RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group86 > 7K00_H_A vs 7O7Y_Av_A2

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

7K00_H
7K00_A
7O7Y_Av
7O7Y_A2
Conserved?
H:20 [ALA] A:827 [U] Av:20 [ARG] A2:1096 [U] ✔
H:20 [ALA] A:828 [U] Av:20 [ARG] A2:1097 [G] ✔
H:109 [GLY] A:642 [A] Av:109 [GLY] A2:863 [A] ✔
H:77 [ARG] A:877 [G] Av:74 [VAL] A2:1159 [G] ✔
H:8 [ALA] A:877 [G] Av:8 [ALA] A2:1159 [G] ✔
H:110 [VAL] A:642 [A] Av:110 [ILE] A2:863 [A] ✔
H:90 [ASP] A:600 [A] Av:84 [LYS] A2:806 [U] ✔
H:88 [ARG] A:599 [C] Av:82 [GLN] A2:805 [U] ✔
H:88 [ARG] A:600 [A] Av:82 [GLN] A2:806 [U] ✔
H:88 [ARG] A:633 [G] Av:82 [GLN] A2:854 [C] ✔
H:106 [THR] A:642 [A] Av:106 [THR] A2:863 [A] ✔
H:4 [GLN] A:586 [C] Av:4 [MET] A2:683 [U] ✔
H:4 [GLN] A:587 [G] Av:4 [MET] A2:684 [OMG] ✔
H:4 [GLN] A:588 [G] Av:4 [MET] A2:685 [G] ✔
H:4 [GLN] A:755 [G] Av:4 [MET] A2:1024 [A] ✔
H:4 [GLN] A:756 [C] Av:4 [MET] A2:1025 [A] ✔
H:4 [GLN] A:877 [G] Av:4 [MET] A2:1159 [G] ✔
H:4 [GLN] A:878 [A] Av:4 [MET] A2:1160 [G] ✔
H:31 [LYS] A:589 [U] Av:32 [LYS] A2:686 [A] ✔
H:31 [LYS] A:590 [U] Av:32 [LYS] A2:687 [PSU] ✔
H:31 [LYS] A:591 [U] Av:32 [LYS] A2:688 [C] ✔
H:22 [LYS] A:827 [U] Av:22 [LYS] A2:1096 [U] ✔
H:22 [LYS] A:828 [U] Av:22 [LYS] A2:1097 [G] ✔
H:2 [SER] A:755 [G] Av:2 [VAL] A2:1024 [A] ✔
H:2 [SER] A:756 [C] Av:2 [VAL] A2:1025 [A] ✔
H:2 [SER] A:823 [C] Av:2 [VAL] A2:1092 [C] ✔
H:2 [SER] A:824 [G] Av:2 [VAL] A2:1093 [G] ✔
H:2 [SER] A:877 [G] Av:2 [VAL] A2:1159 [G] ✔
H:56 [LYS] A:652 [U] Av:57 [ARG] A2:920 [A] ✔
H:56 [LYS] A:653 [U] Av:57 [ARG] A2:921 [A] ✔
H:87 [LYS] A:599 [C] Av:81 [VAL] A2:805 [U] ✔
H:29 [SER] A:589 [U] Av:30 [CYS] A2:686 [A] ✔
H:29 [SER] A:590 [U] Av:30 [CYS] A2:687 [PSU] ✔
H:13 [ARG] A:825 [A] Av:13 [SER] A2:1094 [A] ✔
H:13 [ARG] A:826 [C] Av:13 [SER] A2:1095 [C] ✔
H:124 [GLU] A:598 [U] Av:124 [LYS] A2:804 [C] ✔
H:124 [GLU] A:642 [A] Av:124 [LYS] A2:863 [A] ✔
H:124 [GLU] A:643 [C] Av:124 [LYS] A2:864 [PSU] ✔
H:80 [ARG] A:877 [G] Av:76 [SER] A2:1159 [G] ✔
H:80 [ARG] A:878 [A] Av:76 [SER] A2:1160 [G] ✔
H:6 [PRO] A:588 [G] Av:6 [VAL] A2:685 [G] ✔
H:6 [PRO] A:589 [U] Av:6 [VAL] A2:686 [A] ✔
H:12 [THR] A:825 [A] Av:12 [LYS] A2:1094 [A] ✔
H:12 [THR] A:826 [C] Av:12 [LYS] A2:1095 [C] ✔
H:12 [THR] A:875 [U] Av:12 [LYS] A2:1154 [C] ✔
H:105 [SER] A:642 [A] Av:105 [THR] A2:863 [A] ✔
H:105 [SER] A:643 [C] Av:105 [THR] A2:864 [PSU] ✔
H:108 [LYS] A:640 [A] Av:108 [ALA] A2:861 [G] ✔
H:86 [TYR] A:598 [U] Av:80 [ASP] A2:804 [C] ✔
H:86 [TYR] A:599 [C] Av:80 [ASP] A2:805 [U] ✔
H:32 [LEU] A:643 [C] Av:33 [VAL] A2:864 [PSU] ✔
H:30 [SER] A:589 [U] Av:31 [SER] A2:686 [A] ✔
H:30 [SER] A:590 [U] Av:31 [SER] A2:687 [PSU] ✔
H:107 [SER] A:640 [A] Av:107 [SER] A2:861 [G] ✔
H:107 [SER] A:641 [U] Av:107 [SER] A2:862 [A] ✔
H:107 [SER] A:642 [A] Av:107 [SER] A2:863 [A] ✔
H:16 [ASN] A:826 [C] Av:16 [ASN] A2:1095 [C] ✔
H:16 [ASN] A:827 [U] Av:16 [ASN] A2:1096 [U] ✔
H:16 [ASN] A:874 [G] Av:16 [ASN] A2:1153 [U] ✔
H:55 [THR] A:651 [C] Av:56 [HIS] A2:919 [U] ✔
H:55 [THR] A:652 [U] Av:56 [HIS] A2:920 [A] ✔
H:123 [GLY] A:598 [U] Av:123 [GLY] A2:804 [C] ✔
H:123 [GLY] A:599 [C] Av:123 [GLY] A2:805 [U] ✔
H:121 [LEU] A:599 [C] Av:121 [THR] A2:805 [U] ✔
H:121 [LEU] A:600 [A] Av:121 [THR] A2:806 [U] ✔
H:9 [ASP] A:825 [A] Av:9 [ASP] A2:1094 [A] ✔
H:122 [GLY] A:599 [C] Av:122 [GLY] A2:805 [U] ✔
H:122 [GLY] A:600 [A] Av:122 [GLY] A2:806 [U] ✔
H:89 [LYS] A:599 [C] Av:83 [LEU] A2:805 [U] ✔
H:89 [LYS] A:600 [A] Av:83 [LEU] A2:806 [U] ✔
H:84 [ARG] A:643 [C] Av:78 [ARG] A2:864 [PSU] ✔
H:84 [ARG] A:644 [U] Av:78 [ARG] A2:865 [A] ✔
H:15 [ARG] A:875 [U] Av:15 [ASN] A2:1154 [C] ✔
H:5 [ASP] A:877 [G] Av:5 [ASN] A2:1159 [G] ✔
H:3 [MET] A:587 [G] Av:3 [ARG] A2:684 [OMG] ✔
H:3 [MET] A:588 [G] Av:3 [ARG] A2:685 [G] ✔
H:3 [MET] A:824 [G] Av:3 [ARG] A2:1093 [G] ✔
H:3 [MET] A:825 [A] Av:3 [ARG] A2:1094 [A] ✔
H:83 [LEU] A:878 [A] Av:77 [PRO] A2:1160 [G] ✔
H:120 [GLY] A:600 [A] Av:120 [HIS] A2:806 [U] ✔
H:8 [ALA] A:876 [C] Av:8 [ALA] A2:1158 [G] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:19 [ALA] A:860 [A] Av:19 [LYS] A2:1140 [C] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:124 [GLU] A:644 [U] Av:124 [LYS] A2:865 [A] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:12 [THR] A:876 [C] Av:12 [LYS] A2:1158 [G] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:108 [LYS] A:641 [U] Av:108 [ALA] A2:862 [A] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:108 [LYS] A:642 [A] Av:108 [ALA] A2:863 [A] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:86 [TYR] A:597 [G] Av:80 [ASP] A2:803 [A] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:86 [TYR] A:643 [C] Av:80 [ASP] A2:864 [PSU] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:86 [TYR] A:644 [U] Av:80 [ASP] A2:865 [A] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:32 [LEU] A:642 [A] Av:33 [VAL] A2:863 [A] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:28 [PRO] A:653 [U] Av:29 [PRO] A2:921 [A] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:16 [ASN] A:825 [A] Av:16 [ASN] A2:1094 [A] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:16 [ASN] A:875 [U] Av:16 [ASN] A2:1154 [C] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:55 [THR] A:653 [U] Av:56 [HIS] A2:921 [A] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:9 [ASP] A:826 [C] Av:9 [ASP] A2:1095 [C] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:9 [ASP] A:876 [C] Av:9 [ASP] A2:1158 [G] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:89 [LYS] A:601 [G] Av:83 [LEU] A2:807 [U] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:84 [ARG] A:587 [G] Av:78 [ARG] A2:684 [OMG] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:15 [ARG] A:876 [C] Av:15 [ASN] A2:1158 [G] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:5 [ASP] A:588 [G] Av:5 [ASN] A2:685 [G] ❌ 7O7Y_Av_A2
H:12 [THR] A:874 [G] Av:12 [LYS] A2:1153 [U] ❌ 7K00_H_A
H:12 [THR] A:877 [G] Av:12 [LYS] A2:1159 [G] ❌ 7K00_H_A
H:120 [GLY] A:601 [G] Av:120 [HIS] A2:807 [U] ❌ 7K00_H_A
H:124 [GLU] A:597 [G] Av:124 [LYS] A2:803 [A] ❌ 7K00_H_A
H:15 [ARG] A:874 [G] Av:15 [ASN] A2:1153 [U] ❌ 7K00_H_A
H:19 [ALA] A:875 [U] Av:19 [LYS] A2:1154 [C] ❌ 7K00_H_A
H:19 [ALA] A:874 [G] Av:19 [LYS] A2:1153 [U] ❌ 7K00_H_A
H:2 [SER] A:587 [G] Av:2 [VAL] A2:684 [OMG] ❌ 7K00_H_A
H:20 [ALA] A:860 [A] Av:20 [ARG] A2:1140 [C] ❌ 7K00_H_A
H:28 [PRO] A:588 [G] Av:29 [PRO] A2:685 [G] ❌ 7K00_H_A
H:3 [MET] A:653 [U] Av:3 [ARG] A2:921 [A] ❌ 7K00_H_A
H:31 [LYS] A:643 [C] Av:32 [LYS] A2:864 [PSU] ❌ 7K00_H_A
H:32 [LEU] A:590 [U] Av:33 [VAL] A2:687 [PSU] ❌ 7K00_H_A
H:56 [LYS] A:651 [C] Av:57 [ARG] A2:919 [U] ❌ 7K00_H_A
H:56 [LYS] A:589 [U] Av:57 [ARG] A2:686 [A] ❌ 7K00_H_A
H:77 [ARG] A:876 [C] Av:74 [VAL] A2:1158 [G] ❌ 7K00_H_A
H:80 [ARG] A:876 [C] Av:76 [SER] A2:1158 [G] ❌ 7K00_H_A
H:83 [LEU] A:876 [C] Av:77 [PRO] A2:1158 [G] ❌ 7K00_H_A
H:9 [ASP] A:824 [G] Av:9 [ASP] A2:1093 [G] ❌ 7K00_H_A
H:88 [ARG] A:632 [U] Av:82 [GLN] A2:853 [G] ❌ 7O7Y_A2:853 no longer at interface
H:4 [GLN] A:585 [G] Av:4 [MET] A2:682 [PSU] ❌ 7O7Y_A2:682 no longer at interface
H:80 [ARG] A:879 [C] Av:76 [SER] A2:1161 [U] ❌ 7O7Y_A2:1161 no longer at interface
H:16 [ASN] A:873 [A] Av:16 [ASN] A2:1152 [G] ❌ 7K00_A:873 no longer at interface
H:2 [SER] A:654 [G] Av:2 [VAL] A2:923 [A] ❌ 7K00_A:654 no longer at interface
H:27 [MET] A:654 [G] Av:28 [ARG] A2:923 [A] ❌ 7K00_H:27, 7K00_A:654 no longer at interface
H:3 [MET] A:654 [G] Av:3 [ARG] A2:923 [A] ❌ 7K00_A:654 no longer at interface
H:90 [ASP] A:631 [C] Av:84 [LYS] A2:852 [C] ❌ 7K00_A:631 no longer at interface
H:33 [LYS] A:589 [U] Av:34 [ILE] A2:686 [A] ❌ 7O7Y_Av:34 no longer at interface
H:17 [GLY] A:827 [U] Av:17 [ALA] A2:1096 [U] ❌ 7O7Y_Av:17 no longer at interface
H:27 [MET] A:826 [C] Av:28 [ARG] A2:1095 [C] ❌ 7K00_H:27 no longer at interface
H:27 [MET] A:825 [A] Av:28 [ARG] A2:1094 [A] ❌ 7K00_H:27 no longer at interface
H:57 [PRO] A:589 [U] Av:58 [ALA] A2:686 [A] ❌ 7K00_H:57 no longer at interface
H:74 [SER] A:875 [U] Av:71 [LYS] A2:1154 [C] ❌ 7K00_H:74 no longer at interface
H:78 [VAL] A:876 [C] Av:75 [ILE] A2:1158 [G] ❌ 7K00_H:78 no longer at interface
H:85 [ILE] A:876 [C] Av:79 [PHE] A2:1158 [G] ❌ 7K00_H:85 no longer at interface
H:93 [PRO] A:876 [C] Av:89 [TRP] A2:1158 [G] ❌ 7K00_H:93 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain 0.92 1.89 0.22 0.87 0.92 0.91 0.92 0.74 0.69 0.26 0.30


Other pairs involving 7K00_H_A or 7O7Y_Av_A2

Total number of entries: 6

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_h_a 7K00_H_A 0.72 0.96 2.61 0.53 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1h_1a 7K00_H_A 0.84 0.98 0.94 0.46 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_H_A 7O7Y_Av_A2 0.74 0.92 1.89 0.22 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain compare
6S0X_h_a 7O7Y_Av_A2 0.64 0.9 3.15 0.21 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain compare
4Y4O_1h_1a 7O7Y_Av_A2 0.70 0.93 1.74 0.24 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain compare
7K00_H_A 7RYG_h_a 0.95 0.94 1.11 0.81 Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare