Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 2VQE_I
|
2VQE_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| I:2 [GLU] | A:1131 [G] | 4.05 | 79.64 | |||
| I:3 [GLN] | A:1130 [A] | 3.27 | sugar:SC | 21.27 | ||
| I:3 [GLN] | A:1131 [G] | 3.46 | 21.27 | |||
| I:5 [TYR] | A:1147 [C] | 2.48 | 6.57 | |||
| I:5 [TYR] | A:1148 [U] | 3.91 | 6.57 | |||
| I:7 [THR] | A:1119 [C] | 4.97 | A:1154 [G] | 47.5 | ||
| I:7 [THR] | A:1147 [C] | 3.79 | 47.5 | |||
| I:7 [THR] | A:1148 [U] | 2.9 | 47.5 | |||
| I:9 [ARG] | A:1118 [C] | 3.13 | A:1155 [G] | 79.26 | ||
| I:9 [ARG] | A:1119 [C] | 2.71 | A:1154 [G] | 79.26 | ||
| I:9 [ARG] | A:1148 [U] | 4.09 | 79.26 | |||
| I:9 [ARG] | A:1149 [C] | 2.77 | A:1124 [G] | 79.26 | ||
| I:10 [ARG] | A:1347 [G] | 2.68 | base:SC | 91.24 | ||
| I:11 [LYS] | A:1347 [G] | 4.52 | 98.92 | |||
| I:11 [LYS] | A:1370 [G] | 4.32 | A:1352 [C] | 98.92 | ||
| I:11 [LYS] | A:1371 [G] | 2.5 | A:1351 [U] | 98.92 | ||
| I:11 [LYS] | A:1372 [U] | 3.26 | A:1350 [A] | 98.92 | ||
| I:11 [LYS] | A:1373 [G] | 2.85 | A:1349 [A] | base:SC, base:SC | 98.92 | |
| I:12 [GLU] | A:1250 [A] | 3.44 | 63.79 | |||
| I:12 [GLU] | A:1251 [A] | 2.86 | 63.79 | |||
| I:12 [GLU] | A:1252 [A] | 4.82 | A:1285 [A] | 63.79 | ||
| I:12 [GLU] | A:1370 [G] | 3.16 | A:1352 [C] | 63.79 | ||
| I:12 [GLU] | A:1371 [G] | 4.05 | A:1351 [U] | 63.79 | ||
| I:14 [VAL] | A:1148 [U] | 3.16 | 52.47 | |||
| I:14 [VAL] | A:1149 [C] | 3.15 | A:1124 [G] | 52.47 | ||
| I:16 [ARG] | A:1127 [G] | 2.52 | sugar:SC | 56.93 | ||
| I:16 [ARG] | A:1128 [C] | 2.59 | A:1143 [G] | 56.93 | ||
| I:16 [ARG] | A:1147 [C] | 2.54 | base:SC | 56.93 | ||
| I:16 [ARG] | A:1148 [U] | 3.52 | sugar:SC | 56.93 | ||
| I:18 [PHE] | A:1130 [A] | 4.18 | 4.36 | |||
| I:20 [ARG] | A:1130 [A] | 2.75 | 27.58 | |||
| I:20 [ARG] | A:1131 [G] | 3.23 | 27.58 | |||
| I:36 [TYR] | A:1248 [A] | 3.66 | A:1289 [A] | 69.25 | ||
| I:36 [TYR] | A:1249 [C] | 2.86 | A:1288 [A] | sugar:SC | 69.25 | |
| I:38 [GLN] | A:1291 [G] | 3.67 | A:1246 [C] | sugar:BB | 36.71 | |
| I:39 [GLY] | A:1291 [G] | 3.15 | A:1246 [C] | 46.55 | ||
| I:39 [GLY] | A:1292 [U] | 4.33 | A:1245 [A] | 46.55 | ||
| I:40 [LEU] | A:1290 [G] | 3.54 | A:1247 [U] | 3.26 | ||
| I:40 [LEU] | A:1291 [G] | 4.11 | A:1246 [C] | 3.26 | ||
| I:42 [ARG] | A:1373 [G] | 4.14 | A:1349 [A] | 4.76 | ||
| I:62 [TYR] | A:1128 [C] | 3.97 | A:1143 [G] | 0.0 | ||
| I:62 [TYR] | A:1129 [C] | 2.24 | 0.0 | |||
| I:62 [TYR] | A:1130 [A] | 4.2 | 0.0 | |||
| I:64 [THR] | A:1128 [C] | 4.81 | A:1143 [G] | 37.56 | ||
| I:66 [ARG] | A:1127 [G] | 3.64 | 34.8 | |||
| I:66 [ARG] | A:1128 [C] | 3.12 | A:1143 [G] | 34.8 | ||
| I:66 [ARG] | A:1148 [U] | 4.67 | 34.8 | |||
| I:66 [ARG] | A:1249 [C] | 4.75 | A:1288 [A] | 34.8 | ||
| I:66 [ARG] | A:1250 [A] | 3.97 | 34.8 | |||
| I:67 [GLY] | A:1249 [C] | 4.07 | A:1288 [A] | 94.36 | ||
| I:67 [GLY] | A:1250 [A] | 3.34 | 94.36 | |||
| I:67 [GLY] | A:1251 [A] | 3.7 | 94.36 | |||
| I:68 [GLY] | A:1249 [C] | 3.41 | A:1288 [A] | 92.66 | ||
| I:68 [GLY] | A:1250 [A] | 2.76 | sugar:BB | 92.66 | ||
| I:68 [GLY] | A:1251 [A] | 4.37 | 92.66 | |||
| I:68 [GLY] | A:1287 [A] | 4.79 | 92.66 | |||
| I:68 [GLY] | A:1370 [G] | 4.69 | A:1352 [C] | 92.66 | ||
| I:68 [GLY] | A:1371 [G] | 3.56 | A:1351 [U] | 92.66 | ||
| I:69 [GLY] | A:1249 [C] | 3.71 | A:1288 [A] | 95.4 | ||
| I:69 [GLY] | A:1250 [A] | 4.63 | 95.4 | |||
| I:69 [GLY] | A:1371 [G] | 3.11 | A:1351 [U] | 95.4 | ||
| I:69 [GLY] | A:1372 [U] | 3.21 | A:1350 [A] | 95.4 | ||
| I:70 [LYS] | A:1248 [A] | 2.87 | A:1289 [A] | sugar:SC | 10.59 | |
| I:70 [LYS] | A:1249 [C] | 3.65 | A:1288 [A] | 10.59 | ||
| I:70 [LYS] | A:1290 [G] | 4.13 | A:1247 [U] | 10.59 | ||
| I:70 [LYS] | A:1371 [G] | 4.49 | A:1351 [U] | 10.59 | ||
| I:70 [LYS] | A:1372 [U] | 3.65 | A:1350 [A] | 10.59 | ||
| I:71 [SER] | A:1372 [U] | 2.88 | A:1350 [A] | 66.0 | ||
| I:71 [SER] | A:1373 [G] | 2.86 | A:1349 [A] | 66.0 | ||
| I:72 [GLY] | A:1372 [U] | 2.93 | A:1350 [A] | 76.13 | ||
| I:73 [GLN] | A:1249 [C] | 2.42 | A:1288 [A] | sugar:SC | 93.05 | |
| I:73 [GLN] | A:1250 [A] | 4.99 | 93.05 | |||
| I:83 [ARG] | A:1118 [C] | 2.97 | A:1155 [G] | 83.06 | ||
| I:83 [ARG] | A:1119 [C] | 2.92 | A:1154 [G] | 83.06 | ||
| I:83 [ARG] | A:1179 [A] | 4.66 | A:1156 [G] | 83.06 | ||
| I:93 [ARG] | A:1178 [G] | 3.23 | 45.49 | |||
| I:93 [ARG] | A:1179 [A] | 2.91 | A:1156 [G] | 45.49 | ||
| I:97 [LYS] | A:1176 [A] | 1.99 | A:1160 [G] | 59.56 | ||
| I:97 [LYS] | A:1177 [G] | 0.49 | 59.56 | |||
| I:97 [LYS] | A:1178 [G] | 4.07 | 59.56 | |||
| I:102 [LEU] | A:1179 [A] | 3.73 | A:1156 [G] | 77.38 | ||
| I:102 [LEU] | A:1180 [A] | 4.87 | 77.38 | |||
| I:103 [THR] | A:1179 [A] | 3.59 | A:1156 [G] | 83.35 | ||
| I:103 [THR] | A:1180 [A] | 3.08 | 83.35 | |||
| I:104 [ARG] | A:1117 [G] | 2.99 | 55.97 | |||
| I:104 [ARG] | A:1118 [C] | 3.12 | A:1155 [G] | 55.97 | ||
| I:104 [ARG] | A:1179 [A] | 3.41 | A:1156 [G] | sugar:BB | 55.97 | |
| I:104 [ARG] | A:1180 [A] | 3.99 | 55.97 | |||
| I:105 [ASP] | A:1347 [G] | 4.9 | 94.44 | |||
| I:106 [ALA] | A:1116 [C] | 4.66 | A:1184 [G] | 57.1 | ||
| I:106 [ALA] | A:1117 [G] | 4.09 | 57.1 | |||
| I:106 [ALA] | A:1184 [G] | 4.32 | A:1116 [C] | 57.1 | ||
| I:107 [ARG] | A:1347 [G] | 2.6 | base:SC | 94.81 | ||
| I:108 [VAL] | A:1116 [C] | 4.0 | A:1184 [G] | 33.73 | ||
| I:108 [VAL] | A:1347 [G] | 3.05 | 33.73 | |||
| I:108 [VAL] | A:1348 [U] | 4.68 | A:1374 [A] | 33.73 | ||
| I:109 [VAL] | A:1347 [G] | 3.86 | 74.11 | |||
| I:109 [VAL] | A:1348 [U] | 3.9 | A:1374 [A] | 74.11 | ||
| I:109 [VAL] | A:1370 [G] | 3.89 | A:1352 [C] | 74.11 | ||
| I:109 [VAL] | A:1371 [G] | 3.49 | A:1351 [U] | 74.11 | ||
| I:109 [VAL] | A:1373 [G] | 4.91 | A:1349 [A] | 74.11 | ||
| I:110 [GLU] | A:1186 [G] | 3.74 | A:1114 [C] | 90.53 | ||
| I:110 [GLU] | A:1187 [G] | 4.99 | A:1113 [C] | 90.53 | ||
| I:110 [GLU] | A:1347 [G] | 3.27 | 90.53 | |||
| I:110 [GLU] | A:1348 [U] | 2.98 | A:1374 [A] | 90.53 | ||
| I:110 [GLU] | A:1369 [C] | 4.87 | A:1353 [G] | 90.53 | ||
| I:111 [ARG] | A:1186 [G] | 4.11 | A:1114 [C] | 92.69 | ||
| I:111 [ARG] | A:1187 [G] | 3.07 | A:1113 [C] | sugar:SC | 92.69 | |
| I:111 [ARG] | A:1188 [A] | 4.7 | 92.69 | |||
| I:111 [ARG] | A:1368 [G] | 2.7 | A:1354 [C] | 92.69 | ||
| I:111 [ARG] | A:1369 [C] | 3.74 | A:1353 [G] | 92.69 | ||
| I:112 [LYS] | A:1366 [C] | 4.85 | A:1356 [G] | 85.11 | ||
| I:112 [LYS] | A:1367 [C] | 2.66 | A:1355 [G] | 85.11 | ||
| I:112 [LYS] | A:1368 [G] | 2.69 | A:1354 [C] | 85.11 | ||
| I:112 [LYS] | A:1369 [C] | 2.9 | A:1353 [G] | 85.11 | ||
| I:113 [LYS] | A:1186 [G] | 2.88 | A:1114 [C] | sugar:SC | 91.47 | |
| I:113 [LYS] | A:1187 [G] | 2.92 | A:1113 [C] | 91.47 | ||
| I:113 [LYS] | A:1367 [C] | 4.63 | A:1355 [G] | 91.47 | ||
| I:113 [LYS] | A:1368 [G] | 3.11 | A:1354 [C] | 91.47 | ||
| I:114 [TYR] | A:1188 [A] | 3.27 | 45.86 | |||
| I:114 [TYR] | A:1189 [C] | 4.42 | 45.86 | |||
| I:114 [TYR] | A:1367 [C] | 3.57 | A:1355 [G] | 45.86 | ||
| I:114 [TYR] | A:1368 [G] | 3.26 | A:1354 [C] | 45.86 | ||
| I:115 [GLY] | A:1367 [C] | 2.7 | A:1355 [G] | 88.1 | ||
| I:116 [LYS] | A:1344 [C] | 4.01 | A:939 [G] | 68.47 | ||
| I:116 [LYS] | A:1367 [C] | 3.49 | A:1355 [G] | 68.47 | ||
| I:117 [HIS] | A:1232 [U] | 4.84 | A:949 [A] | 44.39 | ||
| I:117 [HIS] | A:1233 [G] | 3.13 | A:948 [C] | 44.39 | ||
| I:117 [HIS] | A:1366 [C] | 3.11 | A:1356 [G] | 44.39 | ||
| I:118 [LYS] | A:1348 [U] | 4.35 | A:1374 [A] | 76.78 | ||
| I:118 [LYS] | A:1349 [A] | 2.64 | A:1373 [G] | 76.78 | ||
| I:118 [LYS] | A:1350 [A] | 3.22 | A:1372 [U] | 76.78 | ||
| I:118 [LYS] | A:1351 [U] | 3.49 | A:1371 [G] | 76.78 | ||
| I:119 [ALA] | A:1349 [A] | 4.66 | A:1373 [G] | 91.69 | ||
| I:120 [ARG] | A:1186 [G] | 3.89 | A:1114 [C] | 94.5 | ||
| I:120 [ARG] | A:1343 [G] | 4.24 | A:940 [C] | 94.5 | ||
| I:120 [ARG] | A:1344 [C] | 3.19 | A:939 [G] | 94.5 | ||
| I:120 [ARG] | A:1345 [U] | 2.85 | A:1376 [U] | 94.5 | ||
| I:120 [ARG] | A:1346 [A] | 2.5 | A:1375 [A] | 94.5 | ||
| I:120 [ARG] | A:1348 [U] | 3.56 | A:1374 [A] | 94.5 | ||
| I:120 [ARG] | A:1349 [A] | 3.49 | A:1373 [G] | 94.5 | ||
| I:121 [ARG] | A:941 [G] | 4.54 | A:1342 [C] | 76.5 | ||
| I:121 [ARG] | A:1342 [C] | 5.0 | A:941 [G] | 76.5 | ||
| I:121 [ARG] | A:1343 [G] | 2.96 | A:940 [C] | sugar:SC, sugar:SC | 76.5 | |
| I:121 [ARG] | A:1344 [C] | 4.33 | A:939 [G] | 76.5 | ||
| I:121 [ARG] | A:1348 [U] | 4.71 | A:1374 [A] | 76.5 | ||
| I:121 [ARG] | A:1349 [A] | 2.85 | A:1373 [G] | 76.5 | ||
| I:121 [ARG] | A:1350 [A] | 3.45 | A:1372 [U] | 76.5 | ||
| I:122 [ALA] | A:1343 [G] | 3.38 | A:940 [C] | sugar:BB | 64.9 | |
| I:122 [ALA] | A:1344 [C] | 3.77 | A:939 [G] | 64.9 | ||
| I:123 [PRO] | A:1232 [U] | 4.86 | A:949 [A] | 51.96 | ||
| I:123 [PRO] | A:1233 [G] | 3.6 | A:948 [C] | 51.96 | ||
| I:123 [PRO] | A:1342 [C] | 4.32 | A:941 [G] | 51.96 | ||
| I:123 [PRO] | A:1343 [G] | 3.98 | A:940 [C] | 51.96 | ||
| I:124 [GLN] | A:942 [G] | 3.36 | A:1341 [U] | base:SC | 85.73 | |
| I:124 [GLN] | A:943 [U] | 3.32 | A:1340 [A] | sugar:SC | 85.73 | |
| I:124 [GLN] | A:1231 [G] | 4.59 | A:950 [U] | 85.73 | ||
| I:124 [GLN] | A:1232 [U] | 2.46 | A:949 [A] | 85.73 | ||
| I:124 [GLN] | A:1233 [G] | 3.11 | A:948 [C] | 85.73 | ||
| I:124 [GLN] | A:1342 [C] | 2.91 | A:941 [G] | 85.73 | ||
| I:124 [GLN] | A:1343 [G] | 4.75 | A:940 [C] | 85.73 | ||
| I:125 [TYR] | A:1231 [G] | 4.61 | A:950 [U] | 75.59 | ||
| I:125 [TYR] | A:1232 [U] | 3.55 | A:949 [A] | 75.59 | ||
| I:125 [TYR] | A:1341 [U] | 4.64 | A:942 [G] | 75.59 | ||
| I:125 [TYR] | A:1342 [C] | 3.03 | A:941 [G] | 75.59 | ||
| I:125 [TYR] | A:1343 [G] | 3.02 | A:940 [C] | 75.59 | ||
| I:126 [SER] | A:970 [C] | 2.98 | base:SC | 89.06 | ||
| I:126 [SER] | A:1231 [G] | 3.63 | A:950 [U] | 89.06 | ||
| I:126 [SER] | A:1232 [U] | 3.9 | A:949 [A] | 89.06 | ||
| I:127 [LYS] | A:966 [G] | 4.0 | 87.87 | |||
| I:127 [LYS] | A:967 [C] | 4.49 | 87.87 | |||
| I:127 [LYS] | A:970 [C] | 4.69 | 87.87 | |||
| I:128 [ARG] | A:970 [C] | 4.99 | 98.69 | |||
| I:128 [ARG] | A:1231 [G] | 4.86 | A:950 [U] | 98.69 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group92 | 2VQE_I_A | I: 30s ribosomal protein s9, Thermus thermophilus (natural) A: 16s rRNA, Thermus thermophilus (natural) | P80374 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2VQE_I_A | 7RYG_i_a | 0.28 | 0.92 | 4.33 | 0.19 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_I_A | 6S0X_i_a | 0.50 | 0.96 | 3.04 | 0.4 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_I_A | 7O7Y_Ap_A2 | 0.67 | 0.92 | 2.64 | 0.3 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | compare | |
| 2VQE_I_A | 7K00_I_A | 0.84 | 0.97 | 1.43 | 0.69 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_I_A | 4Y4O_1i_1a | 0.90 | 0.99 | 1.78 | 0.91 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |