:60 [LYS] | A:1831 [G] | 3.71 | A:1839 [C] | 0.0 | ||
| R:60 [LYS] | A:1832 [A] | 2.98 | 0.0 | |||
| R:60 [LYS] | A:2145 [G] | 4.99 | A:2255 [C] | 0.0 | ||
| R:60 [LYS] | A:2146 [A] | 2.93 | 0.0 | |||
| R:61 [LYS] | A:2144 [A] | 4.9 | A:2256 [U] | 0.0 | ||
| R:61 [LYS] | A:2145 [G] | 2.66 | A:2255 [C] | 0.0 | ||
| R:61 [LYS] | A:2146 [A] | 2.8 | 0.0 | |||
| R:62 [LYS] | A:2249 [G] | 3.81 | A:2152 [A] | 0.0 | ||
| R:62 [LYS] | A:2250 [A] | 3.36 | A:2150 [U] | 0.0 | ||
| R:63 [ASN] | A:1840 [C] | 4.14 | A:1830 [G] | 0.0 | ||
| R:64 [MET] | A:2146 [A] | 3.55 | 0.0 | |||
| R:65 [ARG] | A:2147 [G] | 4.98 | A:2254 [C] | 0.0 | ||
| R:65 [ARG] | A:2148 [A] | 2.97 | A:2253 [U] | 0.0 | ||
| R:65 [ARG] | A:2149 [G] | 2.82 | A:2252 [C] | 0.0 | ||
| R:65 [ARG] | A:2248 [U] | 3.56 | A:2153 [A] | 0.0 | ||
| R:65 [ARG] | A:2249 [G] | 2.62 | A:2152 [A] | 0.0 | ||
| R:66 [THR] | A:2249 [G] | 4.45 | A:2152 [A] | 0.0 | ||
| R:68 [TRP] | A:2146 [A] | 3.69 | 0.0 | |||
| R:68 [TRP] | A:2147 [G] | 3.5 | A:2254 [C] | 0.0 | ||
| R:68 [TRP] | A:2148 [A] | 4.2 | A:2253 [U] | 0.0 | ||
| R:69 [ILE] | A:2248 [U] | 3.58 | A:2153 [A] | 0.0 | ||
| R:69 [ILE] | A:2249 [G] | 3.82 | A:2152 [A] | 0.0 | ||
| R:82 [LYS] | A:2243 [A] | 3.17 | sugar:SC | 0.0 | ||
| R:82 [LYS] | A:2244 [U] | 3.5 | 0.0 | |||
| R:83 [TYR] | A:2247 [C] | 3.33 | 0.0 | |||
| R:83 [TYR] | A:2248 [U] | 2.69 | A:2153 [A] | 0.0 | ||
| R:84 [PRO] | A:2246 [A] | 3.64 | 0.0 | |||
| R:84 [PRO] | A:2247 [C] | 3.49 | 0.0 | |||
| R:85 [ALA] | A:2246 [A] | 4.98 | 0.0 | |||
| R:87 [ILE] | A:2247 [C] | 4.64 | 0.0 | |||
| R:87 [ILE] | A:2248 [U] | 4.62 | A:2153 [A] | 0.0 | ||
| R:88 [GLY] | A:2247 [C] | 4.59 | 0.0 | |||
| R:98 [ASN] | A:2147 [G] | 3.18 | A:2254 [C] | sugar:SC | 0.0 | |
| R:98 [ASN] | A:2148 [A] | 3.43 | A:2253 [U] | 0.0 | ||
| R:99 [ARG] | A:2147 [G] | 4.29 | A:2254 [C] | 0.0 | ||
| R:99 [ARG] | A:2148 [A] | 2.79 | A:2253 [U] | 0.0 | ||
| R:99 [ARG] | A:2149 [G] | 2.82 | A:2252 [C] | 0.0 | ||
| R:99 [ARG] | A:2247 [C] | 4.49 | 0.0 | |||
| R:99 [ARG] | A:2248 [U] | 2.53 | A:2153 [A] | 0.0 | ||
| R:100 [LYS] | A:2146 [A] | 2.9 | sugar:SC | 0.0 | ||
| R:100 [LYS] | A:2147 [G] | 3.52 | A:2254 [C] | 0.0 | ||
| R:100 [LYS] | A:2148 [A] | 4.36 | A:2253 [U] | 0.0 | ||
| R:124 [ARG] | A:2243 [A] | 4.94 | 0.0 | |||
| R:124 [ARG] | A:2244 [U] | 3.13 | base/AA stacks | 0.0 | ||
| R:124 [ARG] | A:2245 [A] | 2.88 | 0.0 | |||
| R:125 [HIS] | A:2244 [U] | 4.47 | 0.0 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group82 | 7OF0_R_A | R: 39s ribosomal protein l20, mitochondrial, Homo sapiens (natural) A: 16s ribosomal RNA, Homo sapiens (natural) | Q9BYC9 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1U_1A | 7OF0_R_A | 0.69 | 0.97 | 1.77 | 0.27 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_O_A | 7OF0_R_A | 0.68 | 0.96 | 2.06 | 0.25 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_R_A | 7RYG_P_A | 0.70 | 0.93 | 2.23 | 0.29 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |