RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group92 > 4Y4O_1i_1a vs 7K00_I_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1i
4Y4O_1a
7K00_I
7K00_A
Conserved?
1i:65 [VAL] 1a:1250 [A] I:67 [VAL] A:1250 [A] ✔
1i:112 [LYS] 1a:1367 [C] I:114 [LYS] A:1367 [C] ✔
1i:112 [LYS] 1a:1368 [G] I:114 [LYS] A:1368 [A] ✔
1i:112 [LYS] 1a:1369 [C] I:114 [LYS] A:1369 [C] ✔
1i:69 [GLY] 1a:1249 [C] I:71 [GLY] A:1249 [C] ✔
1i:69 [GLY] 1a:1371 [G] I:71 [GLY] A:1371 [G] ✔
1i:69 [GLY] 1a:1372 [U] I:71 [GLY] A:1372 [U] ✔
1i:71 [SER] 1a:1372 [U] I:73 [SER] A:1372 [U] ✔
1i:71 [SER] 1a:1373 [G] I:73 [SER] A:1373 [G] ✔
1i:18 [PHE] 1a:1130 [A] I:20 [PHE] A:1130 [A] ✔
1i:18 [PHE] 1a:1146 [A] I:20 [PHE] A:1146 [A] ✔
1i:18 [PHE] 1a:1147 [C] I:20 [PHE] A:1147 [C] ✔
1i:124 [GLN] 1a:942 [G] I:126 [GLN] A:942 [G] ✔
1i:124 [GLN] 1a:943 [U] I:126 [GLN] A:943 [U] ✔
1i:124 [GLN] 1a:1232 [U] I:126 [GLN] A:1232 [U] ✔
1i:124 [GLN] 1a:1233 [G] I:126 [GLN] A:1233 [G] ✔
1i:124 [GLN] 1a:1342 [C] I:126 [GLN] A:1342 [C] ✔
1i:128 [ARG] 1a:966 [M2G] I:130 [ARG] A:966 [2MG] ✔
1i:7 [THR] 1a:1119 [C] I:9 [THR] A:1119 [C] ✔
1i:7 [THR] 1a:1147 [C] I:9 [THR] A:1147 [C] ✔
1i:7 [THR] 1a:1148 [U] I:9 [THR] A:1148 [U] ✔
1i:113 [LYS] 1a:1186 [G] I:115 [LYS] A:1186 [G] ✔
1i:113 [LYS] 1a:1187 [G] I:115 [LYS] A:1187 [G] ✔
1i:113 [LYS] 1a:1367 [C] I:115 [LYS] A:1367 [C] ✔
1i:113 [LYS] 1a:1368 [G] I:115 [LYS] A:1368 [A] ✔
1i:121 [ARG] 1a:941 [G] I:123 [ARG] A:941 [G] ✔
1i:121 [ARG] 1a:1342 [C] I:123 [ARG] A:1342 [C] ✔
1i:121 [ARG] 1a:1343 [G] I:123 [ARG] A:1343 [G] ✔
1i:121 [ARG] 1a:1344 [C] I:123 [ARG] A:1344 [C] ✔
1i:121 [ARG] 1a:1348 [U] I:123 [ARG] A:1348 [U] ✔
1i:121 [ARG] 1a:1349 [A] I:123 [ARG] A:1349 [A] ✔
1i:121 [ARG] 1a:1350 [A] I:123 [ARG] A:1350 [A] ✔
1i:5 [TYR] 1a:1147 [C] I:7 [TYR] A:1147 [C] ✔
1i:5 [TYR] 1a:1148 [U] I:7 [TYR] A:1148 [U] ✔
1i:16 [ARG] 1a:1129 [C] I:18 [ARG] A:1129 [C] ✔
1i:16 [ARG] 1a:1130 [A] I:18 [ARG] A:1130 [A] ✔
1i:16 [ARG] 1a:1146 [A] I:18 [ARG] A:1146 [A] ✔
1i:16 [ARG] 1a:1147 [C] I:18 [ARG] A:1147 [C] ✔
1i:16 [ARG] 1a:1148 [U] I:18 [ARG] A:1148 [U] ✔
1i:107 [ARG] 1a:1346 [A] I:109 [ARG] A:1346 [A] ✔
1i:107 [ARG] 1a:1347 [G] I:109 [ARG] A:1347 [G] ✔
1i:117 [HIS] 1a:1233 [G] I:119 [ARG] A:1233 [G] ✔
1i:117 [HIS] 1a:1366 [C] I:119 [ARG] A:1366 [C] ✔
1i:10 [ARG] 1a:1347 [G] I:12 [ARG] A:1347 [G] ✔
1i:102 [LEU] 1a:1179 [A] I:104 [VAL] A:1179 [A] ✔
1i:103 [THR] 1a:1179 [A] I:105 [THR] A:1179 [A] ✔
1i:103 [THR] 1a:1180 [A] I:105 [THR] A:1180 [A] ✔
1i:125 [TYR] 1a:967 [5MC] I:127 [PHE] A:967 [5MC] ✔
1i:125 [TYR] 1a:968 [A] I:127 [PHE] A:968 [A] ✔
1i:125 [TYR] 1a:1232 [U] I:127 [PHE] A:1232 [U] ✔
1i:125 [TYR] 1a:1342 [C] I:127 [PHE] A:1342 [C] ✔
1i:125 [TYR] 1a:1343 [G] I:127 [PHE] A:1343 [G] ✔
1i:108 [VAL] 1a:1116 [C] I:110 [GLN] A:1116 [U] ✔
1i:108 [VAL] 1a:1347 [G] I:110 [GLN] A:1347 [G] ✔
1i:108 [VAL] 1a:1348 [U] I:110 [GLN] A:1348 [U] ✔
1i:104 [ARG] 1a:1117 [G] I:106 [ARG] A:1117 [A] ✔
1i:104 [ARG] 1a:1118 [C] I:106 [ARG] A:1118 [U] ✔
1i:104 [ARG] 1a:1179 [A] I:106 [ARG] A:1179 [A] ✔
1i:72 [GLY] 1a:1372 [U] I:74 [GLY] A:1372 [U] ✔
1i:12 [GLU] 1a:1250 [A] I:14 [SER] A:1250 [A] ✔
1i:12 [GLU] 1a:1251 [A] I:14 [SER] A:1251 [A] ✔
1i:12 [GLU] 1a:1370 [G] I:14 [SER] A:1370 [G] ✔
1i:12 [GLU] 1a:1371 [G] I:14 [SER] A:1371 [G] ✔
1i:11 [LYS] 1a:1347 [G] I:13 [LYS] A:1347 [G] ✔
1i:11 [LYS] 1a:1371 [G] I:13 [LYS] A:1371 [G] ✔
1i:11 [LYS] 1a:1372 [U] I:13 [LYS] A:1372 [U] ✔
1i:11 [LYS] 1a:1373 [G] I:13 [LYS] A:1373 [G] ✔
1i:66 [ARG] 1a:1129 [C] I:68 [LYS] A:1129 [C] ✔
1i:66 [ARG] 1a:1148 [U] I:68 [LYS] A:1148 [U] ✔
1i:66 [ARG] 1a:1250 [A] I:68 [LYS] A:1250 [A] ✔
1i:62 [TYR] 1a:1130 [A] I:64 [TYR] A:1130 [A] ✔
1i:40 [LEU] 1a:1290 [G] I:41 [ARG] A:1290 [G] ✔
1i:93 [ARG] 1a:1178 [G] I:95 [ARG] A:1178 [G] ✔
1i:93 [ARG] 1a:1179 [A] I:95 [ARG] A:1179 [A] ✔
1i:119 [ALA] 1a:1348 [U] I:121 [ALA] A:1348 [U] ✔
1i:119 [ALA] 1a:1349 [A] I:121 [ALA] A:1349 [A] ✔
1i:36 [TYR] 1a:1248 [A] I:38 [TYR] A:1248 [A] ✔
1i:36 [TYR] 1a:1249 [C] I:38 [TYR] A:1249 [C] ✔
1i:73 [GLN] 1a:1249 [C] I:75 [GLN] A:1249 [C] ✔
1i:73 [GLN] 1a:1250 [A] I:75 [GLN] A:1250 [A] ✔
1i:9 [ARG] 1a:1118 [C] I:11 [ARG] A:1118 [U] ✔
1i:9 [ARG] 1a:1119 [C] I:11 [ARG] A:1119 [C] ✔
1i:9 [ARG] 1a:1148 [U] I:11 [ARG] A:1148 [U] ✔
1i:9 [ARG] 1a:1149 [C] I:11 [ARG] A:1149 [C] ✔
1i:68 [GLY] 1a:1249 [C] I:70 [GLY] A:1249 [C] ✔
1i:68 [GLY] 1a:1250 [A] I:70 [GLY] A:1250 [A] ✔
1i:68 [GLY] 1a:1251 [A] I:70 [GLY] A:1251 [A] ✔
1i:68 [GLY] 1a:1370 [G] I:70 [GLY] A:1370 [G] ✔
1i:68 [GLY] 1a:1371 [G] I:70 [GLY] A:1371 [G] ✔
1i:83 [ARG] 1a:1118 [C] I:85 [ARG] A:1118 [U] ✔
1i:83 [ARG] 1a:1119 [C] I:85 [ARG] A:1119 [C] ✔
1i:118 [LYS] 1a:1349 [A] I:120 [LYS] A:1349 [A] ✔
1i:118 [LYS] 1a:1350 [A] I:120 [LYS] A:1350 [A] ✔
1i:118 [LYS] 1a:1351 [U] I:120 [LYS] A:1351 [U] ✔
1i:111 [ARG] 1a:1186 [G] I:113 [ARG] A:1186 [G] ✔
1i:111 [ARG] 1a:1187 [G] I:113 [ARG] A:1187 [G] ✔
1i:111 [ARG] 1a:1368 [G] I:113 [ARG] A:1368 [A] ✔
1i:111 [ARG] 1a:1369 [C] I:113 [ARG] A:1369 [C] ✔
1i:3 [GLN] 1a:1130 [A] I:5 [GLN] A:1130 [A] ✔
1i:3 [GLN] 1a:1131 [G] I:5 [GLN] A:1131 [G] ✔
1i:67 [GLY] 1a:1249 [C] I:69 [GLY] A:1249 [C] ✔
1i:67 [GLY] 1a:1250 [A] I:69 [GLY] A:1250 [A] ✔
1i:67 [GLY] 1a:1251 [A] I:69 [GLY] A:1251 [A] ✔
1i:97 [LYS] 1a:1178 [G] I:99 [ARG] A:1178 [G] ✔
1i:120 [ARG] 1a:1186 [G] I:122 [ARG] A:1186 [G] ✔
1i:120 [ARG] 1a:1343 [G] I:122 [ARG] A:1343 [G] ✔
1i:120 [ARG] 1a:1344 [C] I:122 [ARG] A:1344 [C] ✔
1i:120 [ARG] 1a:1345 [U] I:122 [ARG] A:1345 [U] ✔
1i:120 [ARG] 1a:1346 [A] I:122 [ARG] A:1346 [A] ✔
1i:120 [ARG] 1a:1348 [U] I:122 [ARG] A:1348 [U] ✔
1i:120 [ARG] 1a:1349 [A] I:122 [ARG] A:1349 [A] ✔
1i:116 [LYS] 1a:1367 [C] I:118 [LEU] A:1367 [C] ✔
1i:109 [VAL] 1a:1347 [G] I:111 [VAL] A:1347 [G] ✔
1i:109 [VAL] 1a:1348 [U] I:111 [VAL] A:1348 [U] ✔
1i:109 [VAL] 1a:1370 [G] I:111 [VAL] A:1370 [G] ✔
1i:109 [VAL] 1a:1371 [G] I:111 [VAL] A:1371 [G] ✔
1i:127 [LYS] 1a:966 [M2G] I:129 [LYS] A:966 [2MG] ✔
1i:127 [LYS] 1a:967 [5MC] I:129 [LYS] A:967 [5MC] ✔
1i:106 [ALA] 1a:1116 [C] I:108 [ALA] A:1116 [U] ✔
1i:106 [ALA] 1a:1117 [G] I:108 [ALA] A:1117 [A] ✔
1i:106 [ALA] 1a:1184 [G] I:108 [ALA] A:1184 [G] ✔
1i:115 [GLY] 1a:1367 [C] I:117 [GLY] A:1367 [C] ✔
1i:123 [PRO] 1a:1232 [U] I:125 [PRO] A:1232 [U] ✔
1i:123 [PRO] 1a:1233 [G] I:125 [PRO] A:1233 [G] ✔
1i:123 [PRO] 1a:1342 [C] I:125 [PRO] A:1342 [C] ✔
1i:123 [PRO] 1a:1343 [G] I:125 [PRO] A:1343 [G] ✔
1i:20 [ARG] 1a:1131 [G] I:22 [LYS] A:1131 [G] ✔
1i:70 [LYS] 1a:1248 [A] I:72 [ILE] A:1248 [A] ✔
1i:70 [LYS] 1a:1249 [C] I:72 [ILE] A:1249 [C] ✔
1i:70 [LYS] 1a:1371 [G] I:72 [ILE] A:1371 [G] ✔
1i:70 [LYS] 1a:1372 [U] I:72 [ILE] A:1372 [U] ✔
1i:14 [VAL] 1a:1148 [U] I:16 [ALA] A:1148 [U] ✔
1i:14 [VAL] 1a:1149 [C] I:16 [ALA] A:1149 [C] ✔
1i:13 [ALA] 1a:1371 [G] I:15 [SER] A:1371 [G] ✔
1i:126 [SER] 1a:970 [C] I:128 [SER] A:970 [C] ✔
1i:126 [SER] 1a:1231 [G] I:128 [SER] A:1231 [G] ✔
1i:126 [SER] 1a:1232 [U] I:128 [SER] A:1232 [U] ✔
1i:110 [GLU] 1a:1186 [G] I:112 [GLU] A:1186 [G] ✔
1i:110 [GLU] 1a:1347 [G] I:112 [GLU] A:1347 [G] ✔
1i:110 [GLU] 1a:1348 [U] I:112 [GLU] A:1348 [U] ✔
1i:122 [ALA] 1a:1233 [G] I:124 [ARG] A:1233 [G] ✔
1i:122 [ALA] 1a:1343 [G] I:124 [ARG] A:1343 [G] ✔
1i:122 [ALA] 1a:1344 [C] I:124 [ARG] A:1344 [C] ✔
1i:114 [TYR] 1a:1367 [C] I:116 [VAL] A:1367 [C] ✔
1i:114 [TYR] 1a:1368 [G] I:116 [VAL] A:1368 [A] ✔
1i:64 [THR] 1a:1129 [C] I:66 [THR] A:1129 [C] ❌ 7K00_I_A
1i:121 [ARG] 1a:1233 [G] I:123 [ARG] A:1233 [G] ❌ 7K00_I_A
1i:117 [HIS] 1a:1232 [U] I:119 [ARG] A:1232 [U] ❌ 7K00_I_A
1i:10 [ARG] 1a:1371 [G] I:12 [ARG] A:1371 [G] ❌ 7K00_I_A
1i:108 [VAL] 1a:1371 [G] I:110 [GLN] A:1371 [G] ❌ 7K00_I_A
1i:66 [ARG] 1a:1249 [C] I:68 [LYS] A:1249 [C] ❌ 7K00_I_A
1i:73 [GLN] 1a:1372 [U] I:75 [GLN] A:1372 [U] ❌ 7K00_I_A
1i:68 [GLY] 1a:1372 [U] I:70 [GLY] A:1372 [U] ❌ 7K00_I_A
1i:83 [ARG] 1a:1179 [A] I:85 [ARG] A:1179 [A] ❌ 7K00_I_A
1i:116 [LYS] 1a:1344 [C] I:118 [LEU] A:1344 [C] ❌ 7K00_I_A
1i:127 [LYS] 1a:1342 [C] I:129 [LYS] A:1342 [C] ❌ 7K00_I_A
1i:20 [ARG] 1a:1130 [A] I:22 [LYS] A:1130 [A] ❌ 7K00_I_A
1i:108 [VAL] 1a:1117 [G] I:110 [GLN] A:1117 [A] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:109 [VAL] 1a:1373 [G] I:111 [VAL] A:1373 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:110 [GLU] 1a:1187 [G] I:112 [GLU] A:1187 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:111 [ARG] 1a:1367 [C] I:113 [ARG] A:1367 [C] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:120 [ARG] 1a:1347 [G] I:122 [ARG] A:1347 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:121 [ARG] 1a:942 [G] I:123 [ARG] A:942 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:126 [SER] 1a:967 [5MC] I:128 [SER] A:967 [5MC] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:128 [ARG] 1a:970 [C] I:130 [ARG] A:970 [C] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:128 [ARG] 1a:1231 [G] I:130 [ARG] A:1231 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:40 [LEU] 1a:1373 [G] I:41 [ARG] A:1373 [G] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:40 [LEU] 1a:1372 [U] I:41 [ARG] A:1372 [U] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:64 [THR] 1a:1130 [A] I:66 [THR] A:1130 [A] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:66 [ARG] 1a:1251 [A] I:68 [LYS] A:1251 [A] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:97 [LYS] 1a:1179 [A] I:99 [ARG] A:1179 [A] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:97 [LYS] 1a:1180 [A] I:99 [ARG] A:1180 [A] ❌ 4Y4O_1i_1a
1i:40 [LEU] 1a:1291 [G] I:41 [ARG] A:1291 [U] ❌ 7K00_A:1291 no longer at interface
1i:68 [GLY] 1a:1287 [A] I:70 [GLY] A:1287 [A] ❌ 7K00_A:1287 no longer at interface
1i:38 [GLN] 1a:1291 [G] I:40 [GLY] A:1291 [U] ❌ 7K00_I:40, 7K00_A:1291 no longer at interface
1i:38 [GLN] 1a:1292 [U] I:40 [GLY] A:1292 [G] ❌ 7K00_I:40, 7K00_A:1292 no longer at interface
1i:111 [ARG] 1a:1188 [A] I:113 [ARG] A:1188 [A] ❌ 7K00_A:1188 no longer at interface
1i:97 [LYS] 1a:1176 [A] I:99 [ARG] A:1176 [A] ❌ 7K00_A:1176 no longer at interface
1i:97 [LYS] 1a:1177 [G] I:99 [ARG] A:1177 [G] ❌ 7K00_A:1177 no longer at interface
1i:120 [ARG] 1a:1185 [G] I:122 [ARG] A:1185 [G] ❌ 7K00_A:1185 no longer at interface
1i:110 [GLU] 1a:1185 [G] I:112 [GLU] A:1185 [G] ❌ 7K00_A:1185 no longer at interface
1i:114 [TYR] 1a:1188 [A] I:116 [VAL] A:1188 [A] ❌ 7K00_A:1188 no longer at interface
1i:114 [TYR] 1a:1189 [C] I:116 [VAL] A:1189 [U] ❌ 7K00_A:1189 no longer at interface
1i:117 [HIS] 1a:1234 [C] I:119 [ARG] A:1234 [C] ❌ 4Y4O_1a:1234 no longer at interface
1i:125 [TYR] 1a:1341 [U] I:127 [PHE] A:1341 [U] ❌ 4Y4O_1a:1341 no longer at interface
1i:128 [ARG] 1a:1230 [C] I:130 [ARG] A:1230 [C] ❌ 4Y4O_1a:1230 no longer at interface
1i:128 [ARG] 1a:969 [A] I:130 [ARG] A:969 [A] ❌ 4Y4O_1a:969 no longer at interface
1i:66 [ARG] 1a:1128 [C] I:68 [LYS] A:1128 [C] ❌ 4Y4O_1a:1128 no longer at interface
1i:42 [ARG] 1a:1373 [G] I:43 [THR] A:1373 [G] ❌ 7K00_I:43 no longer at interface
1i:31 [GLN] 1a:1248 [A] I:33 [ARG] A:1248 [A] ❌ 4Y4O_1i:31 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.98 0.9 0.71 0.96 0.98 0.98 0.91 0.91 0.91 0.64 0.40


Other pairs involving 4Y4O_1i_1a or 7K00_I_A

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_I_A 7K00_I_A 0.84 0.97 1.43 0.69 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_I_A 4Y4O_1i_1a 0.90 0.99 1.78 0.91 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1i_1a 7K00_I_A 0.91 0.98 0.9 0.71 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1i_1a 7O7Y_Ap_A2 0.70 0.93 2.23 0.3 Ribosomal protein S5 domain 2-like compare
4Y4O_1i_1a 7RYG_i_a 0.28 0.9 4.73 0.17 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1i_1a 6S0X_i_a 0.49 0.95 3.36 0.33 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_i_a 7K00_I_A 0.49 0.96 3.04 0.31 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_I_A 7RYG_i_a 0.27 0.92 4.39 0.13 Ribosomal protein S5 domain 2-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_I_A 7O7Y_Ap_A2 0.70 0.92 2.24 0.38 Ribosomal protein S5 domain 2-like compare