RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group83 > 4Y4O_1V_1A vs 6S0Z_P_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1V
4Y4O_1A
6S0Z_P
6S0Z_A
Conserved?
1V:66 [ARG] 1A:1269 [G] P:67 [ARG] A:1261 [G] ✔
1V:66 [ARG] 1A:1270 [C] P:67 [ARG] A:1262 [U] ✔
1V:9 [GLY] 1A:1042 [A] P:9 [GLY] A:1040 [A] ✔
1V:9 [GLY] 1A:1206 [G] P:9 [GLY] A:1204 [G] ✔
1V:9 [GLY] 1A:1207 [C] P:9 [GLY] A:1205 [U] ✔
1V:70 [ILE] 1A:1039 [G] P:71 [ILE] A:1037 [A] ✔
1V:87 [HIS] 1A:1038 [C] P:88 [HIS] A:1036 [C] ✔
1V:87 [HIS] 1A:1039 [G] P:88 [HIS] A:1037 [A] ✔
1V:87 [HIS] 1A:1208 [G] P:88 [HIS] A:1206 [G] ✔
1V:24 [LYS] 1A:1208 [G] P:24 [LYS] A:1206 [G] ✔
1V:24 [LYS] 1A:1209 [G] P:24 [LYS] A:1207 [G] ✔
1V:8 [GLY] 1A:1206 [G] P:8 [GLY] A:1204 [G] ✔
1V:8 [GLY] 1A:1207 [C] P:8 [GLY] A:1205 [U] ✔
1V:11 [GLN] 1A:1042 [A] P:11 [GLN] A:1040 [A] ✔
1V:88 [ARG] 1A:1267 [C] P:89 [ARG] A:1260 [C] ✔
1V:85 [LYS] 1A:862 [C] P:86 [LYS] A:860 [U] ✔
1V:85 [LYS] 1A:1037 [C] P:86 [LYS] A:1035 [C] ✔
1V:85 [LYS] 1A:1038 [C] P:86 [LYS] A:1036 [C] ✔
1V:85 [LYS] 1A:1270 [C] P:86 [LYS] A:1262 [U] ✔
1V:85 [LYS] 1A:1271 [G] P:86 [LYS] A:1263 [A] ✔
1V:69 [LYS] 1A:1269 [G] P:70 [LYS] A:1261 [G] ✔
1V:69 [LYS] 1A:1270 [C] P:70 [LYS] A:1262 [U] ✔
1V:69 [LYS] 1A:1271 [G] P:70 [LYS] A:1263 [A] ✔
1V:10 [LYS] 1A:1040 [C] P:10 [LYS] A:1038 [C] ✔
1V:10 [LYS] 1A:1042 [A] P:10 [LYS] A:1040 [A] ✔
1V:10 [LYS] 1A:1206 [G] P:10 [LYS] A:1204 [G] ✔
1V:10 [LYS] 1A:1207 [C] P:10 [LYS] A:1205 [U] ✔
1V:90 [PRO] 1A:1208 [G] P:91 [PRO] A:1206 [G] ✔
1V:90 [PRO] 1A:1209 [G] P:91 [PRO] A:1207 [G] ✔
1V:79 [VAL] 1A:589 [U] P:80 [LYS] A:609 [U] ✔
1V:79 [VAL] 1A:1018 [A] P:80 [LYS] A:1017 [A] ✔
1V:79 [VAL] 1A:1019 [G] P:80 [LYS] A:1018 [A] ✔
1V:79 [VAL] 1A:1233 [U] P:80 [LYS] A:1227 [U] ✔
1V:83 [ARG] 1A:861 [C] P:84 [ARG] A:859 [C] ✔
1V:83 [ARG] 1A:862 [C] P:84 [ARG] A:860 [U] ✔
1V:81 [TYR] 1A:1232 [G] P:82 [SER] A:1226 [G] ✔
1V:81 [TYR] 1A:1233 [U] P:82 [SER] A:1227 [U] ✔
1V:84 [LYS] 1A:861 [C] P:85 [LYS] A:859 [C] ✔
1V:84 [LYS] 1A:1270 [C] P:85 [LYS] A:1262 [U] ✔
1V:84 [LYS] 1A:1271 [G] P:85 [LYS] A:1263 [A] ✔
1V:84 [LYS] 1A:1272 [A] P:85 [LYS] A:1264 [A] ✔
1V:77 [ALA] 1A:587 [C] P:78 [ARG] A:607 [C] ✔
1V:77 [ALA] 1A:588 [C] P:78 [ARG] A:608 [C] ✔
1V:77 [ALA] 1A:595 [A] P:78 [ARG] A:615 [A] ✔
1V:78 [LYS] 1A:587 [C] P:79 [ARG] A:607 [C] ✔
1V:78 [LYS] 1A:588 [C] P:79 [ARG] A:608 [C] ✔
1V:78 [LYS] 1A:589 [U] P:79 [ARG] A:609 [U] ✔
1V:78 [LYS] 1A:590 [A] P:79 [ARG] A:610 [U] ✔
1V:78 [LYS] 1A:594 [A] P:79 [ARG] A:614 [U] ✔
1V:78 [LYS] 1A:595 [A] P:79 [ARG] A:615 [A] ✔
1V:78 [LYS] 1A:596 [G] P:79 [ARG] A:616 [G] ✔
1V:23 [GLU] 1A:1039 [G] P:23 [GLU] A:1037 [A] ✔
1V:23 [GLU] 1A:1040 [C] P:23 [GLU] A:1038 [C] ✔
1V:23 [GLU] 1A:1207 [C] P:23 [GLU] A:1205 [U] ✔
1V:23 [GLU] 1A:1208 [G] P:23 [GLU] A:1206 [G] ✔
1V:89 [GLN] 1A:1038 [C] P:90 [GLN] A:1036 [C] ✔
1V:89 [GLN] 1A:1039 [G] P:90 [GLN] A:1037 [A] ✔
1V:89 [GLN] 1A:1208 [G] P:90 [GLN] A:1206 [G] ✔
1V:82 [ARG] 1A:861 [C] P:83 [LYS] A:859 [C] ✔
1V:76 [LYS] 1A:588 [C] P:77 [LYS] A:608 [C] ✔
1V:76 [LYS] 1A:1019 [G] P:77 [LYS] A:1018 [A] ✔
1V:76 [LYS] 1A:1021 [G] P:77 [LYS] A:1019 [A] ✔
1V:76 [LYS] 1A:1036 [A] P:77 [LYS] A:1034 [A] ✔
1V:76 [LYS] 1A:1231 [G] P:77 [LYS] A:1225 [G] ✔
1V:72 [VAL] 1A:1038 [C] P:73 [VAL] A:1036 [C] ✔
1V:72 [VAL] 1A:1039 [G] P:73 [VAL] A:1037 [A] ✔
1V:75 [PHE] 1A:587 [C] P:76 [TYR] A:607 [C] ✔
1V:86 [GLY] 1A:1270 [C] P:87 [GLY] A:1262 [U] ✔
1V:86 [GLY] 1A:1271 [G] P:87 [GLY] A:1263 [A] ✔
1V:80 [GLN] 1A:588 [C] P:81 [ASN] A:608 [C] ✔
1V:80 [GLN] 1A:589 [U] P:81 [ASN] A:609 [U] ✔
1V:70 [ILE] 1A:1040 [C] P:71 [ILE] A:1038 [C] ❌ 6S0Z_P_A
1V:10 [LYS] 1A:1039 [G] P:10 [LYS] A:1037 [A] ❌ 6S0Z_P_A
1V:79 [VAL] 1A:588 [C] P:80 [LYS] A:608 [C] ❌ 6S0Z_P_A
1V:83 [ARG] 1A:1232 [G] P:84 [ARG] A:1226 [G] ❌ 6S0Z_P_A
1V:81 [TYR] 1A:1231 [G] P:82 [SER] A:1225 [G] ❌ 6S0Z_P_A
1V:77 [ALA] 1A:1021 [G] P:78 [ARG] A:1019 [A] ❌ 6S0Z_P_A
1V:82 [ARG] 1A:587 [C] P:83 [LYS] A:607 [C] ❌ 6S0Z_P_A
1V:82 [ARG] 1A:588 [C] P:83 [LYS] A:608 [C] ❌ 6S0Z_P_A
1V:76 [LYS] 1A:1232 [G] P:77 [LYS] A:1226 [G] ❌ 6S0Z_P_A
1V:75 [PHE] 1A:588 [C] P:76 [TYR] A:608 [C] ❌ 6S0Z_P_A
1V:66 [ARG] 1A:1267 [C] P:67 [ARG] A:1260 [C] ❌ 4Y4O_1V_1A
1V:79 [VAL] 1A:594 [A] P:80 [LYS] A:614 [U] ❌ 4Y4O_1V_1A
1V:80 [GLN] 1A:1233 [U] P:81 [ASN] A:1227 [U] ❌ 4Y4O_1V_1A
1V:83 [ARG] 1A:1038 [C] P:84 [ARG] A:1036 [C] ❌ 4Y4O_1V_1A
1V:83 [ARG] 1A:1037 [C] P:84 [ARG] A:1035 [C] ❌ 4Y4O_1V_1A
1V:87 [HIS] 1A:1209 [G] P:88 [HIS] A:1207 [G] ❌ 4Y4O_1V_1A
1V:88 [ARG] 1A:1269 [G] P:89 [ARG] A:1261 [G] ❌ 4Y4O_1V_1A
1V:78 [LYS] 1A:598 [A] P:79 [ARG] A:618 [A] ❌ 6S0Z_A:618 no longer at interface
1V:82 [ARG] 1A:1299 [A] P:83 [LYS] A:1291 [A] ❌ 6S0Z_A:1291 no longer at interface
1V:80 [GLN] 1A:1299 [A] P:81 [ASN] A:1291 [A] ❌ 6S0Z_A:1291 no longer at interface
1V:21 [ARG] 1A:573 [G] P:21 [PHE] A:593 [U] ❌ 4Y4O_1V:21, 4Y4O_1A:573 no longer at interface
1V:63 [GLY] 1A:573 [G] P:64 [LYS] A:593 [U] ❌ 4Y4O_1V:63, 4Y4O_1A:573 no longer at interface
1V:66 [ARG] 1A:573 [G] P:67 [ARG] A:593 [U] ❌ 4Y4O_1A:573 no longer at interface
1V:67 [GLY] 1A:573 [G] P:68 [GLY] A:593 [U] ❌ 4Y4O_1V:67, 4Y4O_1A:573 no longer at interface
1V:68 [LYS] 1A:575 [G] P:69 [LYS] A:595 [G] ❌ 4Y4O_1V:68, 4Y4O_1A:575 no longer at interface
1V:68 [LYS] 1A:574 [G] P:69 [LYS] A:594 [G] ❌ 4Y4O_1V:68, 4Y4O_1A:574 no longer at interface
1V:75 [PHE] 1A:586 [G] P:76 [TYR] A:606 [G] ❌ 4Y4O_1A:586 no longer at interface
1V:77 [ALA] 1A:585 [U] P:78 [ARG] A:605 [U] ❌ 4Y4O_1A:585 no longer at interface
1V:77 [ALA] 1A:586 [G] P:78 [ARG] A:606 [G] ❌ 4Y4O_1A:586 no longer at interface
1V:79 [VAL] 1A:591 [U] P:80 [LYS] A:611 [U] ❌ 4Y4O_1A:591 no longer at interface
1V:79 [VAL] 1A:1017 [G] P:80 [LYS] A:1016 [G] ❌ 4Y4O_1A:1017 no longer at interface
1V:82 [ARG] 1A:860 [U] P:83 [LYS] A:858 [U] ❌ 4Y4O_1A:860 no longer at interface
1V:84 [LYS] 1A:860 [U] P:85 [LYS] A:858 [U] ❌ 4Y4O_1A:860 no longer at interface
1V:91 [TYR] 1A:573 [G] P:92 [TYR] A:593 [U] ❌ 4Y4O_1V:91, 4Y4O_1A:573 no longer at interface
1V:6 [LYS] 1A:1206 [G] P:6 [GLU] A:1204 [G] ❌ 6S0Z_P:6 no longer at interface
1V:19 [LYS] 1A:572 [A] P:19 [GLU] A:592 [A] ❌ 6S0Z_P:19 no longer at interface
1V:74 [LYS] 1A:1036 [A] P:75 [THR] A:1034 [A] ❌ 6S0Z_P:75 no longer at interface
1V:74 [LYS] 1A:1037 [C] P:75 [THR] A:1035 [C] ❌ 6S0Z_P:75 no longer at interface
1V:74 [LYS] 1A:1038 [C] P:75 [THR] A:1036 [C] ❌ 6S0Z_P:75 no longer at interface
1V:71 [LEU] 1A:1271 [G] P:72 [THR] A:1263 [A] ❌ 6S0Z_P:72 no longer at interface
1V:18 [LEU] 1A:572 [A] P:18 [GLN] A:592 [A] ❌ 6S0Z_P:18 no longer at interface
1V:17 [GLY] 1A:572 [A] P:17 [GLY] A:592 [A] ❌ 6S0Z_P:17 no longer at interface
1V:91 [TYR] 1A:572 [A] P:92 [TYR] A:592 [A] ❌ 4Y4O_1V:91 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.97 0.88 0.61 0.96 0.97 0.84 0.91 0.70 0.63 0.31 0.60


Other pairs involving 4Y4O_1V_1A or 6S0Z_P_A

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1V_1A 7OF0_S_A 0.68 0.94 1.38 0.13 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1V_1A 7RYG_Q_A 0.88 0.96 1.48 0.52 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1V_1A 6S0Z_P_A 0.70 0.97 0.88 0.61 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1V_1A 7K00_q_a 0.83 0.96 1.09 0.57 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_P_A 7K00_q_a 0.80 0.97 1.18 0.54 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_P_A 7OF0_S_A 0.60 0.93 1.6 0.23 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_P_A 7RYG_Q_A 0.76 0.98 0.84 0.52 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare