Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 1N78_A
|
1N78_C
|
4JYZ_A
|
4JYZ_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:108 [THR] | C:574 [C] | A:125 [THR] | B:974 [C] | ✔ |
| A:445 [PRO] | C:535 [U] | A:519 [GLU] | B:935 [U] | ✔ |
| A:116 [ARG] | C:573 [A] | A:133 [ARG] | B:973 [G] | ✔ |
| A:116 [ARG] | C:574 [C] | A:133 [ARG] | B:974 [C] | ✔ |
| A:306 [ASP] | C:510 [G] | A:323 [GLU] | B:910 [G] | ✔ |
| A:306 [ASP] | C:511 [U] | A:323 [GLU] | B:911 [C] | ✔ |
| A:306 [ASP] | C:525 [C] | A:323 [GLU] | B:925 [C] | ✔ |
| A:43 [THR] | C:576 [A] | A:68 [THR] | B:976 [A] | ✔ |
| A:275 [PHE] | C:513 [U] | A:315 [VAL] | B:913 [A] | ✔ |
| A:273 [MET] | C:512 [C] | A:313 [ILE] | B:912 [C] | ✔ |
| A:273 [MET] | C:513 [U] | A:313 [ILE] | B:913 [A] | ✔ |
| A:187 [TYR] | C:576 [A] | A:211 [TYR] | B:976 [A] | ✔ |
| A:177 [VAL] | C:574 [C] | A:189 [VAL] | B:974 [C] | ✔ |
| A:446 [GLY] | C:535 [U] | A:520 [ARG] | B:935 [U] | ✔ |
| A:302 [GLY] | C:506 [C] | A:319 [ASP] | B:906 [U] | ✔ |
| A:302 [GLY] | C:512 [C] | A:319 [ASP] | B:912 [C] | ✔ |
| A:145 [VAL] | C:574 [C] | A:171 [CYS] | B:974 [C] | ✔ |
| A:107 [GLU] | C:574 [C] | A:124 [LEU] | B:974 [C] | ✔ |
| A:301 [GLY] | C:506 [C] | A:318 [GLN] | B:906 [U] | ✔ |
| A:301 [GLY] | C:507 [A] | A:318 [GLN] | B:907 [A] | ✔ |
| A:301 [GLY] | C:513 [U] | A:318 [GLN] | B:913 [A] | ✔ |
| A:299 [SER] | C:513 [U] | A:316 [THR] | B:913 [A] | ✔ |
| A:299 [SER] | C:514 [A] | A:316 [THR] | B:914 [A] | ✔ |
| A:180 [LYS] | C:574 [C] | A:192 [ARG] | B:974 [C] | ✔ |
| A:180 [LYS] | C:575 [C] | A:192 [ARG] | B:975 [C] | ✔ |
| A:180 [LYS] | C:576 [A] | A:192 [ARG] | B:976 [A] | ✔ |
| A:112 [LEU] | C:574 [C] | A:129 [ILE] | B:974 [C] | ✔ |
| A:181 [SER] | C:574 [C] | A:193 [ILE] | B:974 [C] | ✔ |
| A:188 [HIS] | C:576 [A] | A:212 [ASP] | B:976 [A] | ✔ |
| A:308 [GLU] | C:525 [C] | A:325 [ALA] | B:925 [C] | ✔ |
| A:308 [GLU] | C:526 [G] | A:325 [ALA] | B:926 [A] | ✔ |
| A:41 [GLU] | C:576 [A] | A:66 [ASP] | B:976 [A] | ✔ |
| A:303 [PRO] | C:512 [C] | A:320 [ASN] | B:912 [C] | ✔ |
| A:303 [PRO] | C:513 [U] | A:320 [ASN] | B:913 [A] | ✔ |
| A:185 [PRO] | C:576 [A] | A:209 [PRO] | B:976 [A] | ✔ |
| A:309 [LYS] | C:525 [C] | A:326 [SER] | B:925 [C] | ✔ |
| A:210 [LEU] | C:504 [C] | A:234 [GLN] | B:904 [G] | ✔ |
| A:210 [LEU] | C:505 [C] | A:234 [GLN] | B:905 [G] | ✔ |
| A:432 [GLN] | C:534 [C] | A:455 [VAL] | B:934 [1RN] | ✔ |
| A:432 [GLN] | C:535 [U] | A:455 [VAL] | B:935 [U] | ✔ |
| A:186 [THR] | C:574 [C] | A:210 [MET] | B:974 [C] | ✔ |
| A:186 [THR] | C:575 [C] | A:210 [MET] | B:975 [C] | ✔ |
| A:186 [THR] | C:576 [A] | A:210 [MET] | B:976 [A] | ✔ |
| A:304 [VAL] | C:511 [U] | A:321 [THR] | B:911 [C] | ✔ |
| A:304 [VAL] | C:512 [C] | A:321 [THR] | B:912 [C] | ✔ |
| A:109 [PRO] | C:574 [C] | A:126 [PRO] | B:974 [C] | ✔ |
| A:212 [SER] | C:576 [A] | A:236 [ASN] | B:976 [A] | ✔ |
| A:211 [VAL] | C:503 [C] | A:235 [ASP] | B:903 [G] | ✔ |
| A:211 [VAL] | C:504 [C] | A:235 [ASP] | B:904 [G] | ✔ |
| A:211 [VAL] | C:570 [G] | A:235 [ASP] | B:970 [C] | ✔ |
| A:211 [VAL] | C:571 [U] | A:235 [ASP] | B:971 [C] | ✔ |
| A:207 [GLU] | C:505 [C] | A:231 [LEU] | B:905 [G] | ✔ |
| A:312 [TRP] | C:525 [C] | A:329 [SER] | B:925 [C] | ✔ |
| A:312 [TRP] | C:526 [G] | A:329 [SER] | B:926 [A] | ✔ |
| A:274 [GLY] | C:512 [C] | A:314 [GLY] | B:912 [C] | ✔ |
| A:274 [GLY] | C:513 [U] | A:314 [GLY] | B:913 [A] | ✔ |
| A:9 [SER] | C:576 [A] | A:34 [GLU] | B:976 [A] | ✔ |
| A:47 [ARG] | C:575 [C] | A:72 [LYS] | B:975 [C] | ✔ |
| A:182 [ASP] | C:574 [C] | A:194 [LYS] | B:974 [C] | ✔ |
| A:208 [GLU] | C:570 [G] | A:232 [GLU] | B:970 [C] | ✔ |
| A:208 [GLU] | C:576 [A] | A:232 [GLU] | B:976 [A] | ✔ |
| A:209 [TRP] | C:576 [A] | A:233 [PHE] | B:976 [A] | ✔ |
| A:44 [ASP] | C:575 [C] | A:69 [ASN] | B:975 [C] | ✔ |
| A:44 [ASP] | C:576 [A] | A:69 [ASN] | B:976 [A] | ✔ |
| A:319 [ARG] | C:538 [A] | A:336 [ASN] | B:938 [PSU] | ✔ |
| A:319 [ARG] | C:539 [G] | A:336 [ASN] | B:939 [A] | ✔ |
| A:443 [GLU] | C:535 [U] | A:517 [GLN] | B:935 [U] | ✔ |
| A:300 [LEU] | C:506 [C] | A:317 [LYS] | B:906 [U] | ✔ |
| A:272 [LEU] | C:512 [C] | A:312 [ARG] | B:912 [C] | ✔ |
| A:431 [ALA] | C:534 [C] | A:454 [GLY] | B:934 [1RN] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:177 [VAL] | C:573 [A] | A:189 [VAL] | B:973 [G] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:446 [GLY] | C:534 [C] | A:520 [ARG] | B:934 [1RN] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:172 [GLU] | C:503 [C] | A:184 [VAL] | B:903 [G] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:172 [GLU] | C:504 [C] | A:184 [VAL] | B:904 [G] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:309 [LYS] | C:512 [C] | A:326 [SER] | B:912 [C] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:309 [LYS] | C:523 [G] | A:326 [SER] | B:923 [G] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:309 [LYS] | C:524 [A] | A:326 [SER] | B:924 [G] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:316 [LYS] | C:539 [G] | A:333 [GLU] | B:939 [A] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:207 [GLU] | C:506 [C] | A:231 [LEU] | B:906 [U] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:207 [GLU] | C:569 [G] | A:231 [LEU] | B:969 [C] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:207 [GLU] | C:570 [G] | A:231 [LEU] | B:970 [C] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:312 [TRP] | C:524 [A] | A:329 [SER] | B:924 [G] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:47 [ARG] | C:576 [A] | A:72 [LYS] | B:976 [A] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:208 [GLU] | C:571 [U] | A:232 [GLU] | B:971 [C] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:209 [TRP] | C:570 [G] | A:233 [PHE] | B:970 [C] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:443 [GLU] | C:536 [C] | A:517 [GLN] | B:936 [G] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:272 [LEU] | C:513 [U] | A:312 [ARG] | B:913 [A] | ❌ 4JYZ_A_B |
| A:172 [GLU] | C:571 [U] | A:184 [VAL] | B:971 [C] | ❌ 1N78_A_C |
| A:182 [ASP] | C:575 [C] | A:194 [LYS] | B:975 [C] | ❌ 1N78_A_C |
| A:186 [THR] | C:573 [A] | A:210 [MET] | B:973 [G] | ❌ 1N78_A_C |
| A:272 [LEU] | C:523 [G] | A:312 [ARG] | B:923 [G] | ❌ 1N78_A_C |
| A:272 [LEU] | C:524 [A] | A:312 [ARG] | B:924 [G] | ❌ 1N78_A_C |
| A:272 [LEU] | C:525 [C] | A:312 [ARG] | B:925 [C] | ❌ 1N78_A_C |
| A:275 [PHE] | C:514 [A] | A:315 [VAL] | B:914 [A] | ❌ 1N78_A_C |
| A:300 [LEU] | C:505 [C] | A:317 [LYS] | B:905 [G] | ❌ 1N78_A_C |
| A:301 [GLY] | C:514 [A] | A:318 [GLN] | B:914 [A] | ❌ 1N78_A_C |
| A:302 [GLY] | C:513 [U] | A:319 [ASP] | B:913 [A] | ❌ 1N78_A_C |
| A:302 [GLY] | C:569 [G] | A:319 [ASP] | B:969 [C] | ❌ 1N78_A_C |
| A:306 [ASP] | C:526 [G] | A:323 [GLU] | B:926 [A] | ❌ 1N78_A_C |
| A:316 [LYS] | C:525 [C] | A:333 [GLU] | B:925 [C] | ❌ 1N78_A_C |
| A:319 [ARG] | C:537 [A] | A:336 [ASN] | B:937 [2MA] | ❌ 1N78_A_C |
| A:9 [SER] | C:575 [C] | A:34 [GLU] | B:975 [C] | ❌ 1N78_A_C |
| A:431 [ALA] | C:536 [C] | A:454 [GLY] | B:936 [G] | ❌ 1N78_A_C |
| A:432 [GLN] | C:536 [C] | A:455 [VAL] | B:936 [G] | ❌ 1N78_A_C |
| A:443 [GLU] | C:537 [A] | A:517 [GLN] | B:937 [2MA] | ❌ 1N78_A_C |
| A:446 [GLY] | C:536 [C] | A:520 [ARG] | B:936 [G] | ❌ 1N78_A_C |
| A:43 [THR] | C:575 [C] | A:68 [THR] | B:975 [C] | ❌ 1N78_A_C |
| A:417 [ARG] | C:533 [U] | A:446 [PRO] | B:933 [U] | ❌ 4JYZ_A:446, 4JYZ_B:933 no longer at interface |
| A:237 [ARG] | C:568 [G] | A:262 [ASN] | B:968 [C] | ❌ 4JYZ_A:262, 4JYZ_B:968 no longer at interface |
| A:113 [GLU] | C:572 [C] | A:130 [ARG] | B:972 [A] | ❌ 1N78_A:113, 1N78_C:572 no longer at interface |
| A:116 [ARG] | C:572 [C] | A:133 [ARG] | B:972 [A] | ❌ 1N78_C:572 no longer at interface |
| A:117 [LYS] | C:572 [C] | A:134 [GLY] | B:972 [A] | ❌ 1N78_A:117, 1N78_C:572 no longer at interface |
| A:118 [GLU] | C:572 [C] | A:135 [THR] | B:972 [A] | ❌ 1N78_A:118, 1N78_C:572 no longer at interface |
| A:169 [ASP] | C:502 [G] | A:181 [PRO] | B:902 [G] | ❌ 1N78_A:169, 1N78_C:502 no longer at interface |
| A:171 [GLN] | C:572 [C] | A:183 [ILE] | B:972 [A] | ❌ 1N78_A:171, 1N78_C:572 no longer at interface |
| A:171 [GLN] | C:502 [G] | A:183 [ILE] | B:902 [G] | ❌ 1N78_A:171, 1N78_C:502 no longer at interface |
| A:301 [GLY] | C:508 [U] | A:318 [GLN] | B:908 [4SU] | ❌ 1N78_C:508 no longer at interface |
| A:235 [LEU] | C:570 [G] | A:260 [ARG] | B:970 [C] | ❌ 4JYZ_A:260 no longer at interface |
| A:243 [LYS] | C:569 [G] | A:267 [VAL] | B:969 [C] | ❌ 4JYZ_A:267 no longer at interface |
| A:243 [LYS] | C:570 [G] | A:267 [VAL] | B:970 [C] | ❌ 4JYZ_A:267 no longer at interface |
| A:243 [LYS] | C:571 [U] | A:267 [VAL] | B:971 [C] | ❌ 4JYZ_A:267 no longer at interface |
| A:242 [THR] | C:569 [G] | A:266 [THR] | B:969 [C] | ❌ 4JYZ_A:266 no longer at interface |
| A:242 [THR] | C:570 [G] | A:266 [THR] | B:970 [C] | ❌ 4JYZ_A:266 no longer at interface |
| A:417 [ARG] | C:534 [C] | A:446 [PRO] | B:934 [1RN] | ❌ 4JYZ_A:446 no longer at interface |
| A:237 [ARG] | C:569 [G] | A:262 [ASN] | B:969 [C] | ❌ 4JYZ_A:262 no longer at interface |
| A:168 [TYR] | C:503 [C] | A:180 [SER] | B:903 [G] | ❌ 4JYZ_A:180 no longer at interface |
| A:168 [TYR] | C:504 [C] | A:180 [SER] | B:904 [G] | ❌ 4JYZ_A:180 no longer at interface |
| A:147 [ARG] | C:574 [C] | A:173 [ARG] | B:974 [C] | ❌ 4JYZ_A:173 no longer at interface |
| A:428 [GLY] | C:534 [C] | A:453 [LYS] | B:934 [1RN] | ❌ 4JYZ_A:453 no longer at interface |
| A:121 [GLY] | C:573 [A] | A:140 [GLY] | B:973 [G] | ❌ 4JYZ_A:140 no longer at interface |
| A:444 [THR] | C:535 [U] | A:518 [PHE] | B:935 [U] | ❌ 4JYZ_A:518 no longer at interface |
| A:444 [THR] | C:536 [C] | A:518 [PHE] | B:936 [G] | ❌ 4JYZ_A:518 no longer at interface |
| A:427 [LEU] | C:534 [C] | A:452 [VAL] | B:934 [1RN] | ❌ 4JYZ_A:452 no longer at interface |
| A:320 [GLU] | C:539 [G] | A:337 [GLU] | B:939 [A] | ❌ 4JYZ_A:337 no longer at interface |
| A:240 [ASP] | C:569 [G] | A:265 [TYR] | B:969 [C] | ❌ 4JYZ_A:265 no longer at interface |
| A:435 [ARG] | C:534 [C] | A:457 [HIS] | B:934 [1RN] | ❌ 4JYZ_A:457 no longer at interface |
| A:435 [ARG] | C:535 [U] | A:457 [HIS] | B:935 [U] | ❌ 4JYZ_A:457 no longer at interface |
| A:113 [GLU] | C:573 [A] | A:130 [ARG] | B:973 [G] | ❌ 1N78_A:113 no longer at interface |
| A:143 [PRO] | C:574 [C] | A:169 [LYS] | B:974 [C] | ❌ 1N78_A:143 no longer at interface |
| A:144 [HIS] | C:574 [C] | A:170 [ALA] | B:974 [C] | ❌ 1N78_A:144 no longer at interface |
| A:169 [ASP] | C:503 [C] | A:181 [PRO] | B:903 [G] | ❌ 1N78_A:169 no longer at interface |
| A:170 [ASN] | C:503 [C] | A:182 [PHE] | B:903 [G] | ❌ 1N78_A:170 no longer at interface |
| A:170 [ASN] | C:504 [C] | A:182 [PHE] | B:904 [G] | ❌ 1N78_A:170 no longer at interface |
| A:171 [GLN] | C:571 [U] | A:183 [ILE] | B:971 [C] | ❌ 1N78_A:171 no longer at interface |
| A:213 [THR] | C:504 [C] | A:237 [ARG] | B:904 [G] | ❌ 1N78_A:213 no longer at interface |
| A:213 [THR] | C:505 [C] | A:237 [ARG] | B:905 [G] | ❌ 1N78_A:213 no longer at interface |
| A:214 [PRO] | C:504 [C] | A:238 [ARG] | B:904 [G] | ❌ 1N78_A:214 no longer at interface |
| A:214 [PRO] | C:505 [C] | A:238 [ARG] | B:905 [G] | ❌ 1N78_A:214 no longer at interface |
| A:234 [PRO] | C:513 [U] | A:259 [SER] | B:913 [A] | ❌ 1N78_A:234 no longer at interface |
| A:305 [PHE] | C:512 [C] | A:322 [ILE] | B:912 [C] | ❌ 1N78_A:305 no longer at interface |
| A:305 [PHE] | C:511 [U] | A:322 [ILE] | B:911 [C] | ❌ 1N78_A:305 no longer at interface |
| A:315 [GLY] | C:526 [G] | A:332 [ARG] | B:926 [A] | ❌ 1N78_A:315 no longer at interface |
| A:331 [VAL] | C:537 [A] | A:341 [ARG] | B:937 [2MA] | ❌ 1N78_A:331 no longer at interface |
| A:331 [VAL] | C:535 [U] | A:341 [ARG] | B:935 [U] | ❌ 1N78_A:331 no longer at interface |
| A:353 [GLU] | C:537 [A] | A:368 [HIS] | B:937 [2MA] | ❌ 1N78_A:353 no longer at interface |
| A:354 [LEU] | C:535 [U] | A:369 [PRO] | B:935 [U] | ❌ 1N78_A:354 no longer at interface |
| A:355 [MET] | C:537 [A] | A:370 [ASN] | B:937 [2MA] | ❌ 1N78_A:355 no longer at interface |
| A:355 [MET] | C:538 [A] | A:370 [ASN] | B:938 [PSU] | ❌ 1N78_A:355 no longer at interface |
| A:411 [ALA] | C:534 [C] | A:441 [THR] | B:934 [1RN] | ❌ 1N78_A:411 no longer at interface |
| A:412 [LEU] | C:534 [C] | A:442 [LEU] | B:934 [1RN] | ❌ 1N78_A:412 no longer at interface |
| A:413 [GLU] | C:534 [C] | A:443 [SER] | B:934 [1RN] | ❌ 1N78_A:413 no longer at interface |
| A:414 [ALA] | C:534 [C] | A:444 [LYS] | B:934 [1RN] | ❌ 1N78_A:414 no longer at interface |
| A:416 [LEU] | C:534 [C] | A:445 [ASP] | B:934 [1RN] | ❌ 1N78_A:416 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| tRNA | 0.66 | 3.55 | 0.12 | 0.62 | 0.7 | 0.62 | 0.93 | 0.52 | 0.47 | 0.18 | 0.60 |
Other pairs involving 1N78_A_C or 4JYZ_A_B
Total number of entries: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4JXZ_A_B | 4JYZ_A_B | 0.98 | 1.0 | 0.4 | 0.91 | HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase | tRNA | compare |
| 1N78_A_C | 1QTQ_A_B | 0.55 | 0.65 | 3.78 | 0.13 | tRNA | compare | |
| 1N78_A_C | 4JYZ_A_B | 0.52 | 0.66 | 3.55 | 0.12 | tRNA | compare | |
| 1N78_A_C | 4JXZ_A_B | 0.53 | 0.65 | 3.61 | 0.13 | tRNA | compare | |
| 1N78_A_C | 1ZJW_A_B | 0.54 | 0.65 | 3.61 | 0.12 | tRNA | compare | |
| 1G59_A_B | 1N78_A_C | 0.95 | 0.99 | 0.35 | 0.9 | tRNA | compare | |
| 1G59_A_B | 4JYZ_A_B | 0.44 | 0.66 | 3.78 | 0.1 | tRNA | compare | |
| 1ZJW_A_B | 4JYZ_A_B | 0.98 | 0.99 | 0.42 | 0.85 | HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase | tRNA | compare |
| 1QTQ_A_B | 4JYZ_A_B | 0.98 | 0.99 | 0.46 | 0.87 | HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase | tRNA | compare |