Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0Z_P
|
6S0Z_A
|
7K00_q
|
7K00_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| P:78 [ARG] | A:606 [G] | q:79 [ARG] | a:563 [A] | ✔ |
| P:78 [ARG] | A:607 [C] | q:79 [ARG] | a:564 [C] | ✔ |
| P:78 [ARG] | A:608 [C] | q:79 [ARG] | a:565 [C] | ✔ |
| P:78 [ARG] | A:615 [A] | q:79 [ARG] | a:572 [A] | ✔ |
| P:9 [GLY] | A:1040 [A] | q:9 [GLY] | a:996 [A] | ✔ |
| P:9 [GLY] | A:1204 [G] | q:9 [GLY] | a:1160 [G] | ✔ |
| P:9 [GLY] | A:1205 [U] | q:9 [GLY] | a:1161 [C] | ✔ |
| P:24 [LYS] | A:1206 [G] | q:24 [LYS] | a:1162 [G] | ✔ |
| P:24 [LYS] | A:1207 [G] | q:24 [LYS] | a:1163 [G] | ✔ |
| P:67 [ARG] | A:1261 [G] | q:68 [ARG] | a:1223 [G] | ✔ |
| P:67 [ARG] | A:1262 [U] | q:68 [ARG] | a:1224 [U] | ✔ |
| P:81 [ASN] | A:609 [U] | q:82 [HIS] | a:566 [U] | ✔ |
| P:81 [ASN] | A:1227 [U] | q:82 [HIS] | a:1188 [U] | ✔ |
| P:8 [GLY] | A:1204 [G] | q:8 [GLY] | a:1160 [G] | ✔ |
| P:8 [GLY] | A:1205 [U] | q:8 [GLY] | a:1161 [C] | ✔ |
| P:11 [GLN] | A:1040 [A] | q:11 [GLN] | a:996 [A] | ✔ |
| P:85 [LYS] | A:858 [U] | q:86 [GLN] | a:813 [U] | ✔ |
| P:85 [LYS] | A:859 [C] | q:86 [GLN] | a:814 [C] | ✔ |
| P:85 [LYS] | A:1262 [U] | q:86 [GLN] | a:1224 [U] | ✔ |
| P:85 [LYS] | A:1263 [A] | q:86 [GLN] | a:1225 [G] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:607 [C] | q:80 [ARG] | a:564 [C] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:608 [C] | q:80 [ARG] | a:565 [C] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:609 [U] | q:80 [ARG] | a:566 [U] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:610 [U] | q:80 [ARG] | a:567 [U] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:614 [U] | q:80 [ARG] | a:571 [U] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:615 [A] | q:80 [ARG] | a:572 [A] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:616 [G] | q:80 [ARG] | a:573 [U] | ✔ |
| P:91 [PRO] | A:1206 [G] | q:92 [TRP] | a:1162 [G] | ✔ |
| P:91 [PRO] | A:1207 [G] | q:92 [TRP] | a:1163 [G] | ✔ |
| P:73 [VAL] | A:1036 [C] | q:74 [ILE] | a:992 [C] | ✔ |
| P:73 [VAL] | A:1037 [A] | q:74 [ILE] | a:993 [G] | ✔ |
| P:10 [LYS] | A:1038 [C] | q:10 [LYS] | a:994 [C] | ✔ |
| P:10 [LYS] | A:1040 [A] | q:10 [LYS] | a:996 [A] | ✔ |
| P:10 [LYS] | A:1204 [G] | q:10 [LYS] | a:1160 [G] | ✔ |
| P:10 [LYS] | A:1205 [U] | q:10 [LYS] | a:1161 [C] | ✔ |
| P:86 [LYS] | A:860 [U] | q:87 [GLN] | a:815 [C] | ✔ |
| P:86 [LYS] | A:1035 [C] | q:87 [GLN] | a:991 [C] | ✔ |
| P:86 [LYS] | A:1036 [C] | q:87 [GLN] | a:992 [C] | ✔ |
| P:86 [LYS] | A:1262 [U] | q:87 [GLN] | a:1224 [U] | ✔ |
| P:86 [LYS] | A:1263 [A] | q:87 [GLN] | a:1225 [G] | ✔ |
| P:90 [GLN] | A:1037 [A] | q:91 [GLN] | a:993 [G] | ✔ |
| P:90 [GLN] | A:1206 [G] | q:91 [GLN] | a:1162 [G] | ✔ |
| P:76 [TYR] | A:607 [C] | q:77 [PHE] | a:564 [C] | ✔ |
| P:23 [GLU] | A:1037 [A] | q:23 [GLU] | a:993 [G] | ✔ |
| P:23 [GLU] | A:1038 [C] | q:23 [GLU] | a:994 [C] | ✔ |
| P:23 [GLU] | A:1205 [U] | q:23 [GLU] | a:1161 [C] | ✔ |
| P:23 [GLU] | A:1206 [G] | q:23 [GLU] | a:1162 [G] | ✔ |
| P:87 [GLY] | A:1262 [U] | q:88 [GLY] | a:1224 [U] | ✔ |
| P:87 [GLY] | A:1263 [A] | q:88 [GLY] | a:1225 [G] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:609 [U] | q:81 [LYS] | a:566 [U] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:611 [U] | q:81 [LYS] | a:568 [U] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:614 [U] | q:81 [LYS] | a:571 [U] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:1016 [G] | q:81 [LYS] | a:972 [A] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:1017 [A] | q:81 [LYS] | a:973 [A] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:1018 [A] | q:81 [LYS] | a:974 [G] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:1227 [U] | q:81 [LYS] | a:1188 [U] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:608 [C] | q:78 [ARG] | a:565 [C] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:1018 [A] | q:78 [ARG] | a:974 [G] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:1019 [A] | q:78 [ARG] | a:975 [A] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:1034 [A] | q:78 [ARG] | a:990 [A] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:1225 [G] | q:78 [ARG] | a:1186 [G] | ✔ |
| P:71 [ILE] | A:1037 [A] | q:72 [VAL] | a:993 [G] | ✔ |
| P:84 [ARG] | A:859 [C] | q:85 [LYS] | a:814 [C] | ✔ |
| P:84 [ARG] | A:860 [U] | q:85 [LYS] | a:815 [C] | ✔ |
| P:88 [HIS] | A:1036 [C] | q:89 [HIS] | a:992 [C] | ✔ |
| P:88 [HIS] | A:1037 [A] | q:89 [HIS] | a:993 [G] | ✔ |
| P:88 [HIS] | A:1206 [G] | q:89 [HIS] | a:1162 [G] | ✔ |
| P:89 [ARG] | A:1260 [C] | q:90 [ARG] | a:1222 [U] | ✔ |
| P:89 [ARG] | A:1261 [G] | q:90 [ARG] | a:1223 [G] | ✔ |
| P:83 [LYS] | A:858 [U] | q:84 [ARG] | a:813 [U] | ✔ |
| P:83 [LYS] | A:859 [C] | q:84 [ARG] | a:814 [C] | ✔ |
| P:70 [LYS] | A:1261 [G] | q:71 [LYS] | a:1223 [G] | ✔ |
| P:70 [LYS] | A:1262 [U] | q:71 [LYS] | a:1224 [U] | ✔ |
| P:70 [LYS] | A:1263 [A] | q:71 [LYS] | a:1225 [G] | ✔ |
| P:82 [SER] | A:1226 [G] | q:83 [TYR] | a:1187 [G] | ✔ |
| P:82 [SER] | A:1227 [U] | q:83 [TYR] | a:1188 [U] | ✔ |
| P:67 [ARG] | A:1260 [C] | q:68 [ARG] | a:1222 [U] | ❌ 7K00_q_a |
| P:81 [ASN] | A:608 [C] | q:82 [HIS] | a:565 [C] | ❌ 7K00_q_a |
| P:90 [GLN] | A:1036 [C] | q:91 [GLN] | a:992 [C] | ❌ 7K00_q_a |
| P:76 [TYR] | A:606 [G] | q:77 [PHE] | a:563 [A] | ❌ 7K00_q_a |
| P:84 [ARG] | A:1035 [C] | q:85 [LYS] | a:991 [C] | ❌ 7K00_q_a |
| P:84 [ARG] | A:1036 [C] | q:85 [LYS] | a:992 [C] | ❌ 7K00_q_a |
| P:88 [HIS] | A:1207 [G] | q:89 [HIS] | a:1163 [G] | ❌ 7K00_q_a |
| P:10 [LYS] | A:1037 [A] | q:10 [LYS] | a:993 [G] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:76 [TYR] | A:608 [C] | q:77 [PHE] | a:565 [C] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:79 [ARG] | A:611 [U] | q:80 [ARG] | a:568 [U] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:82 [SER] | A:1225 [G] | q:83 [TYR] | a:1186 [G] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:84 [ARG] | A:1226 [G] | q:85 [LYS] | a:1187 [G] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:88 [HIS] | A:1262 [U] | q:89 [HIS] | a:1224 [U] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:78 [ARG] | A:605 [U] | q:79 [ARG] | a:562 [U] | ❌ 7K00_a:562 no longer at interface |
| P:67 [ARG] | A:593 [U] | q:68 [ARG] | a:550 [C] | ❌ 7K00_a:550 no longer at interface |
| P:85 [LYS] | A:1264 [A] | q:86 [GLN] | a:1226 [A] | ❌ 7K00_a:1226 no longer at interface |
| P:69 [LYS] | A:594 [G] | q:70 [GLU] | a:551 [G] | ❌ 7K00_q:70, 7K00_a:551 no longer at interface |
| P:69 [LYS] | A:595 [G] | q:70 [GLU] | a:552 [U] | ❌ 7K00_q:70, 7K00_a:552 no longer at interface |
| P:92 [TYR] | A:592 [A] | q:93 [PHE] | a:549 [G] | ❌ 7K00_q:93, 7K00_a:549 no longer at interface |
| P:92 [TYR] | A:593 [U] | q:93 [PHE] | a:550 [C] | ❌ 7K00_q:93, 7K00_a:550 no longer at interface |
| P:64 [LYS] | A:593 [U] | q:65 [ALA] | a:550 [C] | ❌ 7K00_q:65, 7K00_a:550 no longer at interface |
| P:68 [GLY] | A:593 [U] | q:69 [GLY] | a:550 [C] | ❌ 7K00_q:69, 7K00_a:550 no longer at interface |
| P:21 [PHE] | A:593 [U] | q:21 [ARG] | a:550 [C] | ❌ 7K00_q:21, 7K00_a:550 no longer at interface |
| P:80 [LYS] | A:613 [G] | q:81 [LYS] | a:570 [G] | ❌ 6S0Z_A:613 no longer at interface |
| P:81 [ASN] | A:856 [U] | q:82 [HIS] | a:811 [U] | ❌ 6S0Z_A:856 no longer at interface |
| P:81 [ASN] | A:1228 [A] | q:82 [HIS] | a:1189 [A] | ❌ 6S0Z_A:1228 no longer at interface |
| P:84 [ARG] | A:861 [C] | q:85 [LYS] | a:816 [C] | ❌ 6S0Z_A:861 no longer at interface |
| P:72 [THR] | A:1263 [A] | q:73 [LYS] | a:1225 [G] | ❌ 6S0Z_P:72 no longer at interface |
| P:75 [THR] | A:1036 [C] | q:76 [LYS] | a:992 [C] | ❌ 6S0Z_P:75 no longer at interface |
| P:75 [THR] | A:1035 [C] | q:76 [LYS] | a:991 [C] | ❌ 6S0Z_P:75 no longer at interface |
| P:75 [THR] | A:1034 [A] | q:76 [LYS] | a:990 [A] | ❌ 6S0Z_P:75 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.97 | 1.18 | 0.54 | 0.96 | 0.97 | 0.93 | 0.89 | 0.80 | 0.66 | 0.50 | 0.58 |
Other pairs involving 6S0Z_P_A or 7K00_q_a
Total number of entries: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1V_1A | 6S0Z_P_A | 0.70 | 0.97 | 0.88 | 0.61 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1V_1A | 7K00_q_a | 0.83 | 0.96 | 1.09 | 0.57 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_P_A | 7K00_q_a | 0.80 | 0.97 | 1.18 | 0.54 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_P_A | 7OF0_S_A | 0.60 | 0.93 | 1.6 | 0.23 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_P_A | 7RYG_Q_A | 0.76 | 0.98 | 0.84 | 0.52 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |