Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0Z_P
|
6S0Z_A
|
7RYG_Q
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| P:78 [ARG] | A:606 [G] | Q:79 [ARG] | A:561 [A] | ✔ |
| P:78 [ARG] | A:607 [C] | Q:79 [ARG] | A:562 [C] | ✔ |
| P:78 [ARG] | A:608 [C] | Q:79 [ARG] | A:563 [C] | ✔ |
| P:78 [ARG] | A:615 [A] | Q:79 [ARG] | A:570 [A] | ✔ |
| P:9 [GLY] | A:1040 [A] | Q:9 [GLY] | A:993 [A] | ✔ |
| P:9 [GLY] | A:1204 [G] | Q:9 [GLY] | A:1158 [G] | ✔ |
| P:9 [GLY] | A:1205 [U] | Q:9 [GLY] | A:1159 [C] | ✔ |
| P:24 [LYS] | A:1206 [G] | Q:24 [LEU] | A:1160 [G] | ✔ |
| P:24 [LYS] | A:1207 [G] | Q:24 [LEU] | A:1161 [G] | ✔ |
| P:67 [ARG] | A:1261 [G] | Q:68 [ARG] | A:1218 [G] | ✔ |
| P:67 [ARG] | A:1262 [U] | Q:68 [ARG] | A:1219 [A] | ✔ |
| P:81 [ASN] | A:609 [U] | Q:82 [HIS] | A:564 [U] | ✔ |
| P:81 [ASN] | A:1227 [U] | Q:82 [HIS] | A:1183 [U] | ✔ |
| P:8 [GLY] | A:1204 [G] | Q:8 [GLY] | A:1158 [G] | ✔ |
| P:8 [GLY] | A:1205 [U] | Q:8 [GLY] | A:1159 [C] | ✔ |
| P:11 [GLN] | A:1040 [A] | Q:11 [GLN] | A:993 [A] | ✔ |
| P:85 [LYS] | A:859 [C] | Q:86 [GLN] | A:812 [C] | ✔ |
| P:85 [LYS] | A:1262 [U] | Q:86 [GLN] | A:1219 [A] | ✔ |
| P:85 [LYS] | A:1263 [A] | Q:86 [GLN] | A:1220 [G] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:608 [C] | Q:80 [ARG] | A:563 [C] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:609 [U] | Q:80 [ARG] | A:564 [U] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:610 [U] | Q:80 [ARG] | A:565 [U] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:614 [U] | Q:80 [ARG] | A:569 [U] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:615 [A] | Q:80 [ARG] | A:570 [A] | ✔ |
| P:79 [ARG] | A:616 [G] | Q:80 [ARG] | A:571 [U] | ✔ |
| P:91 [PRO] | A:1206 [G] | Q:92 [TRP] | A:1160 [G] | ✔ |
| P:91 [PRO] | A:1207 [G] | Q:92 [TRP] | A:1161 [G] | ✔ |
| P:73 [VAL] | A:1036 [C] | Q:74 [ILE] | A:989 [C] | ✔ |
| P:73 [VAL] | A:1037 [A] | Q:74 [ILE] | A:990 [G] | ✔ |
| P:10 [LYS] | A:1038 [C] | Q:10 [LYS] | A:991 [C] | ✔ |
| P:10 [LYS] | A:1040 [A] | Q:10 [LYS] | A:993 [A] | ✔ |
| P:10 [LYS] | A:1204 [G] | Q:10 [LYS] | A:1158 [G] | ✔ |
| P:10 [LYS] | A:1205 [U] | Q:10 [LYS] | A:1159 [C] | ✔ |
| P:86 [LYS] | A:1035 [C] | Q:87 [GLN] | A:988 [C] | ✔ |
| P:86 [LYS] | A:1036 [C] | Q:87 [GLN] | A:989 [C] | ✔ |
| P:86 [LYS] | A:1262 [U] | Q:87 [GLN] | A:1219 [A] | ✔ |
| P:86 [LYS] | A:1263 [A] | Q:87 [GLN] | A:1220 [G] | ✔ |
| P:90 [GLN] | A:1037 [A] | Q:91 [GLN] | A:990 [G] | ✔ |
| P:90 [GLN] | A:1206 [G] | Q:91 [GLN] | A:1160 [G] | ✔ |
| P:76 [TYR] | A:607 [C] | Q:77 [MET] | A:562 [C] | ✔ |
| P:23 [GLU] | A:1037 [A] | Q:23 [GLU] | A:990 [G] | ✔ |
| P:23 [GLU] | A:1038 [C] | Q:23 [GLU] | A:991 [C] | ✔ |
| P:23 [GLU] | A:1205 [U] | Q:23 [GLU] | A:1159 [C] | ✔ |
| P:23 [GLU] | A:1206 [G] | Q:23 [GLU] | A:1160 [G] | ✔ |
| P:87 [GLY] | A:1262 [U] | Q:88 [GLY] | A:1219 [A] | ✔ |
| P:87 [GLY] | A:1263 [A] | Q:88 [GLY] | A:1220 [G] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:609 [U] | Q:81 [LYS] | A:564 [U] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:611 [U] | Q:81 [LYS] | A:566 [U] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:1016 [G] | Q:81 [LYS] | A:969 [A] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:1017 [A] | Q:81 [LYS] | A:970 [A] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:1018 [A] | Q:81 [LYS] | A:971 [G] | ✔ |
| P:80 [LYS] | A:1227 [U] | Q:81 [LYS] | A:1183 [U] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:608 [C] | Q:78 [ARG] | A:563 [C] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:1018 [A] | Q:78 [ARG] | A:971 [G] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:1019 [A] | Q:78 [ARG] | A:972 [A] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:1034 [A] | Q:78 [ARG] | A:987 [A] | ✔ |
| P:77 [LYS] | A:1225 [G] | Q:78 [ARG] | A:1181 [G] | ✔ |
| P:71 [ILE] | A:1037 [A] | Q:72 [ILE] | A:990 [G] | ✔ |
| P:84 [ARG] | A:859 [C] | Q:85 [LYS] | A:812 [C] | ✔ |
| P:84 [ARG] | A:860 [U] | Q:85 [LYS] | A:813 [C] | ✔ |
| P:88 [HIS] | A:1036 [C] | Q:89 [HIS] | A:989 [C] | ✔ |
| P:88 [HIS] | A:1037 [A] | Q:89 [HIS] | A:990 [G] | ✔ |
| P:88 [HIS] | A:1206 [G] | Q:89 [HIS] | A:1160 [G] | ✔ |
| P:89 [ARG] | A:1260 [C] | Q:90 [ARG] | A:1217 [U] | ✔ |
| P:89 [ARG] | A:1261 [G] | Q:90 [ARG] | A:1218 [G] | ✔ |
| P:83 [LYS] | A:858 [U] | Q:84 [ARG] | A:811 [U] | ✔ |
| P:83 [LYS] | A:859 [C] | Q:84 [ARG] | A:812 [C] | ✔ |
| P:70 [LYS] | A:1261 [G] | Q:71 [LYS] | A:1218 [G] | ✔ |
| P:70 [LYS] | A:1262 [U] | Q:71 [LYS] | A:1219 [A] | ✔ |
| P:70 [LYS] | A:1263 [A] | Q:71 [LYS] | A:1220 [G] | ✔ |
| P:82 [SER] | A:1226 [G] | Q:83 [TYR] | A:1182 [G] | ✔ |
| P:82 [SER] | A:1227 [U] | Q:83 [TYR] | A:1183 [U] | ✔ |
| P:67 [ARG] | A:1260 [C] | Q:68 [ARG] | A:1217 [U] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:81 [ASN] | A:608 [C] | Q:82 [HIS] | A:563 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:85 [LYS] | A:858 [U] | Q:86 [GLN] | A:811 [U] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:79 [ARG] | A:607 [C] | Q:80 [ARG] | A:562 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:86 [LYS] | A:860 [U] | Q:87 [GLN] | A:813 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:90 [GLN] | A:1036 [C] | Q:91 [GLN] | A:989 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:76 [TYR] | A:606 [G] | Q:77 [MET] | A:561 [A] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:80 [LYS] | A:614 [U] | Q:81 [LYS] | A:569 [U] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:84 [ARG] | A:1035 [C] | Q:85 [LYS] | A:988 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:84 [ARG] | A:1036 [C] | Q:85 [LYS] | A:989 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:88 [HIS] | A:1207 [G] | Q:89 [HIS] | A:1161 [G] | ❌ 7RYG_Q_A |
| P:10 [LYS] | A:1037 [A] | Q:10 [LYS] | A:990 [G] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:76 [TYR] | A:608 [C] | Q:77 [MET] | A:563 [C] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:82 [SER] | A:1225 [G] | Q:83 [TYR] | A:1181 [G] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:84 [ARG] | A:1226 [G] | Q:85 [LYS] | A:1182 [G] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:88 [HIS] | A:1262 [U] | Q:89 [HIS] | A:1219 [A] | ❌ 6S0Z_P_A |
| P:78 [ARG] | A:605 [U] | Q:79 [ARG] | A:560 [U] | ❌ 7RYG_A:560 no longer at interface |
| P:67 [ARG] | A:593 [U] | Q:68 [ARG] | A:548 [G] | ❌ 7RYG_A:548 no longer at interface |
| P:85 [LYS] | A:1264 [A] | Q:86 [GLN] | A:1221 [A] | ❌ 7RYG_A:1221 no longer at interface |
| P:69 [LYS] | A:594 [G] | Q:70 [ASP] | A:549 [G] | ❌ 7RYG_Q:70, 7RYG_A:549 no longer at interface |
| P:69 [LYS] | A:595 [G] | Q:70 [ASP] | A:550 [U] | ❌ 7RYG_Q:70, 7RYG_A:550 no longer at interface |
| P:92 [TYR] | A:593 [U] | Q:93 [PHE] | A:548 [G] | ❌ 7RYG_Q:93, 7RYG_A:548 no longer at interface |
| P:64 [LYS] | A:593 [U] | Q:65 [GLY] | A:548 [G] | ❌ 7RYG_Q:65, 7RYG_A:548 no longer at interface |
| P:68 [GLY] | A:593 [U] | Q:69 [HIS] | A:548 [G] | ❌ 7RYG_Q:69, 7RYG_A:548 no longer at interface |
| P:21 [PHE] | A:593 [U] | Q:21 [LYS] | A:548 [G] | ❌ 7RYG_Q:21, 7RYG_A:548 no longer at interface |
| P:80 [LYS] | A:613 [G] | Q:81 [LYS] | A:568 [G] | ❌ 6S0Z_A:613 no longer at interface |
| P:81 [ASN] | A:1228 [A] | Q:82 [HIS] | A:1184 [A] | ❌ 6S0Z_A:1228 no longer at interface |
| P:84 [ARG] | A:861 [C] | Q:85 [LYS] | A:814 [C] | ❌ 6S0Z_A:861 no longer at interface |
| P:92 [TYR] | A:592 [A] | Q:93 [PHE] | A:547 [U] | ❌ 7RYG_Q:93 no longer at interface |
| P:18 [GLN] | A:592 [A] | Q:18 [GLU] | A:547 [U] | ❌ 6S0Z_P:18 no longer at interface |
| P:19 [GLU] | A:592 [A] | Q:19 [THR] | A:547 [U] | ❌ 6S0Z_P:19 no longer at interface |
| P:75 [THR] | A:1035 [C] | Q:76 [LYS] | A:988 [C] | ❌ 6S0Z_P:75 no longer at interface |
| P:75 [THR] | A:1036 [C] | Q:76 [LYS] | A:989 [C] | ❌ 6S0Z_P:75 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.98 | 0.84 | 0.52 | 0.94 | 0.98 | 0.9 | 0.92 | 0.76 | 0.56 | 0.47 | 0.52 |
Other pairs involving 6S0Z_P_A or 7RYG_Q_A
Total number of entries: 6
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1V_1A | 7RYG_Q_A | 0.88 | 0.96 | 1.48 | 0.52 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1V_1A | 6S0Z_P_A | 0.70 | 0.97 | 0.88 | 0.61 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_P_A | 7K00_q_a | 0.80 | 0.97 | 1.18 | 0.54 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_P_A | 7OF0_S_A | 0.60 | 0.93 | 1.6 | 0.23 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_P_A | 7RYG_Q_A | 0.76 | 0.98 | 0.84 | 0.52 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_S_A | 7RYG_Q_A | 0.67 | 0.9 | 1.86 | 0.21 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |