RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group9 > 3TS2_A_U vs 5UDZ_A_V

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

3TS2_A
3TS2_U
5UDZ_A
5UDZ_V
Conserved?
A:50 [ARG] U:9 [U] A:50 [ARG] V:8 [U] ✔
A:50 [ARG] U:15 [C] A:50 [ARG] V:14 [U] ✔
A:50 [ARG] U:16 [A] A:50 [ARG] V:15 [A] ✔
A:45 [LYS] U:12 [U] A:45 [LYS] V:11 [U] ✔
A:100 [SER] U:11 [A] A:100 [SER] V:10 [A] ✔
A:47 [PHE] U:15 [C] A:47 [PHE] V:14 [U] ✔
A:84 [PHE] U:7 [U] A:84 [PHE] V:6 [A] ✔
A:84 [PHE] U:8 [A] A:84 [PHE] V:7 [G] ✔
A:71 [ASP] U:12 [U] A:71 [ASP] V:11 [U] ✔
A:53 [PHE] U:9 [U] A:53 [PHE] V:8 [U] ✔
A:53 [PHE] U:10 [G] A:53 [PHE] V:9 [G] ✔
A:53 [PHE] U:11 [A] A:53 [PHE] V:10 [A] ✔
A:76 [GLN] U:8 [A] A:76 [GLN] V:7 [G] ✔
A:105 [GLU] U:10 [G] A:105 [GLU] V:9 [G] ✔
A:105 [GLU] U:11 [A] A:105 [GLU] V:10 [A] ✔
A:46 [TRP] U:12 [U] A:46 [TRP] V:11 [U] ✔
A:46 [TRP] U:13 [A] A:46 [TRP] V:12 [U] ✔
A:77 [SER] U:10 [G] A:77 [SER] V:9 [G] ✔
A:52 [GLY] U:9 [U] A:52 [GLY] V:8 [U] ✔
A:48 [ASN] U:14 [C] A:48 [ASN] V:13 [U] ✔
A:48 [ASN] U:15 [C] A:48 [ASN] V:14 [U] ✔
A:85 [ARG] U:8 [A] A:85 [ARG] V:7 [G] ✔
A:83 [GLY] U:8 [A] A:83 [GLY] V:7 [G] ✔
A:78 [LYS] U:10 [G] A:78 [LYS] V:9 [G] ✔
A:103 [GLY] U:11 [A] A:103 [GLY] V:10 [A] ✔
A:51 [MET] U:9 [U] A:51 [MET] V:8 [U] ✔
A:51 [MET] U:10 [G] A:51 [MET] V:9 [G] ✔
A:49 [VAL] U:15 [C] A:49 [VAL] V:14 [U] ✔
A:73 [PHE] U:10 [G] A:73 [PHE] V:9 [G] ✔
A:73 [PHE] U:11 [A] A:73 [PHE] V:10 [A] ✔
A:75 [HIS] U:10 [G] A:75 [HIS] V:9 [G] ✔
A:122 [ARG] U:6 [C] A:122 [ARG] V:5 [U] ✔
A:122 [ARG] U:15 [C] A:122 [ARG] V:14 [U] ✔
A:104 [LEU] U:11 [A] A:104 [LEU] V:10 [A] ✔
A:55 [PHE] U:11 [A] A:55 [PHE] V:10 [A] ✔
A:55 [PHE] U:12 [U] A:55 [PHE] V:11 [U] ✔
A:102 [LYS] U:10 [G] A:102 [LYS] V:9 [G] ✔
A:102 [LYS] U:11 [A] A:102 [LYS] V:10 [A] ✔
A:50 [ARG] U:6 [C] A:50 [ARG] V:5 [U] ❌ 5UDZ_A_V
A:47 [PHE] U:13 [A] A:47 [PHE] V:12 [U] ❌ 5UDZ_A_V
A:53 [PHE] U:13 [A] A:53 [PHE] V:12 [U] ❌ 5UDZ_A_V
A:76 [GLN] U:10 [G] A:76 [GLN] V:9 [G] ❌ 5UDZ_A_V
A:52 [GLY] U:10 [G] A:52 [GLY] V:9 [G] ❌ 5UDZ_A_V
A:48 [ASN] U:13 [A] A:48 [ASN] V:12 [U] ❌ 5UDZ_A_V
A:83 [GLY] U:7 [U] A:83 [GLY] V:6 [A] ❌ 5UDZ_A_V
A:51 [MET] U:13 [A] A:51 [MET] V:12 [U] ❌ 5UDZ_A_V
A:51 [MET] U:15 [C] A:51 [MET] V:14 [U] ❌ 5UDZ_A_V
A:122 [ARG] U:16 [A] A:122 [ARG] V:15 [A] ❌ 3TS2_A_U
A:45 [LYS] U:13 [A] A:45 [LYS] V:12 [U] ❌ 3TS2_A_U
A:46 [TRP] U:14 [C] A:46 [TRP] V:13 [U] ❌ 3TS2_A_U
A:47 [PHE] U:8 [A] A:47 [PHE] V:7 [G] ❌ 3TS2_A_U
A:47 [PHE] U:14 [C] A:47 [PHE] V:13 [U] ❌ 3TS2_A_U
A:49 [VAL] U:7 [U] A:49 [VAL] V:6 [A] ❌ 3TS2_A_U
A:49 [VAL] U:8 [A] A:49 [VAL] V:7 [G] ❌ 3TS2_A_U
A:50 [ARG] U:8 [A] A:50 [ARG] V:7 [G] ❌ 3TS2_A_U
A:51 [MET] U:8 [A] A:51 [MET] V:7 [G] ❌ 3TS2_A_U
A:52 [GLY] U:8 [A] A:52 [GLY] V:7 [G] ❌ 3TS2_A_U
A:53 [PHE] U:12 [U] A:53 [PHE] V:11 [U] ❌ 3TS2_A_U
A:84 [PHE] U:15 [C] A:84 [PHE] V:14 [U] ❌ 3TS2_A_U
A:122 [ARG] U:5 [U] A:122 [ARG] V:4 [G] ❌ 3TS2_U:5 no longer at interface
A:122 [ARG] U:17 [C] A:122 [ARG] V:16 [C] ❌ 3TS2_U:17 no longer at interface
A:124 [PRO] U:5 [U] A:124 [PRO] V:4 [G] ❌ 3TS2_A:124, 3TS2_U:5 no longer at interface
A:125 [LYS] U:5 [U] A:125 [LYS] V:4 [G] ❌ 3TS2_A:125, 3TS2_U:5 no longer at interface
A:123 [ARG] U:6 [C] A:123 [ARG] V:5 [U] ❌ 5UDZ_A:123 no longer at interface
A:123 [ARG] U:7 [U] A:123 [ARG] V:6 [A] ❌ 5UDZ_A:123 no longer at interface
A:120 [SER] U:15 [C] A:120 [SER] V:14 [U] ❌ 3TS2_A:120 no longer at interface
A:124 [PRO] U:6 [C] A:124 [PRO] V:5 [U] ❌ 3TS2_A:124 no longer at interface
A:86 [SER] U:8 [A] A:86 [SER] V:7 [G] ❌ 3TS2_A:86 no longer at interface
A:89 [GLU] U:14 [C] A:89 [GLU] V:13 [U] ❌ 3TS2_A:89 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Nucleic acid-binding proteins & CCHC-type 1 zinc finger 0.86 0.69 0.45 0.93 0.31 0.96 1.0 0.80 0.85 0.43 0.32


Other pairs involving 3TS2_A_U or 5UDZ_A_V

Total number of entries: 1

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
3TS2_A_U 5UDZ_A_V 0.80 0.86 0.69 0.45 Nucleic acid-binding proteins & CCHC-type 1 zinc finger compare