RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group88 > 4Y4O_1s_1a vs 7O7Y_Ao_A2

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

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Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1s
4Y4O_1a
7O7Y_Ao
7O7Y_A2
Conserved?
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1s:79 [THR] 1a:957 [U] Ao:124 [LYS] A2:1240 [U] ✔
1s:79 [THR] 1a:958 [A] Ao:124 [LYS] A2:1241 [A] ✔
1s:79 [THR] 1a:960 [U] Ao:124 [LYS] A2:1243 [U] ✔
1s:54 [GLY] 1a:958 [A] Ao:99 [GLY] A2:1241 [A] ✔
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1s:3 [ARG] 1a:1316 [G] Ao:40 [ARG] A2:1618 [G] ✔
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1s:6 [LYS] 1a:1315 [U] Ao:43 [ARG] A2:1617 [U] ✔
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1s:5 [LEU] 1a:1312 [G] Ao:42 [ARG] A2:1614 [G] ✔
1s:5 [LEU] 1a:1313 [U] Ao:42 [ARG] A2:1615 [A] ✔
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1s:34 [TRP] 1a:1220 [G] Ao:79 [HIS] A2:1516 [G] ✔
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1s:55 [LYS] 1a:958 [A] Ao:100 [LYS] A2:1241 [A] ✔
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1s:2 [PRO] 1a:1313 [U] Ao:39 [ALA] A2:1615 [A] ✔
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1s:14 [HIS] 1a:1015 [A] Ao:55 [SER] A2:1301 [U] ✔
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1s:77 [THR] 1a:959 [A] Ao:122 [THR] A2:1242 [A] ✔
1s:77 [THR] 1a:1221 [G] Ao:122 [THR] A2:1517 [G] ✔
1s:77 [THR] 1a:1222 [G] Ao:122 [THR] A2:1518 [G] ✔
1s:77 [THR] 1a:1321 [C] Ao:122 [THR] A2:1623 [U] ✔
1s:52 [TYR] 1a:986 [A] Ao:97 [TYR] A2:1269 [C] ✔
1s:52 [TYR] 1a:987 [G] Ao:97 [TYR] A2:1270 [G] ✔
1s:52 [TYR] 1a:1220 [G] Ao:97 [TYR] A2:1516 [G] ✔
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1s:83 [HIS] 1a:955 [U] Ao:128 [HIS] A2:1238 [C] ✔
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1s:70 [LYS] 1a:1319 [A] Ao:115 [TYR] A2:1621 [A] ✔
1s:70 [LYS] 1a:1320 [C] Ao:115 [TYR] A2:1622 [U] ✔
1s:84 [GLY] 1a:955 [U] Ao:129 [GLY] A2:1238 [C] ✔
1s:84 [GLY] 1a:1227 [A] Ao:129 [GLY] A2:1523 [A] ✔
1s:78 [ARG] 1a:1222 [G] Ao:123 [TYR] A2:1518 [G] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:79 [THR] 1a:959 [A] Ao:124 [LYS] A2:1242 [A] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:80 [TYR] 1a:1225 [A] Ao:125 [PRO] A2:1521 [G] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:80 [TYR] 1a:1226 [C] Ao:125 [PRO] A2:1522 [C] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:80 [TYR] 1a:1227 [A] Ao:125 [PRO] A2:1523 [A] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:3 [ARG] 1a:1317 [C] Ao:40 [ARG] A2:1619 [C] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:3 [ARG] 1a:1318 [A] Ao:40 [ARG] A2:1620 [A] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:7 [LYS] 1a:1316 [G] Ao:44 [ARG] A2:1618 [G] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:7 [LYS] 1a:1317 [C] Ao:44 [ARG] A2:1619 [C] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:6 [LYS] 1a:1313 [U] Ao:43 [ARG] A2:1615 [A] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:81 [ARG] 1a:957 [U] Ao:126 [VAL] A2:1240 [U] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:4 [SER] 1a:1313 [U] Ao:41 [GLN] A2:1615 [A] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:4 [SER] 1a:1314 [C] Ao:41 [GLN] A2:1616 [U] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:4 [SER] 1a:1315 [U] Ao:41 [GLN] A2:1617 [U] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:4 [SER] 1a:1316 [G] Ao:41 [GLN] A2:1618 [G] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:5 [LEU] 1a:1314 [C] Ao:42 [ARG] A2:1616 [U] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:34 [TRP] 1a:987 [G] Ao:79 [HIS] A2:1270 [G] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:34 [TRP] 1a:1014 [A] Ao:79 [HIS] A2:1300 [A] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:37 [ARG] 1a:1220 [G] Ao:82 [ASP] A2:1516 [G] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:37 [ARG] 1a:1317 [C] Ao:82 [ASP] A2:1619 [C] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:55 [LYS] 1a:987 [G] Ao:100 [LYS] A2:1270 [G] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:55 [LYS] 1a:1220 [G] Ao:100 [LYS] A2:1516 [G] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:2 [PRO] 1a:1314 [C] Ao:39 [ALA] A2:1616 [U] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:2 [PRO] 1a:1323 [G] Ao:39 [ALA] A2:1625 [U] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:2 [PRO] 1a:1324 [A] Ao:39 [ALA] A2:1626 [PSU] ❌ 7O7Y_Ao_A2
1s:72 [GLY] 1a:1321 [C] Ao:117 [GLY] A2:1623 [U] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:79 [THR] 1a:1225 [A] Ao:124 [LYS] A2:1521 [G] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:81 [ARG] 1a:956 [U] Ao:126 [VAL] A2:1239 [PSU] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:81 [ARG] 1a:1225 [A] Ao:126 [VAL] A2:1521 [G] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:81 [ARG] 1a:1226 [C] Ao:126 [VAL] A2:1522 [C] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:81 [ARG] 1a:955 [U] Ao:126 [VAL] A2:1238 [C] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:81 [ARG] 1a:960 [U] Ao:126 [VAL] A2:1243 [U] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:81 [ARG] 1a:1227 [A] Ao:126 [VAL] A2:1523 [A] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:82 [GLY] 1a:955 [U] Ao:127 [LYS] A2:1238 [C] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:83 [HIS] 1a:1225 [A] Ao:128 [HIS] A2:1521 [G] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:84 [GLY] 1a:956 [U] Ao:129 [GLY] A2:1239 [PSU] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:3 [ARG] 1a:1324 [A] Ao:40 [ARG] A2:1626 [PSU] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:3 [ARG] 1a:1323 [G] Ao:40 [ARG] A2:1625 [U] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:3 [ARG] 1a:1320 [C] Ao:40 [ARG] A2:1622 [U] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:4 [SER] 1a:1320 [C] Ao:41 [GLN] A2:1622 [U] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:6 [LYS] 1a:1316 [G] Ao:43 [ARG] A2:1618 [G] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:7 [LYS] 1a:1319 [A] Ao:44 [ARG] A2:1621 [A] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:37 [ARG] 1a:1319 [A] Ao:82 [ASP] A2:1621 [A] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:52 [TYR] 1a:1219 [U] Ao:97 [TYR] A2:1515 [G] ❌ 4Y4O_1s_1a
1s:78 [ARG] 1a:1223 [C] Ao:123 [TYR] A2:1519 [C] ❌ 7O7Y_A2:1519 no longer at interface
1s:78 [ARG] 1a:1224 [G] Ao:123 [TYR] A2:1520 [U] ❌ 7O7Y_A2:1520 no longer at interface
1s:78 [ARG] 1a:1322 [C] Ao:123 [TYR] A2:1624 [A] ❌ 7O7Y_A2:1624 no longer at interface
1s:6 [LYS] 1a:1271 [G] Ao:43 [ARG] A2:1572 [G] ❌ 7O7Y_A2:1572 no longer at interface
1s:6 [LYS] 1a:1272 [G] Ao:43 [ARG] A2:1573 [C] ❌ 7O7Y_A2:1573 no longer at interface
1s:57 [HIS] 1a:1013 [G] Ao:102 [PHE] A2:1299 [G] ❌ 4Y4O_1s:57, 4Y4O_1a:1013 no longer at interface
1s:32 [LYS] 1a:1013 [G] Ao:77 [LYS] A2:1299 [G] ❌ 4Y4O_1a:1013 no longer at interface
1s:33 [THR] 1a:1013 [G] Ao:78 [THR] A2:1299 [G] ❌ 4Y4O_1s:33, 4Y4O_1a:1013 no longer at interface
1s:34 [TRP] 1a:1013 [G] Ao:79 [HIS] A2:1299 [G] ❌ 4Y4O_1a:1013 no longer at interface
1s:10 [PHE] 1a:1317 [C] Ao:48 [GLY] A2:1619 [C] ❌ 7O7Y_Ao:48 no longer at interface
1s:10 [PHE] 1a:1318 [A] Ao:48 [GLY] A2:1620 [A] ❌ 7O7Y_Ao:48 no longer at interface
1s:10 [PHE] 1a:1319 [A] Ao:48 [GLY] A2:1621 [A] ❌ 7O7Y_Ao:48 no longer at interface
1s:75 [ALA] 1a:1321 [C] Ao:120 [SER] A2:1623 [U] ❌ 4Y4O_1s:75 no longer at interface
1s:76 [PRO] 1a:1321 [C] Ao:121 [ILE] A2:1623 [U] ❌ 4Y4O_1s:76 no longer at interface
1s:17 [GLU] 1a:1015 [A] Ao:58 [LYS] A2:1301 [U] ❌ 4Y4O_1s:17 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S19 0.93 2.94 0.43 0.82 0.93 0.96 0.86 0.62 0.52 0.34 0.25


Other pairs involving 4Y4O_1s_1a or 7O7Y_Ao_A2

Total number of entries: 5

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1s_1a 6S0X_s_a 0.33 0.94 6.37 0.11 Ribosomal protein S19 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1s_1a 7O7Y_Ao_A2 0.62 0.93 2.94 0.43 Ribosomal protein S19 compare
4Y4O_1s_1a 7K00_S_A 0.97 0.98 0.75 0.81 Ribosomal protein S19 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_s_a 7O7Y_Ao_A2 0.21 0.89 4.66 0.06 Ribosomal protein S19 compare
7K00_S_A 7O7Y_Ao_A2 0.55 0.92 2.87 0.27 Ribosomal protein S19 compare