RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group89 > 1ZJW_A_B vs 4JYZ_A_B

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

1ZJW_A
1ZJW_B
4JYZ_A
4JYZ_B
Conserved?
A:211 [TYR] B:976 [A] A:211 [TYR] B:976 [A] ✔
A:9 [ASN] B:914 [A] A:9 [ASN] B:914 [A] ✔
A:134 [GLY] B:972 [A] A:134 [GLY] B:972 [A] ✔
A:8 [THR] B:914 [A] A:8 [THR] B:914 [A] ✔
A:8 [THR] B:915 [G] A:8 [THR] B:915 [G] ✔
A:314 [GLY] B:912 [C] A:314 [GLY] B:912 [C] ✔
A:314 [GLY] B:913 [A] A:314 [GLY] B:913 [A] ✔
A:399 [GLN] B:936 [G] A:399 [GLN] B:936 [G] ✔
A:171 [CYS] B:974 [C] A:171 [CYS] B:974 [C] ✔
A:181 [PRO] B:902 [G] A:181 [PRO] B:902 [G] ✔
A:181 [PRO] B:903 [G] A:181 [PRO] B:903 [G] ✔
A:168 [GLY] B:974 [C] A:168 [GLY] B:974 [C] ✔
A:233 [PHE] B:976 [A] A:233 [PHE] B:976 [A] ✔
A:455 [VAL] B:934 [C] A:455 [VAL] B:934 [1RN] ✔
A:455 [VAL] B:935 [U] A:455 [VAL] B:935 [U] ✔
A:455 [VAL] B:936 [G] A:455 [VAL] B:936 [G] ✔
A:135 [THR] B:972 [A] A:135 [THR] B:972 [A] ✔
A:317 [LYS] B:905 [G] A:317 [LYS] B:905 [G] ✔
A:317 [LYS] B:906 [U] A:317 [LYS] B:906 [U] ✔
A:209 [PRO] B:976 [A] A:209 [PRO] B:976 [A] ✔
A:325 [ALA] B:925 [C] A:325 [ALA] B:925 [C] ✔
A:325 [ALA] B:926 [A] A:325 [ALA] B:926 [A] ✔
A:182 [PHE] B:903 [G] A:182 [PHE] B:903 [G] ✔
A:182 [PHE] B:904 [G] A:182 [PHE] B:904 [G] ✔
A:400 [TYR] B:936 [G] A:400 [TYR] B:936 [G] ✔
A:126 [PRO] B:974 [C] A:126 [PRO] B:974 [C] ✔
A:183 [ILE] B:902 [G] A:183 [ILE] B:902 [G] ✔
A:183 [ILE] B:971 [C] A:183 [ILE] B:971 [C] ✔
A:183 [ILE] B:972 [A] A:183 [ILE] B:972 [A] ✔
A:316 [THR] B:913 [A] A:316 [THR] B:913 [A] ✔
A:316 [THR] B:914 [A] A:316 [THR] B:914 [A] ✔
A:125 [THR] B:974 [C] A:125 [THR] B:974 [C] ✔
A:235 [ASP] B:903 [G] A:235 [ASP] B:903 [G] ✔
A:235 [ASP] B:904 [G] A:235 [ASP] B:904 [G] ✔
A:235 [ASP] B:970 [C] A:235 [ASP] B:970 [C] ✔
A:235 [ASP] B:971 [C] A:235 [ASP] B:971 [C] ✔
A:129 [ILE] B:974 [C] A:129 [ILE] B:974 [C] ✔
A:66 [ASP] B:976 [A] A:66 [ASP] B:976 [A] ✔
A:315 [VAL] B:914 [A] A:315 [VAL] B:914 [A] ✔
A:413 [ASN] B:934 [C] A:413 [ASN] B:934 [1RN] ✔
A:547 [THR] B:936 [G] A:547 [THR] B:936 [G] ✔
A:547 [THR] B:937 [A] A:547 [THR] B:937 [2MA] ✔
A:238 [ARG] B:904 [G] A:238 [ARG] B:904 [G] ✔
A:238 [ARG] B:905 [G] A:238 [ARG] B:905 [G] ✔
A:520 [ARG] B:935 [U] A:520 [ARG] B:935 [U] ✔
A:520 [ARG] B:936 [G] A:520 [ARG] B:936 [G] ✔
A:237 [ARG] B:904 [G] A:237 [ARG] B:904 [G] ✔
A:237 [ARG] B:905 [G] A:237 [ARG] B:905 [G] ✔
A:546 [ASP] B:936 [G] A:546 [ASP] B:936 [G] ✔
A:169 [LYS] B:974 [C] A:169 [LYS] B:974 [C] ✔
A:401 [LYS] B:936 [G] A:401 [LYS] B:936 [G] ✔
A:72 [LYS] B:975 [C] A:72 [LYS] B:975 [C] ✔
A:236 [ASN] B:976 [A] A:236 [ASN] B:976 [A] ✔
A:517 [GLN] B:935 [U] A:517 [GLN] B:935 [U] ✔
A:517 [GLN] B:937 [A] A:517 [GLN] B:937 [2MA] ✔
A:133 [ARG] B:972 [A] A:133 [ARG] B:972 [A] ✔
A:133 [ARG] B:973 [G] A:133 [ARG] B:973 [G] ✔
A:133 [ARG] B:974 [C] A:133 [ARG] B:974 [C] ✔
A:523 [TYR] B:937 [A] A:523 [TYR] B:937 [2MA] ✔
A:519 [GLU] B:935 [U] A:519 [GLU] B:935 [U] ✔
A:329 [SER] B:925 [C] A:329 [SER] B:925 [C] ✔
A:329 [SER] B:926 [A] A:329 [SER] B:926 [A] ✔
A:341 [ARG] B:935 [U] A:341 [ARG] B:935 [U] ✔
A:412 [ARG] B:934 [C] A:412 [ARG] B:934 [1RN] ✔
A:412 [ARG] B:935 [U] A:412 [ARG] B:935 [U] ✔
A:313 [ILE] B:912 [C] A:313 [ILE] B:912 [C] ✔
A:313 [ILE] B:913 [A] A:313 [ILE] B:913 [A] ✔
A:402 [ARG] B:936 [G] A:402 [ARG] B:936 [G] ✔
A:410 [ARG] B:934 [C] A:410 [ARG] B:934 [1RN] ✔
A:369 [PRO] B:935 [U] A:369 [PRO] B:935 [U] ✔
A:370 [ASN] B:937 [A] A:370 [ASN] B:937 [2MA] ✔
A:370 [ASN] B:938 [U] A:370 [ASN] B:938 [PSU] ✔
A:319 [ASP] B:906 [U] A:319 [ASP] B:906 [U] ✔
A:319 [ASP] B:912 [C] A:319 [ASP] B:912 [C] ✔
A:319 [ASP] B:969 [C] A:319 [ASP] B:969 [C] ✔
A:545 [ARG] B:927 [C] A:545 [ARG] B:927 [C] ✔
A:545 [ARG] B:928 [C] A:545 [ARG] B:928 [C] ✔
A:545 [ARG] B:937 [A] A:545 [ARG] B:937 [2MA] ✔
A:545 [ARG] B:938 [U] A:545 [ARG] B:938 [PSU] ✔
A:192 [ARG] B:974 [C] A:192 [ARG] B:974 [C] ✔
A:192 [ARG] B:975 [C] A:192 [ARG] B:975 [C] ✔
A:192 [ARG] B:976 [A] A:192 [ARG] B:976 [A] ✔
A:336 [ASN] B:937 [A] A:336 [ASN] B:937 [2MA] ✔
A:336 [ASN] B:938 [U] A:336 [ASN] B:938 [PSU] ✔
A:336 [ASN] B:939 [U] A:336 [ASN] B:939 [A] ✔
A:322 [ILE] B:911 [C] A:322 [ILE] B:911 [C] ✔
A:322 [ILE] B:912 [C] A:322 [ILE] B:912 [C] ✔
A:68 [THR] B:975 [C] A:68 [THR] B:975 [C] ✔
A:68 [THR] B:976 [A] A:68 [THR] B:976 [A] ✔
A:34 [GLU] B:975 [C] A:34 [GLU] B:975 [C] ✔
A:34 [GLU] B:976 [A] A:34 [GLU] B:976 [A] ✔
A:411 [LEU] B:934 [C] A:411 [LEU] B:934 [1RN] ✔
A:321 [THR] B:911 [C] A:321 [THR] B:911 [C] ✔
A:321 [THR] B:912 [C] A:321 [THR] B:912 [C] ✔
A:259 [SER] B:913 [A] A:259 [SER] B:913 [A] ✔
A:442 [LEU] B:934 [C] A:442 [LEU] B:934 [1RN] ✔
A:414 [ALA] B:934 [C] A:414 [ALA] B:934 [1RN] ✔
A:232 [GLU] B:970 [C] A:232 [GLU] B:970 [C] ✔
A:232 [GLU] B:976 [A] A:232 [GLU] B:976 [A] ✔
A:13 [GLN] B:915 [G] A:13 [GLN] B:915 [G] ✔
A:13 [GLN] B:916 [C] A:13 [GLN] B:916 [C] ✔
A:323 [GLU] B:910 [G] A:323 [GLU] B:910 [G] ✔
A:323 [GLU] B:911 [C] A:323 [GLU] B:911 [C] ✔
A:323 [GLU] B:925 [C] A:323 [GLU] B:925 [C] ✔
A:323 [GLU] B:926 [A] A:323 [GLU] B:926 [A] ✔
A:212 [ASP] B:976 [A] A:212 [ASP] B:976 [A] ✔
A:10 [PHE] B:914 [A] A:10 [PHE] B:914 [A] ✔
A:170 [ALA] B:974 [C] A:170 [ALA] B:974 [C] ✔
A:69 [ASN] B:975 [C] A:69 [ASN] B:975 [C] ✔
A:69 [ASN] B:976 [A] A:69 [ASN] B:976 [A] ✔
A:332 [ARG] B:926 [A] A:332 [ARG] B:926 [A] ✔
A:544 [LEU] B:935 [U] A:544 [LEU] B:935 [U] ✔
A:544 [LEU] B:937 [A] A:544 [LEU] B:937 [2MA] ✔
A:234 [GLN] B:904 [G] A:234 [GLN] B:904 [G] ✔
A:234 [GLN] B:905 [G] A:234 [GLN] B:905 [G] ✔
A:184 [VAL] B:971 [C] A:184 [VAL] B:971 [C] ✔
A:189 [VAL] B:974 [C] A:189 [VAL] B:974 [C] ✔
A:130 [ARG] B:972 [A] A:130 [ARG] B:972 [A] ✔
A:130 [ARG] B:973 [G] A:130 [ARG] B:973 [G] ✔
A:136 [LEU] B:902 [G] A:136 [LEU] B:902 [G] ✔
A:136 [LEU] B:971 [C] A:136 [LEU] B:971 [C] ✔
A:136 [LEU] B:972 [A] A:136 [LEU] B:972 [A] ✔
A:194 [LYS] B:974 [C] A:194 [LYS] B:974 [C] ✔
A:194 [LYS] B:975 [C] A:194 [LYS] B:975 [C] ✔
A:312 [ARG] B:912 [C] A:312 [ARG] B:912 [C] ✔
A:312 [ARG] B:923 [G] A:312 [ARG] B:923 [G] ✔
A:312 [ARG] B:924 [G] A:312 [ARG] B:924 [G] ✔
A:312 [ARG] B:925 [C] A:312 [ARG] B:925 [C] ✔
A:318 [GLN] B:906 [U] A:318 [GLN] B:906 [U] ✔
A:318 [GLN] B:907 [A] A:318 [GLN] B:907 [A] ✔
A:318 [GLN] B:908 [U] A:318 [GLN] B:908 [4SU] ✔
A:318 [GLN] B:913 [A] A:318 [GLN] B:913 [A] ✔
A:231 [LEU] B:905 [G] A:231 [LEU] B:905 [G] ✔
A:326 [SER] B:925 [C] A:326 [SER] B:925 [C] ✔
A:137 [THR] B:902 [G] A:137 [THR] B:902 [G] ✔
A:193 [ILE] B:974 [C] A:193 [ILE] B:974 [C] ✔
A:124 [LEU] B:974 [C] A:124 [LEU] B:974 [C] ✔
