RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group87 > 7K00_J_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_J
7K00_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
J:5 [ARG] A:1126 [U] 4.01 49.72
J:7 [ARG] A:1125 [U] 2.77 75.26
J:7 [ARG] A:1126 [U] 2.91 75.26
J:7 [ARG] A:1281 [C] 4.67 75.26
J:9 [ARG] A:1126 [U] 3.05 base:SC 39.53
J:9 [ARG] A:1279 [G] 3.44 A:1256 [A] 39.53
J:9 [ARG] A:1280 [A] 2.74 39.53
J:9 [ARG] A:1281 [C] 4.74 39.53
J:11 [LYS] A:1278 [G] 4.54 59.72
J:11 [LYS] A:1279 [G] 2.67 A:1256 [A] 59.72
J:15 [HIS] A:1152 [A] 3.48 A:1121 [U] 33.25
J:15 [HIS] A:1153 [G] 3.03 A:1120 [C] 33.25
J:19 [ASP] A:1152 [A] 3.87 A:1121 [U] 61.44
J:36 [VAL] A:1124 [G] 4.09 A:1149 [C] 39.4
J:37 [ARG] A:1123 [U] 4.84 A:1150 [A] 34.19
J:37 [ARG] A:1124 [G] 2.71 A:1149 [C] 34.19
J:37 [ARG] A:1125 [U] 2.85 34.19
J:38 [GLY] A:1123 [U] 3.26 A:1150 [A] 86.98
J:38 [GLY] A:1124 [G] 3.49 A:1149 [C] 86.98
J:39 [PRO] A:1123 [U] 2.95 A:1150 [A] 81.11
J:40 [ILE] A:1123 [U] 3.98 A:1150 [A] 81.29
J:40 [ILE] A:1124 [G] 3.6 A:1149 [C] 81.29
J:40 [ILE] A:1125 [U] 3.29 81.29
J:41 [PRO] A:1123 [U] 3.45 A:1150 [A] 61.16
J:41 [PRO] A:1150 [A] 2.63 A:1123 [U] sugar:BB 61.16
J:41 [PRO] A:1151 [A] 3.05 A:1122 [U] 61.16
J:42 [LEU] A:1125 [U] 3.77 89.41
J:42 [LEU] A:1126 [U] 3.57 89.41
J:42 [LEU] A:1150 [A] 3.43 A:1123 [U] 89.41
J:42 [LEU] A:1151 [A] 3.36 A:1122 [U] 89.41
J:42 [LEU] A:1280 [A] 3.8 89.41
J:43 [PRO] A:1150 [A] 3.44 A:1123 [U] 99.0
J:43 [PRO] A:1151 [A] 3.57 A:1122 [U] 99.0
J:43 [PRO] A:1280 [A] 3.39 99.0
J:44 [THR] A:1150 [A] 4.3 A:1123 [U] 90.21
J:44 [THR] A:1151 [A] 2.9 A:1122 [U] 90.21
J:44 [THR] A:1152 [A] 3.69 A:1121 [U] 90.21
J:45 [ARG] A:1254 [A] 2.93 A:1283 [U] 59.62
J:45 [ARG] A:1255 [G] 2.79 A:1282 [C] 59.62
J:46 [LYS] A:1115 [U] 4.56 A:1185 [G] 46.69
J:46 [LYS] A:1253 [G] 4.19 A:1284 [C] 46.69
J:46 [LYS] A:1254 [A] 4.41 A:1283 [U] 46.69
J:47 [GLU] A:1254 [A] 3.44 A:1283 [U] 59.13
J:47 [GLU] A:1255 [G] 4.83 A:1282 [C] 59.13
J:48 [ARG] A:1254 [A] 4.86 A:1283 [U] 45.76
J:48 [ARG] A:1368 [A] 4.97 A:1354 [U] 45.76
J:50 [THR] A:975 [A] 4.2 86.09
J:50 [THR] A:1367 [C] 3.41 A:1355 [G] sugar:SC 86.09
J:52 [LEU] A:973 [G] 3.6 A:962 [C] 80.69
J:52 [LEU] A:974 [A] 4.6 80.69
J:53 [ILE] A:1059 [C] 2.72 A:1198 [G] sugar:BB 78.76
J:53 [ILE] A:1060 [U] 3.58 A:1197 [A] 78.76
J:53 [ILE] A:1061 [G] 4.26 A:1195 [C] 78.76
J:54 [SER] A:1059 [C] 4.13 A:1198 [G] 98.89
J:54 [SER] A:1060 [U] 3.23 A:1197 [A] 98.89
J:54 [SER] A:1198 [G] 3.84 A:1059 [C] base:SC 98.89
J:55 [PRO] A:973 [G] 3.59 A:962 [C] sugar:BB 92.93
J:55 [PRO] A:1058 [G] 3.63 A:1199 [U] 92.93
J:55 [PRO] A:1059 [C] 3.16 A:1198 [G] 92.93
J:55 [PRO] A:1060 [U] 4.21 A:1197 [A] 92.93
J:55 [PRO] A:1198 [G] 3.46 A:1059 [C] 92.93
J:55 [PRO] A:1199 [U] 3.91 A:1058 [G] 92.93
J:55 [PRO] A:1202 [U] 3.65 92.93
J:56 [HIS] A:963 [G] 3.06 A:972 [C] base:SC 96.3
J:56 [HIS] A:964 [A] 3.33 96.3
J:56 [HIS] A:973 [G] 3.41 A:962 [C] base:SC 96.3
J:56 [HIS] A:1198 [G] 3.56 A:1059 [C] sugar:SC 96.3
J:56 [HIS] A:1199 [U] 3.68 A:1058 [G] 96.3
J:56 [HIS] A:1202 [U] 4.78 96.3
J:57 [VAL] A:963 [G] 3.11 A:972 [C] 87.3
J:57 [VAL] A:964 [A] 4.13 87.3
J:57 [VAL] A:969 [A] 4.93 87.3
J:57 [VAL] A:972 [C] 3.27 A:963 [G] 87.3
J:57 [VAL] A:973 [G] 3.13 A:962 [C] sugar:BB 87.3
J:57 [VAL] A:1198 [G] 4.34 A:1059 [C] 87.3
J:58 [ASN] A:969 [A] 3.66 75.64
J:58 [ASN] A:972 [C] 3.88 A:963 [G] 75.64
J:58 [ASN] A:1060 [U] 2.93 A:1197 [A] sugar:SC 75.64
J:58 [ASN] A:1061 [G] 3.36 A:1195 [C] 75.64
J:59 [LYS] A:971 [G] 4.67 97.02
J:59 [LYS] A:972 [C] 2.89 A:963 [G] 97.02
J:59 [LYS] A:973 [G] 2.84 A:962 [C] 97.02
J:59 [LYS] A:975 [A] 3.63 97.02
J:59 [LYS] A:1366 [C] 4.06 A:1356 [G] 97.02
J:60 [ASP] A:1367 [C] 4.83 A:1355 [G] 65.95
J:61 [ALA] A:1060 [U] 3.7 A:1197 [A] 89.7
J:61 [ALA] A:1061 [G] 3.58 A:1195 [C] 89.7
J:62 [ARG] A:975 [A] 3.24 base:SC 85.67
J:62 [ARG] A:1366 [C] 2.81 A:1356 [G] sugar:SC, sugar:SC 85.67
J:62 [ARG] A:1367 [C] 3.7 A:1355 [G] 85.67
J:63 [ASP] A:1189 [U] 4.56 84.3
J:64 [GLN] A:1367 [C] 3.23 A:1355 [G] 84.06
J:64 [GLN] A:1368 [A] 2.69 A:1354 [U] 84.06
J:68 [ARG] A:1114 [C] 3.32 A:1186 [G] 74.9
J:68 [ARG] A:1115 [U] 2.95 A:1185 [G] 74.9
J:70 [HIS] A:1151 [A] 4.81 A:1122 [U] 85.13
J:70 [HIS] A:1152 [A] 2.53 A:1121 [U] 85.13
J:71 [LEU] A:1280 [A] 3.62 66.2
J:72 [ARG] A:1151 [A] 3.29 A:1122 [U] 87.3
J:72 [ARG] A:1152 [A] 2.74 A:1121 [U] 87.3
J:73 [LEU] A:1125 [U] 3.47 44.65
J:73 [LEU] A:1126 [U] 3.6 44.65
J:75 [ASP] A:1125 [U] 3.82 47.49
J:99 [GLN] A:1279 [G] 4.54 A:1256 [A] 43.69

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group87 7K00_J_A J: 30s ribosomal protein s10, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) P0A7R5 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1j_1a 7K00_J_A 0.92 0.98 1.01 0.59 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_j_a 7K00_J_A 0.73 0.96 2.98 0.62 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_J_A 7O7Y_At_A2 0.60 0.92 1.86 0.38 Ribosomal protein S10 compare
7K00_J_A 7RYG_j_a 0.32 0.93 4.14 0.18 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare