Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_P
|
7RYG_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| P:2 [ALA] | A:443 [C] | 3.91 | A:43 [G] | 0.0 | ||
| P:2 [ALA] | A:444 [C] | 3.01 | A:42 [G] | 0.0 | ||
| P:2 [ALA] | A:1194 [U] | 3.51 | A:1241 [A] | 0.0 | ||
| P:2 [ALA] | A:1195 [C] | 4.96 | A:1240 [G] | 0.0 | ||
| P:2 [ALA] | A:1241 [A] | 4.46 | A:1194 [U] | 0.0 | ||
| P:2 [ALA] | A:1242 [A] | 4.53 | A:1193 [U] | 0.0 | ||
| P:2 [ALA] | A:1243 [G] | 3.34 | sugar:BB | 0.0 | ||
| P:2 [ALA] | A:1244 [U] | 4.97 | A:1192 [G] | 0.0 | ||
| P:3 [ARG] | A:444 [C] | 3.12 | A:42 [G] | 0.0 | ||
| P:3 [ARG] | A:445 [G] | 3.18 | 0.0 | |||
| P:3 [ARG] | A:448 [A] | 3.61 | A:453 [A] | 0.0 | ||
| P:3 [ARG] | A:582 [C] | 4.55 | A:1251 [G] | 0.0 | ||
| P:3 [ARG] | A:1194 [U] | 3.23 | A:1241 [A] | sugar:BB | 0.0 | |
| P:3 [ARG] | A:1243 [G] | 3.4 | 0.0 | |||
| P:4 [VAL] | A:582 [C] | 4.96 | A:1251 [G] | 0.0 | ||
| P:4 [VAL] | A:1193 [U] | 3.17 | A:1242 [A] | 0.0 | ||
| P:4 [VAL] | A:1194 [U] | 3.52 | A:1241 [A] | 0.0 | ||
| P:4 [VAL] | A:1242 [A] | 4.51 | A:1193 [U] | 0.0 | ||
| P:4 [VAL] | A:1243 [G] | 3.43 | sugar:BB | 0.0 | ||
| P:4 [VAL] | A:1244 [U] | 3.92 | A:1192 [G] | 0.0 | ||
| P:5 [LYS] | A:36 [U] | 4.91 | A:510 [U] | 0.0 | ||
| P:5 [LYS] | A:37 [G] | 3.71 | A:509 [C] | 0.0 | ||
| P:5 [LYS] | A:445 [G] | 4.49 | 0.0 | |||
| P:5 [LYS] | A:446 [A] | 3.06 | A:40 [U] | 0.0 | ||
| P:5 [LYS] | A:582 [C] | 4.23 | A:1251 [G] | 0.0 | ||
| P:5 [LYS] | A:1193 [U] | 4.06 | A:1242 [A] | 0.0 | ||
| P:6 [ARG] | A:581 [G] | 4.95 | A:1252 [C] | 0.0 | ||
| P:6 [ARG] | A:582 [C] | 3.56 | A:1251 [G] | 0.0 | ||
| P:6 [ARG] | A:583 [G] | 3.2 | A:1249 [A] | base:SC, base:SC | 0.0 | |
| P:6 [ARG] | A:1245 [G] | 4.41 | A:1191 [C] | 0.0 | ||
| P:6 [ARG] | A:1246 [C] | 3.25 | A:584 [A] | base/AA stacks | 0.0 | |
| P:7 [GLY] | A:36 [U] | 4.44 | A:510 [U] | 0.0 | ||
| P:7 [GLY] | A:581 [G] | 3.38 | A:1252 [C] | 0.0 | ||
| P:7 [GLY] | A:582 [C] | 4.95 | A:1251 [G] | 0.0 | ||
| P:8 [VAL] | A:36 [U] | 3.81 | A:510 [U] | 0.0 | ||
| P:8 [VAL] | A:37 [G] | 4.07 | A:509 [C] | 0.0 | ||
| P:8 [VAL] | A:1210 [G] | 4.72 | A:1229 [U] | 0.0 | ||
| P:8 [VAL] | A:1211 [G] | 4.23 | A:1228 [C] | 0.0 | ||
| P:9 [VAL] | A:1192 [G] | 4.19 | A:1244 [U] | 0.0 | ||
| P:9 [VAL] | A:1193 [U] | 4.21 | A:1242 [A] | 0.0 | ||
| P:9 [VAL] | A:1222 [A] | 4.91 | A:1217 [U] | 0.0 | ||
| P:10 [ALA] | A:581 [G] | 4.62 | A:1252 [C] | 0.0 | ||
| P:10 [ALA] | A:1246 [C] | 3.68 | A:584 [A] | 0.0 | ||
| P:11 [HIS] | A:512 [A] | 3.05 | A:34 [G] | 0.0 | ||
| P:11 [HIS] | A:581 [G] | 4.91 | A:1252 [C] | 0.0 | ||
| P:11 [HIS] | A:1211 [G] | 3.97 | A:1228 [C] | 0.0 | ||
| P:11 [HIS] | A:1212 [U] | 3.09 | A:1227 [G] | 0.0 | ||
| P:12 [ARG] | A:1192 [G] | 4.28 | A:1244 [U] | 0.0 | ||
| P:12 [ARG] | A:1222 [A] | 3.27 | A:1217 [U] | 0.0 | ||
| P:12 [ARG] | A:1223 [G] | 4.3 | A:1216 [U] | 0.0 | ||
| P:13 [ARG] | A:810 [C] | 3.64 | A:1190 [G] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:13 [ARG] | A:1221 [A] | 3.69 | A:1218 [G] | 0.0 | ||
| P:13 [ARG] | A:1222 [A] | 3.23 | A:1217 [U] | 0.0 | ||
| P:13 [ARG] | A:1245 [G] | 4.9 | A:1191 [C] | 0.0 | ||
| P:13 [ARG] | A:1246 [C] | 4.25 | A:584 [A] | 0.0 | ||
| P:14 [HIS] | A:580 [A] | 3.01 | A:1253 [U] | 0.0 | ||
| P:14 [HIS] | A:1247 [G] | 2.9 | 0.0 | |||
| P:15 [LYS] | A:1212 [U] | 2.81 | A:1227 [G] | 0.0 | ||
| P:15 [LYS] | A:1213 [G] | 3.61 | A:1226 [U] | 0.0 | ||
| P:16 [LYS] | A:1221 [A] | 4.77 | A:1218 [G] | 0.0 | ||
| P:16 [LYS] | A:1222 [A] | 3.51 | A:1217 [U] | base:SC | 0.0 | |
| P:22 [LYS] | A:26 [A] | 3.95 | A:520 [U] | 0.0 | ||
| P:22 [LYS] | A:27 [U] | 3.25 | A:519 [A] | 0.0 | ||
| P:22 [LYS] | A:1214 [U] | 4.44 | A:1225 [A] | 0.0 | ||
| P:23 [GLY] | A:25 [C] | 3.58 | A:521 [G] | 0.0 | ||
| P:23 [GLY] | A:26 [A] | 3.07 | A:520 [U] | 0.0 | ||
| P:23 [GLY] | A:532 [G] | 4.72 | A:558 [C] | 0.0 | ||
| P:24 [TYR] | A:25 [C] | 3.56 | A:521 [G] | 0.0 | ||
| P:24 [TYR] | A:26 [A] | 4.89 | A:520 [U] | 0.0 | ||
| P:24 [TYR] | A:532 [G] | 3.32 | A:558 [C] | 0.0 | ||
| P:24 [TYR] | A:533 [U] | 3.02 | A:557 [G] | 0.0 | ||
| P:25 [TYR] | A:24 [G] | 3.59 | A:522 [C] | 0.0 | ||
| P:25 [TYR] | A:25 [C] | 4.02 | A:521 [G] | 0.0 | ||
| P:25 [TYR] | A:531 [A] | 3.93 | 0.0 | |||
| P:25 [TYR] | A:532 [G] | 3.21 | A:558 [C] | 0.0 | ||
| P:25 [TYR] | A:2016 [A] | 3.83 | A:2030 [U] | 0.0 | ||
| P:25 [TYR] | A:2017 [A] | 2.72 | 0.0 | |||
| P:26 [GLY] | A:24 [G] | 4.64 | A:522 [C] | 0.0 | ||
| P:26 [GLY] | A:25 [C] | 3.18 | A:521 [G] | 0.0 | ||
| P:26 [GLY] | A:2016 [A] | 4.06 | A:2030 [U] | 0.0 | ||
| P:27 [ALA] | A:2015 [A] | 3.35 | A:2031 [G] | 0.0 | ||
| P:27 [ALA] | A:2016 [A] | 3.29 | A:2030 [U] | 0.0 | ||
| P:28 [ARG] | A:530 [C] | 4.21 | A:2014 [G] | 0.0 | ||
| P:28 [ARG] | A:531 [A] | 3.31 | base:SC | 0.0 | ||
| P:28 [ARG] | A:532 [G] | 3.37 | A:558 [C] | 0.0 | ||
| P:28 [ARG] | A:2015 [A] | 4.52 | A:2031 [G] | 0.0 | ||
| P:29 [SER] | A:25 [C] | 4.54 | A:521 [G] | 0.0 | ||
| P:29 [SER] | A:26 [A] | 4.47 | A:520 [U] | 0.0 | ||
| P:30 [ARG] | A:25 [C] | 2.8 | A:521 [G] | 0.0 | ||
| P:30 [ARG] | A:514 [A] | 3.92 | A:32 [U] | 0.0 | ||
| P:30 [ARG] | A:515 [C] | 4.08 | A:31 [G] | 0.0 | ||
| P:31 [VAL] | A:514 [A] | 4.73 | A:32 [U] | 0.0 | ||
| P:31 [VAL] | A:515 [C] | 4.37 | A:31 [G] | 0.0 | ||
| P:31 [VAL] | A:578 [U] | 3.14 | A:1255 [A] | 0.0 | ||
| P:31 [VAL] | A:579 [C] | 3.41 | A:1254 [G] | 0.0 | ||
| P:32 [TYR] | A:579 [C] | 3.79 | A:1254 [G] | 0.0 | ||
| P:32 [TYR] | A:1247 [G] | 3.61 | 0.0 | |||
| P:33 [ARG] | A:576 [G] | 4.04 | A:561 [A] | 0.0 | ||
| P:33 [ARG] | A:578 [U] | 4.04 | A:1255 [A] | 0.0 | ||
| P:33 [ARG] | A:579 [C] | 3.2 | A:1254 [G] | 0.0 | ||
| P:33 [ARG] | A:1247 [G] | 3.44 | 0.0 | |||
| P:33 [ARG] | A:1248 [A] | 3.87 | 0.0 | |||
| P:34 [VAL] | A:2014 [G] | 3.96 | A:530 [C] | 0.0 | ||
| P:34 [VAL] | A:2015 [A] | 3.77 | A:2031 [G] | 0.0 | ||
| P:36 [PHE] | A:1247 [G] | 3.37 | 0.0 | |||
| P:37 [GLN] | A:561 [A] | 3.39 | A:576 [G] | base:SC | 0.0 | |
| P:37 [GLN] | A:562 [C] | 3.26 | A:575 [G] | 0.0 | ||
| P:37 [GLN] | A:576 [G] | 4.41 | A:561 [A] | 0.0 | ||
| P:37 [GLN] | A:1247 [G] | 3.22 | base:SC | 0.0 | ||
| P:37 [GLN] | A:2014 [G] | 4.93 | A:530 [C] | 0.0 | ||
| P:38 [ALA] | A:532 [G] | 4.94 | A:558 [C] | 0.0 | ||
| P:41 [LYS] | A:531 [A] | 3.79 | 0.0 | |||
| P:41 [LYS] | A:532 [G] | 4.5 | A:558 [C] | 0.0 | ||
| P:41 [LYS] | A:561 [A] | 3.45 | A:576 [G] | 0.0 | ||
| P:41 [LYS] | A:562 [C] | 4.4 | A:575 [G] | 0.0 | ||
| P:42 [ALA] | A:532 [G] | 3.51 | A:558 [C] | 0.0 | ||
| P:42 [ALA] | A:533 [U] | 3.76 | A:557 [G] | 0.0 | ||
| P:45 [TYR] | A:531 [A] | 3.19 | 0.0 | |||
| P:45 [TYR] | A:532 [G] | 3.45 | A:558 [C] | 0.0 | ||
| P:45 [TYR] | A:533 [U] | 3.17 | A:557 [G] | 0.0 | ||
| P:45 [TYR] | A:559 [G] | 2.75 | sugar:SC | 0.0 | ||
| P:46 [ALA] | A:533 [U] | 3.64 | A:557 [G] | 0.0 | ||
| P:46 [ALA] | A:534 [G] | 4.19 | A:556 [U] | 0.0 | ||
| P:47 [TYR] | A:987 [A] | 3.48 | A:971 [G] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:47 [TYR] | A:989 [C] | 2.84 | A:1160 [G] | 0.0 | ||
| P:47 [TYR] | A:990 [G] | 4.51 | A:1159 [C] | 0.0 | ||
| P:47 [TYR] | A:1154 [A] | 4.1 | 0.0 | |||
| P:48 [ARG] | A:532 [G] | 3.18 | A:558 [C] | base:SC | 0.0 | |
| P:48 [ARG] | A:533 [U] | 4.65 | A:557 [G] | 0.0 | ||
| P:48 [ARG] | A:557 [G] | 4.33 | A:533 [U] | 0.0 | ||
| P:48 [ARG] | A:558 [C] | 2.68 | A:532 [G] | base:SC | 0.0 | |
| P:48 [ARG] | A:559 [G] | 2.99 | sugar:SC | 0.0 | ||
| P:48 [ARG] | A:1154 [A] | 4.62 | 0.0 | |||
| P:49 [ASP] | A:532 [G] | 4.88 | A:558 [C] | 0.0 | ||
| P:49 [ASP] | A:533 [U] | 1.92 | A:557 [G] | 0.0 | ||
| P:49 [ASP] | A:534 [G] | 3.11 | A:556 [U] | 0.0 | ||
| P:49 [ASP] | A:557 [G] | 2.78 | A:533 [U] | base:SC | 0.0 | |
| P:49 [ASP] | A:558 [C] | 4.79 | A:532 [G] | 0.0 | ||
| P:50 [ARG] | A:990 [G] | 2.84 | A:1159 [C] | 0.0 | ||
| P:50 [ARG] | A:991 [C] | 4.03 | A:1158 [G] | 0.0 | ||
| P:50 [ARG] | A:992 [C] | 4.5 | 0.0 | |||
| P:51 [ARG] | A:987 [A] | 4.96 | A:971 [G] | 0.0 | ||
| P:51 [ARG] | A:989 [C] | 4.35 | A:1160 [G] | 0.0 | ||
| P:51 [ARG] | A:990 [G] | 3.0 | A:1159 [C] | 0.0 | ||
| P:51 [ARG] | A:1154 [A] | 3.52 | 0.0 | |||
| P:52 [GLN] | A:557 [G] | 3.03 | A:533 [U] | base:SC | 0.0 | |
| P:52 [GLN] | A:558 [C] | 3.03 | A:532 [G] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:53 [LYS] | A:534 [G] | 3.71 | A:556 [U] | 0.0 | ||
| P:53 [LYS] | A:535 [G] | 2.46 | A:555 [C] | 0.0 | ||
| P:53 [LYS] | A:992 [C] | 3.7 | 0.0 | |||
| P:54 [LYS] | A:991 [C] | 2.97 | A:1158 [G] | 0.0 | ||
| P:54 [LYS] | A:992 [C] | 3.16 | 0.0 | |||
| P:55 [ARG] | A:973 [G] | 3.55 | A:984 [C] | 0.0 | ||
| P:55 [ARG] | A:974 [G] | 3.46 | A:983 [C] | 0.0 | ||
| P:55 [ARG] | A:1153 [A] | 3.43 | A:996 [U] | 0.0 | ||
| P:55 [ARG] | A:1154 [A] | 3.61 | base:SC | 0.0 | ||
| P:56 [GLN] | A:534 [G] | 3.45 | A:556 [U] | base:SC | 0.0 | |
| P:56 [GLN] | A:557 [G] | 3.52 | A:533 [U] | 0.0 | ||
| P:57 [PHE] | A:535 [G] | 4.18 | A:555 [C] | 0.0 | ||
| P:57 [PHE] | A:536 [G] | 4.79 | A:554 [A] | 0.0 | ||
| P:57 [PHE] | A:992 [C] | 3.35 | base/AA stacks | 0.0 | ||
| P:58 [ARG] | A:994 [G] | 3.3 | A:1156 [C] | 0.0 | ||
| P:58 [ARG] | A:995 [C] | 3.44 | A:1155 [G] | 0.0 | ||
| P:58 [ARG] | A:1151 [C] | 3.63 | A:999 [G] | 0.0 | ||
| P:58 [ARG] | A:1152 [G] | 2.93 | A:998 [A] | 0.0 | ||
| P:59 [ALA] | A:1006 [A] | 4.31 | 0.0 | |||
| P:61 [TRP] | A:992 [C] | 3.55 | 0.0 | |||
| P:61 [TRP] | A:993 [A] | 4.13 | A:1157 [U] | 0.0 | ||
| P:61 [TRP] | A:994 [G] | 4.37 | A:1156 [C] | 0.0 | ||
| P:62 [ILE] | A:1006 [A] | 3.78 | 0.0 | |||
| P:62 [ILE] | A:1007 [A] | 3.87 | 0.0 | |||
| P:62 [ILE] | A:1151 [C] | 3.81 | A:999 [G] | 0.0 | ||
| P:62 [ILE] | A:1152 [G] | 3.78 | A:998 [A] | 0.0 | ||
| P:63 [ALA] | A:1007 [A] | 4.3 | 0.0 | |||
| P:66 [ASN] | A:1007 [A] | 3.02 | 0.0 | |||
| P:66 [ASN] | A:1008 [A] | 2.82 | A:1148 [U] | 0.0 | ||
| P:70 [ARG] | A:1008 [A] | 3.1 | A:1148 [U] | 0.0 | ||
| P:70 [ARG] | A:1009 [U] | 3.17 | A:1141 [A] | 0.0 | ||
| P:75 [SER] | A:1008 [A] | 3.39 | A:1148 [U] | 0.0 | ||
| P:75 [SER] | A:1009 [U] | 4.15 | A:1141 [A] | 0.0 | ||
| P:76 [TYR] | A:1007 [A] | 3.96 | 0.0 | |||
| P:76 [TYR] | A:1008 [A] | 3.62 | A:1148 [U] | 0.0 | ||
| P:76 [TYR] | A:1150 [C] | 3.7 | A:1000 [G] | 0.0 | ||
| P:76 [TYR] | A:1151 [C] | 3.0 | A:999 [G] | 0.0 | ||
| P:77 [SER] | A:1007 [A] | 3.97 | 0.0 | |||
| P:77 [SER] | A:1008 [A] | 2.83 | A:1148 [U] | 0.0 | ||
| P:77 [SER] | A:1149 [G] | 3.48 | A:1001 [C] | 0.0 | ||
| P:77 [SER] | A:1150 [C] | 3.45 | A:1000 [G] | 0.0 | ||
| P:78 [ARG] | A:1008 [A] | 4.67 | A:1148 [U] | 0.0 | ||
| P:78 [ARG] | A:1010 [C] | 4.91 | A:1147 [G] | 0.0 | ||
| P:78 [ARG] | A:1148 [U] | 3.88 | A:1008 [A] | base:SC | 0.0 | |
| P:78 [ARG] | A:1149 [G] | 3.55 | A:1001 [C] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:80 [ILE] | A:1150 [C] | 4.11 | A:1000 [G] | 0.0 | ||
| P:80 [ILE] | A:1151 [C] | 4.75 | A:999 [G] | 0.0 | ||
| P:81 [ASP] | A:1149 [G] | 2.46 | A:1001 [C] | 0.0 | ||
| P:81 [ASP] | A:1150 [C] | 3.31 | A:1000 [G] | 0.0 | ||
| P:84 [LYS] | A:994 [G] | 4.4 | A:1156 [C] | 0.0 | ||
| P:84 [LYS] | A:995 [C] | 2.84 | A:1155 [G] | 0.0 | ||
| P:84 [LYS] | A:1150 [C] | 3.82 | A:1000 [G] | 0.0 | ||
| P:85 [LYS] | A:1149 [G] | 3.82 | A:1001 [C] | 0.0 | ||
| P:91 [ASP] | A:993 [A] | 3.55 | A:1157 [U] | 0.0 | ||
| P:91 [ASP] | A:994 [G] | 3.78 | A:1156 [C] | 0.0 | ||
| P:92 [ARG] | A:993 [A] | 4.63 | A:1157 [U] | 0.0 | ||
| P:92 [ARG] | A:994 [G] | 3.22 | A:1156 [C] | 0.0 | ||
| P:92 [ARG] | A:995 [C] | 3.15 | A:1155 [G] | 0.0 | ||
| P:92 [ARG] | A:1151 [C] | 3.0 | A:999 [G] | 0.0 | ||
| P:93 [ARG] | A:992 [C] | 3.58 | 0.0 | |||
| P:93 [ARG] | A:993 [A] | 3.96 | A:1157 [U] | 0.0 | ||
| P:93 [ARG] | A:994 [G] | 4.64 | A:1156 [C] | 0.0 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group82 | 7RYG_P_A | P: 50s ribosomal protein l20, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | V5VGC9 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1U_1A | 7RYG_P_A | 0.88 | 0.96 | 1.29 | 0.55 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_R_A | 7RYG_P_A | 0.70 | 0.93 | 2.23 | 0.29 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_O_A | 7RYG_P_A | 0.86 | 0.98 | 0.88 | 0.59 | Ribosomal protein L20 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |