RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group92 > 2VQE_I_A vs 4Y4O_1i_1a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

2VQE_I
2VQE_A
4Y4O_1i
4Y4O_1a
Conserved?
I:112 [LYS] A:1367 [C] 1i:112 [LYS] 1a:1367 [C] ✔
I:112 [LYS] A:1368 [G] 1i:112 [LYS] 1a:1368 [G] ✔
I:112 [LYS] A:1369 [C] 1i:112 [LYS] 1a:1369 [C] ✔
I:69 [GLY] A:1249 [C] 1i:69 [GLY] 1a:1249 [C] ✔
I:69 [GLY] A:1371 [G] 1i:69 [GLY] 1a:1371 [G] ✔
I:69 [GLY] A:1372 [U] 1i:69 [GLY] 1a:1372 [U] ✔
I:71 [SER] A:1372 [U] 1i:71 [SER] 1a:1372 [U] ✔
I:71 [SER] A:1373 [G] 1i:71 [SER] 1a:1373 [G] ✔
I:18 [PHE] A:1130 [A] 1i:18 [PHE] 1a:1130 [A] ✔
I:124 [GLN] A:942 [G] 1i:124 [GLN] 1a:942 [G] ✔
I:124 [GLN] A:943 [U] 1i:124 [GLN] 1a:943 [U] ✔
I:124 [GLN] A:1232 [U] 1i:124 [GLN] 1a:1232 [U] ✔
I:124 [GLN] A:1233 [G] 1i:124 [GLN] 1a:1233 [G] ✔
I:124 [GLN] A:1342 [C] 1i:124 [GLN] 1a:1342 [C] ✔
I:7 [THR] A:1119 [C] 1i:7 [THR] 1a:1119 [C] ✔
I:7 [THR] A:1147 [C] 1i:7 [THR] 1a:1147 [C] ✔
I:7 [THR] A:1148 [U] 1i:7 [THR] 1a:1148 [U] ✔
I:113 [LYS] A:1186 [G] 1i:113 [LYS] 1a:1186 [G] ✔
I:113 [LYS] A:1187 [G] 1i:113 [LYS] 1a:1187 [G] ✔
I:113 [LYS] A:1367 [C] 1i:113 [LYS] 1a:1367 [C] ✔
I:113 [LYS] A:1368 [G] 1i:113 [LYS] 1a:1368 [G] ✔
I:121 [ARG] A:941 [G] 1i:121 [ARG] 1a:941 [G] ✔
I:121 [ARG] A:1342 [C] 1i:121 [ARG] 1a:1342 [C] ✔
I:121 [ARG] A:1343 [G] 1i:121 [ARG] 1a:1343 [G] ✔
I:121 [ARG] A:1344 [C] 1i:121 [ARG] 1a:1344 [C] ✔
I:121 [ARG] A:1348 [U] 1i:121 [ARG] 1a:1348 [U] ✔
I:121 [ARG] A:1349 [A] 1i:121 [ARG] 1a:1349 [A] ✔
I:121 [ARG] A:1350 [A] 1i:121 [ARG] 1a:1350 [A] ✔
I:5 [TYR] A:1147 [C] 1i:5 [TYR] 1a:1147 [C] ✔
I:5 [TYR] A:1148 [U] 1i:5 [TYR] 1a:1148 [U] ✔
I:16 [ARG] A:1147 [C] 1i:16 [ARG] 1a:1147 [C] ✔
I:16 [ARG] A:1148 [U] 1i:16 [ARG] 1a:1148 [U] ✔
I:107 [ARG] A:1347 [G] 1i:107 [ARG] 1a:1347 [G] ✔
I:117 [HIS] A:1232 [U] 1i:117 [HIS] 1a:1232 [U] ✔
I:117 [HIS] A:1233 [G] 1i:117 [HIS] 1a:1233 [G] ✔
I:117 [HIS] A:1366 [C] 1i:117 [HIS] 1a:1366 [C] ✔
I:10 [ARG] A:1347 [G] 1i:10 [ARG] 1a:1347 [G] ✔
I:102 [LEU] A:1179 [A] 1i:102 [LEU] 1a:1179 [A] ✔
I:103 [THR] A:1179 [A] 1i:103 [THR] 1a:1179 [A] ✔
I:103 [THR] A:1180 [A] 1i:103 [THR] 1a:1180 [A] ✔
I:125 [TYR] A:1232 [U] 1i:125 [TYR] 1a:1232 [U] ✔
I:125 [TYR] A:1342 [C] 1i:125 [TYR] 1a:1342 [C] ✔
I:125 [TYR] A:1343 [G] 1i:125 [TYR] 1a:1343 [G] ✔
I:108 [VAL] A:1116 [C] 1i:108 [VAL] 1a:1116 [C] ✔
I:108 [VAL] A:1347 [G] 1i:108 [VAL] 1a:1347 [G] ✔
I:108 [VAL] A:1348 [U] 1i:108 [VAL] 1a:1348 [U] ✔
I:104 [ARG] A:1117 [G] 1i:104 [ARG] 1a:1117 [G] ✔
I:104 [ARG] A:1118 [C] 1i:104 [ARG] 1a:1118 [C] ✔
I:104 [ARG] A:1179 [A] 1i:104 [ARG] 1a:1179 [A] ✔
I:72 [GLY] A:1372 [U] 1i:72 [GLY] 1a:1372 [U] ✔
I:12 [GLU] A:1250 [A] 1i:12 [GLU] 1a:1250 [A] ✔
I:12 [GLU] A:1251 [A] 1i:12 [GLU] 1a:1251 [A] ✔
I:12 [GLU] A:1370 [G] 1i:12 [GLU] 1a:1370 [G] ✔
I:12 [GLU] A:1371 [G] 1i:12 [GLU] 1a:1371 [G] ✔
I:11 [LYS] A:1347 [G] 1i:11 [LYS] 1a:1347 [G] ✔
I:11 [LYS] A:1371 [G] 1i:11 [LYS] 1a:1371 [G] ✔
I:11 [LYS] A:1372 [U] 1i:11 [LYS] 1a:1372 [U] ✔
I:11 [LYS] A:1373 [G] 1i:11 [LYS] 1a:1373 [G] ✔
I:66 [ARG] A:1148 [U] 1i:66 [ARG] 1a:1148 [U] ✔
I:66 [ARG] A:1249 [C] 1i:66 [ARG] 1a:1249 [C] ✔
I:66 [ARG] A:1250 [A] 1i:66 [ARG] 1a:1250 [A] ✔
I:62 [TYR] A:1130 [A] 1i:62 [TYR] 1a:1130 [A] ✔
I:40 [LEU] A:1290 [G] 1i:40 [LEU] 1a:1290 [G] ✔
I:40 [LEU] A:1291 [G] 1i:40 [LEU] 1a:1291 [G] ✔
I:119 [ALA] A:1349 [A] 1i:119 [ALA] 1a:1349 [A] ✔
I:93 [ARG] A:1178 [G] 1i:93 [ARG] 1a:1178 [G] ✔
I:93 [ARG] A:1179 [A] 1i:93 [ARG] 1a:1179 [A] ✔
I:36 [TYR] A:1248 [A] 1i:36 [TYR] 1a:1248 [A] ✔
I:36 [TYR] A:1249 [C] 1i:36 [TYR] 1a:1249 [C] ✔
I:73 [GLN] A:1249 [C] 1i:73 [GLN] 1a:1249 [C] ✔
I:73 [GLN] A:1250 [A] 1i:73 [GLN] 1a:1250 [A] ✔
I:9 [ARG] A:1118 [C] 1i:9 [ARG] 1a:1118 [C] ✔
I:9 [ARG] A:1119 [C] 1i:9 [ARG] 1a:1119 [C] ✔
I:9 [ARG] A:1148 [U] 1i:9 [ARG] 1a:1148 [U] ✔
I:9 [ARG] A:1149 [C] 1i:9 [ARG] 1a:1149 [C] ✔
I:68 [GLY] A:1249 [C] 1i:68 [GLY] 1a:1249 [C] ✔
I:68 [GLY] A:1250 [A] 1i:68 [GLY] 1a:1250 [A] ✔
I:68 [GLY] A:1251 [A] 1i:68 [GLY] 1a:1251 [A] ✔
I:68 [GLY] A:1287 [A] 1i:68 [GLY] 1a:1287 [A] ✔
I:68 [GLY] A:1370 [G] 1i:68 [GLY] 1a:1370 [G] ✔
I:68 [GLY] A:1371 [G] 1i:68 [GLY] 1a:1371 [G] ✔
I:83 [ARG] A:1118 [C] 1i:83 [ARG] 1a:1118 [C] ✔
I:83 [ARG] A:1119 [C] 1i:83 [ARG] 1a:1119 [C] ✔
I:83 [ARG] A:1179 [A] 1i:83 [ARG] 1a:1179 [A] ✔
I:38 [GLN] A:1291 [G] 1i:38 [GLN] 1a:1291 [G] ✔
I:118 [LYS] A:1349 [A] 1i:118 [LYS] 1a:1349 [A] ✔
I:118 [LYS] A:1350 [A] 1i:118 [LYS] 1a:1350 [A] ✔
I:118 [LYS] A:1351 [U] 1i:118 [LYS] 1a:1351 [U] ✔
I:111 [ARG] A:1186 [G] 1i:111 [ARG] 1a:1186 [G] ✔
I:111 [ARG] A:1187 [G] 1i:111 [ARG] 1a:1187 [G] ✔
I:111 [ARG] A:1188 [A] 1i:111 [ARG] 1a:1188 [A] ✔
I:111 [ARG] A:1368 [G] 1i:111 [ARG] 1a:1368 [G] ✔
I:111 [ARG] A:1369 [C] 1i:111 [ARG] 1a:1369 [C] ✔
I:3 [GLN] A:1130 [A] 1i:3 [GLN] 1a:1130 [A] ✔
I:3 [GLN] A:1131 [G] 1i:3 [GLN] 1a:1131 [G] ✔
I:67 [GLY] A:1249 [C] 1i:67 [GLY] 1a:1249 [C] ✔
I:67 [GLY] A:1250 [A] 1i:67 [GLY] 1a:1250 [A] ✔
I:67 [GLY] A:1251 [A] 1i:67 [GLY] 1a:1251 [A] ✔
I:97 [LYS] A:1176 [A] 1i:97 [LYS] 1a:1176 [A] ✔
I:97 [LYS] A:1177 [G] 1i:97 [LYS] 1a:1177 [G] ✔
I:97 [LYS] A:1178 [G] 1i:97 [LYS] 1a:1178 [G] ✔
I:39 [GLY] A:1291 [G] 1i:39 [GLY] 1a:1291 [G] ✔
I:39 [GLY] A:1292 [U] 1i:39 [GLY] 1a:1292 [U] ✔
I:120 [ARG] A:1186 [G] 1i:120 [ARG] 1a:1186 [G] ✔
I:120 [ARG] A:1343 [G] 1i:120 [ARG] 1a:1343 [G] ✔
I:120 [ARG] A:1344 [C] 1i:120 [ARG] 1a:1344 [C] ✔
I:120 [ARG] A:1345 [U] 1i:120 [ARG] 1a:1345 [U] ✔
I:120 [ARG] A:1346 [A] 1i:120 [ARG] 1a:1346 [A] ✔
I:120 [ARG] A:1348 [U] 1i:120 [ARG] 1a:1348 [U] ✔
I:120 [ARG] A:1349 [A] 1i:120 [ARG] 1a:1349 [A] ✔
I:116 [LYS] A:1344 [C] 1i:116 [LYS] 1a:1344 [C] ✔
I:116 [LYS] A:1367 [C] 1i:116 [LYS] 1a:1367 [C] ✔
I:109 [VAL] A:1347 [G] 1i:109 [VAL] 1a:1347 [G] ✔
I:109 [VAL] A:1348 [U] 1i:109 [VAL] 1a:1348 [U] ✔
I:109 [VAL] A:1370 [G] 1i:109 [VAL] 1a:1370 [G] ✔
I:109 [VAL] A:1371 [G] 1i:109 [VAL] 1a:1371 [G] ✔
I:127 [LYS] A:966 [G] 1i:127 [LYS] 1a:966 [M2G] ✔
I:127 [LYS] A:967 [C] 1i:127 [LYS] 1a:967 [5MC] ✔
I:106 [ALA] A:1116 [C] 1i:106 [ALA] 1a:1116 [C] ✔
I:106 [ALA] A:1117 [G] 1i:106 [ALA] 1a:1117 [G] ✔
I:106 [ALA] A:1184 [G] 1i:106 [ALA] 1a:1184 [G] ✔
I:115 [GLY] A:1367 [C] 1i:115 [GLY] 1a:1367 [C] ✔
I:123 [PRO] A:1232 [U] 1i:123 [PRO] 1a:1232 [U] ✔
I:123 [PRO] A:1233 [G] 1i:123 [PRO] 1a:1233 [G] ✔
I:123 [PRO] A:1342 [C] 1i:123 [PRO] 1a:1342 [C] ✔
I:123 [PRO] A:1343 [G] 1i:123 [PRO] 1a:1343 [G] ✔
I:20 [ARG] A:1130 [A] 1i:20 [ARG] 1a:1130 [A] ✔
I:20 [ARG] A:1131 [G] 1i:20 [ARG] 1a:1131 [G] ✔
I:70 [LYS] A:1248 [A] 1i:70 [LYS] 1a:1248 [A] ✔
I:70 [LYS] A:1249 [C] 1i:70 [LYS] 1a:1249 [C] ✔
I:70 [LYS] A:1371 [G] 1i:70 [LYS] 1a:1371 [G] ✔
I:70 [LYS] A:1372 [U] 1i:70 [LYS] 1a:1372 [U] ✔
I:14 [VAL] A:1148 [U] 1i:14 [VAL] 1a:1148 [U] ✔
I:14 [VAL] A:1149 [C] 1i:14 [VAL] 1a:1149 [C] ✔
I:126 [SER] A:970 [C] 1i:126 [SER] 1a:970 [C] ✔
I:126 [SER] A:1231 [G] 1i:126 [SER] 1a:1231 [G] ✔
I:126 [SER] A:1232 [U] 1i:126 [SER] 1a:1232 [U] ✔
I:110 [GLU] A:1186 [G] 1i:110 [GLU] 1a:1186 [G] ✔
I:110 [GLU] A:1347 [G] 1i:110 [GLU] 1a:1347 [G] ✔
I:110 [GLU] A:1348 [U] 1i:110 [GLU] 1a:1348 [U] ✔
I:122 [ALA] A:1343 [G] 1i:122 [ALA] 1a:1343 [G] ✔
I:122 [ALA] A:1344 [C] 1i:122 [ALA] 1a:1344 [C] ✔
I:42 [ARG] A:1373 [G] 1i:42 [ARG] 1a:1373 [G] ✔
I:114 [TYR] A:1188 [A] 1i:114 [TYR] 1a:1188 [A] ✔
I:114 [TYR] A:1189 [C] 1i:114 [TYR] 1a:1189 [C] ✔
I:114 [TYR] A:1367 [C] 1i:114 [TYR] 1a:1367 [C] ✔
I:114 [TYR] A:1368 [G] 1i:114 [TYR] 1a:1368 [G] ✔
I:112 [LYS] A:1366 [C] 1i:112 [LYS] 1a:1366 [C] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:69 [GLY] A:1250 [A] 1i:69 [GLY] 1a:1250 [A] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:124 [GLN] A:1231 [G] 1i:124 [GLN] 1a:1231 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:124 [GLN] A:1343 [G] 1i:124 [GLN] 1a:1343 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:128 [ARG] A:970 [C] 1i:128 [ARG] 1a:970 [C] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:128 [ARG] A:1231 [G] 1i:128 [ARG] 1a:1231 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:102 [LEU] A:1180 [A] 1i:102 [LEU] 1a:1180 [A] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:125 [TYR] A:1231 [G] 1i:125 [TYR] 1a:1231 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:104 [ARG] A:1180 [A] 1i:104 [ARG] 1a:1180 [A] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:11 [LYS] A:1370 [G] 1i:11 [LYS] 1a:1370 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:62 [TYR] A:1129 [C] 1i:62 [TYR] 1a:1129 [C] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:118 [LYS] A:1348 [U] 1i:118 [LYS] 1a:1348 [U] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:109 [VAL] A:1373 [G] 1i:109 [VAL] 1a:1373 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:127 [LYS] A:970 [C] 1i:127 [LYS] 1a:970 [C] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:70 [LYS] A:1290 [G] 1i:70 [LYS] 1a:1290 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:110 [GLU] A:1187 [G] 1i:110 [GLU] 1a:1187 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:110 [GLU] A:1369 [C] 1i:110 [GLU] 1a:1369 [C] ❌ 4Y4O_1i_1a
I:10 [ARG] A:1371 [G] 1i:10 [ARG] 1a:1371 [G] ❌ 2VQE_I_A
I:107 [ARG] A:1346 [A] 1i:107 [ARG] 1a:1346 [A] ❌ 2VQE_I_A
I:108 [VAL] A:1371 [G] 1i:108 [VAL] 1a:1371 [G] ❌ 2VQE_I_A
I:119 [ALA] A:1348 [U] 1i:119 [ALA] 1a:1348 [U] ❌ 2VQE_I_A
I:121 [ARG] A:1233 [G] 1i:121 [ARG] 1a:1233 [G] ❌ 2VQE_I_A
I:122 [ALA] A:1233 [G] 1i:122 [ALA] 1a:1233 [G] ❌ 2VQE_I_A
I:125 [TYR] A:967 [C] 1i:125 [TYR] 1a:967 [5MC] ❌ 2VQE_I_A
I:127 [LYS] A:1342 [C] 1i:127 [LYS] 1a:1342 [C] ❌ 2VQE_I_A
I:128 [ARG] A:966 [G] 1i:128 [ARG] 1a:966 [M2G] ❌ 2VQE_I_A
I:16 [ARG] A:1130 [A] 1i:16 [ARG] 1a:1130 [A] ❌ 2VQE_I_A
I:16 [ARG] A:1129 [C] 1i:16 [ARG] 1a:1129 [C] ❌ 2VQE_I_A
I:18 [PHE] A:1147 [C] 1i:18 [PHE] 1a:1147 [C] ❌ 2VQE_I_A
I:38 [GLN] A:1292 [U] 1i:38 [GLN] 1a:1292 [U] ❌ 2VQE_I_A
I:64 [THR] A:1129 [C] 1i:64 [THR] 1a:1129 [C] ❌ 2VQE_I_A
I:66 [ARG] A:1129 [C] 1i:66 [ARG] 1a:1129 [C] ❌ 2VQE_I_A
I:68 [GLY] A:1372 [U] 1i:68 [GLY] 1a:1372 [U] ❌ 2VQE_I_A
I:73 [GLN] A:1372 [U] 1i:73 [GLN] 1a:1372 [U] ❌ 2VQE_I_A
I:64 [THR] A:1128 [C] 1i:64 [THR] 1a:1128 [C] ❌ 4Y4O_1a:1128 no longer at interface
I:16 [ARG] A:1127 [G] 1i:16 [ARG] 1a:1127 [G] ❌ 4Y4O_1a:1127 no longer at interface
I:16 [ARG] A:1128 [C] 1i:16 [ARG] 1a:1128 [C] ❌ 4Y4O_1a:1128 no longer at interface
I:125 [TYR] A:1341 [U] 1i:125 [TYR] 1a:1341 [U] ❌ 4Y4O_1a:1341 no longer at interface
I:12 [GLU] A:1252 [A] 1i:12 [GLU] 1a:1252 [A] ❌ 4Y4O_1a:1252 no longer at interface
I:66 [ARG] A:1127 [G] 1i:66 [ARG] 1a:1127 [G] ❌ 4Y4O_1a:1127 no longer at interface
I:66 [ARG] A:1128 [C] 1i:66 [ARG] 1a:1128 [C] ❌ 4Y4O_1a:1128 no longer at interface
I:62 [TYR] A:1128 [C] 1i:62 [TYR] 1a:1128 [C] ❌ 4Y4O_1a:1128 no longer at interface
I:110 [GLU] A:1185 [G] 1i:110 [GLU] 1a:1185 [G] ❌ 2VQE_A:1185 no longer at interface
I:120 [ARG] A:1185 [G] 1i:120 [ARG] 1a:1185 [G] ❌ 2VQE_A:1185 no longer at interface
I:125 [TYR] A:968 [A] 1i:125 [TYR] 1a:968 [A] ❌ 2VQE_A:968 no longer at interface
I:16 [ARG] A:1146 [A] 1i:16 [ARG] 1a:1146 [A] ❌ 2VQE_A:1146 no longer at interface
I:18 [PHE] A:1146 [A] 1i:18 [PHE] 1a:1146 [A] ❌ 2VQE_A:1146 no longer at interface
I:2 [GLU] A:1131 [G] 1i:2 [GLU] 1a:1131 [G] ❌ 4Y4O_1i:2 no longer at interface
I:105 [ASP] A:1347 [G] 1i:105 [ASP] 1a:1347 [G] ❌ 4Y4O_1i:105 no longer at interface
I:13 [ALA] A:1371 [G] 1i:13 [ALA] 1a:1371 [G] ❌ 2VQE_I:13 no longer at interface
I:65 [VAL] A:1250 [A] 1i:65 [VAL] 1a:1250 [A] ❌ 2VQE_I:65 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.99 1.78 0.91 0.98 0.99 0.96 0.95 0.90 0.84 0.65 0.33


Other pairs involving 2VQE_I_A or 4Y4O_1i_1a

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_I_A 4Y4O_1i_1a 0.90 0.99 1.78 0.91 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_I_A 6S0X_i_a 0.50 0.96 3.04 0.4 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1i_1a 6S0X_i_a 0.49 0.95 3.36 0.33 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_I_A 7K00_I_A 0.84 0.97 1.43 0.69 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1i_1a 7K00_I_A 0.91 0.98 0.9 0.71 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_I_A 7O7Y_Ap_A2 0.67 0.92 2.64 0.3 Ribosomal protein S5 domain 2-like compare
4Y4O_1i_1a 7O7Y_Ap_A2 0.70 0.93 2.23 0.3 Ribosomal protein S5 domain 2-like compare
2VQE_I_A 7RYG_i_a 0.28 0.92 4.33 0.19 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1i_1a 7RYG_i_a 0.28 0.9 4.73 0.17 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare