Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_I
|
7K00_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| I:5 [GLN] | A:1130 [A] | 2.76 | sugar:SC | 39.33 | ||
| I:5 [GLN] | A:1131 [G] | 3.58 | 39.33 | |||
| I:7 [TYR] | A:1147 [C] | 2.6 | 12.33 | |||
| I:7 [TYR] | A:1148 [U] | 3.49 | 12.33 | |||
| I:9 [THR] | A:1119 [C] | 4.74 | A:1154 [G] | 52.53 | ||
| I:9 [THR] | A:1147 [C] | 3.38 | 52.53 | |||
| I:9 [THR] | A:1148 [U] | 2.64 | 52.53 | |||
| I:11 [ARG] | A:1118 [U] | 2.95 | A:1155 [A] | 80.07 | ||
| I:11 [ARG] | A:1119 [C] | 2.98 | A:1154 [G] | 80.07 | ||
| I:11 [ARG] | A:1148 [U] | 4.04 | 80.07 | |||
| I:11 [ARG] | A:1149 [C] | 2.79 | A:1124 [G] | 80.07 | ||
| I:12 [ARG] | A:1347 [G] | 2.61 | base:SC, base:SC | 92.18 | ||
| I:13 [LYS] | A:1347 [G] | 3.38 | 95.88 | |||
| I:13 [LYS] | A:1371 [G] | 3.36 | A:1351 [U] | 95.88 | ||
| I:13 [LYS] | A:1372 [U] | 2.95 | A:1350 [A] | 95.88 | ||
| I:13 [LYS] | A:1373 [G] | 2.89 | A:1349 [A] | base:SC, base:SC | 95.88 | |
| I:14 [SER] | A:1250 [A] | 3.21 | sugar:SC | 70.99 | ||
| I:14 [SER] | A:1251 [A] | 3.96 | 70.99 | |||
| I:14 [SER] | A:1370 [G] | 3.06 | A:1352 [C] | 70.99 | ||
| I:14 [SER] | A:1371 [G] | 2.58 | A:1351 [U] | 70.99 | ||
| I:15 [SER] | A:1371 [G] | 4.95 | A:1351 [U] | 86.94 | ||
| I:16 [ALA] | A:1148 [U] | 3.63 | 53.56 | |||
| I:16 [ALA] | A:1149 [C] | 3.71 | A:1124 [G] | 53.56 | ||
| I:18 [ARG] | A:1129 [C] | 3.79 | A:1143 [G] | 68.24 | ||
| I:18 [ARG] | A:1130 [A] | 2.84 | 68.24 | |||
| I:18 [ARG] | A:1146 [A] | 3.59 | base:SC | 68.24 | ||
| I:18 [ARG] | A:1147 [C] | 2.97 | base:SC, sugar:SC | 68.24 | ||
| I:18 [ARG] | A:1148 [U] | 3.49 | 68.24 | |||
| I:20 [PHE] | A:1130 [A] | 3.33 | 0.0 | |||
| I:20 [PHE] | A:1146 [A] | 4.63 | 0.0 | |||
| I:20 [PHE] | A:1147 [C] | 4.96 | 0.0 | |||
| I:22 [LYS] | A:1131 [G] | 4.92 | 10.17 | |||
| I:33 [ARG] | A:1248 [A] | 4.42 | A:1289 [A] | 52.08 | ||
| I:38 [TYR] | A:1248 [A] | 4.22 | A:1289 [A] | 70.51 | ||
| I:38 [TYR] | A:1249 [C] | 3.48 | A:1288 [A] | 70.51 | ||
| I:41 [ARG] | A:1290 [G] | 4.95 | A:1247 [U] | 46.39 | ||
| I:41 [ARG] | A:1372 [U] | 4.82 | A:1350 [A] | 46.39 | ||
| I:41 [ARG] | A:1373 [G] | 3.17 | A:1349 [A] | 46.39 | ||
| I:64 [TYR] | A:1130 [A] | 3.07 | 4.33 | |||
| I:66 [THR] | A:1130 [A] | 4.37 | 41.61 | |||
| I:67 [VAL] | A:1250 [A] | 4.9 | 88.72 | |||
| I:68 [LYS] | A:1128 [C] | 4.29 | A:1144 [G] | 35.42 | ||
| I:68 [LYS] | A:1129 [C] | 4.68 | A:1143 [G] | 35.42 | ||
| I:68 [LYS] | A:1148 [U] | 3.51 | base:SC | 35.42 | ||
| I:68 [LYS] | A:1250 [A] | 3.87 | 35.42 | |||
| I:68 [LYS] | A:1251 [A] | 4.99 | 35.42 | |||
| I:69 [GLY] | A:1249 [C] | 4.48 | A:1288 [A] | 91.33 | ||
| I:69 [GLY] | A:1250 [A] | 2.91 | 91.33 | |||
| I:69 [GLY] | A:1251 [A] | 3.5 | 91.33 | |||
| I:70 [GLY] | A:1249 [C] | 2.66 | A:1288 [A] | sugar:BB | 93.96 | |
| I:70 [GLY] | A:1250 [A] | 3.41 | sugar:BB | 93.96 | ||
| I:70 [GLY] | A:1251 [A] | 4.84 | 93.96 | |||
| I:70 [GLY] | A:1370 [G] | 4.86 | A:1352 [C] | 93.96 | ||
| I:70 [GLY] | A:1371 [G] | 3.65 | A:1351 [U] | 93.96 | ||
| I:71 [GLY] | A:1249 [C] | 3.27 | A:1288 [A] | 95.44 | ||
| I:71 [GLY] | A:1371 [G] | 3.13 | A:1351 [U] | 95.44 | ||
| I:71 [GLY] | A:1372 [U] | 3.21 | A:1350 [A] | 95.44 | ||
| I:72 [ILE] | A:1248 [A] | 4.36 | A:1289 [A] | 3.89 | ||
| I:72 [ILE] | A:1249 [C] | 4.07 | A:1288 [A] | 3.89 | ||
| I:72 [ILE] | A:1371 [G] | 4.21 | A:1351 [U] | 3.89 | ||
| I:72 [ILE] | A:1372 [U] | 3.33 | A:1350 [A] | 3.89 | ||
| I:73 [SER] | A:1372 [U] | 2.8 | A:1350 [A] | 72.23 | ||
| I:73 [SER] | A:1373 [G] | 2.69 | A:1349 [A] | 72.23 | ||
| I:74 [GLY] | A:1372 [U] | 2.92 | A:1350 [A] | 77.0 | ||
| I:75 [GLN] | A:1249 [C] | 2.96 | A:1288 [A] | 93.0 | ||
| I:75 [GLN] | A:1250 [A] | 3.55 | 93.0 | |||
| I:85 [ARG] | A:1118 [U] | 3.33 | A:1155 [A] | 81.97 | ||
| I:85 [ARG] | A:1119 [C] | 2.2 | A:1154 [G] | 81.97 | ||
| I:95 [ARG] | A:1178 [G] | 3.84 | A:1157 [A] | 59.21 | ||
| I:95 [ARG] | A:1179 [A] | 3.52 | A:1156 [G] | 59.21 | ||
| I:99 [ARG] | A:1178 [G] | 3.4 | A:1157 [A] | base/AA stacks | 62.88 | |
| I:99 [ARG] | A:1179 [A] | 3.06 | A:1156 [G] | 62.88 | ||
| I:99 [ARG] | A:1180 [A] | 2.81 | 62.88 | |||
| I:104 [VAL] | A:1179 [A] | 3.67 | A:1156 [G] | 76.53 | ||
| I:105 [THR] | A:1179 [A] | 3.48 | A:1156 [G] | 76.71 | ||
| I:105 [THR] | A:1180 [A] | 2.48 | 76.71 | |||
| I:106 [ARG] | A:1117 [A] | 2.8 | 56.89 | |||
| I:106 [ARG] | A:1118 [U] | 3.01 | A:1155 [A] | 56.89 | ||
| I:106 [ARG] | A:1179 [A] | 3.34 | A:1156 [G] | sugar:BB | 56.89 | |
| I:108 [ALA] | A:1116 [U] | 4.54 | A:1184 [G] | 51.58 | ||
| I:108 [ALA] | A:1117 [A] | 3.53 | 51.58 | |||
| I:108 [ALA] | A:1184 [G] | 4.11 | A:1116 [U] | 51.58 | ||
| I:109 [ARG] | A:1346 [A] | 4.28 | A:1375 [A] | 93.74 | ||
| I:109 [ARG] | A:1347 [G] | 3.32 | base/AA stacks | 93.74 | ||
| I:110 [GLN] | A:1116 [U] | 3.66 | A:1184 [G] | 24.33 | ||
| I:110 [GLN] | A:1117 [A] | 4.38 | 24.33 | |||
| I:110 [GLN] | A:1347 [G] | 3.26 | 24.33 | |||
| I:110 [GLN] | A:1348 [U] | 4.11 | A:1374 [A] | 24.33 | ||
| I:111 [VAL] | A:1347 [G] | 3.71 | 62.55 | |||
| I:111 [VAL] | A:1348 [U] | 3.5 | A:1374 [A] | 62.55 | ||
| I:111 [VAL] | A:1370 [G] | 3.75 | A:1352 [C] | 62.55 | ||
| I:111 [VAL] | A:1371 [G] | 3.32 | A:1351 [U] | 62.55 | ||
| I:111 [VAL] | A:1373 [G] | 4.74 | A:1349 [A] | 62.55 | ||
| I:112 [GLU] | A:1186 [G] | 3.67 | A:1114 [C] | 90.67 | ||
| I:112 [GLU] | A:1187 [G] | 4.72 | A:1113 [C] | 90.67 | ||
| I:112 [GLU] | A:1347 [G] | 4.34 | 90.67 | |||
| I:112 [GLU] | A:1348 [U] | 2.68 | A:1374 [A] | 90.67 | ||
| I:113 [ARG] | A:1186 [G] | 3.98 | A:1114 [C] | 86.92 | ||
| I:113 [ARG] | A:1187 [G] | 3.79 | A:1113 [C] | 86.92 | ||
| I:113 [ARG] | A:1367 [C] | 4.98 | A:1355 [G] | 86.92 | ||
| I:113 [ARG] | A:1368 [A] | 2.6 | A:1354 [U] | 86.92 | ||
| I:113 [ARG] | A:1369 [C] | 3.43 | A:1353 [G] | 86.92 | ||
| I:114 [LYS] | A:1367 [C] | 2.93 | A:1355 [G] | 83.04 | ||
| I:114 [LYS] | A:1368 [A] | 2.85 | A:1354 [U] | 83.04 | ||
| I:114 [LYS] | A:1369 [C] | 2.92 | A:1353 [G] | 83.04 | ||
| I:115 [LYS] | A:1186 [G] | 3.31 | A:1114 [C] | sugar:SC | 90.09 | |
| I:115 [LYS] | A:1187 [G] | 3.47 | A:1113 [C] | 90.09 | ||
| I:115 [LYS] | A:1367 [C] | 4.5 | A:1355 [G] | 90.09 | ||
| I:115 [LYS] | A:1368 [A] | 3.24 | A:1354 [U] | 90.09 | ||
| I:116 [VAL] | A:1367 [C] | 3.68 | A:1355 [G] | 48.37 | ||
| I:116 [VAL] | A:1368 [A] | 3.54 | A:1354 [U] | 48.37 | ||
| I:117 [GLY] | A:1367 [C] | 2.76 | A:1355 [G] | 84.05 | ||
| I:118 [LEU] | A:1367 [C] | 3.63 | A:1355 [G] | 71.0 | ||
| I:119 [ARG] | A:1233 [G] | 3.29 | A:948 [C] | 58.55 | ||
| I:119 [ARG] | A:1234 [C] | 3.26 | A:947 [G] | 58.55 | ||
| I:119 [ARG] | A:1366 [C] | 4.7 | A:1356 [G] | 58.55 | ||
| I:120 [LYS] | A:1349 [A] | 3.26 | A:1373 [G] | 74.58 | ||
| I:120 [LYS] | A:1350 [A] | 2.95 | A:1372 [U] | base:SC | 74.58 | |
| I:120 [LYS] | A:1351 [U] | 3.18 | A:1371 [G] | base:SC | 74.58 | |
| I:121 [ALA] | A:1348 [U] | 4.19 | A:1374 [A] | 90.15 | ||
| I:121 [ALA] | A:1349 [A] | 3.73 | A:1373 [G] | 90.15 | ||
| I:122 [ARG] | A:1186 [G] | 4.03 | A:1114 [C] | 93.57 | ||
| I:122 [ARG] | A:1343 [G] | 4.25 | A:940 [C] | 93.57 | ||
| I:122 [ARG] | A:1344 [C] | 3.22 | A:939 [G] | 93.57 | ||
| I:122 [ARG] | A:1345 [U] | 2.7 | A:1376 [U] | 93.57 | ||
| I:122 [ARG] | A:1346 [A] | 2.71 | A:1375 [A] | 93.57 | ||
| I:122 [ARG] | A:1347 [G] | 4.54 | 93.57 | |||
| I:122 [ARG] | A:1348 [U] | 3.48 | A:1374 [A] | 93.57 | ||
| I:122 [ARG] | A:1349 [A] | 2.99 | A:1373 [G] | 93.57 | ||
| I:123 [ARG] | A:941 [G] | 3.71 | A:1342 [C] | 78.3 | ||
| I:123 [ARG] | A:942 [G] | 4.48 | A:1341 [U] | 78.3 | ||
| I:123 [ARG] | A:1342 [C] | 4.58 | A:941 [G] | 78.3 | ||
| I:123 [ARG] | A:1343 [G] | 3.1 | A:940 [C] | 78.3 | ||
| I:123 [ARG] | A:1344 [C] | 4.39 | A:939 [G] | 78.3 | ||
| I:123 [ARG] | A:1348 [U] | 4.72 | A:1374 [A] | 78.3 | ||
| I:123 [ARG] | A:1349 [A] | 2.91 | A:1373 [G] | 78.3 | ||
| I:123 [ARG] | A:1350 [A] | 3.04 | A:1372 [U] | 78.3 | ||
| I:124 [ARG] | A:1233 [G] | 4.94 | A:948 [C] | 74.2 | ||
| I:124 [ARG] | A:1343 [G] | 3.46 | A:940 [C] | sugar:BB | 74.2 | |
| I:124 [ARG] | A:1344 [C] | 3.07 | A:939 [G] | 74.2 | ||
| I:125 [PRO] | A:1232 [U] | 4.64 | A:949 [A] | 44.38 | ||
| I:125 [PRO] | A:1233 [G] | 3.5 | A:948 [C] | 44.38 | ||
| I:125 [PRO] | A:1342 [C] | 4.47 | A:941 [G] | 44.38 | ||
| I:125 [PRO] | A:1343 [G] | 4.13 | A:940 [C] | 44.38 | ||
| I:126 [GLN] | A:942 [G] | 3.02 | A:1341 [U] | base:SC | 86.34 | |
| I:126 [GLN] | A:943 [U] | 2.83 | A:1340 [A] | sugar:SC, sugar:SC | 86.34 | |
| I:126 [GLN] | A:1232 [U] | 3.09 | A:949 [A] | 86.34 | ||
| I:126 [GLN] | A:1233 [G] | 2.82 | A:948 [C] | 86.34 | ||
| I:126 [GLN] | A:1342 [C] | 3.48 | A:941 [G] | 86.34 | ||
| I:127 [PHE] | A:967 [5MC] | 3.1 | 65.9 | |||
| I:127 [PHE] | A:968 [A] | 3.8 | 65.9 | |||
| I:127 [PHE] | A:1232 [U] | 4.33 | A:949 [A] | 65.9 | ||
| I:127 [PHE] | A:1341 [U] | 4.59 | A:942 [G] | 65.9 | ||
| I:127 [PHE] | A:1342 [C] | 3.06 | A:941 [G] | sugar:BB | 65.9 | |
| I:127 [PHE] | A:1343 [G] | 3.82 | A:940 [C] | 65.9 | ||
| I:128 [SER] | A:967 [5MC] | 4.33 | 86.92 | |||
| I:128 [SER] | A:970 [C] | 3.93 | 86.92 | |||
| I:128 [SER] | A:1231 [G] | 3.75 | A:950 [U] | 86.92 | ||
| I:128 [SER] | A:1232 [U] | 3.99 | A:949 [A] | 86.92 | ||
| I:129 [LYS] | A:966 [2MG] | 2.48 | sugar:BB | 84.37 | ||
| I:129 [LYS] | A:967 [5MC] | 3.7 | 84.37 | |||
| I:130 [ARG] | A:966 [2MG] | 4.13 | 98.34 | |||
| I:130 [ARG] | A:969 [A] | 3.83 | base:BB | 98.34 | ||
| I:130 [ARG] | A:970 [C] | 2.9 | base:BB | 98.34 | ||
| I:130 [ARG] | A:1230 [C] | 4.68 | A:951 [G] | 98.34 | ||
| I:130 [ARG] | A:1231 [G] | 4.23 | A:950 [U] | 98.34 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group92 | 7K00_I_A | I: 30s ribosomal protein s9, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7X3 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2VQE_I_A | 7K00_I_A | 0.84 | 0.97 | 1.43 | 0.69 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1i_1a | 7K00_I_A | 0.91 | 0.98 | 0.9 | 0.71 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_i_a | 7K00_I_A | 0.49 | 0.96 | 3.04 | 0.31 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_I_A | 7RYG_i_a | 0.27 | 0.92 | 4.39 | 0.13 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_I_A | 7O7Y_Ap_A2 | 0.70 | 0.92 | 2.24 | 0.38 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | compare |