RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group89 > 1G59_A_B vs 4JYZ_A_B

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

1G59_A
1G59_B
4JYZ_A
4JYZ_B
Conserved?
A:108 [THR] B:574 [C] A:125 [THR] B:974 [C] ✔
A:445 [PRO] B:535 [U] A:519 [GLU] B:935 [U] ✔
A:116 [ARG] B:573 [A] A:133 [ARG] B:973 [G] ✔
A:306 [ASP] B:510 [G] A:323 [GLU] B:910 [G] ✔
A:306 [ASP] B:511 [U] A:323 [GLU] B:911 [C] ✔
A:306 [ASP] B:525 [C] A:323 [GLU] B:925 [C] ✔
A:273 [MET] B:512 [C] A:313 [ILE] B:912 [C] ✔
A:273 [MET] B:513 [U] A:313 [ILE] B:913 [A] ✔
A:177 [VAL] B:574 [C] A:189 [VAL] B:974 [C] ✔
A:446 [GLY] B:535 [U] A:520 [ARG] B:935 [U] ✔
A:302 [GLY] B:512 [C] A:319 [ASP] B:912 [C] ✔
A:145 [VAL] B:574 [C] A:171 [CYS] B:974 [C] ✔
A:107 [GLU] B:574 [C] A:124 [LEU] B:974 [C] ✔
A:301 [GLY] B:506 [C] A:318 [GLN] B:906 [U] ✔
A:301 [GLY] B:507 [A] A:318 [GLN] B:907 [A] ✔
A:301 [GLY] B:513 [U] A:318 [GLN] B:913 [A] ✔
A:299 [SER] B:513 [U] A:316 [THR] B:913 [A] ✔
A:299 [SER] B:514 [A] A:316 [THR] B:914 [A] ✔
A:180 [LYS] B:574 [C] A:192 [ARG] B:974 [C] ✔
A:180 [LYS] B:575 [C] A:192 [ARG] B:975 [C] ✔
A:112 [LEU] B:574 [C] A:129 [ILE] B:974 [C] ✔
A:181 [SER] B:574 [C] A:193 [ILE] B:974 [C] ✔
A:308 [GLU] B:525 [C] A:325 [ALA] B:925 [C] ✔
A:308 [GLU] B:526 [G] A:325 [ALA] B:926 [A] ✔
A:303 [PRO] B:512 [C] A:320 [ASN] B:912 [C] ✔
A:303 [PRO] B:513 [U] A:320 [ASN] B:913 [A] ✔
A:309 [LYS] B:525 [C] A:326 [SER] B:925 [C] ✔
A:210 [LEU] B:504 [C] A:234 [GLN] B:904 [G] ✔
A:210 [LEU] B:505 [C] A:234 [GLN] B:905 [G] ✔
A:432 [GLN] B:534 [C] A:455 [VAL] B:934 [1RN] ✔
A:432 [GLN] B:535 [U] A:455 [VAL] B:935 [U] ✔
A:186 [THR] B:575 [C] A:210 [MET] B:975 [C] ✔
A:304 [VAL] B:511 [U] A:321 [THR] B:911 [C] ✔
A:304 [VAL] B:512 [C] A:321 [THR] B:912 [C] ✔
A:109 [PRO] B:574 [C] A:126 [PRO] B:974 [C] ✔
A:211 [VAL] B:503 [C] A:235 [ASP] B:903 [G] ✔
A:211 [VAL] B:504 [C] A:235 [ASP] B:904 [G] ✔
A:211 [VAL] B:570 [G] A:235 [ASP] B:970 [C] ✔
A:211 [VAL] B:571 [U] A:235 [ASP] B:971 [C] ✔
A:207 [GLU] B:505 [C] A:231 [LEU] B:905 [G] ✔
A:312 [TRP] B:525 [C] A:329 [SER] B:925 [C] ✔
A:312 [TRP] B:526 [G] A:329 [SER] B:926 [A] ✔
A:47 [ARG] B:575 [C] A:72 [LYS] B:975 [C] ✔
A:182 [ASP] B:574 [C] A:194 [LYS] B:974 [C] ✔
A:208 [GLU] B:570 [G] A:232 [GLU] B:970 [C] ✔
A:274 [GLY] B:512 [C] A:314 [GLY] B:912 [C] ✔
A:274 [GLY] B:513 [U] A:314 [GLY] B:913 [A] ✔
A:44 [ASP] B:575 [C] A:69 [ASN] B:975 [C] ✔
A:319 [ARG] B:538 [A] A:336 [ASN] B:938 [PSU] ✔
A:319 [ARG] B:539 [G] A:336 [ASN] B:939 [A] ✔
A:443 [GLU] B:535 [U] A:517 [GLN] B:935 [U] ✔
A:300 [LEU] B:505 [C] A:317 [LYS] B:905 [G] ✔
A:300 [LEU] B:506 [C] A:317 [LYS] B:906 [U] ✔
A:272 [LEU] B:512 [C] A:312 [ARG] B:912 [C] ✔
A:445 [PRO] B:536 [C] A:519 [GLU] B:936 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:431 [ALA] B:534 [C] A:454 [GLY] B:934 [1RN] ❌ 4JYZ_A_B
A:177 [VAL] B:573 [A] A:189 [VAL] B:973 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:446 [GLY] B:534 [C] A:520 [ARG] B:934 [1RN] ❌ 4JYZ_A_B
A:172 [GLU] B:503 [C] A:184 [VAL] B:903 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:172 [GLU] B:504 [C] A:184 [VAL] B:904 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:309 [LYS] B:512 [C] A:326 [SER] B:912 [C] ❌ 4JYZ_A_B
A:309 [LYS] B:523 [G] A:326 [SER] B:923 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:309 [LYS] B:524 [A] A:326 [SER] B:924 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:316 [LYS] B:539 [G] A:333 [GLU] B:939 [A] ❌ 4JYZ_A_B
A:207 [GLU] B:569 [G] A:231 [LEU] B:969 [C] ❌ 4JYZ_A_B
A:312 [TRP] B:524 [A] A:329 [SER] B:924 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:47 [ARG] B:573 [A] A:72 [LYS] B:973 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:208 [GLU] B:571 [U] A:232 [GLU] B:971 [C] ❌ 4JYZ_A_B
A:274 [GLY] B:514 [A] A:314 [GLY] B:914 [A] ❌ 4JYZ_A_B
A:443 [GLU] B:536 [C] A:517 [GLN] B:936 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:300 [LEU] B:507 [A] A:317 [LYS] B:907 [A] ❌ 4JYZ_A_B
A:272 [LEU] B:513 [U] A:312 [ARG] B:913 [A] ❌ 4JYZ_A_B
A:116 [ARG] B:574 [C] A:133 [ARG] B:974 [C] ❌ 1G59_A_B
A:172 [GLU] B:571 [U] A:184 [VAL] B:971 [C] ❌ 1G59_A_B
A:182 [ASP] B:575 [C] A:194 [LYS] B:975 [C] ❌ 1G59_A_B
A:186 [THR] B:573 [A] A:210 [MET] B:973 [G] ❌ 1G59_A_B
A:186 [THR] B:574 [C] A:210 [MET] B:974 [C] ❌ 1G59_A_B
A:272 [LEU] B:523 [G] A:312 [ARG] B:923 [G] ❌ 1G59_A_B
A:272 [LEU] B:524 [A] A:312 [ARG] B:924 [G] ❌ 1G59_A_B
A:272 [LEU] B:525 [C] A:312 [ARG] B:925 [C] ❌ 1G59_A_B
A:301 [GLY] B:514 [A] A:318 [GLN] B:914 [A] ❌ 1G59_A_B
A:302 [GLY] B:513 [U] A:319 [ASP] B:913 [A] ❌ 1G59_A_B
A:302 [GLY] B:569 [G] A:319 [ASP] B:969 [C] ❌ 1G59_A_B
A:302 [GLY] B:506 [C] A:319 [ASP] B:906 [U] ❌ 1G59_A_B
A:306 [ASP] B:526 [G] A:323 [GLU] B:926 [A] ❌ 1G59_A_B
A:316 [LYS] B:525 [C] A:333 [GLU] B:925 [C] ❌ 1G59_A_B
A:319 [ARG] B:537 [A] A:336 [ASN] B:937 [2MA] ❌ 1G59_A_B
A:431 [ALA] B:536 [C] A:454 [GLY] B:936 [G] ❌ 1G59_A_B
A:432 [GLN] B:536 [C] A:455 [VAL] B:936 [G] ❌ 1G59_A_B
A:443 [GLU] B:537 [A] A:517 [GLN] B:937 [2MA] ❌ 1G59_A_B
A:446 [GLY] B:536 [C] A:520 [ARG] B:936 [G] ❌ 1G59_A_B
A:43 [THR] B:575 [C] A:68 [THR] B:975 [C] ❌ 1G59_A_B
A:237 [ARG] B:568 [G] A:262 [ASN] B:968 [C] ❌ 4JYZ_A:262, 4JYZ_B:968 no longer at interface
A:113 [GLU] B:572 [C] A:130 [ARG] B:972 [A] ❌ 1G59_A:113, 1G59_B:572 no longer at interface
A:116 [ARG] B:572 [C] A:133 [ARG] B:972 [A] ❌ 1G59_B:572 no longer at interface
A:117 [LYS] B:572 [C] A:134 [GLY] B:972 [A] ❌ 1G59_A:117, 1G59_B:572 no longer at interface
A:118 [GLU] B:572 [C] A:135 [THR] B:972 [A] ❌ 1G59_A:118, 1G59_B:572 no longer at interface
A:169 [ASP] B:502 [G] A:181 [PRO] B:902 [G] ❌ 1G59_A:169, 1G59_B:502 no longer at interface
A:171 [GLN] B:572 [C] A:183 [ILE] B:972 [A] ❌ 1G59_A:171, 1G59_B:572 no longer at interface
A:171 [GLN] B:502 [G] A:183 [ILE] B:902 [G] ❌ 1G59_A:171, 1G59_B:502 no longer at interface
A:301 [GLY] B:508 [U] A:318 [GLN] B:908 [4SU] ❌ 1G59_B:508 no longer at interface
A:235 [LEU] B:570 [G] A:260 [ARG] B:970 [C] ❌ 4JYZ_A:260 no longer at interface
A:243 [LYS] B:569 [G] A:267 [VAL] B:969 [C] ❌ 4JYZ_A:267 no longer at interface
A:243 [LYS] B:570 [G] A:267 [VAL] B:970 [C] ❌ 4JYZ_A:267 no longer at interface
A:243 [LYS] B:571 [U] A:267 [VAL] B:971 [C] ❌ 4JYZ_A:267 no longer at interface
A:242 [THR] B:569 [G] A:266 [THR] B:969 [C] ❌ 4JYZ_A:266 no longer at interface
A:242 [THR] B:570 [G] A:266 [THR] B:970 [C] ❌ 4JYZ_A:266 no longer at interface
A:417 [ARG] B:534 [C] A:446 [PRO] B:934 [1RN] ❌ 4JYZ_A:446 no longer at interface
A:237 [ARG] B:569 [G] A:262 [ASN] B:969 [C] ❌ 4JYZ_A:262 no longer at interface
A:426 [LYS] B:534 [C] A:451 [LYS] B:934 [1RN] ❌ 4JYZ_A:451 no longer at interface
A:269 [TYR] B:512 [C] A:309 [PHE] B:912 [C] ❌ 4JYZ_A:309 no longer at interface
A:106 [PHE] B:574 [C] A:123 [GLU] B:974 [C] ❌ 4JYZ_A:123 no longer at interface
A:46 [ALA] B:575 [C] A:71 [VAL] B:975 [C] ❌ 4JYZ_A:71 no longer at interface
A:147 [ARG] B:574 [C] A:173 [ARG] B:974 [C] ❌ 4JYZ_A:173 no longer at interface
A:428 [GLY] B:534 [C] A:453 [LYS] B:934 [1RN] ❌ 4JYZ_A:453 no longer at interface
A:121 [GLY] B:573 [A] A:140 [GLY] B:973 [G] ❌ 4JYZ_A:140 no longer at interface
A:444 [THR] B:535 [U] A:518 [PHE] B:935 [U] ❌ 4JYZ_A:518 no longer at interface
A:444 [THR] B:536 [C] A:518 [PHE] B:936 [G] ❌ 4JYZ_A:518 no longer at interface
A:427 [LEU] B:534 [C] A:452 [VAL] B:934 [1RN] ❌ 4JYZ_A:452 no longer at interface
A:320 [GLU] B:539 [G] A:337 [GLU] B:939 [A] ❌ 4JYZ_A:337 no longer at interface
A:240 [ASP] B:569 [G] A:265 [TYR] B:969 [C] ❌ 4JYZ_A:265 no longer at interface
A:176 [VAL] B:574 [C] A:188 [PRO] B:974 [C] ❌ 4JYZ_A:188 no longer at interface
A:435 [ARG] B:534 [C] A:457 [HIS] B:934 [1RN] ❌ 4JYZ_A:457 no longer at interface
A:435 [ARG] B:535 [U] A:457 [HIS] B:935 [U] ❌ 4JYZ_A:457 no longer at interface
A:113 [GLU] B:573 [A] A:130 [ARG] B:973 [G] ❌ 1G59_A:113 no longer at interface
A:143 [PRO] B:574 [C] A:169 [LYS] B:974 [C] ❌ 1G59_A:143 no longer at interface
A:144 [HIS] B:574 [C] A:170 [ALA] B:974 [C] ❌ 1G59_A:144 no longer at interface
A:169 [ASP] B:503 [C] A:181 [PRO] B:903 [G] ❌ 1G59_A:169 no longer at interface
A:170 [ASN] B:503 [C] A:182 [PHE] B:903 [G] ❌ 1G59_A:170 no longer at interface
A:170 [ASN] B:504 [C] A:182 [PHE] B:904 [G] ❌ 1G59_A:170 no longer at interface
A:171 [GLN] B:571 [U] A:183 [ILE] B:971 [C] ❌ 1G59_A:171 no longer at interface
A:213 [THR] B:504 [C] A:237 [ARG] B:904 [G] ❌ 1G59_A:213 no longer at interface
A:213 [THR] B:505 [C] A:237 [ARG] B:905 [G] ❌ 1G59_A:213 no longer at interface
A:214 [PRO] B:504 [C] A:238 [ARG] B:904 [G] ❌ 1G59_A:214 no longer at interface
A:214 [PRO] B:505 [C] A:238 [ARG] B:905 [G] ❌ 1G59_A:214 no longer at interface
A:234 [PRO] B:513 [U] A:259 [SER] B:913 [A] ❌ 1G59_A:234 no longer at interface
A:275 [PHE] B:514 [A] A:315 [VAL] B:914 [A] ❌ 1G59_A:275 no longer at interface
A:275 [PHE] B:513 [U] A:315 [VAL] B:913 [A] ❌ 1G59_A:275 no longer at interface
A:305 [PHE] B:512 [C] A:322 [ILE] B:912 [C] ❌ 1G59_A:305 no longer at interface
A:305 [PHE] B:511 [U] A:322 [ILE] B:911 [C] ❌ 1G59_A:305 no longer at interface
A:315 [GLY] B:526 [G] A:332 [ARG] B:926 [A] ❌ 1G59_A:315 no longer at interface
A:9 [SER] B:575 [C] A:34 [GLU] B:975 [C] ❌ 1G59_A:9 no longer at interface
A:331 [VAL] B:537 [A] A:341 [ARG] B:937 [2MA] ❌ 1G59_A:331 no longer at interface
A:331 [VAL] B:535 [U] A:341 [ARG] B:935 [U] ❌ 1G59_A:331 no longer at interface
A:353 [GLU] B:537 [A] A:368 [HIS] B:937 [2MA] ❌ 1G59_A:353 no longer at interface
A:354 [LEU] B:535 [U] A:369 [PRO] B:935 [U] ❌ 1G59_A:354 no longer at interface
A:355 [MET] B:537 [A] A:370 [ASN] B:937 [2MA] ❌ 1G59_A:355 no longer at interface
A:355 [MET] B:538 [A] A:370 [ASN] B:938 [PSU] ❌ 1G59_A:355 no longer at interface
A:411 [ALA] B:534 [C] A:441 [THR] B:934 [1RN] ❌ 1G59_A:411 no longer at interface
A:412 [LEU] B:534 [C] A:442 [LEU] B:934 [1RN] ❌ 1G59_A:412 no longer at interface
A:413 [GLU] B:534 [C] A:443 [SER] B:934 [1RN] ❌ 1G59_A:413 no longer at interface
A:414 [ALA] B:534 [C] A:444 [LYS] B:934 [1RN] ❌ 1G59_A:414 no longer at interface
A:416 [LEU] B:534 [C] A:445 [ASP] B:934 [1RN] ❌ 1G59_A:416 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
tRNA 0.66 3.78 0.10 0.62 0.68 0.53 0.93 0.44 0.39 0.13 0.62


Other pairs involving 1G59_A_B or 4JYZ_A_B

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4JXZ_A_B 4JYZ_A_B 0.98 1.0 0.4 0.91 HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase tRNA compare
1N78_A_C 4JYZ_A_B 0.52 0.66 3.55 0.12 tRNA compare
1G59_A_B 1ZJW_A_B 0.43 0.65 3.86 0.1 tRNA compare
1G59_A_B 1QTQ_A_B 0.44 0.65 4.08 0.11 tRNA compare
1G59_A_B 1N78_A_C 0.95 0.99 0.35 0.9 tRNA compare
1G59_A_B 4JYZ_A_B 0.44 0.66 3.78 0.1 tRNA compare
1G59_A_B 4JXZ_A_B 0.45 0.65 3.81 0.11 tRNA compare
1ZJW_A_B 4JYZ_A_B 0.98 0.99 0.42 0.85 HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase tRNA compare
1QTQ_A_B 4JYZ_A_B 0.98 0.99 0.46 0.87 HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase tRNA compare