A:320 [ASN] B:912 [C] A:320 [ASN] B:912 [C] ✔
A:320 [ASN] B:913 [A] A:320 [ASN] B:913 [A] ✔
A:210 [MET] B:973 [G] A:210 [MET] B:973 [G] ✔
A:210 [MET] B:974 [C] A:210 [MET] B:974 [C] ✔
A:210 [MET] B:975 [C] A:210 [MET] B:975 [C] ✔
A:210 [MET] B:976 [A] A:210 [MET] B:976 [A] ✔
A:368 [HIS] B:935 [U] A:368 [HIS] B:935 [U] ❌ 4JYZ_A_B
A:401 [LYS] B:935 [U] A:401 [LYS] B:935 [U] ❌ 4JYZ_A_B
A:370 [ASN] B:935 [U] A:370 [ASN] B:935 [U] ❌ 4JYZ_A_B
A:370 [ASN] B:939 [U] A:370 [ASN] B:939 [A] ❌ 4JYZ_A_B
A:319 [ASP] B:905 [G] A:319 [ASP] B:905 [G] ❌ 4JYZ_A_B
A:545 [ARG] B:926 [A] A:545 [ARG] B:926 [A] ❌ 4JYZ_A_B
A:315 [VAL] B:913 [A] A:315 [VAL] B:913 [A] ❌ 1ZJW_A_B
A:318 [GLN] B:914 [A] A:318 [GLN] B:914 [A] ❌ 1ZJW_A_B
A:319 [ASP] B:913 [A] A:319 [ASP] B:913 [A] ❌ 1ZJW_A_B
A:341 [ARG] B:937 [A] A:341 [ARG] B:937 [2MA] ❌ 1ZJW_A_B
A:368 [HIS] B:937 [A] A:368 [HIS] B:937 [2MA] ❌ 1ZJW_A_B
A:545 [ARG] B:936 [G] A:545 [ARG] B:936 [G] ❌ 1ZJW_A_B
A:333 [GLU] B:925 [C] A:333 [GLU] B:925 [C] ❌ 1ZJW_A:333 no longer at interface
A:441 [THR] B:934 [C] A:441 [THR] B:934 [1RN] ❌ 1ZJW_A:441 no longer at interface
A:454 [GLY] B:936 [G] A:454 [GLY] B:936 [G] ❌ 1ZJW_A:454 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase tRNA 0.99 0.42 0.85 1.0 0.94 0.99 1.0 0.98 0.95 0.80 0.20


Other pairs involving 1ZJW_A_B or 4JYZ_A_B

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1G59_A_B 1ZJW_A_B 0.43 0.65 3.86 0.1 tRNA compare
1G59_A_B 4JYZ_A_B 0.44 0.66 3.78 0.1 tRNA compare
1N78_A_C 4JYZ_A_B 0.52 0.66 3.55 0.12 tRNA compare
1N78_A_C 1ZJW_A_B 0.54 0.65 3.61 0.12 tRNA compare
1QTQ_A_B 4JYZ_A_B 0.98 0.99 0.46 0.87 HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase tRNA compare
1QTQ_A_B 1ZJW_A_B 0.98 1.0 0.27 0.96 HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase tRNA compare
1ZJW_A_B 4JXZ_A_B 0.98 0.99 0.35 0.94 HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase tRNA compare
1ZJW_A_B 4JYZ_A_B 0.98 0.99 0.42 0.85 HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase tRNA compare
4JXZ_A_B 4JYZ_A_B 0.98 1.0 0.4 0.91 HUP domains & Ribosomal protein L25-like & Zn-binding domain in glutaminyl-tRNA synthetase tRNA compare