Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 7OF0_S
|
7OF0_A
|
7RYG_Q
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| S:180 [PHE] | A:2262 [C] | Q:83 [TYR] | A:1181 [G] | ✔ |
| S:180 [PHE] | A:2263 [C] | Q:83 [TYR] | A:1182 [G] | ✔ |
| S:180 [PHE] | A:2264 [A] | Q:83 [TYR] | A:1183 [U] | ✔ |
| S:169 [ARG] | A:2144 [A] | Q:72 [ILE] | A:990 [G] | ✔ |
| S:178 [LYS] | A:1847 [U] | Q:81 [LYS] | A:564 [U] | ✔ |
| S:178 [LYS] | A:1851 [G] | Q:81 [LYS] | A:568 [G] | ✔ |
| S:178 [LYS] | A:2124 [A] | Q:81 [LYS] | A:969 [A] | ✔ |
| S:178 [LYS] | A:2125 [C] | Q:81 [LYS] | A:971 [G] | ✔ |
| S:178 [LYS] | A:2264 [A] | Q:81 [LYS] | A:1183 [U] | ✔ |
| S:188 [THR] | A:2144 [A] | Q:91 [GLN] | A:990 [G] | ✔ |
| S:171 [ILE] | A:2143 [G] | Q:74 [ILE] | A:989 [C] | ✔ |
| S:171 [ILE] | A:2144 [A] | Q:74 [ILE] | A:990 [G] | ✔ |
| S:102 [ALA] | A:2256 [U] | Q:8 [GLY] | A:1159 [C] | ✔ |
| S:177 [ARG] | A:1846 [C] | Q:80 [ARG] | A:563 [C] | ✔ |
| S:177 [ARG] | A:1847 [U] | Q:80 [ARG] | A:564 [U] | ✔ |
| S:177 [ARG] | A:1848 [U] | Q:80 [ARG] | A:565 [U] | ✔ |
| S:177 [ARG] | A:1852 [C] | Q:80 [ARG] | A:569 [U] | ✔ |
| S:104 [ARG] | A:2144 [A] | Q:10 [LYS] | A:990 [G] | ✔ |
| S:104 [ARG] | A:2145 [G] | Q:10 [LYS] | A:991 [C] | ✔ |
| S:104 [ARG] | A:2147 [G] | Q:10 [LYS] | A:993 [A] | ✔ |
| S:104 [ARG] | A:2256 [U] | Q:10 [LYS] | A:1159 [C] | ✔ |
| S:176 [LYS] | A:1844 [A] | Q:79 [ARG] | A:561 [A] | ✔ |
| S:176 [LYS] | A:1845 [C] | Q:79 [ARG] | A:562 [C] | ✔ |
| S:176 [LYS] | A:1846 [C] | Q:79 [ARG] | A:563 [C] | ✔ |
| S:173 [ARG] | A:2142 [A] | Q:76 [LYS] | A:988 [C] | ✔ |
| S:173 [ARG] | A:2143 [G] | Q:76 [LYS] | A:989 [C] | ✔ |
| S:183 [LYS] | A:2024 [C] | Q:86 [GLN] | A:812 [C] | ✔ |
| S:105 [GLN] | A:2147 [G] | Q:11 [GLN] | A:993 [A] | ✔ |
| S:186 [VAL] | A:2143 [G] | Q:89 [HIS] | A:989 [C] | ✔ |
| S:186 [VAL] | A:2144 [A] | Q:89 [HIS] | A:990 [G] | ✔ |
| S:184 [ARG] | A:2143 [G] | Q:87 [GLN] | A:989 [C] | ✔ |
| S:118 [ASN] | A:2256 [U] | Q:23 [GLU] | A:1159 [C] | ✔ |
| S:118 [ASN] | A:2257 [C] | Q:23 [GLU] | A:1160 [G] | ✔ |
| S:189 [PRO] | A:2257 [C] | Q:92 [TRP] | A:1160 [G] | ✔ |
| S:181 [LYS] | A:2023 [U] | Q:84 [ARG] | A:811 [U] | ✔ |
| S:181 [LYS] | A:2024 [C] | Q:84 [ARG] | A:812 [C] | ✔ |
| S:179 [ASN] | A:1847 [U] | Q:82 [HIS] | A:564 [U] | ✔ |
| S:179 [ASN] | A:2265 [A] | Q:82 [HIS] | A:1184 [A] | ✔ |
| S:119 [GLU] | A:2257 [C] | Q:24 [LEU] | A:1160 [G] | ✔ |
| S:119 [GLU] | A:2258 [A] | Q:24 [LEU] | A:1161 [G] | ✔ |
| S:174 [PHE] | A:1845 [C] | Q:77 [MET] | A:562 [C] | ✔ |
| S:174 [PHE] | A:1846 [C] | Q:77 [MET] | A:563 [C] | ✔ |
| S:175 [ARG] | A:1846 [C] | Q:78 [ARG] | A:563 [C] | ✔ |
| S:175 [ARG] | A:2125 [C] | Q:78 [ARG] | A:971 [G] | ✔ |
| S:175 [ARG] | A:2126 [U] | Q:78 [ARG] | A:972 [A] | ✔ |
| S:175 [ARG] | A:2262 [C] | Q:78 [ARG] | A:1181 [G] | ✔ |
| S:103 [SER] | A:2147 [G] | Q:9 [GLY] | A:993 [A] | ✔ |
| S:103 [SER] | A:2255 [C] | Q:9 [GLY] | A:1158 [G] | ✔ |
| S:103 [SER] | A:2256 [U] | Q:9 [GLY] | A:1159 [C] | ✔ |
| S:182 [LYS] | A:2024 [C] | Q:85 [LYS] | A:812 [C] | ✔ |
| S:182 [LYS] | A:2025 [C] | Q:85 [LYS] | A:813 [C] | ✔ |
| S:182 [LYS] | A:2026 [A] | Q:85 [LYS] | A:814 [C] | ✔ |
| S:182 [LYS] | A:2263 [C] | Q:85 [LYS] | A:1182 [G] | ✔ |
| S:169 [ARG] | A:2145 [G] | Q:72 [ILE] | A:991 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:178 [LYS] | A:1846 [C] | Q:81 [LYS] | A:563 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:178 [LYS] | A:2265 [A] | Q:81 [LYS] | A:1184 [A] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:177 [ARG] | A:1845 [C] | Q:80 [ARG] | A:562 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:177 [ARG] | A:1849 [C] | Q:80 [ARG] | A:566 [U] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:176 [LYS] | A:1852 [C] | Q:79 [ARG] | A:569 [U] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:173 [ARG] | A:2262 [C] | Q:76 [LYS] | A:1181 [G] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:183 [LYS] | A:2023 [U] | Q:86 [GLN] | A:811 [U] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:179 [ASN] | A:1846 [C] | Q:82 [HIS] | A:563 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:175 [ARG] | A:2263 [C] | Q:78 [ARG] | A:1182 [G] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:103 [SER] | A:2145 [G] | Q:9 [GLY] | A:991 [C] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:182 [LYS] | A:2262 [C] | Q:85 [LYS] | A:1181 [G] | ❌ 7RYG_Q_A |
| S:104 [ARG] | A:2255 [C] | Q:10 [LYS] | A:1158 [G] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:118 [ASN] | A:2144 [A] | Q:23 [GLU] | A:990 [G] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:118 [ASN] | A:2145 [G] | Q:23 [GLU] | A:991 [C] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:102 [ALA] | A:2255 [C] | Q:8 [GLY] | A:1158 [G] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:178 [LYS] | A:1849 [C] | Q:81 [LYS] | A:566 [U] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:179 [ASN] | A:2264 [A] | Q:82 [HIS] | A:1183 [U] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:184 [ARG] | A:2142 [A] | Q:87 [GLN] | A:988 [C] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:186 [VAL] | A:2257 [C] | Q:89 [HIS] | A:1160 [G] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:188 [THR] | A:2257 [C] | Q:91 [GLN] | A:1160 [G] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:189 [PRO] | A:2258 [A] | Q:92 [TRP] | A:1161 [G] | ❌ 7OF0_S_A |
| S:169 [ARG] | A:1832 [A] | Q:72 [ILE] | A:535 [G] | ❌ 7RYG_A:535 no longer at interface |
| S:177 [ARG] | A:1855 [A] | Q:80 [ARG] | A:572 [A] | ❌ 7RYG_A:572 no longer at interface |
| S:104 [ARG] | A:2146 [A] | Q:10 [LYS] | A:992 [C] | ❌ 7RYG_A:992 no longer at interface |
| S:167 [TRP] | A:1831 [G] | Q:70 [ASP] | A:534 [G] | ❌ 7RYG_Q:70, 7RYG_A:534 no longer at interface |
| S:176 [LYS] | A:1843 [U] | Q:79 [ARG] | A:560 [U] | ❌ 7RYG_A:560 no longer at interface |
| S:173 [ARG] | A:2261 [C] | Q:76 [LYS] | A:1180 [U] | ❌ 7RYG_A:1180 no longer at interface |
| S:184 [ARG] | A:2261 [C] | Q:87 [GLN] | A:1180 [U] | ❌ 7RYG_A:1180 no longer at interface |
| S:181 [LYS] | A:2296 [U] | Q:84 [ARG] | A:1247 [G] | ❌ 7RYG_A:1247 no longer at interface |
| S:182 [LYS] | A:2261 [C] | Q:85 [LYS] | A:1180 [U] | ❌ 7RYG_A:1180 no longer at interface |
| S:175 [ARG] | A:2141 [U] | Q:78 [ARG] | A:987 [A] | ❌ 7OF0_A:2141 no longer at interface |
| S:100 [HIS] | A:2255 [C] | Q:6 [GLN] | A:1158 [G] | ❌ 7RYG_Q:6 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.9 | 1.86 | 0.21 | 0.92 | 0.93 | 0.79 | 0.76 | 0.67 | 0.57 | 0.20 | 0.33 |
Other pairs involving 7OF0_S_A or 7RYG_Q_A
Total number of entries: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1V_1A | 7OF0_S_A | 0.68 | 0.94 | 1.38 | 0.13 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1V_1A | 7RYG_Q_A | 0.88 | 0.96 | 1.48 | 0.52 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_P_A | 7OF0_S_A | 0.60 | 0.93 | 1.6 | 0.23 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_P_A | 7RYG_Q_A | 0.76 | 0.98 | 0.84 | 0.52 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_S_A | 7RYG_Q_A | 0.67 | 0.9 | 1.86 | 0.21 | Ribosomal protein L21p | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |