Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0X_j
|
6S0X_a
|
7K00_J
|
7K00_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| j:48 [VAL] | a:1378 [A] | J:48 [ARG] | A:1368 [A] | ✔ |
| j:54 [ALA] | a:1070 [U] | J:54 [SER] | A:1059 [C] | ✔ |
| j:54 [ALA] | a:1071 [U] | J:54 [SER] | A:1060 [U] | ✔ |
| j:55 [VAL] | a:1069 [G] | J:55 [PRO] | A:1058 [G] | ✔ |
| j:55 [VAL] | a:1070 [U] | J:55 [PRO] | A:1059 [C] | ✔ |
| j:55 [VAL] | a:1071 [U] | J:55 [PRO] | A:1060 [U] | ✔ |
| j:55 [VAL] | a:1208 [A] | J:55 [PRO] | A:1198 [G] | ✔ |
| j:55 [VAL] | a:1209 [U] | J:55 [PRO] | A:1199 [U] | ✔ |
| j:55 [VAL] | a:1212 [U] | J:55 [PRO] | A:1202 [U] | ✔ |
| j:39 [PRO] | a:1134 [A] | J:39 [PRO] | A:1123 [U] | ✔ |
| j:57 [LYS] | a:973 [A] | J:57 [VAL] | A:964 [A] | ✔ |
| j:57 [LYS] | a:978 [A] | J:57 [VAL] | A:969 [A] | ✔ |
| j:57 [LYS] | a:981 [C] | J:57 [VAL] | A:972 [C] | ✔ |
| j:57 [LYS] | a:982 [G] | J:57 [VAL] | A:973 [G] | ✔ |
| j:57 [LYS] | a:1208 [A] | J:57 [VAL] | A:1198 [G] | ✔ |
| j:50 [THR] | a:984 [A] | J:50 [THR] | A:975 [A] | ✔ |
| j:50 [THR] | a:1377 [U] | J:50 [THR] | A:1367 [C] | ✔ |
| j:53 [ARG] | a:1070 [U] | J:53 [ILE] | A:1059 [C] | ✔ |
| j:53 [ARG] | a:1071 [U] | J:53 [ILE] | A:1060 [U] | ✔ |
| j:53 [ARG] | a:1072 [G] | J:53 [ILE] | A:1061 [G] | ✔ |
| j:44 [THR] | a:1162 [A] | J:44 [THR] | A:1151 [A] | ✔ |
| j:61 [SER] | a:1071 [U] | J:61 [ALA] | A:1060 [U] | ✔ |
| j:61 [SER] | a:1072 [G] | J:61 [ALA] | A:1061 [G] | ✔ |
| j:15 [HIS] | a:1163 [G] | J:15 [HIS] | A:1152 [A] | ✔ |
| j:9 [ARG] | a:1137 [U] | J:9 [ARG] | A:1126 [U] | ✔ |
| j:9 [ARG] | a:1289 [A] | J:9 [ARG] | A:1279 [G] | ✔ |
| j:9 [ARG] | a:1290 [A] | J:9 [ARG] | A:1280 [A] | ✔ |
| j:40 [ILE] | a:1134 [A] | J:40 [ILE] | A:1123 [U] | ✔ |
| j:40 [ILE] | a:1135 [G] | J:40 [ILE] | A:1124 [G] | ✔ |
| j:40 [ILE] | a:1136 [U] | J:40 [ILE] | A:1125 [U] | ✔ |
| j:71 [LYS] | a:1290 [A] | J:71 [LEU] | A:1280 [A] | ✔ |
| j:19 [ASP] | a:1163 [G] | J:19 [ASP] | A:1152 [A] | ✔ |
| j:41 [PRO] | a:1161 [A] | J:41 [PRO] | A:1150 [A] | ✔ |
| j:41 [PRO] | a:1162 [A] | J:41 [PRO] | A:1151 [A] | ✔ |
| j:52 [ILE] | a:982 [G] | J:52 [LEU] | A:973 [G] | ✔ |
| j:52 [ILE] | a:983 [A] | J:52 [LEU] | A:974 [A] | ✔ |
| j:59 [LYS] | a:981 [C] | J:59 [LYS] | A:972 [C] | ✔ |
| j:59 [LYS] | a:982 [G] | J:59 [LYS] | A:973 [G] | ✔ |
| j:73 [LEU] | a:1136 [U] | J:73 [LEU] | A:1125 [U] | ✔ |
| j:73 [LEU] | a:1137 [U] | J:73 [LEU] | A:1126 [U] | ✔ |
| j:7 [ARG] | a:1136 [U] | J:7 [ARG] | A:1125 [U] | ✔ |
| j:7 [ARG] | a:1137 [U] | J:7 [ARG] | A:1126 [U] | ✔ |
| j:56 [HIS] | a:972 [G] | J:56 [HIS] | A:963 [G] | ✔ |
| j:56 [HIS] | a:982 [G] | J:56 [HIS] | A:973 [G] | ✔ |
| j:56 [HIS] | a:1208 [A] | J:56 [HIS] | A:1198 [G] | ✔ |
| j:56 [HIS] | a:1209 [U] | J:56 [HIS] | A:1199 [U] | ✔ |
| j:56 [HIS] | a:1212 [U] | J:56 [HIS] | A:1202 [U] | ✔ |
| j:58 [TYR] | a:978 [A] | J:58 [ASN] | A:969 [A] | ✔ |
| j:58 [TYR] | a:1071 [U] | J:58 [ASN] | A:1060 [U] | ✔ |
| j:58 [TYR] | a:1072 [G] | J:58 [ASN] | A:1061 [G] | ✔ |
| j:68 [ARG] | a:1125 [C] | J:68 [ARG] | A:1114 [C] | ✔ |
| j:43 [PRO] | a:1161 [A] | J:43 [PRO] | A:1150 [A] | ✔ |
| j:43 [PRO] | a:1162 [A] | J:43 [PRO] | A:1151 [A] | ✔ |
| j:43 [PRO] | a:1290 [A] | J:43 [PRO] | A:1280 [A] | ✔ |
| j:38 [GLY] | a:1134 [A] | J:38 [GLY] | A:1123 [U] | ✔ |
| j:38 [GLY] | a:1135 [G] | J:38 [GLY] | A:1124 [G] | ✔ |
| j:62 [ARG] | a:1376 [C] | J:62 [ARG] | A:1366 [C] | ✔ |
| j:62 [ARG] | a:1377 [U] | J:62 [ARG] | A:1367 [C] | ✔ |
| j:45 [GLU] | a:1264 [G] | J:45 [ARG] | A:1254 [A] | ✔ |
| j:42 [LEU] | a:1161 [A] | J:42 [LEU] | A:1150 [A] | ✔ |
| j:42 [LEU] | a:1162 [A] | J:42 [LEU] | A:1151 [A] | ✔ |
| j:42 [LEU] | a:1290 [A] | J:42 [LEU] | A:1280 [A] | ✔ |
| j:37 [SER] | a:1134 [A] | J:37 [ARG] | A:1123 [U] | ✔ |
| j:37 [SER] | a:1135 [G] | J:37 [ARG] | A:1124 [G] | ✔ |
| j:37 [SER] | a:1136 [U] | J:37 [ARG] | A:1125 [U] | ✔ |
| j:72 [ARG] | a:1162 [A] | J:72 [ARG] | A:1151 [A] | ✔ |
| j:48 [VAL] | a:1377 [U] | J:48 [ARG] | A:1367 [C] | ❌ 7K00_J_A |
| j:60 [ASP] | a:1072 [G] | J:60 [ASP] | A:1061 [G] | ❌ 7K00_J_A |
| j:39 [PRO] | a:1162 [A] | J:39 [PRO] | A:1151 [A] | ❌ 7K00_J_A |
| j:15 [HIS] | a:1162 [A] | J:15 [HIS] | A:1151 [A] | ❌ 7K00_J_A |
| j:40 [ILE] | a:1161 [A] | J:40 [ILE] | A:1150 [A] | ❌ 7K00_J_A |
| j:71 [LYS] | a:1289 [A] | J:71 [LEU] | A:1279 [G] | ❌ 7K00_J_A |
| j:59 [LYS] | a:978 [A] | J:59 [LYS] | A:969 [A] | ❌ 7K00_J_A |
| j:73 [LEU] | a:1290 [A] | J:73 [LEU] | A:1280 [A] | ❌ 7K00_J_A |
| j:58 [TYR] | a:1208 [A] | J:58 [ASN] | A:1198 [G] | ❌ 7K00_J_A |
| j:41 [PRO] | a:1134 [A] | J:41 [PRO] | A:1123 [U] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:42 [LEU] | a:1136 [U] | J:42 [LEU] | A:1125 [U] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:42 [LEU] | a:1137 [U] | J:42 [LEU] | A:1126 [U] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:44 [THR] | a:1161 [A] | J:44 [THR] | A:1150 [A] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:44 [THR] | a:1163 [G] | J:44 [THR] | A:1152 [A] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:48 [VAL] | a:1264 [G] | J:48 [ARG] | A:1254 [A] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:54 [ALA] | a:1208 [A] | J:54 [SER] | A:1198 [G] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:55 [VAL] | a:982 [G] | J:55 [PRO] | A:973 [G] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:56 [HIS] | a:973 [A] | J:56 [HIS] | A:964 [A] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:57 [LYS] | a:972 [G] | J:57 [VAL] | A:963 [G] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:58 [TYR] | a:981 [C] | J:58 [ASN] | A:972 [C] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:59 [LYS] | a:984 [A] | J:59 [LYS] | A:975 [A] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:59 [LYS] | a:1376 [C] | J:59 [LYS] | A:1366 [C] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:60 [ASP] | a:1377 [U] | J:60 [ASP] | A:1367 [C] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:62 [ARG] | a:984 [A] | J:62 [ARG] | A:975 [A] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:72 [ARG] | a:1163 [G] | J:72 [ARG] | A:1152 [A] | ❌ 6S0X_j_a |
| j:60 [ASP] | a:977 [A] | J:60 [ASP] | A:968 [A] | ❌ 7K00_A:968 no longer at interface |
| j:60 [ASP] | a:979 [C] | J:60 [ASP] | A:970 [C] | ❌ 7K00_A:970 no longer at interface |
| j:39 [PRO] | a:1133 [U] | J:39 [PRO] | A:1122 [U] | ❌ 7K00_A:1122 no longer at interface |
| j:57 [LYS] | a:974 [A] | J:57 [VAL] | A:965 [U] | ❌ 7K00_A:965 no longer at interface |
| j:57 [LYS] | a:1207 [A] | J:57 [VAL] | A:1197 [A] | ❌ 7K00_A:1197 no longer at interface |
| j:56 [HIS] | a:1211 [A] | J:56 [HIS] | A:1201 [A] | ❌ 7K00_A:1201 no longer at interface |
| j:58 [TYR] | a:977 [A] | J:58 [ASN] | A:968 [A] | ❌ 7K00_A:968 no longer at interface |
| j:58 [TYR] | a:1207 [A] | J:58 [ASN] | A:1197 [A] | ❌ 7K00_A:1197 no longer at interface |
| j:11 [LYS] | a:1288 [A] | J:11 [LYS] | A:1278 [G] | ❌ 6S0X_j:11, 6S0X_a:1288 no longer at interface |
| j:15 [HIS] | a:1164 [U] | J:15 [HIS] | A:1153 [G] | ❌ 6S0X_a:1164 no longer at interface |
| j:45 [GLU] | a:1265 [G] | J:45 [ARG] | A:1255 [G] | ❌ 6S0X_a:1265 no longer at interface |
| j:46 [LYS] | a:1263 [G] | J:46 [LYS] | A:1253 [G] | ❌ 6S0X_j:46, 6S0X_a:1263 no longer at interface |
| j:46 [LYS] | a:1126 [U] | J:46 [LYS] | A:1115 [U] | ❌ 6S0X_j:46, 6S0X_a:1126 no longer at interface |
| j:47 [SER] | a:1265 [G] | J:47 [GLU] | A:1255 [G] | ❌ 6S0X_j:47, 6S0X_a:1265 no longer at interface |
| j:59 [LYS] | a:980 [G] | J:59 [LYS] | A:971 [G] | ❌ 6S0X_a:980 no longer at interface |
| j:63 [GLU] | a:1199 [U] | J:63 [ASP] | A:1189 [U] | ❌ 6S0X_j:63, 6S0X_a:1199 no longer at interface |
| j:68 [ARG] | a:1126 [U] | J:68 [ARG] | A:1115 [U] | ❌ 6S0X_a:1126 no longer at interface |
| j:7 [ARG] | a:1291 [U] | J:7 [ARG] | A:1281 [C] | ❌ 6S0X_a:1291 no longer at interface |
| j:9 [ARG] | a:1291 [U] | J:9 [ARG] | A:1281 [C] | ❌ 6S0X_a:1291 no longer at interface |
| j:11 [LYS] | a:1289 [A] | J:11 [LYS] | A:1279 [G] | ❌ 6S0X_j:11 no longer at interface |
| j:36 [VAL] | a:1135 [G] | J:36 [VAL] | A:1124 [G] | ❌ 6S0X_j:36 no longer at interface |
| j:46 [LYS] | a:1264 [G] | J:46 [LYS] | A:1254 [A] | ❌ 6S0X_j:46 no longer at interface |
| j:47 [SER] | a:1264 [G] | J:47 [GLU] | A:1254 [A] | ❌ 6S0X_j:47 no longer at interface |
| j:64 [GLN] | a:1378 [A] | J:64 [GLN] | A:1368 [A] | ❌ 6S0X_j:64 no longer at interface |
| j:64 [GLN] | a:1377 [U] | J:64 [GLN] | A:1367 [C] | ❌ 6S0X_j:64 no longer at interface |
| j:70 [HIS] | a:1162 [A] | J:70 [HIS] | A:1151 [A] | ❌ 6S0X_j:70 no longer at interface |
| j:70 [HIS] | a:1163 [G] | J:70 [HIS] | A:1152 [A] | ❌ 6S0X_j:70 no longer at interface |
| j:75 [ASP] | a:1136 [U] | J:75 [ASP] | A:1125 [U] | ❌ 6S0X_j:75 no longer at interface |
| j:99 [GLU] | a:1289 [A] | J:99 [GLN] | A:1279 [G] | ❌ 6S0X_j:99 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein S10 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.96 | 2.98 | 0.62 | 0.87 | 0.95 | 1.0 | 0.82 | 0.73 | 0.59 | 0.14 | 0.54 |
Other pairs involving 6S0X_j_a or 7K00_J_A
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1j_1a | 6S0X_j_a | 0.67 | 0.95 | 2.77 | 0.53 | Ribosomal protein S10 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1j_1a | 7K00_J_A | 0.92 | 0.98 | 1.01 | 0.59 | Ribosomal protein S10 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_j_a | 7RYG_j_a | 0.60 | 0.96 | 3.17 | 0.57 | Ribosomal protein S10 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_j_a | 7O7Y_At_A2 | 0.54 | 0.9 | 2.76 | 0.33 | Ribosomal protein S10 | compare | |
| 6S0X_j_a | 7K00_J_A | 0.73 | 0.96 | 2.98 | 0.62 | Ribosomal protein S10 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_J_A | 7O7Y_At_A2 | 0.60 | 0.92 | 1.86 | 0.38 | Ribosomal protein S10 | compare | |
| 7K00_J_A | 7RYG_j_a | 0.32 | 0.93 | 4.14 | 0.18 | Ribosomal protein S10 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |