RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group86 > 7K00_H_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_H
7K00_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
H:2 [SER] A:755 [G] 4.03 A:586 [C] 75.88
H:2 [SER] A:756 [C] 3.27 A:585 [G] sugar:BB 75.88
H:2 [SER] A:823 [C] 2.72 A:877 [G] base:BB, sugar:BB 75.88
H:2 [SER] A:824 [G] 3.26 A:876 [C] 75.88
H:2 [SER] A:877 [G] 3.21 A:823 [C] base:BB 75.88
H:3 [MET] A:587 [G] 4.62 51.83
H:3 [MET] A:588 [G] 3.88 A:651 [C] 51.83
H:3 [MET] A:824 [G] 3.58 A:876 [C] 51.83
H:3 [MET] A:825 [A] 4.34 A:875 [U] 51.83
H:4 [GLN] A:585 [G] 4.41 A:756 [C] 65.66
H:4 [GLN] A:586 [C] 2.49 A:755 [G] sugar:SC 65.66
H:4 [GLN] A:587 [G] 3.28 65.66
H:4 [GLN] A:588 [G] 4.12 A:651 [C] 65.66
H:4 [GLN] A:755 [G] 3.84 A:586 [C] 65.66
H:4 [GLN] A:756 [C] 3.81 A:585 [G] base:SC 65.66
H:4 [GLN] A:877 [G] 4.19 A:823 [C] 65.66
H:4 [GLN] A:878 [A] 2.93 A:822 [U] sugar:SC 65.66
H:5 [ASP] A:588 [G] 4.94 A:651 [C] 87.0
H:5 [ASP] A:877 [G] 3.22 A:823 [C] 87.0
H:6 [PRO] A:588 [G] 3.3 A:651 [C] 61.67
H:6 [PRO] A:589 [U] 3.56 A:650 [G] 61.67
H:8 [ALA] A:876 [C] 3.73 A:824 [G] 85.85
H:8 [ALA] A:877 [G] 3.83 A:823 [C] 85.85
H:9 [ASP] A:825 [A] 2.51 A:875 [U] sugar:SC 85.67
H:9 [ASP] A:826 [C] 4.66 A:874 [G] 85.67
H:9 [ASP] A:876 [C] 4.94 A:824 [G] 85.67
H:12 [THR] A:825 [A] 4.17 A:875 [U] 83.24
H:12 [THR] A:826 [C] 4.46 A:874 [G] 83.24
H:12 [THR] A:875 [U] 3.33 A:825 [A] 83.24
H:12 [THR] A:876 [C] 2.88 A:824 [G] sugar:SC 83.24
H:13 [ARG] A:825 [A] 3.45 A:875 [U] 78.28
H:13 [ARG] A:826 [C] 3.57 A:874 [G] 78.28
H:15 [ARG] A:875 [U] 2.77 A:825 [A] sugar:SC 79.03
H:15 [ARG] A:876 [C] 3.27 A:824 [G] 79.03
H:16 [ASN] A:825 [A] 4.91 A:875 [U] 98.23
H:16 [ASN] A:826 [C] 2.65 A:874 [G] base:SC 98.23
H:16 [ASN] A:827 [U] 3.63 A:872 [A] 98.23
H:16 [ASN] A:874 [G] 3.53 A:826 [C] 98.23
H:16 [ASN] A:875 [U] 2.71 A:825 [A] base:SC, sugar:SC 98.23
H:17 [GLY] A:827 [U] 4.91 A:872 [A] 88.27
H:19 [ALA] A:860 [A] 4.96 A:869 [G] 45.1
H:20 [ALA] A:827 [U] 3.47 A:872 [A] 77.05
H:20 [ALA] A:828 [U] 4.08 A:858 [G] 77.05
H:22 [LYS] A:827 [U] 3.62 A:872 [A] 64.2
H:22 [LYS] A:828 [U] 3.82 A:858 [G] 64.2
H:28 [PRO] A:653 [U] 4.76 61.5
H:29 [SER] A:589 [U] 4.0 A:650 [G] 24.85
H:29 [SER] A:590 [U] 4.71 A:649 [A] 24.85
H:30 [SER] A:589 [U] 3.61 A:650 [G] 89.91
H:30 [SER] A:590 [U] 3.41 A:649 [A] 89.91
H:31 [LYS] A:589 [U] 4.84 A:650 [G] 72.94
H:31 [LYS] A:590 [U] 2.9 A:649 [A] 72.94
H:31 [LYS] A:591 [U] 3.98 A:648 [A] 72.94
H:32 [LEU] A:642 [A] 4.47 37.72
H:32 [LEU] A:643 [C] 3.93 A:597 [G] 37.72
H:33 [LYS] A:589 [U] 4.26 A:650 [G] 59.56
H:55 [THR] A:651 [C] 4.12 A:588 [G] 31.87
H:55 [THR] A:652 [U] 3.72 A:753 [A] 31.87
H:55 [THR] A:653 [U] 3.84 31.87
H:56 [LYS] A:652 [U] 3.94 A:753 [A] 28.53
H:56 [LYS] A:653 [U] 2.33 28.53
H:77 [ARG] A:877 [G] 4.66 A:823 [C] 77.04
H:80 [ARG] A:877 [G] 4.01 A:823 [C] 77.79
H:80 [ARG] A:878 [A] 2.82 A:822 [U] 77.79
H:80 [ARG] A:879 [C] 4.56 A:821 [G] 77.79
H:81 [PRO] A:586 [C] 3.2 A:755 [G] 87.75
H:81 [PRO] A:587 [G] 3.44 87.75
H:81 [PRO] A:877 [G] 3.82 A:823 [C] 87.75
H:81 [PRO] A:878 [A] 3.65 A:822 [U] 87.75
H:82 [GLY] A:586 [C] 4.37 A:755 [G] 84.03
H:82 [GLY] A:877 [G] 4.85 A:823 [C] 84.03
H:82 [GLY] A:878 [A] 2.73 A:822 [U] 84.03
H:82 [GLY] A:879 [C] 3.64 A:821 [G] 84.03
H:83 [LEU] A:878 [A] 4.31 A:822 [U] 65.13
H:84 [ARG] A:587 [G] 2.8 93.3
H:84 [ARG] A:643 [C] 4.13 A:597 [G] 93.3
H:84 [ARG] A:644 [U] 3.59 A:596 [A] 93.3
H:86 [TYR] A:597 [G] 3.02 A:643 [C] base:SC 91.56
H:86 [TYR] A:598 [U] 3.29 A:640 [A] 91.56
H:86 [TYR] A:599 [C] 4.14 A:639 [G] 91.56
H:86 [TYR] A:643 [C] 4.27 A:597 [G] 91.56
H:86 [TYR] A:644 [U] 4.41 A:596 [A] 91.56
H:87 [LYS] A:599 [C] 3.65 A:639 [G] 57.07
H:88 [ARG] A:599 [C] 3.41 A:639 [G] 44.41
H:88 [ARG] A:600 [A] 3.35 A:638 [U] 44.41
H:88 [ARG] A:632 [U] 4.66 44.41
H:88 [ARG] A:633 [G] 3.91 A:605 [U] 44.41
H:89 [LYS] A:599 [C] 3.92 A:639 [G] 2.99
H:89 [LYS] A:600 [A] 2.56 A:638 [U] 2.99
H:89 [LYS] A:601 [G] 3.13 A:637 [C] 2.99
H:90 [ASP] A:600 [A] 4.48 A:638 [U] 50.77
H:105 [SER] A:642 [A] 2.79 base:SC, sugar:SC 98.15
H:105 [SER] A:643 [C] 3.3 A:597 [G] sugar:SC 98.15
H:106 [THR] A:642 [A] 2.97 99.0
H:107 [SER] A:640 [A] 2.95 A:598 [U] sugar:SC 88.32
H:107 [SER] A:641 [U] 3.08 88.32
H:107 [SER] A:642 [A] 3.47 88.32
H:108 [LYS] A:640 [A] 3.38 A:598 [U] sugar:SC 62.85
H:108 [LYS] A:641 [U] 4.64 62.85
H:108 [LYS] A:642 [A] 4.88 62.85
H:109 [GLY] A:642 [A] 3.67 98.95
H:110 [VAL] A:642 [A] 3.53 78.36
H:120 [GLY] A:600 [A] 3.25 A:638 [U] 54.39
H:121 [LEU] A:599 [C] 4.2 A:639 [G] 69.93
H:121 [LEU] A:600 [A] 4.04 A:638 [U] 69.93
H:122 [GLY] A:599 [C] 3.24 A:639 [G] 98.65
H:122 [GLY] A:600 [A] 4.05 A:638 [U] 98.65
H:123 [GLY] A:598 [U] 4.31 A:640 [A] 98.85
H:123 [GLY] A:599 [C] 3.71 A:639 [G] 98.85
H:124 [GLU] A:598 [U] 4.73 A:640 [A] 93.6
H:124 [GLU] A:642 [A] 4.79 93.6
H:124 [GLU] A:643 [C] 2.53 A:597 [G] sugar:SC 93.6
H:124 [GLU] A:644 [U] 4.89 A:596 [A] 93.6

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group86 7K00_H_A H: 30s ribosomal protein s8, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) P0A7W7 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1h_1a 7K00_H_A 0.84 0.98 0.94 0.46 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_h_a 7K00_H_A 0.72 0.96 2.61 0.53 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_H_A 7RYG_h_a 0.95 0.94 1.11 0.81 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_H_A 7O7Y_Av_A2 0.74 0.92 1.89 0.22 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain compare