Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
1TFW_A
|
1TFW_G,J
|
2DR8_A
|
2DR8_B
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:296 [GLN] | G:6 [A] | A:296 [GLN] | B:1 [G] | ✔ |
A:296 [GLN] | G:7 [U] | A:296 [GLN] | B:2 [G] | ✔ |
A:302 [ARG] | G:8 [C] | A:302 [ARG] | B:3 [C] | ✔ |
A:168 [ARG] | G:7 [U] | A:168 [ARG] | B:2 [G] | ✔ |
A:292 [ASN] | G:6 [A] | A:292 [ASN] | B:1 [G] | ✔ |
A:292 [ASN] | J:82 [C] | A:292 [ASN] | B:32 [A] | ✔ |
A:164 [GLU] | J:82 [C] | A:164 [GLU] | B:32 [A] | ✔ |
A:299 [ARG] | G:7 [U] | A:299 [ARG] | B:2 [G] | ✔ |
A:299 [ARG] | G:8 [C] | A:299 [ARG] | B:3 [C] | ✔ |
A:165 [TYR] | G:6 [A] | A:165 [TYR] | B:1 [G] | ✔ |
A:165 [TYR] | G:7 [U] | A:165 [TYR] | B:2 [G] | ✔ |
A:165 [TYR] | J:81 [U] | A:165 [TYR] | B:31 [C] | ✔ |
A:165 [TYR] | J:82 [C] | A:165 [TYR] | B:32 [A] | ✔ |
A:226 [VAL] | J:82 [C] | A:226 [VAL] | B:32 [A] | ✔ |
A:402 [LYS] | G:6 [A] | A:402 [LYS] | B:1 [G] | ✔ |
A:402 [LYS] | G:7 [U] | A:402 [LYS] | B:2 [G] | ✔ |
A:225 [ASN] | J:81 [U] | A:225 [ASN] | B:31 [C] | ✔ |
A:403 [ASN] | G:6 [A] | A:403 [ASN] | B:1 [G] | ✔ |
A:229 [ASN] | J:81 [U] | A:229 [ASN] | B:31 [C] | ✔ |
A:229 [ASN] | J:82 [C] | A:229 [ASN] | B:32 [A] | ✔ |
A:401 [GLY] | G:7 [U] | A:401 [GLY] | B:2 [G] | ✔ |
A:224 [ARG] | J:81 [U] | A:224 [ARG] | B:31 [C] | ✔ |
A:224 [ARG] | J:82 [C] | A:224 [ARG] | B:32 [A] | ✔ |
A:228 [ALA] | J:81 [U] | A:228 [ALA] | B:31 [C] | ✔ |
A:295 [PRO] | G:6 [A] | A:295 [PRO] | B:1 [G] | ✔ |
A:295 [PRO] | G:7 [U] | A:295 [PRO] | B:2 [G] | ✔ |
A:163 [ALA] | J:82 [C] | A:163 [ALA] | B:32 [A] | ✔ |
A:291 [ASP] | G:6 [A] | A:291 [ASP] | B:1 [G] | ✔ |
A:291 [ASP] | J:82 [C] | A:291 [ASP] | B:32 [A] | ✔ |
A:302 [ARG] | G:7 [U] | A:302 [ARG] | B:2 [G] | ❌ 2DR8_A_B |
A:165 [TYR] | J:80 [A] | A:165 [TYR] | B:30 [C] | ❌ 2DR8_A_B |
A:228 [ALA] | J:82 [C] | A:228 [ALA] | B:32 [A] | ❌ 2DR8_A_B |
A:228 [ALA] | J:80 [A] | A:228 [ALA] | B:30 [C] | ❌ 1TFW_A_G,J |
A:95 [ALA] | J:82 [C] | A:95 [ALA] | B:32 [A] | ❌ 1TFW_A_G,J |
A:96 [GLU] | J:82 [C] | A:96 [GLU] | B:32 [A] | ❌ 1TFW_A_G,J |
A:398 [HIS] | J:75 [C] | A:398 [HIS] | B:24 [C] | ❌ 1TFW_A:398, 1TFW_J:75 no longer at interface |
A:129 [ARG] | J:81 [U] | A:129 [ARG] | B:31 [C] | ❌ 1TFW_A:129 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PAP/OAS1 substrate-binding domain & PAP/Archaeal CCA-adding enzyme, C-terminal domain & Nucleotidyltransferase | 0.91 | 2.77 | 0.08 | 0.93 | 0.29 | 0.67 | 0.46 | 0.92 | 0.90 | 0.80 | 0.25 |
Other pairs involving 1TFW_A_G,J or 2DR8_A_B
Total number of entries: 9