Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0X_i
|
6S0X_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| i:10 [GLY] | a:1158 [U] | 4.28 | 57.68 | |||
| i:11 [THR] | a:1130 [G] | 4.36 | 41.53 | |||
| i:11 [THR] | a:1158 [U] | 3.3 | 41.53 | |||
| i:11 [THR] | a:1159 [C] | 3.34 | 41.53 | |||
| i:12 [GLY] | a:1129 [A] | 4.88 | a:1165 [U] | 88.69 | ||
| i:13 [ARG] | a:1128 [A] | 4.01 | 79.99 | |||
| i:13 [ARG] | a:1129 [A] | 3.23 | a:1165 [U] | 79.99 | ||
| i:13 [ARG] | a:1130 [G] | 3.47 | 79.99 | |||
| i:13 [ARG] | a:1160 [U] | 4.12 | a:1135 [G] | 79.99 | ||
| i:14 [ARG] | a:1357 [G] | 4.56 | a:1358 [U] | 92.15 | ||
| i:15 [LYS] | a:1357 [G] | 4.46 | a:1358 [U] | 98.28 | ||
| i:15 [LYS] | a:1380 [G] | 4.68 | a:1362 [C] | 98.28 | ||
| i:15 [LYS] | a:1381 [G] | 2.34 | a:1361 [U] | 98.28 | ||
| i:15 [LYS] | a:1382 [U] | 4.06 | a:1360 [A] | 98.28 | ||
| i:15 [LYS] | a:1383 [G] | 4.44 | 98.28 | |||
| i:16 [ASN] | a:1261 [A] | 2.38 | a:1295 [A] | sugar:SC | 62.94 | |
| i:16 [ASN] | a:1262 [A] | 4.37 | 62.94 | |||
| i:16 [ASN] | a:1379 [C] | 3.64 | a:1363 [G] | 62.94 | ||
| i:16 [ASN] | a:1380 [G] | 2.83 | a:1362 [C] | 62.94 | ||
| i:17 [SER] | a:1381 [G] | 4.07 | a:1361 [U] | 88.69 | ||
| i:18 [VAL] | a:1159 [C] | 3.23 | 51.95 | |||
| i:18 [VAL] | a:1160 [U] | 3.27 | a:1135 [G] | 51.95 | ||
| i:19 [ALA] | a:1159 [C] | 2.86 | 98.14 | |||
| i:20 [ARG] | a:1139 [C] | 2.82 | 71.39 | |||
| i:20 [ARG] | a:1140 [C] | 2.74 | a:1153 [G] | 71.39 | ||
| i:20 [ARG] | a:1141 [A] | 4.38 | 71.39 | |||
| i:20 [ARG] | a:1158 [U] | 2.69 | base:SC | 71.39 | ||
| i:20 [ARG] | a:1159 [C] | 3.33 | base/AA stacks | 71.39 | ||
| i:21 [VAL] | a:1158 [U] | 4.98 | 87.33 | |||
| i:22 [ARG] | a:1140 [C] | 4.87 | a:1153 [G] | 1.45 | ||
| i:22 [ARG] | a:1141 [A] | 2.77 | base:SC, sugar:SC | 1.45 | ||
| i:22 [ARG] | a:1157 [C] | 4.43 | a:1155 [C] | 1.45 | ||
| i:22 [ARG] | a:1158 [U] | 4.04 | 1.45 | |||
| i:24 [VAL] | a:1142 [U] | 4.02 | 37.25 | |||
| i:34 [ASN] | a:1141 [A] | 4.66 | 58.25 | |||
| i:39 [GLU] | a:1300 [G] | 3.87 | a:1257 [U] | base:SC | 38.25 | |
| i:40 [TYR] | a:1258 [A] | 3.94 | 66.07 | |||
| i:40 [TYR] | a:1259 [C] | 3.31 | 66.07 | |||
| i:42 [PRO] | a:1258 [A] | 4.54 | 27.38 | |||
| i:42 [PRO] | a:1300 [G] | 3.31 | a:1257 [U] | 27.38 | ||
| i:42 [PRO] | a:1301 [U] | 4.69 | a:1256 [A] | 27.38 | ||
| i:43 [PHE] | a:1299 [A] | 4.76 | 25.77 | |||
| i:43 [PHE] | a:1300 [G] | 3.21 | a:1257 [U] | 25.77 | ||
| i:43 [PHE] | a:1382 [U] | 4.06 | a:1360 [A] | 25.77 | ||
| i:43 [PHE] | a:1383 [G] | 4.16 | 25.77 | |||
| i:46 [LEU] | a:1383 [G] | 4.97 | 7.3 | |||
| i:66 [LEU] | a:1141 [A] | 3.91 | 0.0 | |||
| i:66 [LEU] | a:1142 [U] | 3.87 | 0.0 | |||
| i:68 [ASN] | a:1139 [C] | 4.45 | 38.88 | |||
| i:68 [ASN] | a:1140 [C] | 2.43 | a:1153 [G] | 38.88 | ||
| i:68 [ASN] | a:1141 [A] | 2.49 | 38.88 | |||
| i:69 [VAL] | a:1140 [C] | 4.76 | a:1153 [G] | 85.84 | ||
| i:70 [HIS] | a:1139 [C] | 3.55 | 15.77 | |||
| i:70 [HIS] | a:1159 [C] | 4.28 | 15.77 | |||
| i:70 [HIS] | a:1160 [U] | 3.59 | a:1135 [G] | 15.77 | ||
| i:71 [GLY] | a:1260 [A] | 4.3 | 87.91 | |||
| i:71 [GLY] | a:1261 [A] | 4.79 | a:1295 [A] | 87.91 | ||
| i:72 [GLY] | a:1259 [C] | 3.27 | 90.17 | |||
| i:72 [GLY] | a:1260 [A] | 3.15 | 90.17 | |||
| i:72 [GLY] | a:1261 [A] | 3.58 | a:1295 [A] | 90.17 | ||
| i:72 [GLY] | a:1380 [G] | 4.71 | a:1362 [C] | 90.17 | ||
| i:72 [GLY] | a:1381 [G] | 4.21 | a:1361 [U] | 90.17 | ||
| i:73 [GLY] | a:1259 [C] | 3.16 | 96.27 | |||
| i:73 [GLY] | a:1260 [A] | 3.22 | 96.27 | |||
| i:73 [GLY] | a:1380 [G] | 3.73 | a:1362 [C] | 96.27 | ||
| i:73 [GLY] | a:1381 [G] | 3.0 | a:1361 [U] | 96.27 | ||
| i:74 [PHE] | a:1258 [A] | 4.26 | 8.36 | |||
| i:74 [PHE] | a:1259 [C] | 2.46 | sugar:BB | 8.36 | ||
| i:74 [PHE] | a:1298 [A] | 4.71 | 8.36 | |||
| i:74 [PHE] | a:1299 [A] | 3.24 | 8.36 | |||
| i:74 [PHE] | a:1381 [G] | 4.93 | a:1361 [U] | 8.36 | ||
| i:75 [THR] | a:1259 [C] | 4.99 | 67.56 | |||
| i:75 [THR] | a:1381 [G] | 2.7 | a:1361 [U] | 67.56 | ||
| i:75 [THR] | a:1382 [U] | 2.75 | a:1360 [A] | 67.56 | ||
| i:75 [THR] | a:1383 [G] | 4.66 | 67.56 | |||
| i:76 [GLY] | a:1381 [G] | 3.96 | a:1361 [U] | 75.27 | ||
| i:76 [GLY] | a:1382 [U] | 4.85 | a:1360 [A] | 75.27 | ||
| i:77 [GLN] | a:1259 [C] | 3.97 | 92.7 | |||
| i:77 [GLN] | a:1260 [A] | 2.81 | 92.7 | |||
| i:83 [HIS] | a:1129 [A] | 4.02 | a:1165 [U] | 51.37 | ||
| i:83 [HIS] | a:1130 [G] | 4.94 | 51.37 | |||
| i:87 [ARG] | a:1129 [A] | 2.51 | a:1165 [U] | sugar:SC | 81.79 | |
| i:87 [ARG] | a:1130 [G] | 2.54 | 81.79 | |||
| i:87 [ARG] | a:1189 [A] | 4.18 | a:1166 [G] | 81.79 | ||
| i:98 [GLY] | a:1187 [G] | 4.81 | a:1191 [G] | 12.17 | ||
| i:101 [LYS] | a:1187 [G] | 2.86 | a:1191 [G] | 58.81 | ||
| i:101 [LYS] | a:1188 [G] | 3.31 | a:1167 [A] | 58.81 | ||
| i:101 [LYS] | a:1190 [A] | 3.89 | 58.81 | |||
| i:102 [ARG] | a:1186 [A] | 4.72 | 42.5 | |||
| i:102 [ARG] | a:1187 [G] | 3.31 | a:1191 [G] | 42.5 | ||
| i:106 [LEU] | a:1189 [A] | 4.13 | a:1166 [G] | 76.81 | ||
| i:107 [THR] | a:1129 [A] | 4.43 | a:1165 [U] | 84.07 | ||
| i:107 [THR] | a:1189 [A] | 2.29 | a:1166 [G] | sugar:BB | 84.07 | |
| i:107 [THR] | a:1190 [A] | 3.1 | 84.07 | |||
| i:108 [ARG] | a:1128 [A] | 4.3 | 53.17 | |||
| i:108 [ARG] | a:1129 [A] | 3.77 | a:1165 [U] | 53.17 | ||
| i:108 [ARG] | a:1189 [A] | 3.21 | a:1166 [G] | 53.17 | ||
| i:108 [ARG] | a:1190 [A] | 3.45 | 53.17 | |||
| i:109 [ASP] | a:1128 [A] | 2.9 | 98.89 | |||
| i:109 [ASP] | a:1129 [A] | 2.92 | a:1165 [U] | 98.89 | ||
| i:111 [ARG] | a:1356 [A] | 2.66 | a:1385 [A] | sugar:SC | 98.39 | |
| i:111 [ARG] | a:1357 [G] | 3.84 | a:1358 [U] | 98.39 | ||
| i:112 [MET] | a:1127 [U] | 3.01 | a:1194 [G] | 24.71 | ||
| i:112 [MET] | a:1128 [A] | 3.95 | 24.71 | |||
| i:112 [MET] | a:1357 [G] | 3.27 | a:1358 [U] | 24.71 | ||
| i:113 [LYS] | a:1357 [G] | 3.37 | a:1358 [U] | 65.27 | ||
| i:113 [LYS] | a:1358 [U] | 3.78 | a:1357 [G] | 65.27 | ||
| i:113 [LYS] | a:1380 [G] | 3.87 | a:1362 [C] | 65.27 | ||
| i:113 [LYS] | a:1381 [G] | 4.02 | a:1361 [U] | 65.27 | ||
| i:113 [LYS] | a:1383 [G] | 4.98 | 65.27 | |||
| i:114 [GLU] | a:1357 [G] | 3.41 | a:1358 [U] | 93.04 | ||
| i:114 [GLU] | a:1358 [U] | 2.85 | a:1357 [G] | 93.04 | ||
| i:115 [ARG] | a:1358 [U] | 4.47 | a:1357 [G] | 93.43 | ||
| i:115 [ARG] | a:1377 [U] | 4.82 | a:1365 [A] | 93.43 | ||
| i:115 [ARG] | a:1378 [A] | 2.43 | a:1364 [U] | 93.43 | ||
| i:115 [ARG] | a:1379 [C] | 3.24 | a:1363 [G] | 93.43 | ||
| i:116 [LYS] | a:1377 [U] | 4.16 | a:1365 [A] | 83.0 | ||
| i:116 [LYS] | a:1378 [A] | 3.24 | a:1364 [U] | 83.0 | ||
| i:116 [LYS] | a:1379 [C] | 3.69 | a:1363 [G] | 83.0 | ||
| i:117 [LYS] | a:1196 [G] | 3.61 | a:1125 [C] | 92.12 | ||
| i:117 [LYS] | a:1197 [G] | 2.98 | a:1124 [C] | 92.12 | ||
| i:118 [PRO] | a:1378 [A] | 4.15 | a:1364 [U] | 48.84 | ||
| i:120 [LEU] | a:1377 [U] | 4.13 | a:1365 [A] | 69.59 | ||
| i:121 [LYS] | a:1377 [U] | 4.31 | a:1365 [A] | 52.2 | ||
| i:122 [ALA] | a:1359 [A] | 3.24 | 75.71 | |||
| i:123 [ALA] | a:1358 [U] | 3.27 | a:1357 [G] | 93.18 | ||
| i:123 [ALA] | a:1359 [A] | 2.86 | 93.18 | |||
| i:124 [ARG] | a:1353 [G] | 4.23 | a:949 [C] | 98.55 | ||
| i:124 [ARG] | a:1354 [C] | 3.07 | a:948 [G] | 98.55 | ||
| i:124 [ARG] | a:1355 [U] | 3.33 | a:946 [A] | 98.55 | ||
| i:124 [ARG] | a:1358 [U] | 4.21 | a:1357 [G] | 98.55 | ||
| i:124 [ARG] | a:1359 [A] | 4.86 | 98.55 | |||
| i:125 [ARG] | a:1353 [G] | 4.72 | a:949 [C] | 80.25 | ||
| i:125 [ARG] | a:1354 [C] | 4.91 | a:948 [G] | 80.25 | ||
| i:125 [ARG] | a:1359 [A] | 3.75 | 80.25 | |||
| i:126 [SER] | a:1353 [G] | 4.52 | a:949 [C] | 59.09 | ||
| i:126 [SER] | a:1354 [C] | 4.96 | a:948 [G] | 59.09 | ||
| i:128 [GLN] | a:980 [G] | 3.79 | 90.59 | |||
| i:128 [GLN] | a:1242 [U] | 3.79 | a:958 [A] | 90.59 | ||
| i:128 [GLN] | a:1243 [G] | 3.69 | a:957 [C] | 90.59 | ||
| i:128 [GLN] | a:1352 [C] | 2.41 | a:950 [G] | sugar:SC, sugar:SC, sugar:SC | 90.59 | |
| i:128 [GLN] | a:1353 [G] | 4.96 | a:949 [C] | 90.59 | ||
| i:129 [PHE] | a:1242 [U] | 3.94 | a:958 [A] | 70.8 | ||
| i:129 [PHE] | a:1352 [C] | 3.15 | a:950 [G] | 70.8 | ||
| i:129 [PHE] | a:1353 [G] | 3.2 | a:949 [C] | 70.8 | ||
| i:130 [SER] | a:979 [C] | 3.53 | a:960 [G] | 85.64 | ||
| i:130 [SER] | a:980 [G] | 2.31 | 85.64 | |||
| i:130 [SER] | a:1241 [G] | 2.33 | a:959 [U] | sugar:SC | 85.64 | |
| i:130 [SER] | a:1242 [U] | 3.61 | a:958 [A] | 85.64 | ||
| i:131 [LYS] | a:975 [G] | 3.51 | 89.22 | |||
| i:131 [LYS] | a:976 [C] | 3.96 | 89.22 | |||
| i:131 [LYS] | a:979 [C] | 4.74 | a:960 [G] | 89.22 | ||
| i:132 [ARG] | a:975 [G] | 4.41 | 98.89 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group92 | 6S0X_i_a | i: 30s ribosomal protein s9, Staphylococcus aureus (natural) a: 16s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | A0A1Q4GY48 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0X_i_a | 7RYG_i_a | 0.44 | 0.96 | 3.4 | 0.43 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_i_a | 7O7Y_Ap_A2 | 0.47 | 0.89 | 3.49 | 0.2 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | compare | |
| 4Y4O_1i_1a | 6S0X_i_a | 0.49 | 0.95 | 3.36 | 0.33 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_i_a | 7K00_I_A | 0.49 | 0.96 | 3.04 | 0.31 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_I_A | 6S0X_i_a | 0.50 | 0.96 | 3.04 | 0.4 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |