RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group92 > 4Y4O_1i_1a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4Y4O_1i
4Y4O_1a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
1i:3 [GLN] 1a:1130 [A] 2.73 sugar:SC 29.59
1i:3 [GLN] 1a:1131 [G] 4.4 1a:1139 [G] 29.59
1i:5 [TYR] 1a:1147 [C] 2.44 2.09
1i:5 [TYR] 1a:1148 [U] 3.93 2.09
1i:7 [THR] 1a:1119 [C] 4.99 1a:1154 [G] 57.04
1i:7 [THR] 1a:1147 [C] 3.94 57.04
1i:7 [THR] 1a:1148 [U] 2.91 57.04
1i:9 [ARG] 1a:1118 [C] 3.34 1a:1155 [G] 78.84
1i:9 [ARG] 1a:1119 [C] 3.31 1a:1154 [G] 78.84
1i:9 [ARG] 1a:1148 [U] 4.06 78.84
1i:9 [ARG] 1a:1149 [C] 2.51 1a:1124 [G] 78.84
1i:10 [ARG] 1a:1347 [G] 2.8 base:SC, base:SC, base:SC 89.68
1i:10 [ARG] 1a:1371 [G] 4.97 1a:1351 [U] 89.68
1i:11 [LYS] 1a:1347 [G] 3.42 99.0
1i:11 [LYS] 1a:1371 [G] 3.21 1a:1351 [U] 99.0
1i:11 [LYS] 1a:1372 [U] 2.98 1a:1350 [A] 99.0
1i:11 [LYS] 1a:1373 [G] 2.95 1a:1349 [A] base:SC, base:SC 99.0
1i:12 [GLU] 1a:1250 [A] 3.94 64.59
1i:12 [GLU] 1a:1251 [A] 3.47 64.59
1i:12 [GLU] 1a:1370 [G] 3.16 1a:1352 [C] 64.59
1i:12 [GLU] 1a:1371 [G] 3.26 1a:1351 [U] 64.59
1i:13 [ALA] 1a:1371 [G] 4.74 1a:1351 [U] 91.8
1i:14 [VAL] 1a:1148 [U] 3.27 45.51
1i:14 [VAL] 1a:1149 [C] 3.41 1a:1124 [G] 45.51
1i:16 [ARG] 1a:1129 [C] 3.82 1a:1143 [G] 61.48
1i:16 [ARG] 1a:1130 [A] 3.42 61.48
1i:16 [ARG] 1a:1146 [A] 4.0 61.48
1i:16 [ARG] 1a:1147 [C] 2.97 base:SC, sugar:SC 61.48
1i:16 [ARG] 1a:1148 [U] 3.23 61.48
1i:18 [PHE] 1a:1130 [A] 3.47 6.48
1i:18 [PHE] 1a:1146 [A] 4.92 6.48
1i:18 [PHE] 1a:1147 [C] 4.94 6.48
1i:20 [ARG] 1a:1130 [A] 2.73 38.44
1i:20 [ARG] 1a:1131 [G] 2.74 1a:1139 [G] 38.44
1i:36 [TYR] 1a:1248 [A] 3.88 1a:1289 [A] 71.52
1i:36 [TYR] 1a:1249 [C] 3.05 1a:1288 [A] 71.52
1i:38 [GLN] 1a:1291 [G] 2.42 1a:1246 [C] sugar:BB, sugar:SC 32.26
1i:38 [GLN] 1a:1292 [U] 3.16 1a:1245 [A] 32.26
1i:39 [GLY] 1a:1291 [G] 3.57 1a:1246 [C] 53.34
1i:39 [GLY] 1a:1292 [U] 3.94 1a:1245 [A] 53.34
1i:40 [LEU] 1a:1290 [G] 4.04 1a:1247 [U] 27.92
1i:40 [LEU] 1a:1291 [G] 4.79 1a:1246 [C] 27.92
1i:42 [ARG] 1a:1373 [G] 3.86 1a:1349 [A] 6.25
1i:62 [TYR] 1a:1130 [A] 3.61 3.91
1i:64 [THR] 1a:1129 [C] 4.26 1a:1143 [G] 17.95
1i:65 [VAL] 1a:1250 [A] 4.79 85.52
1i:66 [ARG] 1a:1129 [C] 3.65 1a:1143 [G] 46.64
1i:66 [ARG] 1a:1148 [U] 3.86 46.64
1i:66 [ARG] 1a:1249 [C] 4.94 1a:1288 [A] 46.64
1i:66 [ARG] 1a:1250 [A] 3.45 46.64
1i:67 [GLY] 1a:1249 [C] 4.2 1a:1288 [A] 95.9
1i:67 [GLY] 1a:1250 [A] 2.75 95.9
1i:67 [GLY] 1a:1251 [A] 3.7 95.9
1i:68 [GLY] 1a:1249 [C] 2.96 1a:1288 [A] sugar:BB 91.43
1i:68 [GLY] 1a:1250 [A] 2.98 sugar:BB, sugar:BB 91.43
1i:68 [GLY] 1a:1251 [A] 4.83 91.43
1i:68 [GLY] 1a:1287 [A] 4.71 91.43
1i:68 [GLY] 1a:1370 [G] 4.66 1a:1352 [C] 91.43
1i:68 [GLY] 1a:1371 [G] 3.53 1a:1351 [U] 91.43
1i:68 [GLY] 1a:1372 [U] 4.98 1a:1350 [A] 91.43
1i:69 [GLY] 1a:1249 [C] 3.22 1a:1288 [A] 94.51
1i:69 [GLY] 1a:1371 [G] 3.27 1a:1351 [U] 94.51
1i:69 [GLY] 1a:1372 [U] 3.25 1a:1350 [A] 94.51
1i:70 [LYS] 1a:1248 [A] 2.44 1a:1289 [A] sugar:SC 1.26
1i:70 [LYS] 1a:1249 [C] 3.18 1a:1288 [A] 1.26
1i:70 [LYS] 1a:1371 [G] 4.65 1a:1351 [U] 1.26
1i:70 [LYS] 1a:1372 [U] 3.8 1a:1350 [A] 1.26
1i:71 [SER] 1a:1372 [U] 3.18 1a:1350 [A] 68.94
1i:71 [SER] 1a:1373 [G] 2.7 1a:1349 [A] 68.94
1i:72 [GLY] 1a:1372 [U] 2.86 1a:1350 [A] 77.52
1i:73 [GLN] 1a:1249 [C] 2.92 1a:1288 [A] 94.39
1i:73 [GLN] 1a:1250 [A] 4.18 94.39
1i:73 [GLN] 1a:1372 [U] 4.9 1a:1350 [A] 94.39
1i:83 [ARG] 1a:1118 [C] 3.79 1a:1155 [G] 83.24
1i:83 [ARG] 1a:1119 [C] 3.19 1a:1154 [G] 83.24
1i:83 [ARG] 1a:1179 [A] 4.51 1a:1156 [G] 83.24
1i:93 [ARG] 1a:1178 [G] 3.13 1a:1157 [A] 53.87
1i:93 [ARG] 1a:1179 [A] 2.89 1a:1156 [G] 53.87
1i:97 [LYS] 1a:1176 [A] 4.62 1a:1160 [G] 55.98
1i:97 [LYS] 1a:1177 [G] 2.32 1a:1181 [G] 55.98
1i:97 [LYS] 1a:1178 [G] 3.43 1a:1157 [A] 55.98
1i:102 [LEU] 1a:1179 [A] 3.62 1a:1156 [G] 76.15
1i:103 [THR] 1a:1179 [A] 3.09 1a:1156 [G] 85.99
1i:103 [THR] 1a:1180 [A] 3.25 85.99
1i:104 [ARG] 1a:1117 [G] 2.66 59.45
1i:104 [ARG] 1a:1118 [C] 2.66 1a:1155 [G] 59.45
1i:104 [ARG] 1a:1179 [A] 3.27 1a:1156 [G] sugar:BB 59.45
1i:106 [ALA] 1a:1116 [C] 4.63 1a:1184 [G] 54.3
1i:106 [ALA] 1a:1117 [G] 3.72 54.3
1i:106 [ALA] 1a:1184 [G] 4.35 1a:1116 [C] 54.3
1i:107 [ARG] 1a:1346 [A] 5.0 1a:1375 [A] 93.81
1i:107 [ARG] 1a:1347 [G] 3.0 93.81
1i:108 [VAL] 1a:1116 [C] 3.76 1a:1184 [G] 19.99
1i:108 [VAL] 1a:1347 [G] 3.24 19.99
1i:108 [VAL] 1a:1348 [U] 4.03 1a:1374 [A] 19.99
1i:108 [VAL] 1a:1371 [G] 4.76 1a:1351 [U] 19.99
1i:109 [VAL] 1a:1347 [G] 3.91 70.22
1i:109 [VAL] 1a:1348 [U] 3.67 1a:1374 [A] 70.22
1i:109 [VAL] 1a:1370 [G] 4.14 1a:1352 [C] 70.22
1i:109 [VAL] 1a:1371 [G] 3.18 1a:1351 [U] 70.22
1i:110 [GLU] 1a:1185 [G] 4.98 1a:1115 [C] 90.37
1i:110 [GLU] 1a:1186 [G] 3.78 1a:1114 [C] 90.37
1i:110 [GLU] 1a:1347 [G] 4.41 90.37
1i:110 [GLU] 1a:1348 [U] 2.73 1a:1374 [A] 90.37
1i:111 [ARG] 1a:1186 [G] 4.4 1a:1114 [C] 92.08
1i:111 [ARG] 1a:1187 [G] 3.24 1a:1113 [C] 92.08
1i:111 [ARG] 1a:1188 [A] 4.6 92.08
1i:111 [ARG] 1a:1368 [G] 2.71 1a:1354 [C] 92.08
1i:111 [ARG] 1a:1369 [C] 3.41 1a:1353 [G] 92.08
1i:112 [LYS] 1a:1367 [C] 2.96 1a:1355 [G] 86.19
1i:112 [LYS] 1a:1368 [G] 2.92 1a:1354 [C] 86.19
1i:112 [LYS] 1a:1369 [C] 2.78 1a:1353 [G] 86.19
1i:113 [LYS] 1a:1186 [G] 3.21 1a:1114 [C] 93.39
1i:113 [LYS] 1a:1187 [G] 3.24 1a:1113 [C] 93.39
1i:113 [LYS] 1a:1367 [C] 4.42 1a:1355 [G] 93.39
1i:113 [LYS] 1a:1368 [G] 3.01 1a:1354 [C] 93.39
1i:114 [TYR] 1a:1188 [A] 3.76 43.75
1i:114 [TYR] 1a:1189 [C] 4.66 43.75
1i:114 [TYR] 1a:1367 [C] 3.52 1a:1355 [G] 43.75
1i:114 [TYR] 1a:1368 [G] 3.06 1a:1354 [C] 43.75
1i:115 [GLY] 1a:1367 [C] 2.76 1a:1355 [G] 84.98
1i:116 [LYS] 1a:1344 [C] 4.77 1a:939 [G] 66.2
1i:116 [LYS] 1a:1367 [C] 3.32 1a:1355 [G] 66.2
1i:117 [HIS] 1a:1232 [U] 4.7 1a:949 [A] 43.65
1i:117 [HIS] 1a:1233 [G] 3.01 1a:948 [C] 43.65
1i:117 [HIS] 1a:1366 [C] 3.18 1a:1356 [G] 43.65
1i:118 [LYS] 1a:1349 [A] 2.99 1a:1373 [G] 76.73
1i:118 [LYS] 1a:1350 [A] 3.02 1a:1372 [U] base:SC 76.73
1i:118 [LYS] 1a:1351 [U] 3.19 1a:1371 [G] base:SC 76.73
1i:119 [ALA] 1a:1348 [U] 4.51 1a:1374 [A] 90.82
1i:119 [ALA] 1a:1349 [A] 3.8 1a:1373 [G] 90.82
1i:120 [ARG] 1a:1185 [G] 4.62 1a:1115 [C] 92.86
1i:120 [ARG] 1a:1186 [G] 3.31 1a:1114 [C] 92.86
1i:120 [ARG] 1a:1343 [G] 4.41 1a:940 [C] 92.86
1i:120 [ARG] 1a:1344 [C] 3.31 1a:939 [G] 92.86
1i:120 [ARG] 1a:1345 [U] 2.94 1a:1376 [U] 92.86
1i:120 [ARG] 1a:1346 [A] 2.59 1a:1375 [A] 92.86
1i:120 [ARG] 1a:1348 [U] 3.59 1a:1374 [A] 92.86
1i:120 [ARG] 1a:1349 [A] 3.01 1a:1373 [G] 92.86
1i:121 [ARG] 1a:941 [G] 4.43 1a:1342 [C] 78.46
1i:121 [ARG] 1a:1233 [G] 4.8 1a:948 [C] 78.46
1i:121 [ARG] 1a:1342 [C] 4.78 1a:941 [G] 78.46
1i:121 [ARG] 1a:1343 [G] 3.0 1a:940 [C] sugar:SC 78.46
1i:121 [ARG] 1a:1344 [C] 4.21 1a:939 [G] 78.46
1i:121 [ARG] 1a:1348 [U] 4.75 1a:1374 [A] 78.46
1i:121 [ARG] 1a:1349 [A] 2.92 1a:1373 [G] 78.46
1i:121 [ARG] 1a:1350 [A] 2.96 1a:1372 [U] 78.46
1i:122 [ALA] 1a:1233 [G] 5.0 1a:948 [C] 64.17
1i:122 [ALA] 1a:1343 [G] 3.47 1a:940 [C] sugar:BB 64.17
1i:122 [ALA] 1a:1344 [C] 4.09 1a:939 [G] 64.17
1i:123 [PRO] 1a:1232 [U] 4.95 1a:949 [A] 36.02
1i:123 [PRO] 1a:1233 [G] 3.85 1a:948 [C] 36.02
1i:123 [PRO] 1a:1342 [C] 4.39 1a:941 [G] 36.02
1i:123 [PRO] 1a:1343 [G] 4.42 1a:940 [C] 36.02
1i:124 [GLN] 1a:942 [G] 2.85 1a:1341 [U] base:SC 83.8
1i:124 [GLN] 1a:943 [U] 2.95 1a:1340 [A] sugar:SC, sugar:SC 83.8
1i:124 [GLN] 1a:1232 [U] 3.1 1a:949 [A] 83.8
1i:124 [GLN] 1a:1233 [G] 2.92 1a:948 [C] 83.8
1i:124 [GLN] 1a:1342 [C] 3.26 1a:941 [G] 83.8
1i:125 [TYR] 1a:967 [5MC] 3.82 71.94
1i:125 [TYR] 1a:968 [A] 3.85 71.94
1i:125 [TYR] 1a:1232 [U] 4.29 1a:949 [A] 71.94
1i:125 [TYR] 1a:1342 [C] 3.56 1a:941 [G] 71.94
1i:125 [TYR] 1a:1343 [G] 3.76 1a:940 [C] 71.94
1i:126 [SER] 1a:970 [C] 3.66 base:BB 87.3
1i:126 [SER] 1a:1231 [G] 3.37 1a:950 [U] 87.3
1i:126 [SER] 1a:1232 [U] 4.0 1a:949 [A] 87.3
1i:127 [LYS] 1a:966 [M2G] 2.45 sugar:BB 85.7
1i:127 [LYS] 1a:967 [5MC] 3.73 85.7
1i:127 [LYS] 1a:1342 [C] 4.68 1a:941 [G] 85.7
1i:128 [ARG] 1a:966 [M2G] 4.26 98.08

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group92 4Y4O_1i_1a 1i: 30s ribosomal protein s9, Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (natural) 1a: 16s ribosomal RNA, Thermus thermophilus hb8 (natural) P80374 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 5

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1i_1a 7RYG_i_a 0.28 0.9 4.73 0.17 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1i_1a 7O7Y_Ap_A2 0.70 0.93 2.23 0.3 Ribosomal protein S5 domain 2-like compare
4Y4O_1i_1a 6S0X_i_a 0.49 0.95 3.36 0.33 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1i_1a 7K00_I_A 0.91 0.98 0.9 0.71 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_I_A 4Y4O_1i_1a 0.90 0.99 1.78 0.91 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare