Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_i
|
7RYG_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| i:5 [TYR] | a:1144 [C] | 2.46 | 0.56 | |||
| i:5 [TYR] | a:1145 [U] | 3.51 | 0.56 | |||
| i:7 [THR] | a:1144 [C] | 3.88 | 10.38 | |||
| i:7 [THR] | a:1145 [U] | 3.15 | 10.38 | |||
| i:9 [ARG] | a:1115 [U] | 3.11 | a:1152 [A] | 78.49 | ||
| i:9 [ARG] | a:1116 [C] | 3.33 | a:1151 [G] | 78.49 | ||
| i:9 [ARG] | a:1145 [U] | 4.25 | 78.49 | |||
| i:9 [ARG] | a:1146 [U] | 3.13 | 78.49 | |||
| i:10 [ARG] | a:1344 [G] | 3.0 | base:SC, base:SC | 92.79 | ||
| i:11 [LYS] | a:1344 [G] | 3.86 | 95.08 | |||
| i:11 [LYS] | a:1367 [G] | 4.98 | a:1349 [C] | 95.08 | ||
| i:11 [LYS] | a:1368 [G] | 2.83 | a:1348 [U] | 95.08 | ||
| i:11 [LYS] | a:1369 [U] | 2.72 | a:1347 [A] | 95.08 | ||
| i:11 [LYS] | a:1370 [G] | 3.38 | a:1346 [A] | base:SC | 95.08 | |
| i:12 [THR] | a:1247 [A] | 3.9 | 61.68 | |||
| i:12 [THR] | a:1248 [A] | 4.49 | 61.68 | |||
| i:12 [THR] | a:1367 [G] | 3.82 | a:1349 [C] | 61.68 | ||
| i:12 [THR] | a:1368 [G] | 2.75 | a:1348 [U] | 61.68 | ||
| i:14 [THR] | a:1145 [U] | 3.22 | 48.59 | |||
| i:14 [THR] | a:1146 [U] | 3.57 | 48.59 | |||
| i:16 [ARG] | a:1126 [C] | 3.52 | a:1140 [G] | 69.86 | ||
| i:16 [ARG] | a:1127 [A] | 3.54 | 69.86 | |||
| i:16 [ARG] | a:1143 [A] | 3.56 | base:SC | 69.86 | ||
| i:16 [ARG] | a:1144 [C] | 2.96 | base:SC, sugar:SC | 69.86 | ||
| i:16 [ARG] | a:1145 [U] | 3.54 | 69.86 | |||
| i:18 [PHE] | a:1127 [A] | 3.62 | 7.95 | |||
| i:31 [ARG] | a:1245 [A] | 3.09 | a:1286 [A] | sugar:SC | 56.24 | |
| i:31 [ARG] | a:1246 [C] | 4.23 | a:1285 [A] | 56.24 | ||
| i:36 [TYR] | a:1245 [A] | 4.1 | a:1286 [A] | 69.85 | ||
| i:36 [TYR] | a:1246 [C] | 3.76 | a:1285 [A] | 69.85 | ||
| i:38 [GLY] | a:1288 [C] | 3.54 | a:1243 [G] | 38.81 | ||
| i:39 [ARG] | a:1288 [C] | 4.43 | a:1243 [G] | 36.38 | ||
| i:39 [ARG] | a:1369 [U] | 3.75 | a:1347 [A] | 36.38 | ||
| i:39 [ARG] | a:1370 [G] | 3.26 | a:1346 [A] | 36.38 | ||
| i:62 [TYR] | a:1127 [A] | 3.62 | 1.13 | |||
| i:64 [THR] | a:1127 [A] | 4.44 | 42.12 | |||
| i:65 [VAL] | a:1247 [A] | 4.73 | 88.76 | |||
| i:66 [LYS] | a:1125 [C] | 4.03 | a:1141 [G] | 15.06 | ||
| i:66 [LYS] | a:1126 [C] | 4.12 | a:1140 [G] | 15.06 | ||
| i:66 [LYS] | a:1145 [U] | 4.35 | 15.06 | |||
| i:66 [LYS] | a:1247 [A] | 3.8 | 15.06 | |||
| i:67 [GLY] | a:1246 [C] | 4.68 | a:1285 [A] | 88.82 | ||
| i:67 [GLY] | a:1247 [A] | 2.94 | 88.82 | |||
| i:67 [GLY] | a:1248 [A] | 3.89 | 88.82 | |||
| i:68 [GLY] | a:1246 [C] | 2.66 | a:1285 [A] | sugar:BB | 91.19 | |
| i:68 [GLY] | a:1247 [A] | 3.55 | sugar:BB | 91.19 | ||
| i:68 [GLY] | a:1368 [G] | 4.15 | a:1348 [U] | 91.19 | ||
| i:69 [GLY] | a:1246 [C] | 3.53 | a:1285 [A] | 94.37 | ||
| i:69 [GLY] | a:1368 [G] | 3.32 | a:1348 [U] | 94.37 | ||
| i:69 [GLY] | a:1369 [U] | 3.36 | a:1347 [A] | 94.37 | ||
| i:70 [ILE] | a:1245 [A] | 3.51 | a:1286 [A] | 0.85 | ||
| i:70 [ILE] | a:1246 [C] | 4.01 | a:1285 [A] | 0.85 | ||
| i:70 [ILE] | a:1286 [A] | 4.35 | a:1245 [A] | 0.85 | ||
| i:70 [ILE] | a:1368 [G] | 4.3 | a:1348 [U] | 0.85 | ||
| i:70 [ILE] | a:1369 [U] | 3.26 | a:1347 [A] | 0.85 | ||
| i:71 [GLY] | a:1369 [U] | 2.88 | a:1347 [A] | 65.46 | ||
| i:71 [GLY] | a:1370 [G] | 4.48 | a:1346 [A] | 65.46 | ||
| i:72 [GLY] | a:1369 [U] | 3.32 | a:1347 [A] | 76.44 | ||
| i:73 [GLN] | a:1246 [C] | 3.3 | a:1285 [A] | 94.04 | ||
| i:73 [GLN] | a:1247 [A] | 3.87 | 94.04 | |||
| i:83 [ARG] | a:1115 [U] | 3.58 | a:1152 [A] | 79.7 | ||
| i:83 [ARG] | a:1116 [C] | 3.46 | a:1151 [G] | 79.7 | ||
| i:93 [LYS] | a:1175 [G] | 3.02 | 52.02 | |||
| i:93 [LYS] | a:1176 [A] | 2.7 | a:1153 [U] | 52.02 | ||
| i:97 [ARG] | a:1174 [G] | 4.08 | 57.41 | |||
| i:97 [ARG] | a:1175 [G] | 2.78 | base/AA stacks | 57.41 | ||
| i:97 [ARG] | a:1176 [A] | 2.97 | a:1153 [U] | 57.41 | ||
| i:97 [ARG] | a:1177 [A] | 3.11 | 57.41 | |||
| i:102 [VAL] | a:1176 [A] | 3.96 | a:1153 [U] | 81.99 | ||
| i:103 [THR] | a:1176 [A] | 3.4 | a:1153 [U] | 83.62 | ||
| i:103 [THR] | a:1177 [A] | 2.62 | 83.62 | |||
| i:104 [ARG] | a:1114 [U] | 2.98 | 59.16 | |||
| i:104 [ARG] | a:1115 [U] | 2.97 | a:1152 [A] | 59.16 | ||
| i:104 [ARG] | a:1176 [A] | 3.55 | a:1153 [U] | sugar:BB | 59.16 | |
| i:105 [ASP] | a:1344 [G] | 4.74 | 97.51 | |||
| i:106 [ALA] | a:1113 [U] | 4.86 | a:1181 [G] | 49.77 | ||
| i:106 [ALA] | a:1114 [U] | 4.03 | 49.77 | |||
| i:107 [ARG] | a:1343 [A] | 4.79 | a:1372 [A] | 97.79 | ||
| i:107 [ARG] | a:1344 [G] | 3.33 | base/AA stacks | 97.79 | ||
| i:108 [GLU] | a:1113 [U] | 3.37 | a:1181 [G] | 17.49 | ||
| i:108 [GLU] | a:1182 [G] | 3.99 | a:1112 [U] | base:SC | 17.49 | |
| i:108 [GLU] | a:1344 [G] | 3.46 | 17.49 | |||
| i:108 [GLU] | a:1345 [U] | 4.12 | a:1371 [A] | 17.49 | ||
| i:109 [VAL] | a:1344 [G] | 3.97 | 71.3 | |||
| i:109 [VAL] | a:1345 [U] | 3.77 | a:1371 [A] | 71.3 | ||
| i:109 [VAL] | a:1367 [G] | 4.32 | a:1349 [C] | 71.3 | ||
| i:109 [VAL] | a:1368 [G] | 3.26 | a:1348 [U] | 71.3 | ||
| i:110 [GLU] | a:1182 [G] | 4.94 | a:1112 [U] | 91.19 | ||
| i:110 [GLU] | a:1183 [G] | 4.0 | a:1111 [C] | 91.19 | ||
| i:110 [GLU] | a:1344 [G] | 4.62 | 91.19 | |||
| i:110 [GLU] | a:1345 [U] | 2.77 | a:1371 [A] | 91.19 | ||
| i:111 [ARG] | a:1183 [G] | 4.03 | a:1111 [C] | 93.5 | ||
| i:111 [ARG] | a:1184 [G] | 3.69 | a:1110 [C] | 93.5 | ||
| i:111 [ARG] | a:1365 [G] | 2.86 | a:1351 [C] | 93.5 | ||
| i:111 [ARG] | a:1366 [C] | 3.58 | a:1350 [G] | 93.5 | ||
| i:112 [LYS] | a:1364 [C] | 3.05 | a:1352 [G] | 88.2 | ||
| i:112 [LYS] | a:1365 [G] | 2.9 | a:1351 [C] | 88.2 | ||
| i:112 [LYS] | a:1366 [C] | 3.05 | a:1350 [G] | 88.2 | ||
| i:113 [LYS] | a:1183 [G] | 3.53 | a:1111 [C] | 91.89 | ||
| i:113 [LYS] | a:1184 [G] | 3.65 | a:1110 [C] | 91.89 | ||
| i:113 [LYS] | a:1364 [C] | 4.73 | a:1352 [G] | 91.89 | ||
| i:113 [LYS] | a:1365 [G] | 3.64 | a:1351 [C] | 91.89 | ||
| i:114 [LEU] | a:1364 [C] | 3.56 | a:1352 [G] | 58.54 | ||
| i:114 [LEU] | a:1365 [G] | 3.42 | a:1351 [C] | 58.54 | ||
| i:115 [GLY] | a:1364 [C] | 2.97 | a:1352 [G] | 86.93 | ||
| i:116 [LEU] | a:1364 [C] | 3.73 | a:1352 [G] | 67.31 | ||
| i:117 [ARG] | a:1229 [U] | 3.99 | a:946 [A] | 47.49 | ||
| i:117 [ARG] | a:1230 [G] | 2.61 | a:945 [C] | 47.49 | ||
| i:117 [ARG] | a:1362 [G] | 4.88 | a:1354 [A] | 47.49 | ||
| i:117 [ARG] | a:1363 [C] | 3.25 | a:1353 [G] | 47.49 | ||
| i:118 [LYS] | a:1346 [A] | 3.46 | a:1370 [G] | 77.62 | ||
| i:118 [LYS] | a:1347 [A] | 3.37 | a:1369 [U] | 77.62 | ||
| i:118 [LYS] | a:1348 [U] | 2.97 | a:1368 [G] | base:SC | 77.62 | |
| i:119 [ALA] | a:1345 [U] | 4.23 | a:1371 [A] | 93.64 | ||
| i:119 [ALA] | a:1346 [A] | 4.03 | a:1370 [G] | 93.64 | ||
| i:120 [ARG] | a:1183 [G] | 4.49 | a:1111 [C] | 97.36 | ||
| i:120 [ARG] | a:1340 [G] | 4.63 | a:937 [C] | 97.36 | ||
| i:120 [ARG] | a:1341 [C] | 3.52 | a:936 [G] | 97.36 | ||
| i:120 [ARG] | a:1342 [U] | 3.19 | a:1373 [U] | 97.36 | ||
| i:120 [ARG] | a:1343 [A] | 3.06 | a:1372 [A] | 97.36 | ||
| i:120 [ARG] | a:1345 [U] | 3.39 | a:1371 [A] | 97.36 | ||
| i:120 [ARG] | a:1346 [A] | 3.27 | a:1370 [G] | 97.36 | ||
| i:121 [LYS] | a:1340 [G] | 3.85 | a:937 [C] | 73.94 | ||
| i:121 [LYS] | a:1341 [C] | 4.55 | a:936 [G] | 73.94 | ||
| i:121 [LYS] | a:1345 [U] | 4.87 | a:1371 [A] | 73.94 | ||
| i:121 [LYS] | a:1346 [A] | 3.14 | a:1370 [G] | 73.94 | ||
| i:121 [LYS] | a:1347 [A] | 2.92 | a:1369 [U] | 73.94 | ||
| i:122 [ARG] | a:1340 [G] | 3.52 | a:937 [C] | sugar:BB | 64.29 | |
| i:122 [ARG] | a:1341 [C] | 3.59 | a:936 [G] | 64.29 | ||
| i:123 [PRO] | a:1229 [U] | 4.69 | a:946 [A] | 46.46 | ||
| i:123 [PRO] | a:1230 [G] | 3.45 | a:945 [C] | 46.46 | ||
| i:123 [PRO] | a:1339 [C] | 4.64 | a:938 [G] | 46.46 | ||
| i:123 [PRO] | a:1340 [G] | 4.49 | a:937 [C] | 46.46 | ||
| i:124 [GLN] | a:939 [G] | 2.95 | a:1338 [U] | base:SC | 88.42 | |
| i:124 [GLN] | a:940 [U] | 3.51 | a:1337 [A] | 88.42 | ||
| i:124 [GLN] | a:1228 [G] | 4.9 | a:947 [U] | 88.42 | ||
| i:124 [GLN] | a:1229 [U] | 2.79 | a:946 [A] | 88.42 | ||
| i:124 [GLN] | a:1230 [G] | 2.97 | a:945 [C] | 88.42 | ||
| i:124 [GLN] | a:1339 [C] | 3.55 | a:938 [G] | 88.42 | ||
| i:125 [PHE] | a:964 [5MC] | 3.43 | 68.86 | |||
| i:125 [PHE] | a:965 [A] | 3.52 | 68.86 | |||
| i:125 [PHE] | a:1229 [U] | 4.44 | a:946 [A] | 68.86 | ||
| i:125 [PHE] | a:1339 [C] | 3.22 | a:938 [G] | sugar:BB | 68.86 | |
| i:125 [PHE] | a:1340 [G] | 4.13 | a:937 [C] | 68.86 | ||
| i:126 [SER] | a:964 [5MC] | 4.61 | 84.59 | |||
| i:126 [SER] | a:967 [C] | 4.3 | 84.59 | |||
| i:126 [SER] | a:1228 [G] | 3.97 | a:947 [U] | 84.59 | ||
| i:126 [SER] | a:1229 [U] | 3.88 | a:946 [A] | 84.59 | ||
| i:127 [LYS] | a:963 [2MG] | 2.96 | sugar:BB | 86.41 | ||
| i:127 [LYS] | a:964 [5MC] | 4.27 | 86.41 | |||
| i:127 [LYS] | a:1338 [U] | 3.87 | a:939 [G] | 86.41 | ||
| i:128 [ARG] | a:963 [2MG] | 4.29 | 98.49 | |||
| i:128 [ARG] | a:966 [A] | 4.64 | 98.49 | |||
| i:128 [ARG] | a:967 [C] | 2.76 | base:SC | 98.49 | ||
| i:128 [ARG] | a:1227 [C] | 4.98 | a:948 [G] | 98.49 | ||
| i:128 [ARG] | a:1228 [G] | 4.42 | a:947 [U] | 98.49 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group92 | 7RYG_i_a | i: 30s ribosomal protein s9, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | V5VBA5 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2VQE_I_A | 7RYG_i_a | 0.28 | 0.92 | 4.33 | 0.19 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1i_1a | 7RYG_i_a | 0.28 | 0.9 | 4.73 | 0.17 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_i_a | 7RYG_i_a | 0.44 | 0.96 | 3.4 | 0.43 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_I_A | 7RYG_i_a | 0.27 | 0.92 | 4.39 | 0.13 | Ribosomal protein S5 domain 2-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |