Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
3OVB_A
|
3OVB_C
|
4X4T_A
|
4X4T_B,I
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:296 [GLN] | C:1 [G] | A:296 [GLN] | B:2 [G] | ✔ |
A:296 [GLN] | C:2 [G] | A:296 [GLN] | B:3 [C] | ✔ |
A:302 [ARG] | C:3 [A] | A:302 [ARG] | B:4 [C] | ✔ |
A:168 [ARG] | C:2 [G] | A:168 [ARG] | B:3 [C] | ✔ |
A:292 [ASN] | C:1 [G] | A:292 [ASN] | B:2 [G] | ✔ |
A:164 [GLU] | C:32 [A] | A:164 [GLU] | B:31 [C] | ✔ |
A:164 [GLU] | C:33 [C] | A:164 [GLU] | B:34 [C] | ✔ |
A:361 [ARG] | C:15 [C] | A:361 [ARG] | B:15 [C] | ✔ |
A:299 [ARG] | C:2 [G] | A:299 [ARG] | B:3 [C] | ✔ |
A:299 [ARG] | C:3 [A] | A:299 [ARG] | B:4 [C] | ✔ |
A:165 [TYR] | C:1 [G] | A:165 [TYR] | B:2 [G] | ✔ |
A:165 [TYR] | C:2 [G] | A:165 [TYR] | B:3 [C] | ✔ |
A:165 [TYR] | C:31 [C] | A:165 [TYR] | B:30 [5BU] | ✔ |
A:165 [TYR] | C:32 [A] | A:165 [TYR] | B:31 [C] | ✔ |
A:358 [PHE] | C:15 [C] | A:358 [PHE] | B:15 [C] | ✔ |
A:226 [VAL] | C:32 [A] | A:226 [VAL] | B:31 [C] | ✔ |
A:402 [LYS] | C:1 [G] | A:402 [LYS] | B:2 [G] | ✔ |
A:402 [LYS] | C:2 [G] | A:402 [LYS] | B:3 [C] | ✔ |
A:225 [ASN] | C:31 [C] | A:225 [ASN] | B:30 [5BU] | ✔ |
A:403 [ASN] | C:1 [G] | A:403 [ASN] | B:2 [G] | ✔ |
A:373 [ARG] | C:15 [C] | A:373 [ARG] | B:15 [C] | ✔ |
A:357 [LYS] | C:15 [C] | A:357 [LYS] | B:15 [C] | ✔ |
A:357 [LYS] | C:16 [A] | A:357 [LYS] | B:16 [G] | ✔ |
A:344 [ARG] | C:14 [U] | A:344 [ARG] | B:14 [U] | ✔ |
A:344 [ARG] | C:15 [C] | A:344 [ARG] | B:15 [C] | ✔ |
A:229 [ASN] | C:31 [C] | A:229 [ASN] | B:30 [5BU] | ✔ |
A:229 [ASN] | C:32 [A] | A:229 [ASN] | B:31 [C] | ✔ |
A:401 [GLY] | C:2 [G] | A:401 [GLY] | B:3 [C] | ✔ |
A:354 [ASN] | C:15 [C] | A:354 [ASN] | B:15 [C] | ✔ |
A:354 [ASN] | C:16 [A] | A:354 [ASN] | B:16 [G] | ✔ |
A:303 [LYS] | C:21 [C] | A:303 [LYS] | B:21 [C] | ✔ |
A:303 [LYS] | C:22 [A] | A:303 [LYS] | B:22 [5BU] | ✔ |
A:398 [HIS] | C:22 [A] | A:398 [HIS] | B:22 [5BU] | ✔ |
A:398 [HIS] | C:23 [U] | A:398 [HIS] | B:23 [G] | ✔ |
A:224 [ARG] | C:31 [C] | A:224 [ARG] | B:30 [5BU] | ✔ |
A:224 [ARG] | C:32 [A] | A:224 [ARG] | B:31 [C] | ✔ |
A:345 [MET] | C:15 [C] | A:345 [MET] | B:15 [C] | ✔ |
A:345 [MET] | C:16 [A] | A:345 [MET] | B:16 [G] | ✔ |
A:228 [ALA] | C:31 [C] | A:228 [ALA] | B:30 [5BU] | ✔ |
A:396 [HIS] | C:21 [C] | A:396 [HIS] | B:21 [C] | ✔ |
A:396 [HIS] | C:22 [A] | A:396 [HIS] | B:22 [5BU] | ✔ |
A:295 [PRO] | C:2 [G] | A:295 [PRO] | B:3 [C] | ✔ |
A:346 [GLY] | C:15 [C] | A:346 [GLY] | B:15 [C] | ✔ |
A:310 [ARG] | C:21 [C] | A:310 [ARG] | B:21 [C] | ✔ |
A:363 [ARG] | C:15 [C] | A:363 [ARG] | B:15 [C] | ✔ |
A:163 [ALA] | C:32 [A] | A:163 [ALA] | B:31 [C] | ✔ |
A:163 [ALA] | C:33 [C] | A:163 [ALA] | B:34 [C] | ✔ |
A:347 [PRO] | C:15 [C] | A:347 [PRO] | B:15 [C] | ✔ |
A:291 [ASP] | C:1 [G] | A:291 [ASP] | B:2 [G] | ✔ |
A:291 [ASP] | C:32 [A] | A:291 [ASP] | B:31 [C] | ✔ |
A:291 [ASP] | C:33 [C] | A:291 [ASP] | B:34 [C] | ✔ |
A:96 [GLU] | C:32 [A] | A:96 [GLU] | B:31 [C] | ✔ |
A:96 [GLU] | C:33 [C] | A:96 [GLU] | B:34 [C] | ✔ |
A:399 [THR] | C:22 [A] | A:399 [THR] | B:22 [5BU] | ✔ |
A:399 [THR] | C:23 [U] | A:399 [THR] | B:23 [G] | ✔ |
A:292 [ASN] | C:32 [A] | A:292 [ASN] | B:31 [C] | ❌ 4X4T_A_B,I |
A:361 [ARG] | C:14 [U] | A:361 [ARG] | B:14 [U] | ❌ 4X4T_A_B,I |
A:310 [ARG] | C:22 [A] | A:310 [ARG] | B:22 [5BU] | ❌ 4X4T_A_B,I |
A:129 [ARG] | C:31 [C] | A:129 [ARG] | B:30 [5BU] | ❌ 4X4T_A_B,I |
A:165 [TYR] | C:33 [C] | A:165 [TYR] | B:34 [C] | ❌ 3OVB_A_C |
A:224 [ARG] | C:33 [C] | A:224 [ARG] | B:34 [C] | ❌ 3OVB_A_C |
A:226 [VAL] | C:33 [C] | A:226 [VAL] | B:34 [C] | ❌ 3OVB_A_C |
A:229 [ASN] | C:33 [C] | A:229 [ASN] | B:34 [C] | ❌ 3OVB_A_C |
A:292 [ASN] | C:33 [C] | A:292 [ASN] | B:34 [C] | ❌ 3OVB_A_C |
A:295 [PRO] | C:1 [G] | A:295 [PRO] | B:2 [G] | ❌ 3OVB_A_C |
A:299 [ARG] | C:22 [A] | A:299 [ARG] | B:22 [5BU] | ❌ 3OVB_A_C |
A:299 [ARG] | C:23 [U] | A:299 [ARG] | B:23 [G] | ❌ 3OVB_A_C |
A:302 [ARG] | C:2 [G] | A:302 [ARG] | B:3 [C] | ❌ 3OVB_A_C |
A:344 [ARG] | C:13 [U] | A:344 [ARG] | B:13 [5BU] | ❌ 4X4T_B:13 no longer at interface |
A:310 [ARG] | C:20 [C] | A:310 [ARG] | B:20 [C] | ❌ 4X4T_B:20 no longer at interface |
A:398 [HIS] | C:24 [U] | A:398 [HIS] | B:24 [C] | ❌ 3OVB_C:24 no longer at interface |
A:94 [TYR] | C:33 [C] | A:94 [TYR] | B:34 [C] | ❌ 4X4T_A:94 no longer at interface |
A:126 [ALA] | C:33 [C] | A:126 [ALA] | B:34 [C] | ❌ 4X4T_A:126 no longer at interface |
A:93 [ARG] | C:33 [C] | A:93 [ARG] | B:34 [C] | ❌ 4X4T_A:93 no longer at interface |
A:97 [HIS] | C:33 [C] | A:97 [HIS] | B:34 [C] | ❌ 4X4T_A:97 no longer at interface |
A:392 [TYR] | C:21 [C] | A:392 [TYR] | B:21 [C] | ❌ 4X4T_A:392 no longer at interface |
A:392 [TYR] | C:22 [A] | A:392 [TYR] | B:22 [5BU] | ❌ 4X4T_A:392 no longer at interface |
A:95 [ALA] | C:32 [A] | A:95 [ALA] | B:31 [C] | ❌ 4X4T_A:95 no longer at interface |
A:95 [ALA] | C:33 [C] | A:95 [ALA] | B:34 [C] | ❌ 4X4T_A:95 no longer at interface |
A:99 [TYR] | C:33 [C] | A:99 [TYR] | B:34 [C] | ❌ 4X4T_A:99 no longer at interface |
A:351 [ASP] | C:15 [C] | A:351 [ASP] | B:15 [C] | ❌ 3OVB_A:351 no longer at interface |
A:378 [GLU] | C:15 [C] | A:378 [GLU] | B:15 [C] | ❌ 3OVB_A:378 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PAP/OAS1 substrate-binding domain & PAP/Archaeal CCA-adding enzyme, C-terminal domain & Nucleotidyltransferase | 0.96 | 1.48 | 0.31 | 0.97 | 0.38 | 0.92 | 0.75 | 0.82 | 0.78 | 0.33 | 0.52 |
Other pairs involving 3OVB_A_C or 4X4T_A_B,I
Total number of entries: 9