Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 1G59_A
|
1G59_B
|
1N78_A
|
1N78_C
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:108 [THR] | B:574 [C] | A:108 [THR] | C:574 [C] | ✔ |
| A:448 [PHE] | B:534 [C] | A:448 [PHE] | C:534 [C] | ✔ |
| A:235 [LEU] | B:570 [G] | A:235 [LEU] | C:570 [G] | ✔ |
| A:280 [GLY] | B:523 [G] | A:280 [GLY] | C:523 [G] | ✔ |
| A:445 [PRO] | B:535 [U] | A:445 [PRO] | C:535 [U] | ✔ |
| A:358 [ARG] | B:535 [U] | A:358 [ARG] | C:535 [U] | ✔ |
| A:358 [ARG] | B:536 [C] | A:358 [ARG] | C:536 [C] | ✔ |
| A:358 [ARG] | B:537 [A] | A:358 [ARG] | C:537 [A] | ✔ |
| A:241 [LYS] | B:511 [U] | A:241 [LYS] | C:511 [U] | ✔ |
| A:241 [LYS] | B:512 [C] | A:241 [LYS] | C:512 [C] | ✔ |
| A:241 [LYS] | B:568 [G] | A:241 [LYS] | C:568 [G] | ✔ |
| A:241 [LYS] | B:569 [G] | A:241 [LYS] | C:569 [G] | ✔ |
| A:243 [LYS] | B:569 [G] | A:243 [LYS] | C:569 [G] | ✔ |
| A:243 [LYS] | B:570 [G] | A:243 [LYS] | C:570 [G] | ✔ |
| A:243 [LYS] | B:571 [U] | A:243 [LYS] | C:571 [U] | ✔ |
| A:242 [THR] | B:569 [G] | A:242 [THR] | C:569 [G] | ✔ |
| A:242 [THR] | B:570 [G] | A:242 [THR] | C:570 [G] | ✔ |
| A:116 [ARG] | B:573 [A] | A:116 [ARG] | C:573 [A] | ✔ |
| A:431 [ALA] | B:534 [C] | A:431 [ALA] | C:534 [C] | ✔ |
| A:306 [ASP] | B:510 [G] | A:306 [ASP] | C:510 [G] | ✔ |
| A:306 [ASP] | B:511 [U] | A:306 [ASP] | C:511 [U] | ✔ |
| A:306 [ASP] | B:525 [C] | A:306 [ASP] | C:525 [C] | ✔ |
| A:166 [VAL] | B:504 [C] | A:166 [VAL] | C:504 [C] | ✔ |
| A:166 [VAL] | B:505 [C] | A:166 [VAL] | C:505 [C] | ✔ |
| A:417 [ARG] | B:534 [C] | A:417 [ARG] | C:534 [C] | ✔ |
| A:237 [ARG] | B:568 [G] | A:237 [ARG] | C:568 [G] | ✔ |
| A:237 [ARG] | B:569 [G] | A:237 [ARG] | C:569 [G] | ✔ |
| A:168 [TYR] | B:503 [C] | A:168 [TYR] | C:503 [C] | ✔ |
| A:168 [TYR] | B:504 [C] | A:168 [TYR] | C:504 [C] | ✔ |
| A:357 [PRO] | B:537 [A] | A:357 [PRO] | C:537 [A] | ✔ |
| A:357 [PRO] | B:538 [A] | A:357 [PRO] | C:538 [A] | ✔ |
| A:273 [MET] | B:512 [C] | A:273 [MET] | C:512 [C] | ✔ |
| A:273 [MET] | B:513 [U] | A:273 [MET] | C:513 [U] | ✔ |
| A:177 [VAL] | B:573 [A] | A:177 [VAL] | C:573 [A] | ✔ |
| A:177 [VAL] | B:574 [C] | A:177 [VAL] | C:574 [C] | ✔ |
| A:446 [GLY] | B:534 [C] | A:446 [GLY] | C:534 [C] | ✔ |
| A:446 [GLY] | B:535 [U] | A:446 [GLY] | C:535 [U] | ✔ |
| A:302 [GLY] | B:512 [C] | A:302 [GLY] | C:512 [C] | ✔ |
| A:172 [GLU] | B:503 [C] | A:172 [GLU] | C:503 [C] | ✔ |
| A:172 [GLU] | B:504 [C] | A:172 [GLU] | C:504 [C] | ✔ |
| A:145 [VAL] | B:574 [C] | A:145 [VAL] | C:574 [C] | ✔ |
| A:107 [GLU] | B:574 [C] | A:107 [GLU] | C:574 [C] | ✔ |
| A:301 [GLY] | B:506 [C] | A:301 [GLY] | C:506 [C] | ✔ |
| A:301 [GLY] | B:507 [A] | A:301 [GLY] | C:507 [A] | ✔ |
| A:301 [GLY] | B:513 [U] | A:301 [GLY] | C:513 [U] | ✔ |
| A:299 [SER] | B:513 [U] | A:299 [SER] | C:513 [U] | ✔ |
| A:299 [SER] | B:514 [A] | A:299 [SER] | C:514 [A] | ✔ |
| A:180 [LYS] | B:574 [C] | A:180 [LYS] | C:574 [C] | ✔ |
| A:180 [LYS] | B:575 [C] | A:180 [LYS] | C:575 [C] | ✔ |
| A:112 [LEU] | B:574 [C] | A:112 [LEU] | C:574 [C] | ✔ |
| A:181 [SER] | B:574 [C] | A:181 [SER] | C:574 [C] | ✔ |
| A:282 [GLU] | B:512 [C] | A:282 [GLU] | C:512 [C] | ✔ |
| A:282 [GLU] | B:523 [G] | A:282 [GLU] | C:523 [G] | ✔ |
| A:282 [GLU] | B:524 [A] | A:282 [GLU] | C:524 [A] | ✔ |
| A:276 [SER] | B:513 [U] | A:276 [SER] | C:513 [U] | ✔ |
| A:276 [SER] | B:514 [A] | A:276 [SER] | C:514 [A] | ✔ |
| A:308 [GLU] | B:525 [C] | A:308 [GLU] | C:525 [C] | ✔ |
| A:308 [GLU] | B:526 [G] | A:308 [GLU] | C:526 [G] | ✔ |
| A:147 [ARG] | B:574 [C] | A:147 [ARG] | C:574 [C] | ✔ |
| A:303 [PRO] | B:512 [C] | A:303 [PRO] | C:512 [C] | ✔ |
| A:303 [PRO] | B:513 [U] | A:303 [PRO] | C:513 [U] | ✔ |
| A:428 [GLY] | B:534 [C] | A:428 [GLY] | C:534 [C] | ✔ |
| A:309 [LYS] | B:512 [C] | A:309 [LYS] | C:512 [C] | ✔ |
| A:309 [LYS] | B:523 [G] | A:309 [LYS] | C:523 [G] | ✔ |
| A:309 [LYS] | B:524 [A] | A:309 [LYS] | C:524 [A] | ✔ |
| A:309 [LYS] | B:525 [C] | A:309 [LYS] | C:525 [C] | ✔ |
| A:121 [GLY] | B:573 [A] | A:121 [GLY] | C:573 [A] | ✔ |
| A:444 [THR] | B:535 [U] | A:444 [THR] | C:535 [U] | ✔ |
| A:444 [THR] | B:536 [C] | A:444 [THR] | C:536 [C] | ✔ |
| A:442 [LEU] | B:535 [U] | A:442 [LEU] | C:535 [U] | ✔ |
| A:442 [LEU] | B:536 [C] | A:442 [LEU] | C:536 [C] | ✔ |
| A:210 [LEU] | B:504 [C] | A:210 [LEU] | C:504 [C] | ✔ |
| A:210 [LEU] | B:505 [C] | A:210 [LEU] | C:505 [C] | ✔ |
| A:163 [ARG] | B:505 [C] | A:163 [ARG] | C:505 [C] | ✔ |
| A:163 [ARG] | B:506 [C] | A:163 [ARG] | C:506 [C] | ✔ |
| A:316 [LYS] | B:539 [G] | A:316 [LYS] | C:539 [G] | ✔ |
| A:432 [GLN] | B:534 [C] | A:432 [GLN] | C:534 [C] | ✔ |
| A:432 [GLN] | B:535 [U] | A:432 [GLN] | C:535 [U] | ✔ |
| A:449 [GLU] | B:534 [C] | A:449 [GLU] | C:534 [C] | ✔ |
| A:186 [THR] | B:575 [C] | A:186 [THR] | C:575 [C] | ✔ |
| A:304 [VAL] | B:511 [U] | A:304 [VAL] | C:511 [U] | ✔ |
| A:304 [VAL] | B:512 [C] | A:304 [VAL] | C:512 [C] | ✔ |
| A:109 [PRO] | B:574 [C] | A:109 [PRO] | C:574 [C] | ✔ |
| A:427 [LEU] | B:534 [C] | A:427 [LEU] | C:534 [C] | ✔ |
| A:320 [GLU] | B:539 [G] | A:320 [GLU] | C:539 [G] | ✔ |
| A:211 [VAL] | B:503 [C] | A:211 [VAL] | C:503 [C] | ✔ |
| A:211 [VAL] | B:504 [C] | A:211 [VAL] | C:504 [C] | ✔ |
| A:211 [VAL] | B:570 [G] | A:211 [VAL] | C:570 [G] | ✔ |
| A:211 [VAL] | B:571 [U] | A:211 [VAL] | C:571 [U] | ✔ |
| A:207 [GLU] | B:505 [C] | A:207 [GLU] | C:505 [C] | ✔ |
| A:207 [GLU] | B:569 [G] | A:207 [GLU] | C:569 [G] | ✔ |
| A:312 [TRP] | B:524 [A] | A:312 [TRP] | C:524 [A] | ✔ |
| A:312 [TRP] | B:525 [C] | A:312 [TRP] | C:525 [C] | ✔ |
| A:312 [TRP] | B:526 [G] | A:312 [TRP] | C:526 [G] | ✔ |
| A:240 [ASP] | B:569 [G] | A:240 [ASP] | C:569 [G] | ✔ |
| A:47 [ARG] | B:575 [C] | A:47 [ARG] | C:575 [C] | ✔ |
| A:182 [ASP] | B:574 [C] | A:182 [ASP] | C:574 [C] | ✔ |
| A:208 [GLU] | B:570 [G] | A:208 [GLU] | C:570 [G] | ✔ |
| A:208 [GLU] | B:571 [U] | A:208 [GLU] | C:571 [U] | ✔ |
| A:274 [GLY] | B:512 [C] | A:274 [GLY] | C:512 [C] | ✔ |
| A:274 [GLY] | B:513 [U] | A:274 [GLY] | C:513 [U] | ✔ |
| A:44 [ASP] | B:575 [C] | A:44 [ASP] | C:575 [C] | ✔ |
| A:297 [ARG] | B:514 [A] | A:297 [ARG] | C:514 [A] | ✔ |
| A:297 [ARG] | B:515 [G] | A:297 [ARG] | C:515 [G] | ✔ |
| A:447 [LEU] | B:534 [C] | A:447 [LEU] | C:534 [C] | ✔ |
| A:447 [LEU] | B:535 [U] | A:447 [LEU] | C:535 [U] | ✔ |
| A:319 [ARG] | B:538 [A] | A:319 [ARG] | C:538 [A] | ✔ |
| A:319 [ARG] | B:539 [G] | A:319 [ARG] | C:539 [G] | ✔ |
| A:443 [GLU] | B:535 [U] | A:443 [GLU] | C:535 [U] | ✔ |
| A:443 [GLU] | B:536 [C] | A:443 [GLU] | C:536 [C] | ✔ |
| A:435 [ARG] | B:534 [C] | A:435 [ARG] | C:534 [C] | ✔ |
| A:435 [ARG] | B:535 [U] | A:435 [ARG] | C:535 [U] | ✔ |
| A:300 [LEU] | B:506 [C] | A:300 [LEU] | C:506 [C] | ✔ |
| A:272 [LEU] | B:512 [C] | A:272 [LEU] | C:512 [C] | ✔ |
| A:272 [LEU] | B:513 [U] | A:272 [LEU] | C:513 [U] | ✔ |
| A:445 [PRO] | B:536 [C] | A:445 [PRO] | C:536 [C] | ❌ 1N78_A_C |
| A:47 [ARG] | B:573 [A] | A:47 [ARG] | C:573 [A] | ❌ 1N78_A_C |
| A:274 [GLY] | B:514 [A] | A:274 [GLY] | C:514 [A] | ❌ 1N78_A_C |
| A:300 [LEU] | B:505 [C] | A:300 [LEU] | C:505 [C] | ❌ 1N78_A_C |
| A:300 [LEU] | B:507 [A] | A:300 [LEU] | C:507 [A] | ❌ 1N78_A_C |
| A:116 [ARG] | B:574 [C] | A:116 [ARG] | C:574 [C] | ❌ 1G59_A_B |
| A:186 [THR] | B:574 [C] | A:186 [THR] | C:574 [C] | ❌ 1G59_A_B |
| A:207 [GLU] | B:570 [G] | A:207 [GLU] | C:570 [G] | ❌ 1G59_A_B |
| A:207 [GLU] | B:506 [C] | A:207 [GLU] | C:506 [C] | ❌ 1G59_A_B |
| A:302 [GLY] | B:506 [C] | A:302 [GLY] | C:506 [C] | ❌ 1G59_A_B |
| A:296 [GLU] | B:516 [C] | A:296 [GLU] | C:516 [C] | ❌ 1N78_A:296, 1N78_C:516 no longer at interface |
| A:417 [ARG] | B:533 [U] | A:417 [ARG] | C:533 [U] | ❌ 1G59_B:533 no longer at interface |
| A:426 [LYS] | B:534 [C] | A:426 [LYS] | C:534 [C] | ❌ 1N78_A:426 no longer at interface |
| A:269 [TYR] | B:512 [C] | A:269 [TYR] | C:512 [C] | ❌ 1N78_A:269 no longer at interface |
| A:106 [PHE] | B:574 [C] | A:106 [PHE] | C:574 [C] | ❌ 1N78_A:106 no longer at interface |
| A:46 [ALA] | B:575 [C] | A:46 [ALA] | C:575 [C] | ❌ 1N78_A:46 no longer at interface |
| A:176 [VAL] | B:574 [C] | A:176 [VAL] | C:574 [C] | ❌ 1N78_A:176 no longer at interface |
| A:165 [VAL] | B:505 [C] | A:165 [VAL] | C:505 [C] | ❌ 1G59_A:165 no longer at interface |
| A:167 [VAL] | B:504 [C] | A:167 [VAL] | C:504 [C] | ❌ 1G59_A:167 no longer at interface |
| A:209 [TRP] | B:570 [G] | A:209 [TRP] | C:570 [G] | ❌ 1G59_A:209 no longer at interface |
| A:275 [PHE] | B:513 [U] | A:275 [PHE] | C:513 [U] | ❌ 1G59_A:275 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| tRNA | 0.99 | 0.35 | 0.90 | 1.0 | 0.95 | 0.9 | 0.93 | 0.95 | 0.93 | 0.61 | 0.52 |
Other pairs involving 1G59_A_B or 1N78_A_C
Total number of entries: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1G59_A_B | 1N78_A_C | 0.95 | 0.99 | 0.35 | 0.9 | tRNA | compare | |
| 1N78_A_C | 1QTQ_A_B | 0.55 | 0.65 | 3.78 | 0.13 | tRNA | compare | |
| 1G59_A_B | 1QTQ_A_B | 0.44 | 0.65 | 4.08 | 0.11 | tRNA | compare | |
| 1N78_A_C | 1ZJW_A_B | 0.54 | 0.65 | 3.61 | 0.12 | tRNA | compare | |
| 1G59_A_B | 1ZJW_A_B | 0.43 | 0.65 | 3.86 | 0.1 | tRNA | compare | |
| 1N78_A_C | 4JXZ_A_B | 0.53 | 0.65 | 3.61 | 0.13 | tRNA | compare | |
| 1G59_A_B | 4JXZ_A_B | 0.45 | 0.65 | 3.81 | 0.11 | tRNA | compare | |
| 1N78_A_C | 4JYZ_A_B | 0.52 | 0.66 | 3.55 | 0.12 | tRNA | compare | |
| 1G59_A_B | 4JYZ_A_B | 0.44 | 0.66 | 3.78 | 0.1 | tRNA | compare |