Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_h
|
7RYG_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| h:2 [SER] | a:752 [G] | 4.28 | a:583 [C] | 76.84 | ||
| h:2 [SER] | a:753 [C] | 3.57 | a:582 [G] | sugar:SC | 76.84 | |
| h:2 [SER] | a:820 [C] | 2.74 | a:874 [G] | sugar:BB | 76.84 | |
| h:2 [SER] | a:821 [U] | 3.38 | a:873 [A] | 76.84 | ||
| h:2 [SER] | a:874 [G] | 3.56 | a:820 [C] | base:BB | 76.84 | |
| h:3 [MET] | a:584 [G] | 3.89 | sugar:BB | 38.03 | ||
| h:3 [MET] | a:585 [G] | 4.46 | a:648 [C] | 38.03 | ||
| h:3 [MET] | a:821 [U] | 3.57 | a:873 [A] | 38.03 | ||
| h:3 [MET] | a:822 [A] | 3.44 | a:872 [U] | 38.03 | ||
| h:4 [GLN] | a:582 [G] | 4.88 | a:753 [C] | 67.32 | ||
| h:4 [GLN] | a:583 [C] | 2.45 | a:752 [G] | sugar:SC | 67.32 | |
| h:4 [GLN] | a:584 [G] | 3.74 | 67.32 | |||
| h:4 [GLN] | a:752 [G] | 3.54 | a:583 [C] | 67.32 | ||
| h:4 [GLN] | a:753 [C] | 3.97 | a:582 [G] | base:SC | 67.32 | |
| h:4 [GLN] | a:874 [G] | 4.4 | a:820 [C] | 67.32 | ||
| h:4 [GLN] | a:875 [A] | 3.19 | a:819 [U] | sugar:SC | 67.32 | |
| h:5 [ASP] | a:874 [G] | 3.41 | a:820 [C] | 90.91 | ||
| h:6 [THR] | a:585 [G] | 3.97 | a:648 [C] | 61.31 | ||
| h:6 [THR] | a:586 [C] | 3.85 | a:647 [G] | 61.31 | ||
| h:8 [ALA] | a:873 [A] | 3.62 | a:821 [U] | 83.68 | ||
| h:8 [ALA] | a:874 [G] | 4.1 | a:820 [C] | 83.68 | ||
| h:9 [ASP] | a:822 [A] | 2.91 | a:872 [U] | sugar:SC | 86.67 | |
| h:12 [THR] | a:822 [A] | 4.52 | a:872 [U] | 83.05 | ||
| h:12 [THR] | a:823 [C] | 4.91 | a:871 [G] | 83.05 | ||
| h:12 [THR] | a:872 [U] | 3.58 | a:822 [A] | 83.05 | ||
| h:12 [THR] | a:873 [A] | 3.3 | a:821 [U] | sugar:SC | 83.05 | |
| h:13 [ARG] | a:822 [A] | 3.17 | a:872 [U] | sugar:SC | 74.1 | |
| h:13 [ARG] | a:823 [C] | 3.94 | a:871 [G] | 74.1 | ||
| h:15 [ARG] | a:872 [U] | 2.86 | a:822 [A] | sugar:SC | 76.14 | |
| h:15 [ARG] | a:873 [A] | 3.23 | a:821 [U] | 76.14 | ||
| h:16 [ASN] | a:823 [C] | 2.82 | a:871 [G] | base:SC | 98.69 | |
| h:16 [ASN] | a:824 [U] | 3.85 | a:869 [A] | 98.69 | ||
| h:16 [ASN] | a:871 [G] | 3.86 | a:823 [C] | 98.69 | ||
| h:16 [ASN] | a:872 [U] | 2.81 | a:822 [A] | base:SC, sugar:SC | 98.69 | |
| h:19 [MET] | a:824 [U] | 4.26 | a:869 [A] | 42.96 | ||
| h:19 [MET] | a:857 [A] | 3.92 | a:866 [G] | 42.96 | ||
| h:19 [MET] | a:858 [G] | 4.72 | a:865 [C] | 42.96 | ||
| h:20 [ALA] | a:824 [U] | 3.62 | a:869 [A] | 76.01 | ||
| h:20 [ALA] | a:825 [A] | 4.3 | a:855 [G] | 76.01 | ||
| h:22 [LYS] | a:824 [U] | 3.57 | a:869 [A] | 65.94 | ||
| h:22 [LYS] | a:825 [A] | 3.62 | a:855 [G] | 65.94 | ||
| h:28 [PRO] | a:650 [A] | 3.99 | 52.19 | |||
| h:29 [SER] | a:586 [C] | 4.71 | a:647 [G] | 35.69 | ||
| h:29 [SER] | a:650 [A] | 4.84 | 35.69 | |||
| h:30 [SER] | a:586 [C] | 4.24 | a:647 [G] | 88.32 | ||
| h:30 [SER] | a:587 [U] | 3.75 | a:646 [A] | 88.32 | ||
| h:31 [LYS] | a:587 [U] | 3.24 | a:646 [A] | 66.87 | ||
| h:31 [LYS] | a:588 [U] | 3.34 | a:645 [G] | 66.87 | ||
| h:31 [LYS] | a:640 [C] | 3.29 | a:594 [G] | 66.87 | ||
| h:32 [LEU] | a:639 [A] | 4.6 | a:638 [U] | 35.96 | ||
| h:32 [LEU] | a:640 [C] | 3.97 | a:594 [G] | 35.96 | ||
| h:56 [THR] | a:648 [C] | 4.78 | a:585 [G] | 38.41 | ||
| h:56 [THR] | a:649 [U] | 4.18 | a:750 [A] | 38.41 | ||
| h:57 [LYS] | a:649 [U] | 3.71 | a:750 [A] | 38.34 | ||
| h:57 [LYS] | a:650 [A] | 2.64 | 38.34 | |||
| h:58 [SER] | a:650 [A] | 3.66 | 45.62 | |||
| h:78 [ARG] | a:874 [G] | 4.85 | a:820 [C] | 82.78 | ||
| h:81 [ARG] | a:874 [G] | 3.96 | a:820 [C] | 78.14 | ||
| h:81 [ARG] | a:875 [A] | 3.29 | a:819 [U] | 78.14 | ||
| h:81 [ARG] | a:876 [C] | 4.85 | a:818 [G] | 78.14 | ||
| h:82 [PRO] | a:583 [C] | 3.34 | a:752 [G] | 86.56 | ||
| h:82 [PRO] | a:584 [G] | 3.55 | 86.56 | |||
| h:82 [PRO] | a:874 [G] | 3.93 | a:820 [C] | 86.56 | ||
| h:82 [PRO] | a:875 [A] | 3.65 | a:819 [U] | 86.56 | ||
| h:83 [GLY] | a:583 [C] | 4.89 | a:752 [G] | 81.81 | ||
| h:83 [GLY] | a:875 [A] | 2.8 | a:819 [U] | 81.81 | ||
| h:83 [GLY] | a:876 [C] | 4.0 | a:818 [G] | 81.81 | ||
| h:84 [LEU] | a:875 [A] | 4.54 | a:819 [U] | 64.15 | ||
| h:85 [ARG] | a:584 [G] | 3.09 | 92.9 | |||
| h:85 [ARG] | a:640 [C] | 4.15 | a:594 [G] | 92.9 | ||
| h:85 [ARG] | a:641 [U] | 3.73 | a:593 [A] | 92.9 | ||
| h:87 [TYR] | a:594 [G] | 3.2 | a:640 [C] | base:SC | 93.96 | |
| h:87 [TYR] | a:595 [U] | 3.64 | a:637 [A] | 93.96 | ||
| h:87 [TYR] | a:596 [C] | 4.52 | a:636 [G] | 93.96 | ||
| h:87 [TYR] | a:640 [C] | 4.48 | a:594 [G] | 93.96 | ||
| h:87 [TYR] | a:641 [U] | 4.64 | a:593 [A] | 93.96 | ||
| h:88 [ARG] | a:596 [C] | 3.91 | a:636 [G] | 39.24 | ||
| h:89 [GLY] | a:596 [C] | 4.27 | a:636 [G] | 50.16 | ||
| h:89 [GLY] | a:597 [G] | 3.79 | a:635 [C] | 50.16 | ||
| h:90 [LYS] | a:596 [C] | 4.44 | a:636 [G] | 15.36 | ||
| h:90 [LYS] | a:597 [G] | 3.25 | a:635 [C] | 15.36 | ||
| h:90 [LYS] | a:598 [G] | 3.54 | a:634 [U] | 15.36 | ||
| h:106 [SER] | a:639 [A] | 3.1 | a:638 [U] | base:SC, sugar:SC | 95.54 | |
| h:106 [SER] | a:640 [C] | 3.62 | a:594 [G] | sugar:SC | 95.54 | |
| h:107 [THR] | a:639 [A] | 3.24 | a:638 [U] | 99.0 | ||
| h:108 [SER] | a:637 [A] | 3.51 | a:595 [U] | sugar:SC | 87.56 | |
| h:108 [SER] | a:638 [U] | 3.66 | a:639 [A] | 87.56 | ||
| h:108 [SER] | a:639 [A] | 3.4 | a:638 [U] | 87.56 | ||
| h:109 [LYS] | a:637 [A] | 4.04 | a:595 [U] | 55.67 | ||
| h:110 [GLY] | a:639 [A] | 4.12 | a:638 [U] | 98.57 | ||
| h:111 [ILE] | a:639 [A] | 3.84 | a:638 [U] | 77.49 | ||
| h:121 [GLY] | a:597 [G] | 3.7 | a:635 [C] | 57.39 | ||
| h:122 [ILE] | a:596 [C] | 4.12 | a:636 [G] | 66.52 | ||
| h:122 [ILE] | a:597 [G] | 4.37 | a:635 [C] | 66.52 | ||
| h:123 [GLY] | a:596 [C] | 3.4 | a:636 [G] | sugar:BB | 97.91 | |
| h:123 [GLY] | a:597 [G] | 4.74 | a:635 [C] | 97.91 | ||
| h:124 [GLY] | a:595 [U] | 4.41 | a:637 [A] | 97.86 | ||
| h:124 [GLY] | a:596 [C] | 4.17 | a:636 [G] | 97.86 | ||
| h:125 [GLU] | a:640 [C] | 3.09 | a:594 [G] | sugar:SC | 92.46 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group86 | 7RYG_h_a | h: 30s ribosomal protein s8, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7IA25 | Ribosomal protein S8, N-terminal domain & Ribosomal protein S8, C-terminal domain | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3