RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group87 > 4Y4O_1j_1a vs 7K00_J_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1j
4Y4O_1a
7K00_J
7K00_A
Conserved?
1j:45 [ARG] 1a:1254 [C] J:47 [GLU] A:1254 [A] ✔
1j:45 [ARG] 1a:1255 [G] J:47 [GLU] A:1255 [G] ✔
1j:60 [ARG] 1a:975 [A] J:62 [ARG] A:975 [A] ✔
1j:60 [ARG] 1a:1366 [C] J:62 [ARG] A:1366 [C] ✔
1j:60 [ARG] 1a:1367 [C] J:62 [ARG] A:1367 [C] ✔
1j:39 [PRO] 1a:1123 [A] J:41 [PRO] A:1123 [U] ✔
1j:39 [PRO] 1a:1150 [U] J:41 [PRO] A:1150 [A] ✔
1j:39 [PRO] 1a:1151 [A] J:41 [PRO] A:1151 [A] ✔
1j:57 [LYS] 1a:971 [G] J:59 [LYS] A:971 [G] ✔
1j:57 [LYS] 1a:972 [C] J:59 [LYS] A:972 [C] ✔
1j:57 [LYS] 1a:973 [G] J:59 [LYS] A:973 [G] ✔
1j:57 [LYS] 1a:975 [A] J:59 [LYS] A:975 [A] ✔
1j:57 [LYS] 1a:1366 [C] J:59 [LYS] A:1366 [C] ✔
1j:37 [PRO] 1a:1123 [A] J:39 [PRO] A:1123 [U] ✔
1j:51 [ARG] 1a:1059 [C] J:53 [ILE] A:1059 [C] ✔
1j:51 [ARG] 1a:1060 [C] J:53 [ILE] A:1060 [U] ✔
1j:51 [ARG] 1a:1061 [G] J:53 [ILE] A:1061 [G] ✔
1j:35 [SER] 1a:1123 [A] J:37 [ARG] A:1123 [U] ✔
1j:35 [SER] 1a:1124 [G] J:37 [ARG] A:1124 [G] ✔
1j:35 [SER] 1a:1125 [U] J:37 [ARG] A:1125 [U] ✔
1j:7 [LYS] 1a:1126 [U] J:9 [ARG] A:1126 [U] ✔
1j:7 [LYS] 1a:1279 [A] J:9 [ARG] A:1279 [G] ✔
1j:7 [LYS] 1a:1280 [A] J:9 [ARG] A:1280 [A] ✔
1j:7 [LYS] 1a:1281 [U] J:9 [ARG] A:1281 [C] ✔
1j:42 [THR] 1a:1150 [U] J:44 [THR] A:1150 [A] ✔
1j:42 [THR] 1a:1151 [A] J:44 [THR] A:1151 [A] ✔
1j:42 [THR] 1a:1152 [A] J:44 [THR] A:1152 [A] ✔
1j:40 [LEU] 1a:1125 [U] J:42 [LEU] A:1125 [U] ✔
1j:40 [LEU] 1a:1126 [U] J:42 [LEU] A:1126 [U] ✔
1j:40 [LEU] 1a:1150 [U] J:42 [LEU] A:1150 [A] ✔
1j:40 [LEU] 1a:1151 [A] J:42 [LEU] A:1151 [A] ✔
1j:40 [LEU] 1a:1280 [A] J:42 [LEU] A:1280 [A] ✔
1j:5 [ARG] 1a:1125 [U] J:7 [ARG] A:1125 [U] ✔
1j:5 [ARG] 1a:1126 [U] J:7 [ARG] A:1126 [U] ✔
1j:44 [VAL] 1a:1253 [G] J:46 [LYS] A:1253 [G] ✔
1j:44 [VAL] 1a:1254 [C] J:46 [LYS] A:1254 [A] ✔
1j:38 [ILE] 1a:1123 [A] J:40 [ILE] A:1123 [U] ✔
1j:38 [ILE] 1a:1124 [G] J:40 [ILE] A:1124 [G] ✔
1j:38 [ILE] 1a:1125 [U] J:40 [ILE] A:1125 [U] ✔
1j:71 [LEU] 1a:1125 [U] J:73 [LEU] A:1125 [U] ✔
1j:71 [LEU] 1a:1126 [U] J:73 [LEU] A:1126 [U] ✔
1j:9 [ARG] 1a:1279 [A] J:11 [LYS] A:1279 [G] ✔
1j:52 [GLY] 1a:1059 [C] J:54 [SER] A:1059 [C] ✔
1j:52 [GLY] 1a:1060 [C] J:54 [SER] A:1060 [U] ✔
1j:55 [LYS] 1a:963 [G] J:57 [VAL] A:963 [G] ✔
1j:55 [LYS] 1a:964 [A] J:57 [VAL] A:964 [A] ✔
1j:55 [LYS] 1a:969 [A] J:57 [VAL] A:969 [A] ✔
1j:55 [LYS] 1a:972 [C] J:57 [VAL] A:972 [C] ✔
1j:55 [LYS] 1a:973 [G] J:57 [VAL] A:973 [G] ✔
1j:55 [LYS] 1a:1198 [G] J:57 [VAL] A:1198 [G] ✔
1j:54 [PHE] 1a:963 [G] J:56 [HIS] A:963 [G] ✔
1j:54 [PHE] 1a:964 [A] J:56 [HIS] A:964 [A] ✔
1j:54 [PHE] 1a:973 [G] J:56 [HIS] A:973 [G] ✔
1j:54 [PHE] 1a:1198 [G] J:56 [HIS] A:1198 [G] ✔
1j:54 [PHE] 1a:1199 [U] J:56 [HIS] A:1199 [U] ✔
1j:54 [PHE] 1a:1202 [G] J:56 [HIS] A:1202 [U] ✔
1j:36 [GLY] 1a:1123 [A] J:38 [GLY] A:1123 [U] ✔
1j:36 [GLY] 1a:1124 [G] J:38 [GLY] A:1124 [G] ✔
1j:70 [ARG] 1a:1151 [A] J:72 [ARG] A:1151 [A] ✔
1j:70 [ARG] 1a:1152 [A] J:72 [ARG] A:1152 [A] ✔
1j:61 [GLU] 1a:1189 [C] J:63 [ASP] A:1189 [U] ✔
1j:41 [PRO] 1a:1150 [U] J:43 [PRO] A:1150 [A] ✔
1j:41 [PRO] 1a:1151 [A] J:43 [PRO] A:1151 [A] ✔
1j:41 [PRO] 1a:1280 [A] J:43 [PRO] A:1280 [A] ✔
1j:53 [PRO] 1a:973 [G] J:55 [PRO] A:973 [G] ✔
1j:53 [PRO] 1a:1058 [G] J:55 [PRO] A:1058 [G] ✔
1j:53 [PRO] 1a:1059 [C] J:55 [PRO] A:1059 [C] ✔
1j:53 [PRO] 1a:1060 [C] J:55 [PRO] A:1060 [U] ✔
1j:53 [PRO] 1a:1198 [G] J:55 [PRO] A:1198 [G] ✔
1j:53 [PRO] 1a:1199 [U] J:55 [PRO] A:1199 [U] ✔
1j:53 [PRO] 1a:1202 [G] J:55 [PRO] A:1202 [U] ✔
1j:50 [ILE] 1a:973 [G] J:52 [LEU] A:973 [G] ✔
1j:17 [ASP] 1a:1152 [A] J:19 [ASP] A:1152 [A] ✔
1j:48 [THR] 1a:975 [A] J:50 [THR] A:975 [A] ✔
1j:48 [THR] 1a:1367 [C] J:50 [THR] A:1367 [C] ✔
1j:62 [HIS] 1a:1367 [C] J:64 [GLN] A:1367 [C] ✔
1j:62 [HIS] 1a:1368 [G] J:64 [GLN] A:1368 [A] ✔
1j:46 [ARG] 1a:1254 [C] J:48 [ARG] A:1254 [A] ✔
1j:73 [ASP] 1a:1125 [U] J:75 [ASP] A:1125 [U] ✔
1j:59 [SER] 1a:1060 [C] J:61 [ALA] A:1060 [U] ✔
1j:59 [SER] 1a:1061 [G] J:61 [ALA] A:1061 [G] ✔
1j:13 [HIS] 1a:1152 [A] J:15 [HIS] A:1152 [A] ✔
1j:13 [HIS] 1a:1153 [C] J:15 [HIS] A:1153 [G] ✔
1j:68 [HIS] 1a:1151 [A] J:70 [HIS] A:1151 [A] ✔
1j:68 [HIS] 1a:1152 [A] J:70 [HIS] A:1152 [A] ✔
1j:56 [HIS] 1a:969 [A] J:58 [ASN] A:969 [A] ✔
1j:56 [HIS] 1a:972 [C] J:58 [ASN] A:972 [C] ✔
1j:56 [HIS] 1a:1060 [C] J:58 [ASN] A:1060 [U] ✔
1j:56 [HIS] 1a:1061 [G] J:58 [ASN] A:1061 [G] ✔
1j:34 [VAL] 1a:1124 [G] J:36 [VAL] A:1124 [G] ✔
1j:43 [ARG] 1a:1254 [C] J:45 [ARG] A:1254 [A] ✔
1j:43 [ARG] 1a:1255 [G] J:45 [ARG] A:1255 [G] ✔
1j:66 [ARG] 1a:1152 [A] J:68 [ARG] A:1152 [A] ❌ 7K00_J_A
1j:51 [ARG] 1a:1189 [C] J:53 [ILE] A:1189 [U] ❌ 7K00_J_A
1j:42 [THR] 1a:1253 [G] J:44 [THR] A:1253 [G] ❌ 7K00_J_A
1j:38 [ILE] 1a:1280 [A] J:40 [ILE] A:1280 [A] ❌ 7K00_J_A
1j:46 [ARG] 1a:1253 [G] J:48 [ARG] A:1253 [G] ❌ 7K00_J_A
1j:56 [HIS] 1a:1198 [G] J:58 [ASN] A:1198 [G] ❌ 7K00_J_A
1j:97 [GLU] 1a:1278 [U] J:99 [GLN] A:1278 [G] ❌ 7K00_J_A
1j:43 [ARG] 1a:1279 [A] J:45 [ARG] A:1279 [G] ❌ 7K00_J_A
1j:43 [ARG] 1a:1280 [A] J:45 [ARG] A:1280 [A] ❌ 7K00_J_A
1j:9 [ARG] 1a:1278 [U] J:11 [LYS] A:1278 [G] ❌ 4Y4O_1j_1a
1j:46 [ARG] 1a:1368 [G] J:48 [ARG] A:1368 [A] ❌ 4Y4O_1j_1a
1j:52 [GLY] 1a:1198 [G] J:54 [SER] A:1198 [G] ❌ 4Y4O_1j_1a
1j:5 [ARG] 1a:1281 [U] J:7 [ARG] A:1281 [C] ❌ 4Y4O_1j_1a
1j:97 [GLU] 1a:1279 [A] J:99 [GLN] A:1279 [G] ❌ 4Y4O_1j_1a
1j:51 [ARG] 1a:1188 [A] J:53 [ILE] A:1188 [A] ❌ 7K00_A:1188 no longer at interface
1j:51 [ARG] 1a:1190 [G] J:53 [ILE] A:1190 [G] ❌ 7K00_A:1190 no longer at interface
1j:55 [LYS] 1a:965 [A] J:57 [VAL] A:965 [U] ❌ 7K00_A:965 no longer at interface
1j:46 [ARG] 1a:1252 [A] J:48 [ARG] A:1252 [A] ❌ 7K00_A:1252 no longer at interface
1j:56 [HIS] 1a:1197 [G] J:58 [ASN] A:1197 [A] ❌ 7K00_A:1197 no longer at interface
1j:44 [VAL] 1a:1115 [C] J:46 [LYS] A:1115 [U] ❌ 4Y4O_1a:1115 no longer at interface
1j:50 [ILE] 1a:974 [A] J:52 [LEU] A:974 [A] ❌ 4Y4O_1a:974 no longer at interface
1j:66 [ARG] 1a:1114 [C] J:68 [ARG] A:1114 [C] ❌ 4Y4O_1a:1114 no longer at interface
1j:66 [ARG] 1a:1115 [C] J:68 [ARG] A:1115 [U] ❌ 4Y4O_1a:1115 no longer at interface
1j:58 [ASP] 1a:1367 [C] J:60 [ASP] A:1367 [C] ❌ 4Y4O_1j:58 no longer at interface
1j:69 [ASN] 1a:1280 [A] J:71 [LEU] A:1280 [A] ❌ 4Y4O_1j:69 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.98 1.01 0.59 0.92 0.98 1.0 0.92 0.92 0.87 0.51 0.44


Other pairs involving 4Y4O_1j_1a or 7K00_J_A

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1j_1a 6S0X_j_a 0.67 0.95 2.77 0.53 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1j_1a 7K00_J_A 0.92 0.98 1.01 0.59 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1j_1a 7O7Y_At_A2 0.55 0.93 1.91 0.35 Ribosomal protein S10 compare
4Y4O_1j_1a 7RYG_j_a 0.34 0.91 4.08 0.11 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_j_a 7K00_J_A 0.73 0.96 2.98 0.62 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_J_A 7O7Y_At_A2 0.60 0.92 1.86 0.38 Ribosomal protein S10 compare
7K00_J_A 7RYG_j_a 0.32 0.93 4.14 0.18 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare