RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group87 > 7RYG_j_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7RYG_j
7RYG_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
j:5 [ARG] a:1123 [U] 4.12 44.54
j:7 [ARG] a:1122 [U] 3.66 a:1277 [A] 70.29
j:7 [ARG] a:1123 [U] 3.22 70.29
j:9 [ARG] a:1123 [U] 2.97 base:SC 36.54
j:9 [ARG] a:1278 [U] 3.59 36.54
j:11 [LYS] a:1276 [A] 3.14 56.19
j:15 [HIS] a:1149 [A] 3.44 a:1118 [U] 11.66
j:15 [HIS] a:1150 [G] 3.92 a:1117 [C] 11.66
j:16 [ARG] a:1150 [G] 4.52 a:1117 [C] 0.51
j:19 [ASP] a:1149 [A] 3.71 a:1118 [U] sugar:SC 56.93
j:36 [VAL] a:1121 [C] 3.93 50.89
j:37 [CYS] a:1120 [A] 4.7 a:1147 [U] 31.47
j:37 [CYS] a:1121 [C] 3.57 31.47
j:37 [CYS] a:1122 [U] 3.13 a:1277 [A] 31.47
j:38 [GLY] a:1120 [A] 3.42 a:1147 [U] 85.1
j:38 [GLY] a:1121 [C] 3.0 85.1
j:39 [PRO] a:1120 [A] 2.4 a:1147 [U] sugar:BB 73.39
j:40 [ILE] a:1120 [A] 3.87 a:1147 [U] 76.72
j:40 [ILE] a:1121 [C] 3.86 76.72
j:40 [ILE] a:1122 [U] 3.13 a:1277 [A] 76.72
j:41 [PRO] a:1120 [A] 4.18 a:1147 [U] 61.12
j:41 [PRO] a:1147 [U] 3.45 a:1120 [A] 61.12
j:41 [PRO] a:1148 [A] 3.33 a:1119 [U] 61.12
j:42 [MET] a:1122 [U] 3.97 a:1277 [A] 80.06
j:42 [MET] a:1123 [U] 3.98 80.06
j:42 [MET] a:1147 [U] 3.74 a:1120 [A] 80.06
j:42 [MET] a:1148 [A] 3.56 a:1119 [U] 80.06
j:42 [MET] a:1277 [A] 3.96 a:1122 [U] 80.06
j:43 [PRO] a:1147 [U] 3.49 a:1120 [A] 99.0
j:43 [PRO] a:1148 [A] 3.35 a:1119 [U] 99.0
j:43 [PRO] a:1277 [A] 3.87 a:1122 [U] 99.0
j:44 [THR] a:1147 [U] 4.76 a:1120 [A] 82.1
j:44 [THR] a:1148 [A] 3.13 a:1119 [U] 82.1
j:44 [THR] a:1149 [A] 3.95 a:1118 [U] 82.1
j:45 [ARG] a:1251 [G] 2.84 a:1280 [U] 59.22
j:45 [ARG] a:1252 [G] 3.72 a:1279 [C] 59.22
j:46 [ILE] a:1250 [G] 4.04 a:1281 [C] 40.51
j:46 [ILE] a:1251 [G] 4.24 a:1280 [U] 40.51
j:47 [GLU] a:1251 [G] 4.35 a:1280 [U] 52.86
j:50 [ASN] a:972 [A] 3.91 83.17
j:50 [ASN] a:1364 [C] 3.02 a:1352 [G] sugar:SC 83.17
j:52 [LEU] a:970 [G] 4.01 a:959 [C] 79.05
j:52 [LEU] a:971 [A] 4.07 79.05
j:53 [THR] a:1056 [C] 2.91 a:1195 [G] sugar:BB 78.35
j:53 [THR] a:1057 [U] 3.48 a:1194 [A] 78.35
j:54 [SER] a:1056 [C] 4.36 a:1195 [G] 98.95
j:54 [SER] a:1057 [U] 3.43 a:1194 [A] 98.95
j:54 [SER] a:1195 [G] 4.4 a:1056 [C] 98.95
j:55 [PRO] a:970 [G] 3.89 a:959 [C] sugar:BB 89.7
j:55 [PRO] a:1055 [G] 3.88 a:1196 [U] 89.7
j:55 [PRO] a:1056 [C] 3.29 a:1195 [G] 89.7
j:55 [PRO] a:1057 [U] 4.24 a:1194 [A] 89.7
j:55 [PRO] a:1195 [G] 3.54 a:1056 [C] 89.7
j:55 [PRO] a:1196 [U] 3.92 a:1055 [G] 89.7
j:55 [PRO] a:1199 [U] 4.12 89.7
j:56 [HIS] a:960 [G] 3.39 a:969 [C] base:SC 97.02
j:56 [HIS] a:961 [A] 3.22 97.02
j:56 [HIS] a:970 [G] 2.72 a:959 [C] sugar:BB 97.02
j:56 [HIS] a:1195 [G] 3.92 a:1056 [C] sugar:SC 97.02
j:56 [HIS] a:1196 [U] 3.88 a:1055 [G] 97.02
j:57 [VAL] a:960 [G] 3.31 a:969 [C] 85.23
j:57 [VAL] a:961 [A] 3.66 85.23
j:57 [VAL] a:969 [C] 3.54 a:960 [G] 85.23
j:57 [VAL] a:970 [G] 3.25 a:959 [C] 85.23
j:57 [VAL] a:1195 [G] 4.64 a:1056 [C] 85.23
j:58 [ASN] a:966 [A] 3.78 74.17
j:58 [ASN] a:969 [C] 4.37 a:960 [G] 74.17
j:58 [ASN] a:1057 [U] 3.34 a:1194 [A] 74.17
j:58 [ASN] a:1058 [G] 3.32 a:1192 [C] 74.17
j:59 [LYS] a:968 [G] 4.89 98.39
j:59 [LYS] a:969 [C] 3.08 a:960 [G] 98.39
j:59 [LYS] a:970 [G] 2.59 a:959 [C] 98.39
j:59 [LYS] a:972 [A] 3.88 98.39
j:59 [LYS] a:1363 [C] 4.27 a:1353 [G] 98.39
j:61 [ALA] a:1057 [U] 3.76 a:1194 [A] 86.86
j:61 [ALA] a:1058 [G] 3.68 a:1192 [C] 86.86
j:62 [ARG] a:972 [A] 3.46 base:SC 88.44
j:62 [ARG] a:1363 [C] 3.1 a:1353 [G] sugar:SC 88.44
j:62 [ARG] a:1364 [C] 3.78 a:1352 [G] 88.44
j:63 [ASP] a:1186 [C] 4.79 84.67
j:64 [GLN] a:1364 [C] 3.33 a:1352 [G] 90.26
j:64 [GLN] a:1365 [G] 3.1 a:1351 [C] 90.26
j:68 [ARG] a:1112 [U] 4.17 a:1182 [G] 69.65
j:70 [TYR] a:1149 [A] 2.99 a:1118 [U] 79.64
j:71 [LYS] a:1123 [U] 3.7 base:SC 69.36
j:71 [LYS] a:1276 [A] 4.8 69.36
j:71 [LYS] a:1277 [A] 3.12 a:1122 [U] 69.36
j:72 [ARG] a:1148 [A] 4.02 a:1119 [U] 88.31
j:72 [ARG] a:1149 [A] 3.39 a:1118 [U] 88.31
j:73 [LEU] a:1122 [U] 3.54 a:1277 [A] 55.33
j:73 [LEU] a:1123 [U] 3.65 55.33
j:75 [ASP] a:1122 [U] 3.86 a:1277 [A] 49.68

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group87 7RYG_j_a j: 30s ribosomal protein s10, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) A0A009L7S8 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_j_a 7RYG_j_a 0.60 0.96 3.17 0.57 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1j_1a 7RYG_j_a 0.34 0.91 4.08 0.11 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_J_A 7RYG_j_a 0.32 0.93 4.14 0.18 Ribosomal protein S10 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare